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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
23/08/2012 |
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Data da última atualização: |
08/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOBO, F. P.; RODRIGUES, M. R.; RODRIGUES, G. O. L.; HILÁRIO, H. O.; SOUZA, R. A.; TAUCH, A.; MIYOSHI, A.; FRANCO, G. C.; AZEVEDO, V.; FRANCO, G. R. |
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Afiliação: |
FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; MAÍRA R. RODRIGUES, UFMG; GISELE O. L. RODRIGUES, UFMG; HERON O. HILÁRIO, UFMG; RAONI A. SOUZA, Fundação Ezequiel Dias, MG; ANDREAS TAUCH, Bielefeld University; ANDERSON MIYOSHI, UFMG; GLAURA C. FRANCO, UFMG; VASCO AZEVEDO, UFMG; GLÓRIA R. FRANCO, UFMG. |
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Título: |
KOMODO: a web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Nucleic Acids Research, Oxford, v. 40, p. W491-W497, 2012. |
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DOI: |
10.1093/nar/gks490 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The enrichment analysis is a standard procedure to interpret ?omics? experiments that generate large gene lists as outputs, such as transcriptomics and protemics. However, despite the huge success of enrichment analysis in these classes of experiments, there is a surprising lack of application of this methodology to survey other categories of large-scale biological data available. Here, we report Kegg Orthology enrichMent-Online DetectiOn (KOMODO), a web tool to systematically investigate groups of monophyletic genomes in order to detect significantly enriched groups of homologous genes in one taxon when compared with another. The results are displayed in their proper biochemical roles in a visual, explorative way, allowing users to easily formulate and investigate biological hypotheses regarding the taxonomical distribution of genomic elements. We validated KOMODO by analyzing portions of central carbon metabolism in two taxa extensively studied regarding their carbon metabolism profile (Enterobacteriaceae family and Lactobacillales order). Most enzymatic activities significantly biased were related to known key metabolic traits in these taxa, such as the distinct fates of pyruvate (the known tendency of lactate production in Lactobacillales and its complete oxidation in Enterobacteriaceae), demonstrating that KOMODO could detect biologically meaningful differences in the frequencies of shared genomic elements among taxa. KOMODO is freely available at http://komodotool.org. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Ferramenta web; Genomas. |
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Thesagro: |
Atividade Enzimática. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 02413naa a2200313 a 4500
001 1932006
005 2020-01-08
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245 $aKOMODO$ba web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa.$h[electronic resource]
260 $c2012
520 $aThe enrichment analysis is a standard procedure to interpret ?omics? experiments that generate large gene lists as outputs, such as transcriptomics and protemics. However, despite the huge success of enrichment analysis in these classes of experiments, there is a surprising lack of application of this methodology to survey other categories of large-scale biological data available. Here, we report Kegg Orthology enrichMent-Online DetectiOn (KOMODO), a web tool to systematically investigate groups of monophyletic genomes in order to detect significantly enriched groups of homologous genes in one taxon when compared with another. The results are displayed in their proper biochemical roles in a visual, explorative way, allowing users to easily formulate and investigate biological hypotheses regarding the taxonomical distribution of genomic elements. We validated KOMODO by analyzing portions of central carbon metabolism in two taxa extensively studied regarding their carbon metabolism profile (Enterobacteriaceae family and Lactobacillales order). Most enzymatic activities significantly biased were related to known key metabolic traits in these taxa, such as the distinct fates of pyruvate (the known tendency of lactate production in Lactobacillales and its complete oxidation in Enterobacteriaceae), demonstrating that KOMODO could detect biologically meaningful differences in the frequencies of shared genomic elements among taxa. KOMODO is freely available at http://komodotool.org.
650 $aBioinformatics
650 $aGenome
650 $aAtividade Enzimática
653 $aBioinformática
653 $aFerramenta web
653 $aGenomas
700 1 $aRODRIGUES, M. R.
700 1 $aRODRIGUES, G. O. L.
700 1 $aHILÁRIO, H. O.
700 1 $aSOUZA, R. A.
700 1 $aTAUCH, A.
700 1 $aMIYOSHI, A.
700 1 $aFRANCO, G. C.
700 1 $aAZEVEDO, V.
700 1 $aFRANCO, G. R.
