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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
02/12/2010 |
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Data da última atualização: |
27/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. |
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Afiliação: |
ROBERTO H. HERAI, IB/UNICAMP; MICHEL E. B. YAMAGISHI, CNPTIA. |
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Título: |
A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 18., 2010, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
P869. PAG-XVIII. |
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Conteúdo: |
Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, just like in the human case, the bovine candidate sequence gene loci had many inverted repeat sequences which may support the conjecture that those sequences may be part of a non-spliceosome mediated trans-splicing mechanism (Di Segni et al.). MenosTrans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, jus... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Algoritmo; Bioinformática. |
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Thesaurus Nal: |
Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/bitstream/doc/868482/1/869.pdf
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Marc: |
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520 $aTrans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, just like in the human case, the bovine candidate sequence gene loci had many inverted repeat sequences which may support the conjecture that those sequences may be part of a non-spliceosome mediated trans-splicing mechanism (Di Segni et al.).
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650 $aBioinformatics
650 $aRNA splicing
653 $aAlgoritmo
653 $aBioinformática
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 2. |  | SANTIAGO, G. G.; SIQUEIRA, F.; SILVA, L. O. C. da; FARIA, F. J. C. Testes de parentesco utilizando polimorfismos de nucleotídeo único em dados simulados. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 11., 2015, Campo Grande, MS. Anais... Campo Grande: Embrapa Gado de Corte, 2015. 114 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 213).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 4. | | SANTIAGO, G. G.; SIQUEIRA, F.; FLORES, F. C.; SILVA, L. O. C. da; FARIA, F. J. C. Diferentes matrizes de parentesco para predição de valores genéticos. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 12., 2016, Campo Grande, MS. Anais... Brasília, DF: Embrapa Gado de Corte, 2016. 112 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 227). Comissão organizadora: Marta Pereira da Silva - Coordenadora; Mateus Figueiredo Santos - Vice-Coordenador; Rodrigo Carvalho Alva - Secretário Executivo e Editoração.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 5. | | SOUSA, I. I.; SIQUEIRA, F.; FERREIRA, A. B. R.; SANTIAGO, G. G.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SOUZA JUNIOR, M. D.; FARIA, F. J. C. Análise funcional de genes associados com espessura de gordura subcutânea em bovinos Canchim. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 13., 2017, Campo Grande, MS. [Anais...] Brasília, DF: Embrapa, 2017. p. 42-43.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 6. | | ALMEIDA, R. G. de; FARIÁ, F. J. C.; SILVA, J. C. B.; SAMPAIO, B. F. B.; SANTOS, M. D. dos; FERNANDES, C. A. C.; COSTA, D. S. Immunodetection of angiotensin converting enzyme in Nelore sperm. Animal Reproduction, v. 13, n. 3, p. 550, Jul./Sept. 2016. Proceedings of the 30th Annual Meeting of the Brazilian Embryo Technology Society (SBTE); Foz do Iguaçu, PR, Brazil, August 25th to 27th, 2016, and 32nd Meeting of the European Embryo Transfer Association (AETE); Barcelona, Spain,...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 7. | | DIAS, A. C.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; NIETO, L. M.; SILVA, L. O. C. da; FARIA, F. J. C. de; VILELA, Y. C. Identificação de animais influentes sobre a população de touros da raça Nelore Padrão com sêmen em central de inseminação. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Inovação científica e tecnológica em zootecnia: anais dos resumos. Maringá: SBZ: UEM, 2009. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 8. | | DIAS, A. C.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; NIETO, L. M.; SILVA, L. O. C. da; FARIA, F. J. C.; VILELA, Y. C. Identificação de animais influentes na população de touros da raça Nelore padrão com sêmen em central de inseminação. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE CORTE,5., 2009, Campo Grande, MS. [Anais da ...]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2009. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 9. | | ANDREUSSI, P. A. T.; COSTA, D. S.; FARIA, F. J. C.; FERNANDES, C. A. C.; SANTOS, M. D.; SILVA, J. C. B. Testicular Histomorphometric Evaluation of Zebu Bull Breeds. Brazilian Archives of Biology and Technology, v. 57, n. 6, p. 900-907, nov. dec. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 10. | | SOUSA, I. I.; SIQUEIRA, F.; SANTOS, L. R. dos; BLECHA, I. M. Z.; ANDREOTTI, R.; FERRAZ, A. L. J.; FARIA, F. J. C. Seleção de genes candidatos relacionados à resistência bovina ao carrapato por meio de genômica funcional. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 15., 2019, Campo Grande, MS. [Resumos dos trabalhos...]. Brasília, DF: Embrapa, 2019 80 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 264). Comitê Organizador: Marlene de Barros Coelho; Lenita Ramires dos Santos; Rodrigo Carvalho Alva; Lucimara Chiari; Thais Basso Amaral. p. 44-45| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 11. | | LIMA, T. P. de C.; FARIA, F. J. C.; JULIANO, R. S.; LANDI, V.; FIORAVANTI, M. C.; EGITO, A. A. do. Otimização e validação de sistema multiplex para genotipagem de SNPs em genes candidatos relacionados a características de interesse econômico. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 11., 2015, Campo Grande, MS. Anais... Campo Grande: Embrapa Gado de Corte, 2015. 114 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 213).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 12. | | VERCESI FILHO, A. E.; MADALENA, F. E.; ALBUQUERQUE, L. G.; FREITAS, A. F. de; BORGES, L. E.; FERREIRA, J. J.; TEODORO, R. L.; FARIA, F. J. C. Parâmetros genéticos entre características de leite, de peso e a idade ao primeiro parto em gado mestiço leiteiro (Bos taurus x Bos indicus). Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 59, n. 4, p. 983-990, ago. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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