BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






Registro Completo
Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  02/12/2010
Data da última atualização:  27/01/2020
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.
Afiliação:  ROBERTO H. HERAI, IB/UNICAMP; MICHEL E. B. YAMAGISHI, CNPTIA.
Título:  A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks.
Ano de publicação:  2010
Fonte/Imprenta:  In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 18., 2010, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010.
Páginas:  Não paginado.
Idioma:  Inglês
Notas:  P869. PAG-XVIII.
Conteúdo:  Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, jus... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Algoritmo; Bioinformática.
Thesaurus Nal:  Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing.
Categoria do assunto:  --
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/91866/1/869.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPTIA15323 - 1UPCPC - DD
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1.Imagem marcado/desmarcadoNARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINALIA, T.; BEZERRA, G. B. P.; NESHICH, G. 2D maps of protein interface surfaces. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 1. X-meeting 2005. Presented posters.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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2.Imagem marcado/desmarcadoNARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. 2D maps of protein surface. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-63.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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3.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 18., 2010, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. Não paginado. P869. PAG-XVIII.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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4.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; MARTINS, N. F.; NESHICH, G.; CAI, W.; SHAO, X.; BEAUTRAIT, A.; MAIGRET, B. A fast surface-matching procedure for protein-ligand docking. Journal of Molecular Modeling, v. 12, n. 6, p. 965-972, Sept. 2006.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: -- - A
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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5.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. A Web-based tool for identification and visualization of repetitive sequences within gene loci. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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6.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, J. M. da; CARDOSO, F. F.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Accuracy of low- to medium-density genotype imputation in a Hereford and Braford cattle population from Brazil. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 21.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 12., 2013, Berlin. Posters... Berlin: ISCB, 2013. Não paginado. Pôster K11.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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7.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, J. M. da; CARDOSO, F. F.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Accuracy of low- to medium-density genotype imputation in a Hereford and Braford cattle population from Brazil. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 21.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 12., 2013, Berlin. Posters... Berlin: ISCB, 2013. Não paginado. Pôster K11.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul.
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8.Imagem marcado/desmarcadoIDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; BENITO, N. P. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Análises Fitossanitárias. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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9.Imagem marcado/desmarcadoQUEIROS, L. R.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; IDE, F. H.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; COSTA, I. R. S.; BENITO, N. P. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo Análise Quarentenária de Germoplasma Vegetal (planejamento, acompanhamento e finalização). Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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10.Imagem marcado/desmarcadoIDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Atendimento de Solicitação de Germoplasma Semente da coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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11.Imagem marcado/desmarcadoIDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTA, I. R. S.; JOSE, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Incorporação de Germoplasma Semente à coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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12.Imagem marcado/desmarcadoIDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Monitoração da viabilidade das sementes armazenadas na coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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13.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, A. D. dos; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; IDE, F. H.; QUEIROS, L. R.; VACARI, I.; COSTA, I. R. S.; FERREIRA, F. R. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo Intercâmbio de Germoplasma Vegetal. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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14.Imagem marcado/desmarcadoIDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTA, I. R. S.; BENITO, N. P. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Serviços de apoio à Análise Fitossanitária. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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15.Imagem marcado/desmarcadoIDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Serviços de apoio à Gestão da Conservação de Longo Prazo à -20o C. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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16.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, A. D. dos; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; IDE, F. H.; QUEIROS, L. R.; VACARI, I.; COSTA, I. R. S.; FERREIRA, F. R. Alelo - Solicitação e gerenciamento de Requerimentos de Intercâmbio de Germoplasma Vegetal (Público). Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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17.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B. Algoritmos de bioinformática para detecção de nullomers no transcriptoma humano. In: ENCONTRO ACADÊMICO DE MODELAGEM COMPUTACIONAL, 2.,2009, Petrópolis. Resumos... Petrópolis: Laboratório nacional de computação científica, 2009. p. 35-36. IIEAMC/LNCC 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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18.Imagem marcado/desmarcadoGIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B. An approach based on gene co-expression in searching for genes involved in bovine tick-resistance. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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19.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; VIEIRA, F. D.; HERAI, R. H. An indirect evidence of the Fibonacci String model for DNA repetitive sequence growth. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 3., 2007, São Paulo. Proceedings... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. p. 58. X-Meeting 2007.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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20.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. An integrated database of structural parameters for protein analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-44. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Paula R. Kuser-Falcão, Edgard H. Santos.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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