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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
20/04/2006 |
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Data da última atualização: |
17/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINALIA, T.; BEZERRA, G. B. P.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
MARCELO GONCALVES NARCISO, CNPAF; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; THIAGO QUINALIA; GEORGE B. P. BEZERRA; GORAN NESHICH, CNPTIA. |
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Título: |
2D maps of protein interface surfaces. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 1. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-meeting 2005. Presented posters. |
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Conteúdo: |
More than 50% of the Protein Data Bank - PDB - files have two or more chains. It is desirable to get a better understanding of how the protein complexes are gathered together. Although, surface complementarity is a key factor in complexes formation, physical-chemical properties also play an important role. Recently, the protein interface surfaces were rendered in 3D, and, over them, all the STING_DB physical-chemical properties could be painted, what greatly facilitated their analyses. In this work we propose an alternative way to visualize the protein interfaces. The 3D protein interface surfaces were modeled as Graphs and using the Shape Preserving algorithm, they were mapped onto the plane. This mapping introduce some inevitable deformation, nevertheless the local shape is preserved which is essential in the process of matching the corresponding regions in both surfaces. This matching task is almost impossible in 3D due the surface complexity in the space. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Interface de superfícies; Mapa bidimensional. |
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Thesagro: |
Mapa; Proteína. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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520 $aMore than 50% of the Protein Data Bank - PDB - files have two or more chains. It is desirable to get a better understanding of how the protein complexes are gathered together. Although, surface complementarity is a key factor in complexes formation, physical-chemical properties also play an important role. Recently, the protein interface surfaces were rendered in 3D, and, over them, all the STING_DB physical-chemical properties could be painted, what greatly facilitated their analyses. In this work we propose an alternative way to visualize the protein interfaces. The 3D protein interface surfaces were modeled as Graphs and using the Shape Preserving algorithm, they were mapped onto the plane. This mapping introduce some inevitable deformation, nevertheless the local shape is preserved which is essential in the process of matching the corresponding regions in both surfaces. This matching task is almost impossible in 3D due the surface complexity in the space.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 236 | |
| 2. |  | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. 2D maps of protein surface. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-63.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 4. | | YAMAGISHI, M. E. B.; MARTINS, N. F.; NESHICH, G.; CAI, W.; SHAO, X.; BEAUTRAIT, A.; MAIGRET, B. A fast surface-matching procedure for protein-ligand docking. Journal of Molecular Modeling, v. 12, n. 6, p. 965-972, Sept. 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: -- - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 9. | | QUEIROS, L. R.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; IDE, F. H.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; COSTA, I. R. S.; BENITO, N. P. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo Análise Quarentenária de Germoplasma Vegetal (planejamento, acompanhamento e finalização). Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 10. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Atendimento de Solicitação de Germoplasma Semente da coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 11. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTA, I. R. S.; JOSE, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Incorporação de Germoplasma Semente à coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 12. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Monitoração da viabilidade das sementes armazenadas na coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 15. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Serviços de apoio à Gestão da Conservação de Longo Prazo à -20o C. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 20. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. An integrated database of structural parameters for protein analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-44. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Paula R. Kuser-Falcão, Edgard H. Santos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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