BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






Registro Completo
Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  02/12/2010
Data da última atualização:  27/01/2020
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.
Afiliação:  ROBERTO H. HERAI, IB/UNICAMP; MICHEL E. B. YAMAGISHI, CNPTIA.
Título:  A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks.
Ano de publicação:  2010
Fonte/Imprenta:  In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 18., 2010, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010.
Páginas:  Não paginado.
Idioma:  Inglês
Notas:  P869. PAG-XVIII.
Conteúdo:  Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, jus... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Algoritmo; Bioinformática.
Thesaurus Nal:  Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing.
Categoria do assunto:  --
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/91866/1/869.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPTIA15323 - 1UPCPC - DD
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1.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. bayesDNA. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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2.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. FLCDNA2GENOME. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2008. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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3.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. FLCDNA2MRNA. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2008.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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4.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. GCSPR. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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5.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. NGS_KmerFreq. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2011. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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6.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. Mathematical grammar of biology. Switzerland: Springer, 2017. 82 p. il. (Springer briefs in mathematics).
Tipo: Autoria/Organização/Edição de Livros
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7.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. Is our immune system a powerful vaccine factory? Genetics and Molecular Biology, v. 44, n. 1, p.1-2. 2021. Supplement 1, article e20200468. Letter to the Editor.
Tipo: Nota Técnica/Nota Científica
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8.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. HinvClusterFilter. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2008. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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9.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. HinvTissueIdentification. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2008. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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10.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. Projeções ortogonais sobre conjuntos convexos para restauração de imagens comprimidas pelo JPEG. Revista Ciência e Tecnologia, Americana, v. 7, n. 10, p. 55-68, jun. 2004.
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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11.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 18., 2010, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. Não paginado. P869. PAG-XVIII.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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12.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H. Chargaff's "Grammar of Biology": new fractal-like rules. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster P1003.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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13.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H. Chargaff. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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14.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. Detecting evidences of inter-chromosomal trans-spliced genes using a bioinformatic approach. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 4., 2008, Salvador. Proceedings... Salvador: AB³C, 2008. Não paginado. X-meeting 2008.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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15.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. Detection of human interchromosomal trans-splicing in sequence databanks. Briefings in Bioinformatics, London, v. 2, n. 2, p. 198-209, 2010.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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16.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H. FusionFinder. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2009. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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17.Imagem marcado/desmarcadoHONGO, J. A.; YAMAGISHI, M. E. B. gene_name_to_refseq. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2011. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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18.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H. FastaSequenceTools. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2009. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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19.Imagem marcado/desmarcadoVELLOZO, A. F.; YAMAGISHI, M. E. B. FIOMA. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2014. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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20.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; SHIMABUKURO, A. I. Nucleotide frequencies in human genome and Fibonacci numbers. Bulletin of Mathematical Biology, v. 70, n. 3, p. 643-653, Apr. 2008.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Internacional - A
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