| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
|
Data corrente: |
20/04/2006 |
|
Data da última atualização: |
17/01/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
YAMAGISHI, M. E. B.; BEZERRA, G. B. P.; QUINALIA, T.; KUSER, P. R.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; CRUZ, S. A. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; NESHICH, G.; RAY, N.; MAIGRET, B. |
|
Afiliação: |
MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; GEORGE B. P. BEZERRA; THIAGO QUINALIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; JOSÉ GILBERTO JARDINE, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; EDGARD HENRIQUE DOS SANTOS, CNPTIA; SÉRGIO APARECIDO BRAGA DA CRUZ, CNPTIA; STANLEY ROBSON DE MEDEIROS OLIVEIRA, CNPTIA; GORAN NESHICH, CNPTIA; NICHOLAS RAY, Inria Lorraine; BERNARD MAIGRET, Universite Henri Poincare. |
|
Título: |
An interative protein interface surface Java Viewer. |
|
Ano de publicação: |
2005 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. |
|
Páginas: |
p. 17. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
X-meeting 2005. Presented posters. |
|
Conteúdo: |
More than 50% of protein structures deposited in the PDB database have two or more chains according to the PDB Metrics1 software. Therefore, there are a plenty of protein complexes in the PDB database. It is important to understand the physical-chemical forces that are involved in protein complexes aggregation. In order to facilitate this analyze, it would be desirable to get two protein chains and visualize their contact interface surfaces separately, and paint over each one of them a common physical-chemical property that could be important in the complex formation. Using weighted Delaunay triangulation and marching tetrahedra algorithms from the CGAL library these contact interface surfaces were generated and rendered in an Interactive Java Viewer based on JavaView2 library. The surfaces can be rotated, translated, scaled and it is possible to identify from which amino acid a given vertice came from, among other useful features. All the physical-chemical parameters available in Java Protein Dossier - JPD can be used to paint the surfaces facilitating the analyses. |
|
Palavras-Chave: |
Interface; Java. |
|
Thesagro: |
Proteína. |
|
Thesaurus Nal: |
Proteins. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 02099nam a2200337 a 4500 001 1008756 005 2020-01-17 008 2005 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aYAMAGISHI, M. E. B. 245 $aAn interative protein interface surface Java Viewer.$h[electronic resource] 260 $aIn: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional$c2005 300 $ap. 17. 500 $aX-meeting 2005. Presented posters. 520 $aMore than 50% of protein structures deposited in the PDB database have two or more chains according to the PDB Metrics1 software. Therefore, there are a plenty of protein complexes in the PDB database. It is important to understand the physical-chemical forces that are involved in protein complexes aggregation. In order to facilitate this analyze, it would be desirable to get two protein chains and visualize their contact interface surfaces separately, and paint over each one of them a common physical-chemical property that could be important in the complex formation. Using weighted Delaunay triangulation and marching tetrahedra algorithms from the CGAL library these contact interface surfaces were generated and rendered in an Interactive Java Viewer based on JavaView2 library. The surfaces can be rotated, translated, scaled and it is possible to identify from which amino acid a given vertice came from, among other useful features. All the physical-chemical parameters available in Java Protein Dossier - JPD can be used to paint the surfaces facilitating the analyses. 650 $aProteins 650 $aProteína 653 $aInterface 653 $aJava 700 1 $aBEZERRA, G. B. P. 700 1 $aQUINALIA, T. 700 1 $aKUSER, P. R. 700 1 $aHIGA, R. H. 700 1 $aMANCINI, A. L. 700 1 $aJARDINE, J. G. 700 1 $aMAZONI, I. 700 1 $aSANTOS, E. H. dos 700 1 $aCRUZ, S. A. B. 700 1 $aOLIVEIRA, S. R. M. 700 1 $aNESHICH, G. 700 1 $aRAY, N. 700 1 $aMAIGRET, B.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 7 | |
| 3. |  | AZEVEDO, V. C. R.; KANASHIRO, M.; GRATTAPAGLIA, D.; CIAMPI, A. Y. Sistema de cruzamento e fluxo gênico em maçaranduba Manilkara Huberi (Ducke) A. Chev. na floresta nacional do Tapajós. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia, SP. A era da genômica: da bioestatística à bioinformática: anais. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2005. p. 610.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|   |
| 4. |  | AZEVEDO, V. C. R.; KANASHIRO, M.; GRATTAPAGLIA, D.; CIAMPI, A. Y. Caracterização genética molecular de maçaranduba - anilkara huberi (Ducke) A.Chev. (Sapotaceae): potencial implicação na definição de um programa de manejo sustentável. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 10., 2005, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. p. 155.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
|    |
| 5. |  | AZEVEDO, V. C. R.; KANASHIRO, M.; GRATTAPAGLIA, D.; CIAMPI, A. Y. Caracterização genética molecular de maçaranduba - manilkara huberi (Ducke) A.Chev. (Sapotaceae): potencial implicação na definição de um programa de manejo sustentável. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 10., 2005, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. p. 159.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|    |
| 6. |  | AZEVEDO, V. C. R.; KANASHIRO, M.; GRATTAPAGLIA, D.; CIAMPI, A. Y. Variabilidade no cpDNA em Manilkara huberi, espécie sob manejo sustentável na Amazônia brasileira. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 7, p. 859-867, jul. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Unidades Centrais. |
|    |
| 7. |  | FERREIRA, C. F.; AMORIM, E. P.; SILVA, P. H.; SANTOS, V. J.; VILARINHOS, A. D.; CIAMPI, A. Y.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; PAPPAS, M. de C. R.; SOUZA JUNIOR, M. T.; SANTOS, V. J. dos; MILLER, R. N. G; AZEVEDO, V. C. R. Optimization and validation of SSR Markers in banana. In: INTERNATIONAL HORTICULTURAL CONGRESS, 28., 2010, Lisboa. Science and horticulture for people: programme & book of abstracts. Lisboa: ISHS, 2010. 1 CD-ROM. 2 p.759. PDF. S18.208.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
|   |
| Registros recuperados : 7 | |
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|