BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Informática Agropecuária.
Data corrente:  25/04/2006
Data da última atualização:  17/01/2020
Autoria:  SANTOS, M. T.; FERRAZ, L. F. C.; REIS, F. C.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G.; OTTOBONI, L. M. M.
Afiliação:  CBMEG/Unicamp; CBMEG/Unicamp; CBMEG/Unicamp; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; GORAN NESIC, CNPTIA; CBMEG/Unicamp.
Título:  Análise estrutural e funcional da proteína CMP quinase de Acidithiobacillus ferrooxidans.
Ano de publicação:  2005
Fonte/Imprenta:  In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia. Resumos... Águas de Lindóias: SBG, 2005.
Páginas:  p. 1075.
ISBN:  85-89109-05-4
Idioma:  Português
Notas:  Na publicação: Falcão, PK.
Conteúdo:  Acidithiobacilius ferrooxidans é uma bactéria Gram-negativa de grande importância econômica, envolvida na biolixiviação de metais. A biolixiviação pode ser afetada por vários fatores dentre eles, alterações no pH ótimo de cultivo da bactéria (pH 1,8). Curvas de crescimento e experimentos de respirometria mostraram que tanto o crescimento quanto o consumo de oxigênio são afetados quando a bactéria é cultivada em pH 1,2 e 3,0. A análise da expressão diferencial de genes através de RAP-PCR (RNA arbitrarily primed polymerase chain reaction), utilizando RNA isolado de células cultivadas em diferentes pHs, permitiu o isolamento de um cDNA com expressão mais acentuada em pH 1,8. A seqüência deste cDNA apresentou similaridade com o gene cmk que codifica a enzima citosina monofosfato quinase (CMP quinase). Esta enzima é essencial para o crescimento da bactéria pois catalisa a fosforilação de nucleosídeos monofosfato (preferencialmente citosina - CMP), passo indispensável na síntese de ácidos nucléicos. A seqüência completa do gene foi obtida com base no genoma não anotado de Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC23270 (www.tigr.com). Uma busca por estruturas que poderiam ser utilizadas na modelagem desta proteína foi realizada no banco de dados de estruturas de proteínas (PDB-Protein Data Bank). Como resultado obtivemos duas estruturas, uma CMP quinase complexada com substrato e outra em sua forma livre, ambas com identidade superior a 55%. Utilizando o programa de modelagem MODELLER fo... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Biolixiviação de metais; Proteína CMP quinase.
Thesagro:  Bactéria.
Thesaurus Nal:  Acidithiobacillus ferrooxidans.
Categoria do assunto:  --
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Registro original:  Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA)
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1.Imagem marcado/desmarcadoFALCÃO, P. R. K.; HERAI, R. H. FOC-Control. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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2.Imagem marcado/desmarcadoFALCÃO, P. R. K.; HERAI, R. H. Foc-Web. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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3.Imagem marcado/desmarcadoCAMINHA, I. P.; FALCAO, P. R. K. Estudos estruturais das enzimas envolvidas com o mecanismo de produção de ácidos orgânicos da bactéria G. Diazotrophicus utilizando métodos computacionais. Campinas: EMBRAPA-CNPTIA, 2009. Trabalho apresentado na V Mostra de Trabalhos de Estagiários e Bolsistas, Campinas, out. 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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4.Imagem marcado/desmarcadoMORETTI, L.; FALCÃO, P. R. K. Incorporação do Redmine como ferramenta de gestão dos processos do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 10., 2014, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 13-16.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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5.Imagem marcado/desmarcadoFALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Multilab bioinformática: laboratório avançado multiusuário de bioinformática da Embrapa. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 folder.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
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6.Imagem marcado/desmarcadoFALCAO, P. R. K.; TEIXEIRA, K. R. dos. Evaluation of point mutation in genes related to ketogluconic acid production by Gluconacetobacter diazotrophicus. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 4., 2008, Salvador. Proceedings... Salvador: AB³C, 2008. Não paginado. X-Meeting 2008.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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7.Imagem marcado/desmarcadoFALCÃO, P. R. K.; TEIXEIRA, K. R. dos S. Evaluation of point mutation in genes related to ketogluconic acid production by Gluconacetobacter diazotrophicus. X-MEETING INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C , 4., 14 a 16 de setembro de 2008, Salvado, BA. Resumos... Salvador, BA, 2008.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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8.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, E. H. dos; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G. VPRO - um identificador de padrões de seqüências. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 6 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 81). Acesso em: 28 maio 2008.
Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações TécnicasCirculação/Nível: -- - --
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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9.Imagem marcado/desmarcadoRIBEIRO, C.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G.; SANTORO, M. Serine proteases analysis based on phylogenetic trees constructed from the sequence and structure alignments. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-48. Na publicação: Paula Kuser.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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10.Imagem marcado/desmarcadoBRANDÃO, M. M.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Structural parameters to filter crucial catalytic site aminoacids from fructose 1,6-bisphosphate aldolase. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-21. Na publicação: Paula R. Kuser.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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11.Imagem marcado/desmarcadoGIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B. An approach based on gene co-expression in searching for genes involved in bovine tick-resistance. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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12.Imagem marcado/desmarcadoJESUS, K. R. E. de; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. The Cry 1Ac protein from Bacillus thuringiensis and its structure stability centers. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. Na publicação: Paula Kuser. Poster I-47. ISMB, X-MEETING 2006.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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13.Imagem marcado/desmarcadoMANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G. Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2003. 8 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado Técnico, 59). Acesso em: 30 maio 2008.
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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14.Imagem marcado/desmarcadoBAMBINI, M. D.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; OLIVEIRA, F. S. de. Emerging biotechnologies: bioinformatics services applied to agriculture. In: CONGRESSO LATINO-IBEROAMERICANO DE GESTÃO DA TECNOLOGIA, 16., 2015, Porto Alegre. Inovação para além da tecnologia: anais. Porto Alegre: Universidade Federal do Rio Grande do Sul, 2015. Não paginado. Altec 2015.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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15.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; VIEIRA, F. D.; HERAI, R. H. An indirect evidence of the Fibonacci String model for DNA repetitive sequence growth. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 3., 2007, São Paulo. Proceedings... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. p. 58. X-Meeting 2007.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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16.Imagem marcado/desmarcadoJESUS, K. R. E. de; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Structural analyses of CRY 1Ac protein from Bacillus thuringiensis. In: X-MEETING INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu/MG. Presented posters. Caxambu/MG: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 133.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Meio Ambiente.
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17.Imagem marcado/desmarcadoCAMINHA, I. P.; FALCAO, P. R. K.; TEIXEIRA, K. R. dos S. Structural studies gluconate 5-dehydrogenase from gluconacetobacter diazotrophicus. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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18.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, M. T.; FERRAZ, L. F. C.; REIS, F. C.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G.; OTTOBONI, L. M. M. Análise estrutural e funcional da proteína CMP quinase de Acidithiobacillus ferrooxidans. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia. Resumos... Águas de Lindóias: SBG, 2005. p. 1075. Na publicação: Falcão, PK.
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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19.Imagem marcado/desmarcadoFALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; NESHICH, G. Identification of folding essential residues by looking at an extensive DB of the structure descriptors in Diamond STING. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 13., 2005, Detroit. Program... Detroit: ISCB, 2005. p. 71. Poster A-47. Na publicação: Paula Kuser; Michel Yamagishi; Adauto Mancini; Roberto Higa; Goran Neshich.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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20.Imagem marcado/desmarcadoGUELFI, A.; CHABREGAS, S. M.; FALCO, M. C.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G.; AZEVEDO, R. A. Molecular dynamics analysis of glutathione transferases sugarcane mutants and their interactions with atrazine. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 94. X-meeting 2005. Presented posters.
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