BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  20/04/2006
Data da última atualização:  17/01/2020
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINALIA, T.; BEZERRA, G. B. P.; NESHICH, G.
Afiliação:  MARCELO GONCALVES NARCISO, CNPAF; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; THIAGO QUINALIA; GEORGE B. P. BEZERRA; GORAN NESHICH, CNPTIA.
Título:  2D maps of protein interface surfaces.
Ano de publicação:  2005
Fonte/Imprenta:  In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 1.
Idioma:  Inglês
Notas:  X-meeting 2005. Presented posters.
Conteúdo:  More than 50% of the Protein Data Bank - PDB - files have two or more chains. It is desirable to get a better understanding of how the protein complexes are gathered together. Although, surface complementarity is a key factor in complexes formation, physical-chemical properties also play an important role. Recently, the protein interface surfaces were rendered in 3D, and, over them, all the STING_DB physical-chemical properties could be painted, what greatly facilitated their analyses. In this work we propose an alternative way to visualize the protein interfaces. The 3D protein interface surfaces were modeled as Graphs and using the Shape Preserving algorithm, they were mapped onto the plane. This mapping introduce some inevitable deformation, nevertheless the local shape is preserved which is essential in the process of matching the corresponding regions in both surfaces. This matching task is almost impossible in 3D due the surface complexity in the space.
Palavras-Chave:  Bioinformática; Interface de superfícies; Mapa bidimensional.
Thesagro:  Mapa; Proteína.
Thesaurus Nal:  Bioinformatics.
Categoria do assunto:  X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPTIA11134 - 2UPCPC - DD570.285XME2006.00009
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1.Imagem marcado/desmarcadoNARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINALIA, T.; BEZERRA, G. B. P.; NESHICH, G. 2D maps of protein interface surfaces. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 1. X-meeting 2005. Presented posters.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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2.Imagem marcado/desmarcadoNARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. 2D maps of protein surface. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-63.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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3.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 18., 2010, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. Não paginado. P869. PAG-XVIII.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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4.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; MARTINS, N. F.; NESHICH, G.; CAI, W.; SHAO, X.; BEAUTRAIT, A.; MAIGRET, B. A fast surface-matching procedure for protein-ligand docking. Journal of Molecular Modeling, v. 12, n. 6, p. 965-972, Sept. 2006.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: -- - A
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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5.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. A Web-based tool for identification and visualization of repetitive sequences within gene loci. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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6.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, J. M. da; CARDOSO, F. F.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Accuracy of low- to medium-density genotype imputation in a Hereford and Braford cattle population from Brazil. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 21.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 12., 2013, Berlin. Posters... Berlin: ISCB, 2013. Não paginado. Pôster K11.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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7.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, J. M. da; CARDOSO, F. F.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Accuracy of low- to medium-density genotype imputation in a Hereford and Braford cattle population from Brazil. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 21.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 12., 2013, Berlin. Posters... Berlin: ISCB, 2013. Não paginado. Pôster K11.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul.
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8.Imagem marcado/desmarcadoIDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; BENITO, N. P. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Análises Fitossanitárias. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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9.Imagem marcado/desmarcadoQUEIROS, L. R.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; IDE, F. H.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; COSTA, I. R. S.; BENITO, N. P. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo Análise Quarentenária de Germoplasma Vegetal (planejamento, acompanhamento e finalização). Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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10.Imagem marcado/desmarcadoIDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Atendimento de Solicitação de Germoplasma Semente da coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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11.Imagem marcado/desmarcadoIDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTA, I. R. S.; JOSE, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Incorporação de Germoplasma Semente à coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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12.Imagem marcado/desmarcadoIDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Monitoração da viabilidade das sementes armazenadas na coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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13.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, A. D. dos; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; IDE, F. H.; QUEIROS, L. R.; VACARI, I.; COSTA, I. R. S.; FERREIRA, F. R. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo Intercâmbio de Germoplasma Vegetal. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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14.Imagem marcado/desmarcadoIDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTA, I. R. S.; BENITO, N. P. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Serviços de apoio à Análise Fitossanitária. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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15.Imagem marcado/desmarcadoIDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Serviços de apoio à Gestão da Conservação de Longo Prazo à -20o C. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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16.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, A. D. dos; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; IDE, F. H.; QUEIROS, L. R.; VACARI, I.; COSTA, I. R. S.; FERREIRA, F. R. Alelo - Solicitação e gerenciamento de Requerimentos de Intercâmbio de Germoplasma Vegetal (Público). Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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17.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B. Algoritmos de bioinformática para detecção de nullomers no transcriptoma humano. In: ENCONTRO ACADÊMICO DE MODELAGEM COMPUTACIONAL, 2.,2009, Petrópolis. Resumos... Petrópolis: Laboratório nacional de computação científica, 2009. p. 35-36. IIEAMC/LNCC 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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18.Imagem marcado/desmarcadoGIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B. An approach based on gene co-expression in searching for genes involved in bovine tick-resistance. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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19.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; VIEIRA, F. D.; HERAI, R. H. An indirect evidence of the Fibonacci String model for DNA repetitive sequence growth. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 3., 2007, São Paulo. Proceedings... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. p. 58. X-Meeting 2007.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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20.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. An integrated database of structural parameters for protein analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-44. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Paula R. Kuser-Falcão, Edgard H. Santos.
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