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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
25/04/2006 |
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Data da última atualização: |
27/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
OLIVEIRA, S. R. de M.; PAVANELLI, D. S.; ALMEIDA, G. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B. da; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
STANLEY ROBSON DE MEDEIROS OLIVEIRA, CNPTIA; DANIEL S. PAVANELLI; GUSTAVO V. ALMEIDA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; EDGARD HENRIQUE DOS SANTOS, CNPTIA; FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; SERGIO APARECIDO BRAGA DA CRUZ, CNPTIA; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; GORAN NESHICH, CNPTIA. |
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Título: |
STING_DB: a relational database of structural parameters for protein analysis. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. |
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Páginas: |
p. 132. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Na publicação: Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters. |
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Conteúdo: |
STING_DB is a database composed of structural parameters for protein analysis. This database operates with a collection of both publicly available data (PDB, HSSP, Prosite) and its own data (contacts, interface contacts, surface accessibility). For this reason, STING_DB is one of the best known databases of structural parameters with over 300 of them compiled at the single site. Considering its relevance for biologists, researchers and others interested in protein analysis, we decided to proceed with the ST1NG_DB migration from flat files to a relational database in order to provide more complete and modern environment for structure analysis. The information for analyzing structure relationships, the quality of the structure, nature and volume of atomic contacts of intra and inter chain type, relative conservation of amino acids at the specific sequence position based on multiple sequence alignment, indications of folding essential residue (FER) based on the relationship of the residue conservation to the intra-chain contacts and Ca-Ca and Cb-Cb distance geometry is now going to be more accessible and readily addressable for data grouping and mining. The main features of the relational database STING_DB can be summarized as follows: It is based on indices, which speed up the search for information and, consequently, improve the response time of the protein analysis process; It is available for different platforms, such as ORACLE, MySQL, and Postgres; It greatly reduces the redundancy of information; It allows users to compare different protein structures, at the same time, which was not possible with the previous version (flat files); Its update is much simpler, since it was built on relational database facilities. MenosSTING_DB is a database composed of structural parameters for protein analysis. This database operates with a collection of both publicly available data (PDB, HSSP, Prosite) and its own data (contacts, interface contacts, surface accessibility). For this reason, STING_DB is one of the best known databases of structural parameters with over 300 of them compiled at the single site. Considering its relevance for biologists, researchers and others interested in protein analysis, we decided to proceed with the ST1NG_DB migration from flat files to a relational database in order to provide more complete and modern environment for structure analysis. The information for analyzing structure relationships, the quality of the structure, nature and volume of atomic contacts of intra and inter chain type, relative conservation of amino acids at the specific sequence position based on multiple sequence alignment, indications of folding essential residue (FER) based on the relationship of the residue conservation to the intra-chain contacts and Ca-Ca and Cb-Cb distance geometry is now going to be more accessible and readily addressable for data grouping and mining. The main features of the relational database STING_DB can be summarized as follows: It is based on indices, which speed up the search for information and, consequently, improve the response time of the protein analysis process; It is available for different platforms, such as ORACLE, MySQL, and Postgres; It greatly reduces the r... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
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Thesagro: |
Base de Dados; Proteina. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Databases; Proteins. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 12 | |
| 3. |  | MESCHEDE, D. K.; GAZIERIO, D. L. P.; MELLO, R. A. de. Manejo do de dessecação do capim amargoso (Digitaria insularis) submetido a herbicidas com diferentes mecanismos de ação. In: CONGRESO DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE MALEZAS, 21.; CONGRESO MEXICANO DE LA CIENCIA DE LA MALEZA, 34.; SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RESISTENCIA Y TOLERANCIA A HERBICIDAS, 4.; SIMPOSIO INTERNACIONAL DE MALEZA ACUÁTICA, 9., 2013, Cancún. [Memoria...]. Cancún: Asociación Latinoamericana de Malezas, 2013. p. 119.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 5. | | BRACCINI, A. L.; SCHUAB, S. R. P.; SCAPIM, C. A.; FRANÇA-NETO, J. B.; MESCHEDE, D. K. Avaliação do potencial fisiológico das sementes de soja e sua relação com emergência das plântulas em campo. Informativo ABRATES, Londrina, v. 13, n. 3, p. 312, set. 2003. Número especial, ref. 499. Edição dos Resumos do XIII Congresso Brasileiro de Sementes, Gramado, RS, set. 2003.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 6. | | VELINI, E.; ALVES, E.; GODOY, M. C.; MESCHEDE, D. K.; SOUZA, R. T. de; DUKE, S. O. Glyphosate applied at low doses can stimulate plant growth. Pest Management Science, Sussex, v. 64, n. 4, p. 489-496, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 7. | | SAMBATTI, V. C.; MESCHEDE, D. K.; DANTAS, G.; AZEVEDO, G.; VANZELLA, L.; DENADAI, J.; GAZZIERO, D. L. P. Manejo de capim-amargoso (digitaria insularis) em áreas com e sem gradagem. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 7.; MERCOSOJA, 2015, Florianópolis. Tecnologia e mercado global: perspectivas para soja: anais. Londrina: Embrapa Soja, 2015. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 8. | | DANTAS, G.; MESCHEDE, D. K.; SAMABATTI, V. C.; AZEVEDO, G.; VANZELLA, L.; DENADAI, J.; GAZZIERO, D. L. P. Roçada como ferramenta no controle do capim amargoso (digitaria insularis) resistente ao glyphosate na cultura da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 7.; MERCOSOJA, 2015, Florianópolis. Tecnologia e mercado global: perspectivas para soja: anais. Londrina: Embrapa Soja, 2015. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 9. | | SCHUAB, S. R.; BRACCINI, A. de L. e.; FRANÇA NETO, J. de B.; SCAPIM, C. A.; MESCHEDE, D, K. Utilização da taxa de crescimento das plântulas na avaliação do vigor de sementes de soja. Revista Brasileira de Sementes, Londrina, v. 24, n. 2, p. 90-95, dez. 2002.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 10. | | SCHUAB, S. R. P.; BRACCINI, A. L.; FRANÇA NETO, J. B.; SCAPIM, C. A.; MESCHEDE, D. K. Utilização do teste de germinação sob estresse hídrico na avaliação da qualidade das sementes de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 2.; MERCOSOJA 2002, 2002, Foz do Iguaçu. Perspectivas do agronegócio da soja: resumos. Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 376. (Embrapa Soja. Documentos, 181). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann-Campo.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 11. | | GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S.; MESCHEDE, D. K.; VARGAS, L.; KARAM, D.; MACIEL, C. D. de G.; FORNAROLLI, D.; GOMES, M. de M. A era glyphosate. In: MESCHEDE, D. K.; GAZZIERO, D. L. P. A era glyphosate: agricultura, meio ambiente e homem. Londrina: Midiograf II, 2016. Cap. 1, p. 11-21.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Soja; Embrapa Trigo. |
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| 12. | | MESCHEDE, D. K.; MACIEL, C. D. de G.; GAZZIERO, D. L. P.; FORNAROLLI, D. A.; BLAINSKI, E.; GOMES, M. de M. Problemática, aspectos da biologia e manejo de capim-amargoso resistente ao glyphosate: análise de uma rede de pesquisa. In: MESCHEDE, D. K.; GAZZIERO, D. L. P. A era glyphosate: agricultura, meio ambiente e homem. Londrina: Midiograf II, 2016. p. 337-349.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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