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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
20/04/2006 |
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Data da última atualização: |
17/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; CRUZ, S. A. B. da; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; HIGA, R. H. |
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Afiliação: |
GORAN NESIC, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; STANLEY ROBSON DE MEDEIROS OLIVEIRA, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; EDGARD HENRIQUE DOS SANTOS, CNPTIA; FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; SERGIO APARECIDO BRAGA DA CRUZ, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPM; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA. |
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Título: |
What makes the active site amino acids so different from the others: defining the structural descriptors specific for activity. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. |
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Páginas: |
p. 149. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-meeting 2005. Presented Posters. Na publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa. |
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Conteúdo: |
We describe in this paper some of the new features available in Diamond STING Suite. Also, we emphasize here the main difference which continues to work in favor of the STING and separates it from the other servers belonging to this category also available on the Internet - the capability to present the largest number of descriptors for the sequence, structure, function, stability and binding in a concise and visually compelling way, as well as the capability to select/focus for/at those residues which satisfy a user defined parameter/descriptor values. This feature allows that some very interesting and important questions can be answered, such as: Is there a set of parameters (protein structure descriptors) which can define UNIQUELY an amino acid ensemble coinciding with the active site of a given protein or coinciding with amino acids identified experimentally as crucial for the folding / stability. We present here an example where by combining selected ranges for a number of structure parameters we have obtained at the end of a Select procedure an ensemble of which coincides with the critical residues identified experimentally as the activity essential residues for number of protein families. The Select procedure used only few parameters and their numerical values/regions to achieve this objective. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Descritores. |
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Thesagro: |
Aminoácido. |
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Thesaurus Nal: |
Amino acids; Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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520 $aWe describe in this paper some of the new features available in Diamond STING Suite. Also, we emphasize here the main difference which continues to work in favor of the STING and separates it from the other servers belonging to this category also available on the Internet - the capability to present the largest number of descriptors for the sequence, structure, function, stability and binding in a concise and visually compelling way, as well as the capability to select/focus for/at those residues which satisfy a user defined parameter/descriptor values. This feature allows that some very interesting and important questions can be answered, such as: Is there a set of parameters (protein structure descriptors) which can define UNIQUELY an amino acid ensemble coinciding with the active site of a given protein or coinciding with amino acids identified experimentally as crucial for the folding / stability. We present here an example where by combining selected ranges for a number of structure parameters we have obtained at the end of a Select procedure an ensemble of which coincides with the critical residues identified experimentally as the activity essential residues for number of protein families. The Select procedure used only few parameters and their numerical values/regions to achieve this objective.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 233 | |
| 224. |  | PAIM, T. do P.; McMANUS, C.; VIEIRA, F. D.; OLIVEIRA, S. R. de M.; FACÓ, O.; AZEVEDO, H. C.; ARAÚJO, A. M. de; MORAES, J. C. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L. S.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. Validation of a customized subset of SNPs for sheep breed assignment in Brazil. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 54, p. 1-5, 2019. Article number: e00506. Título em português: Validação de um subconjunto de SNPs específicos para certificação racial de ovinos no Brasil.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Área de Informação da Sede; Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 225. | | PAIVA, S. R.; VIEIRA, F. D.; YAMAGISHI, M. E. B.; LACERDA, T. S.; VASCONCELOS, C.; TANNO, P.; HIGA, R. H.; McMANUS, C. M.; CARNEIRO, P. L.; AZEVEDO, H. C.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H.; ARAUJO, A. M.; MARTINS, V. M. V.; CAETANO, A. Validation of a low density SNP panel for breed certification testing in Brazilian sheep (Ovis aries) breeds as a tool for flock genetic management. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstract... Jersey City: Scherago International, 2012. p. 1. Pôster.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 226. | | PAIVA, S. R.; VIEIRA, F. D.; YAMAGISHI, M. E. B.; LACERDA, T. S.; VASCONCELOS, C.; TANNO, P.; HIGA, R. H.; MCMANUS, C. M.; CARNEIRO, P. L.; AZEVEDO, H. C.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H. de; ARAUJO, A. M. de; MARTINS, V. M. V.; CAETANO, A. R. Validation of a Low Density SNP Panel for Breed Certification Testing in Brazilian Sheep (Ovis aries) Breeds as a Tool for Flock Genetic Management. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstract... Jersey City: Scherago International, 2012. Não paginado. 1 pôster. P581.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 227. | | BELLI, A. M. G; GIACHETTO, P. F.; OLIVEIRA, M. C. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. A. Vias regulatórias envolvidas na resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: WORKSHOP EM GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Ceará. Resumos... Ceará: UECE, 2009. Não paginado. WSRGA 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 228. | | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; OLIVEIRA, M. C. de S.; YAMAGISHI, M. E. B.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Vias regulatórias envolvidas na resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: WORKSHOP DA REDE GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Fortaleza. Anais... Fortaleza, Rede Genômica Animal, 2009| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 230. | | NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; CRUZ, S. A. B. da; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; HIGA, R. H. What makes the active site amino acids so different from the others: defining the structural descriptors specific for activity. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 149. X-meeting 2005. Presented Posters. Na publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 231. | | GOUVEIA, G. V.; MEIRELLES, S. L.; GROSSI, D. A.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; MATUKUMALLI, L. K.; COUTINHO, L. L.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Whole-genome analysis for backfat thickness in a tropically adapted, composite cattle breed from Brazil. Animal Genetics, v. 43, n. 5, p. 518-524, oct. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
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