BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Informática Agropecuária.
Data corrente:  21/11/2012
Data da última atualização:  10/05/2018
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  PROTASIO, A. V.; TSAI, I. J.; BABBAGE, A.; NICHOL, S.; HUNT, M.; ASLETT, M. A.; SILVA, N. de; VELARDE, G. S.; ANDERSON, T. J. C.; CLARK, R. C.; DAVIDSON, C.; DILLON, G. P.; HOLROYD, N. E.; LOVERDE, P. T.; LLOYD, C.; MCQUILLAN, J.; OLIVEIRA, G.; OTTO, T. D.; PARKER-MANUEL, S. J.; QUAIL, M. A.; WILSON, R. A.; ZERLOTINI, A.; DUNNE, D. W.; BERRIMAN, M.
Afiliação:  ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA.
Título:  A systematically improved high quality genome and transcriptome of the human blood fluke Schistosoma mansoni.
Ano de publicação:  2012
Fonte/Imprenta:  PLOS Neglected Tropical Diseases, v. 6, n. 1, p. 1-13, Jan. 2012.
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Schistosomiasis is one of the most prevalent parasitic diseases, affecting millions of people in developing countries. Amongst the human-infective species, Schistosoma mansoni is also the most commonly used in the laboratory and here we present the systematic improvement of its draft genome. We used Sanger capillary and deep-coverage Illumina sequencing from clonal worms to upgrade the highly fragmented draft 380 Mb genome to one with only 885 scaffolds and more than 81% of the bases organised into chromosomes. We have also used transcriptome sequencing (RNA-seq) from four time points in the parasite?s life cycle to refine gene predictions and profile their expression. More than 45% of predicted genes have been extensively modified and the total number has been reduced from 11,807 to 10,852. Using the new version of the genome, we identified trans-splicing events occurring in at least 11% of genes and identified clear cases where it is used to resolve polycistronic transcripts. We have produced a high-resolution map of temporal changes in expression for 9,535 genes, covering an unprecedented dynamic range for this organism. All of these data have been consolidated into a searchable format within the GeneDB (www.genedb.org) and SchistoDB (www.schistodb.net) databases. With further transcriptional profiling and genome sequencing increasingly accessible, the upgraded genome will form a fundamental dataset to underpin further advances in schistosome research.
Thesaurus Nal:  Schistosoma.
Categoria do assunto:  --
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/70531/1/journal.pntd.0001455.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA)
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CNPTIA16945 - 1UPCAP - DD

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Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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