BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Pecuária Sudeste.
Data corrente:  04/10/2010
Data da última atualização:  30/08/2013
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  LIU G. E.; HOU, Y. L.; ZHU, B.; CARDONE, M. F.; JIANG, L.; CELLAMARE, A.; MITRA, A.; ALEXANDER, L. J.; COUTINHO. L. L.; DELL'AQUILA, M. E.; GASBARRE, L. C.; LACALANDRA, G.; LI, R. W.; MATUKUMALLI, L. K.; NONNEMAN, D.; REGITANO, L. C. de A.; SMITH, T. P; SONG, J. Z.; SONSTEGARD, T. S.; Van TASSELL, C. P.; VENTURA, M.; EICHLER, E. E.; McDANELD, T. G.; KEELE, J. W.
Afiliação:  GEORGE E. LIU; YALI HOU; BIN ZHU; MARIA FRANCESCA CARDONE; LU JIANG; ANGELO CELLAMARE; APRATIM MITRA; LEESON J. ALEXANDER; LUIZ L. COUTINHO; MARIA ELENA DELL'AQUILA; LOU C. GASBARRE; GIANNI LACALANDRA; ROBERT W. LI; LAKSHMI K. MATUKUMALLI; DAN NONNEMAN; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; TIM P. L. SMITH; JIUZHOU SONG; TAD S. SONSTEGARD; CURT P. Van TASSELL; MARIO VENTURA; EVAN E. EICHLER; TARA G. McDANELD; JOHN W. KEELE.
Título:  Analysis of copy number variations among diverse cattle breeds.
Ano de publicação:  2010
Fonte/Imprenta:  Genome Research, v. 20, n. 5, p. 693-703, 2010
Idioma:  Português
Conteúdo:  Genomic structural variation is an important and abundant source of genetic and phenotypic variation. Here, we describe the first systematic and genome-wide analysis of copy number variations (CNVs) in modern domesticated cattle using array comparative genomic hybridization (array CGH), quantitative PCR (qPCR), and fluorescent in situ hybridization (FISH). The array CGH panel included 90 animals from 11 Bos taurus, three Bos indicus, and three composite breeds for beef, dairy, or dual purpose. We identified over 200 candidate CNV regions (CNVRs) in total and 177 within known chromosomes, which harbor or are adjacent to gains or losses. These 177 high-confidence CNVRs cover 28.1 megabases or similar to 1.07% of the genome. Over 50% of the CNVRs (89/177) were found in multiple animals or breeds and analysis revealed breed-specific frequency differences and reflected aspects of the known ancestry of these cattle breeds. Selected CNVs were further validated by independent methods using qPCR and FISH. Approximately 67% of the CNVRs (119/177) completely or partially span cattle genes and 61% of the CNVRs (108/177) directly overlap with segmental duplications. The CNVRs span about 400 annotated cattle genes that are significantly enriched for specific biological functions, such as immunity, lactation, reproduction, and rumination. Multiple gene families, including ULBP, have gone through ruminant lineage-specific gene amplification. We detected and confirmed marked differences in t... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Gene-expression; Genome-wide association; Inbred mouse strains; Segmental duplications; Structural variation.
Categoria do assunto:  G Melhoramento Genético
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CPPSE19517 - 1UPCSP - PPPROCI-2010.00077LIU2010.00077

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1.Imagem marcado/desmarcadoANDREOTE, A. P. D.; ROSÁRIO, M. F. do; LEDUR, M. C.; JORGE, E. C.; SONSTEGARD, T. S.; MATUKUMALLI, L.; COUTINHO, L. L. Identification and characterization of microRNAs expressed in chicken skeletal muscle. Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 1, p. 1465-1479, 2014.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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2.Imagem marcado/desmarcadoBENAVIDES, M. V.; ECHEVARRIA, F. A. M.; SONSTEGARD, T. S.; TASSEL, C. P. V.; GASBARRE, L. C. Validation of genomic regions influencing nematode resistance in a Bos taurus x Bos indicus cross population. In: AMERICAN ASSOCIATION OF VETERINARY PARASITOLOGISTS ANNUAL MEETING, 50., 2005, Minneapolis. Proceedings... Minneapolis: AAVP, 2005. p. 56. Resumo 45.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul.
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3.Imagem marcado/desmarcadoBENAVIDES, M. V.; ECHEVARRIA, F. A. M.; SONSTEGARD, T. S.; VAN TESSEL, C. P.; GASBARRE, L. C. Genetic variability of a Bos taurus x Bos indicus cross population and validation of genomic regions influencing nematode resistance. In: SIMPOSIO DE RECURSOS GENETICOS PARA AMERICA LATINA Y EL CARIBE, 5., 2005, Montevideo, Uruguay. Resumenes... Montevideo: INIA :Facultad de Agronomía de la Universidad de la República, 2005. p. 105 SIRGEALC. Resumo 305.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul.
