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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
25/04/2006 |
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Data da última atualização: |
17/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; SERGIO APARECIDO BRAGA DA CRUZ, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; RENATO FILETO, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; GORAN NESIC, CNPTIA. |
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Título: |
Building multiple sequence alignments with a flavour of HSSP alignments. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. |
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Páginas: |
p. 28. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-meeting 2005. Presented Posters. Na publicação: Paula Regina Kuser. |
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Conteúdo: |
HSSP is a well-know database of MSAs which merges information of protein sequences and their three-dimensional structures. It is available for all proteins whose structure is deposited in the PDB databank. It is also used by STING and JavaProtein Dossier to calculate and present relative entropy as a measurement of a degree of conservation for each residue of proteins whose structure has been solved and deposited in the PDB. However, if the STING and JavaProtein Dossier are to provide support for analysis of protein structures modeled in computers or being experimentally solved but not yet deposited in the PDB, then we have to have a new method for building alignments having a flavour of HSSP alignments (myMSAr). This work presents this new method and its corresponding databank (SH2Qs - database of Sequences Homologue to the Query [Structure-having] Sequence). Our main interest on making myMSAr was to measure the degree of residue conservation for a given query sequence, regardless if it has a corresponding structure deposited in the PDB databank. In this work, we compare the measurement of residue conservation provided by corresponding alignments produced by the HSSP and SH2Qs. As a case study, we also present two biologically relevant examples, the former one highlighting the equivalence of analysis of a degree of residue conservation by using HSSP or SH2Qs alignments, and the later one presenting the degree of residue conservation for a structure modeled in a computer and, as a consequence, which does not have alignment reported by HSSP. MenosHSSP is a well-know database of MSAs which merges information of protein sequences and their three-dimensional structures. It is available for all proteins whose structure is deposited in the PDB databank. It is also used by STING and JavaProtein Dossier to calculate and present relative entropy as a measurement of a degree of conservation for each residue of proteins whose structure has been solved and deposited in the PDB. However, if the STING and JavaProtein Dossier are to provide support for analysis of protein structures modeled in computers or being experimentally solved but not yet deposited in the PDB, then we have to have a new method for building alignments having a flavour of HSSP alignments (myMSAr). This work presents this new method and its corresponding databank (SH2Qs - database of Sequences Homologue to the Query [Structure-having] Sequence). Our main interest on making myMSAr was to measure the degree of residue conservation for a given query sequence, regardless if it has a corresponding structure deposited in the PDB databank. In this work, we compare the measurement of residue conservation provided by corresponding alignments produced by the HSSP and SH2Qs. As a case study, we also present two biologically relevant examples, the former one highlighting the equivalence of analysis of a degree of residue conservation by using HSSP or SH2Qs alignments, and the later one presenting the degree of residue conservation for a structure modeled in a computer and... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Entropia relativa; Multiple sequence alignment; Relative entropy; Residue conservation. |
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Thesagro: |
Proteina. |
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Thesaurus Nal: |
Sequence alignment. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Cutter |
Registro |
Volume |
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URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
07/10/2004 |
|
Data da última atualização: |
17/03/2008 |
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Autoria: |
KRZYZANOWSKI, F. C.; FRANÇA NETO, J. de B.; COSTA, N. P. da; HENNING, A. A.; VIEIRA, B. G. T. L. |
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Título: |
Influência do tamanho da semente na produtividade da cultura da soja. |
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Ano de publicação: |
2004 |
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Fonte/Imprenta: |
In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA NA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 26., 2004, Ribeirão Preto. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: Fundação Meridional, 2004. |
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Páginas: |
p. 318-319. |
|
Série: |
(Embrapa Soja. Documentos, 234). |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Janete Lasso Ortiz, Regina Maria Villas Boas de Campos Leite. |
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Conteúdo: |
O objetivo foi avaliar o efeito de diferentes tamanhos da semente de soja na produtividade da cultura. Sementes das cultivares precoces, BRS 212 e Embrapa 48, semiprecoces, BRS 133 e BRS 214 e a de ciclo médio BRS 134 foram semeadas em parcelas, em Londrina, na época ideal nos anos 2002/03 e 2003/04, padronizando-se a mesma população de plantas para todos os tratamentos. Quatro tamanhos de semente foram utilizados por cultivar. O delineamento experimental foi blocos ao acaso em fatorial com quatro repetições. Em relação à produtividade, apenas as cultivares BRS 212, na safra 02/03, e a BRS 133, na safra 03/04, mostraram tendência de redução de produtividade diretamente relacionada ao tamanho da semente. Na BRS 212, a produtividade baixou de 2.681 kg/ha, na peneira 7,0 mm, para 1.535 kg/ha, na peneira 5,5 mm, e na BRS 133, baixou de 2.590 kg/ha, na peneira 7,0 mm, para 1.997 kg/ha, na peneira 5,5 mm. A execução dessa pesquisa terá continuidade, avaliando-se os possíveis efeitos do tamanho da semente em diferentes regiões edafoclimáticas do Brasil. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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520 $aO objetivo foi avaliar o efeito de diferentes tamanhos da semente de soja na produtividade da cultura. Sementes das cultivares precoces, BRS 212 e Embrapa 48, semiprecoces, BRS 133 e BRS 214 e a de ciclo médio BRS 134 foram semeadas em parcelas, em Londrina, na época ideal nos anos 2002/03 e 2003/04, padronizando-se a mesma população de plantas para todos os tratamentos. Quatro tamanhos de semente foram utilizados por cultivar. O delineamento experimental foi blocos ao acaso em fatorial com quatro repetições. Em relação à produtividade, apenas as cultivares BRS 212, na safra 02/03, e a BRS 133, na safra 03/04, mostraram tendência de redução de produtividade diretamente relacionada ao tamanho da semente. Na BRS 212, a produtividade baixou de 2.681 kg/ha, na peneira 7,0 mm, para 1.535 kg/ha, na peneira 5,5 mm, e na BRS 133, baixou de 2.590 kg/ha, na peneira 7,0 mm, para 1.997 kg/ha, na peneira 5,5 mm. A execução dessa pesquisa terá continuidade, avaliando-se os possíveis efeitos do tamanho da semente em diferentes regiões edafoclimáticas do Brasil.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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