773 $tNucleic Acids Research, Oxford$gv. 40, p. W491-W497, 2012.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 17 | |
| 5. |  | BORÉM, R. A. T.; VOLPATO, M. M. L.; ALVES, H. M. R.; BOREM, F. M.; TARTARINI, L. A. F. Land use mapping and identification of conflicts in municipalities producers of coffee in the Serra da Mantiqueira, Minas Gerais, Brazil. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 26., 2016, Kunming,Yunnan, China. Proceedings... ASIC - Association for Science and Information on Coffee, 2016. p. 130.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 6. | | BORÉM, R. A. T.; VOLPATO, M. M. L.; ALVES, H. M. R.; BORÉM, F. M.; SILVA, L. de O. Geotecnologias na análise e mapeamento de áreas de preservação permanente na Mantiqueira de Minas. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 7. | | ZANELLA, L.; BORÉM, R. A. T.; SOUZA, C. G. S.; BORÉM, F. M; ALVES, H. M. R. Relationship between coffee and environmental preservation in the Serra da Mantiqueira, Minas Gerais, Brazil. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 2012, San José. Proceedings... [S.l]: Association for Science and Information on Coffee (ASIC), 2012. p. 223. p. 280| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 8. | | ALVES, H. M. R.; VOLPATO, M. M. L.; BORÉM, F. M.; MARQUES JÚNIOR, J.; SIQUEIRA, D. S.; HAMADA, E.; BORÉM, R. A. T. Efeitos das características ambientais na qualidade do café. Informe Agropecuário, Belo Horizonte, v. 45, n. 327, p. 17-26, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Meio Ambiente. |
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| 9. | | VOLPATO, M. M. L.; ALVES, H. M. R.; VIEIRA, T. G. C.; SILVA, L. F. M.; BORÉM, F. M.; MEIRELES, E. J. L.; BORÉM, R. A. T. Espacialização da temperatura do ar na região de indicação geográfica da Mantiqueira de Minas. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 10. | | SOUZA, C. G.; BORÉM, R. A. T.; CARVALHO, L. M. T.; VOLPATO, M. M. L.; ALVES, H. M. R.; VIEIRA, T. G. C.; ZANELLA, L. Environmental characterization of coffee in an area of environmental protection in coqueiral, southern region of Minas Gerais state, Brazil. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 2012, San José. Proceedings... [S.l]: Association for Science and Information on Coffee (ASIC), 2012. p. 223. p. 347| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 11. | | BORÉM, F. M.; LUZ, M. P. S.; SÁFADI, T.; VOLPATO, M. M. L.; ALVES, H. M. R.; BORÉM, R. A. T.; MACIEL, D. A. Meteorological variables and sensorial quality of coffee in the mantiqueira region of Minas Gerais. Coffee Science, v. 14, n. 1, p. 38-47, 2019. Título em português: Variáveis meteorológicas e qualidade sensorial do café na região da mantiqueira de Minas Gerais.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 12. | | VIEIRA, T. G. C.; ALVES, H. M. R.; VOLPATO, M. M. L.; BORÉM, R. A. T.; LACERDA, M. P. C.; SOUZA, V. C. O. de; BORÉM, F. M. Mapeamento do uso da terra da indicação geográfica Mantiqueira de Minas. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 13. | | MESSIAS, C. G.; ALVES, H. M. R.; VOLPATO, M. M. L.; VIEIRA, T. G. C.; BORÉM, F. M.; BORÉM, R. A. T.; LACERDA, M. P. C. Mapping of coffee lands by remote sensing. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 2012, San José. Proceedings... [S.l]: Association for Science and Information on Coffee (ASIC), 2012. p. 223. p. 303| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 14. | | ALVES, H. M. R.; VALPATO, M. M. L.; VIEIRA, T. G. C.; LACERDA, M. P. C.; BORÉM, R. A. T.; BORÉM, F. M. Geotecnologias aplicadas à caracterização dos ambientes cafeeiros da Mantiqueira de Minas. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO, 17., 2015, João Pessoa. Anais... São José dos Campos: INPE, 2015. p. 3635-3639 , 2015| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 15. | | SOUZA, K. R.; SILVEIRA, M. A.; ALVES, H. M. R.; BORÉM, R. A. T.; VOLPATO, M. M. L.; VIEIRA, T. G. C.; BARBOSA, J. N. Turismo rural: alternativa de melhoria para a cafeicultura familiar do sul de Minas Gerais. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS DE CAFEEIROS, 35., 2009, Araxá.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 16. | | VOLPATO, M. M. L.; ALVES, H. M. R.; VIEIRA, T. G. C.; BORÉM, F. M.; MACIEL, D. A.; GONÇALVES, T. G.; MEIRELES, E. J. L.; BORÉM, R. A. T. Distribuição espacial do déficit hídrico na região da Mantiqueira de Minas, anos 2008 a 2013. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Consórcio pesquisa café: oportunidades e novos desafios: anais. Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 17. | | SILVA, L. de O.; BORÉM, R. A. T.; LEITE, G.; SILVA, L. F. M.; VOLPATO, M. M. L.; ALVES, H. M. R.; VIEIRA, T. G. C.; BORÉM, F. M. Mapping of areas for permanent preservation in coffee producing regions of South Minas Gerais, Brazil and identification of land use conflicts. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 2012, San José. Proceedings... [S.l]: Association for Science and Information on Coffee (ASIC), 2012. p. 223. p. 301| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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