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4.Imagem marcado/desmarcadoBENAVIDES, M. V.; SONSTEGARD, T. S.; KEMP, S.; MUGAMBI, J. M.; GIBSON, J. P.; BAKER, R. L.; HANOTTE, O.; MARSHALL, K.; VAN TASSELL, C. Identification of novel loci associated with gastrointestinal parasite resistance in a Red Maasai x Dorper backcross population. Plos One, v. 10, n. 4, e0122797, Apr. 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Pesca e Aquicultura.
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5.Imagem marcado/desmarcadoBENAVIDES, M. V.; SONSTEGARD, T. S.; VAN TASSELL, C. Genomic regions associated with sheep resistance to gastrointestinal nematodes. Trends in Parasitology, Oxford, v. 32, n. 6, p. 470-480, June 2016.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Pesca e Aquicultura.
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6.Imagem marcado/desmarcadoDECKER, J. E.; PIRES, J. C.; CONANT, G. C.; MCKAY, S. D.; HEATON, M. P.; CHEN, K.; COOPER, A.; VIKKI, J.; SEABURY, C. M.; CAETANO, A. R.; JOHNSON, G. D.; BRENNEMAN, R. A.; HANOTTE, O.; EGGERT, L. S.; WIENER, P.; KIM, J.-J.; KIM, K. S.; SONSTEGARD, T. S.; TASSELL, C. P. V.; NEIBERGS, H. L.; MCEWAN, J. C.; BRAUNING, R.; COUTINHO, L. L.; BABAR, M. E.; WILSON, G. A.; MCCLURE, M. C.; ROLF, M. M.; KIM, J. W.; SCHNABEL, R. D.; TAYLOR, J. F. Resolving the evolution of extant and extinct ruminants with hith-throughput phylogenomics. Proceedings of the National Academy of Sciences, v. 106, n. 44, p. 18644-18649, 2009
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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7.Imagem marcado/desmarcadoDECKER, J. E.; PIRES, J. C.; CONANT, G. C.; MCKAY, S. D.; HEATON, M. P.; VILKKI, J.; CHEN, K.; COOPER, A.; SEABURY, C. M.; CAETANO, A. R.; JOHNSON, G. S.; BRENNEMAN, R. A.; HANOTTE, O.; COUTINHO, L. L.; BABAR, M. E.; EGGERT, L. S.; WIENER, P.; KIM, J.-J.; KIM, K. S.; SONSTEGARD, T. S.; TASSELL, C. P. van; NEIBERGS, H. L.; SCHNABEL, R. D.; TAYLOR, J. F. Divergence times and signatures of selection from phylogenomic analysis of Pecoran species. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOMES CONFERENCE, 17., 2009, San Diego, CA. [Proceedings...]. [S. l.: s.n.], 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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8.Imagem marcado/desmarcadoGARCIA, J. F.; CARMO, A. S. DO; UTSUNOMIYA, Y. T.; NEVES, H. H. DE R.; CARVALHEIRO, R.; TASSELL, C. V.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B. How bioinformatics enables livestock applied sciences in the genomic era. Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB, 2012, Heidelberg. Anais...
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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9.Imagem marcado/desmarcadoGASPARIN, G.; MIYATA, M.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ, M. L.; TEODORO, R. L.; FURLONG, J.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B. da; SONSTEGARD, T. S.; REGITANO, L. C. de A. Mapping of quatitative trait loci controlling tick [Riphicephalus (Boophilus) microplus] resistance on bovine chromosomes 5, 7 and 14. Animal Genetics, Oxford, v. 38, p. 453-459, 2007.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Internacional - A
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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10.Imagem marcado/desmarcadoGASPARIN, G.; MIYATA, M.; COUTINHO, M. L.; MARTINEZ, M. L.; TEODORO, R. L.; FURLONG, J.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; SONSTEGARD, T. S.; REGITANO, L. C. de A. Mapping of quantitative trait loci controlling tick Riphicephalus ( Boophilus) microplus] resistance on bovine chromosomes 5, 7, and 14. Animal Genetics, v. 38, p. 453-459, 2007.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Internacional - A
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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11.Imagem marcado/desmarcadoKIM, E. S.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B.; GASBARRE, L. C.; TASSEL, C. P. V. Genome-wide scan of gastrointestinal nematode resistance in closed Angus population selected for minimized influence of MHC. PLoS One, v. 10, n. 3, 2015. 18 p.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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12.Imagem marcado/desmarcadoKIM, E. S.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B.; GASBARRE, L. C.; VAN TASSELL, C. P. Identification of quantitative trait loci affecting gastrointestinal parasite resistance in an experimental Angus population. Animal Genetics, 2013. Dec 5. doi: 10.1111/age.12101
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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13.Imagem marcado/desmarcadoLIU G. E.; HOU, Y. L.; ZHU, B.; CARDONE, M. F.; JIANG, L.; CELLAMARE, A.; MITRA, A.; ALEXANDER, L. J.; COUTINHO. L. L.; DELL'AQUILA, M. E.; GASBARRE, L. C.; LACALANDRA, G.; LI, R. W.; MATUKUMALLI, L. K.; NONNEMAN, D.; REGITANO, L. C. de A.; SMITH, T. P; SONG, J. Z.; SONSTEGARD, T. S.; Van TASSELL, C. P.; VENTURA, M.; EICHLER, E. E.; McDANELD, T. G.; KEELE, J. W. Analysis of copy number variations among diverse cattle breeds. Genome Research, v. 20, n. 5, p. 693-703, 2010
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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14.Imagem marcado/desmarcadoLIU, G. E.; LI, R. W.; SONSTEGARD, T. S.; MATUKUMALLI, L. K.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P. Characterization of a novel microdeletion polymorphism on BTA5 in cattle. Animal Genetics v. 39 p. 655-658
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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15.Imagem marcado/desmarcadoMCCLURE, M. C.; SONSTEGARD, T. S.; WIGGANS, G.; EENENNAAM, A. L. V.; WEBER, K. L.; PENEDO, C. T.; BERRY, D. P.; FLYNN, J.; GARCIA, J. F.; CARMO, A. S.; REGITANO, L. C. A.; SOUZA, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; COFFEY, M.; MOORE, K.; BOSCHER, M. Y.; GENESTOUT, L.; MAZZA, R.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; MACHADO, M. A.; SIMPSON, B.; MCEWAN, J. C.; CROMIE, A.; COUTINHO, L. L.; KUEHN, L. A.; KEELE, J. W.; PIPER, E. K.; COOK, J.; MARQUES, E.; TASSELL, C. P. V. Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple bos taurus and bos indicus breeds. In: Annual International Plant and Animal Genome Conference, 21., 2013, San Diego. Abstracts...
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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16.Imagem marcado/desmarcadoMcCLURE, M. C.; SONSTEGARD, T. S.; WIGGANS, G. R.; EENENNAAM, A. L. V.; WEBER, K. L.; PENEDO, C. T.; BERRY, D. P.; FLYNN, J.; GARCIA, J. F.; CARMO, A. S.; REGITANO, L. C. de A.; ALBUQUERQUE, M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; COFFEY, M.; MOORE, K.; BOSCHER, M. Y.; GENESTOUT, L.; MAZZA, R.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; SIMPSON, B.; MARQUES, E.; McEWAN, J. C.; CROMIE, A.; COUTINHO, L. L.; KUEHN, L. A.; KEELE, J. W.; PIPER, E. K.; COOK, J.; WILLIAMS, R.; TASSELL, C. P. V. Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple Bos taurus and Bos indicus breeds. Frontiers in Genetics, v. 4, n. 176, 2013. 11 p.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 2
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17.Imagem marcado/desmarcadoMIYATA, M.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ. M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; CAMPOS, A. L.; SONSTEGARD, T. S.; REGITANO, L. C. de A. Caracterização genética de uma população experimental F2 usando marcadores moleculares no cromossomo 14 ( BTA 14) de bovinos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA , 51., 2005, Águas de Lindóia. Lindóia: SBG, 2005. p. 364
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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18.Imagem marcado/desmarcadoMIYATA, M.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ, M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B. da; CAMPOS, A. L.; SONSTEGARD, T. S.; ROSÁRIO, M. F. do; REGITANO, L. C. de A. Quantitative trait loci (QTL) mapping for growth traits on bovine chromosome 14. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 2, p. 364-369, 2007.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Internacional - A
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste.
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19.Imagem marcado/desmarcadoMYTATA, M.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ, M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B. da; CAMPOS, A. L.; SONSTEGARD, T. S.; REGITANO, L. C. de A. Mapeamento de QTLS para peso ao nascimento no cromossomo 14 de bovinos In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 42., 2005, Goiânia. A Produção animal e o foco no agronegócio: anais. Goiânia: SBZ, 2005. 1 CD-ROM.
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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20.Imagem marcado/desmarcadoNEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Genetics Selection Evolution, v. 46, n. 17, 2014. 13 p. Article n. 17.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 4
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