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Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  22/12/2009
Data da última atualização:  15/01/2020
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  VIEIRA, F. D.; AGOSTINHO, G. C.; REGITANO, L. C. A.; YAMAGISHI, M. E. B.
Afiliação:  FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; GILBERTO CESAR AGOSTINHO, CPPSE; LUCIANA CORREIA ALMEIDA REGITANO, CPPSE; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA.
Título:  Database modeling and web interface system: on-line genomic association studies.
Ano de publicação:  2009
Fonte/Imprenta:  In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009.
Páginas:  Não paginado.
Idioma:  Inglês
Notas:  X-Meeting 2009.
Conteúdo:  Animal selection is an important phase of any animal breeding program. However, if the selection is not based on easily observable (or measurable) traits, then selection is much tricker. One alternative is to use Marker Assisted Selection (MAS), where genetic markers are positively associated with the desired traits (Duran et al., 2009). MAS has been powered by the advent of large scale SNP genotyping technologies which produces thousands (even millions) of markers in a single chip. However, this huge number of genetic markers brings new challenges to the international scientfic community such as database modeling and the development of association analysis tools capable of dealing with greatly increased volume of information (LaFramboise, 2009). Although no format files are widely accepted as standard and the major commercial SNP chip companies (Affymatrix, Illumina) release their results through flat files, some important whole genome association analysis freeware softwares adopt .PED and .MAP format files as input. In this work, we present a database model and a Web parser system that reads flat files (Illumina, Affymetrix) and generates corresponding .PED and .MAP format files. Furthermore, through the Web interface it is possible to run PLINK (Purcell et al., 2007) routines such as some statistical and association analysis. Noteworthy that the database model was designed in order to speed up all the tasks and turn possible to run online any of the implemented routines.
Palavras-Chave:  Bioinformática; Marcadores genéticos; Marker Assisted Selection (MAS); Modelagem de dados; Sistema de interface web.
Thesaurus Nal:  Bioinformatics; Genetic markers; Models.
Categoria do assunto:  X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
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CNPTIA14371 - 2UPCRA - DD
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1.Imagem marcado/desmarcadoMEHTA, Y. R.; REIS, A. M. dos. Variabilidade genética entre isolados de Colletotrichum gossipii do algodoeiro. Summa Phytopathologica, Botucatu, v. 32, p. 9-10, feb. 2006. Suplemento: resumos dos trabalhos apresentados no: CONGRESSO PAULISTA DE FITOPATOLOGIA, 29., 2006, Botucatu.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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2.Imagem marcado/desmarcadoMEHTA, Y. R.; REIS, A. M. dos. Variabilidade genética entre isolados de Colletotrichum gossypii do algodoeiro. Summa Phytopathologica, v. 36, n. 1, jan./mar., 2010.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 2
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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3.Imagem marcado/desmarcadoREIS, A. M. dos; LÓPEZ-MAURY, L.; FLORENCIO, F. J. Proteomic pattern alterations of the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 in response to cadmium, nickel and cobalt. Journal of Proteomics, v. 102, p.98-112, 2014.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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4.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, A. C. da; REIS, A. M. dos; MARTINS, N. F. Análise in silico de genes de Caseín0-quinases tipo I e II de Coffea arabica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007. Biotecnologia aplicada à cadeia agroindustrial do café.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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5.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, A. C. da; REIS, A. M. dos; MARTINS, N. F. Análise in silico de genes de Caseíno-quinases tipo I e II de Coffea arabica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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6.Imagem marcado/desmarcadoVILLETH, G. R. C.; SATO, J. H.; TEIXEIRA, J. B.; REIS, A. M. dos. Análise proteômica de embriões somáticos em Coffea arabica cv. mundo novo. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 014.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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7.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, R. de C.; SILVA, L. P. da; REIS, A. M. dos; PEREIRA, J. E. S. Análise proteômica de etapas envolvidas com a indução da embriogênese somática em dendezeiro (Elaeis guineensis JACQ.) a partir de embriões zigóticos. In: CCONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 18.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 5., 2011, Joinville, SC. Inovar com sustentabilidade: anais. Itajaí, SC: ABCTP: SBFP, 2011. Na publicação: Angela Mehta Reis; Jonny Everson Scherwinski-Pereira.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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8.Imagem marcado/desmarcadoVILLETH, G. R. C.; SATO, J, H.; TEIXEIRA, J. B.; REIS, A. M. dos. Proteomic analysis of somatic embryogenesis in coffee. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 335.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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9.Imagem marcado/desmarcadoGUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M.; REIS, A. M. dos; ARAUJO, A. C. G. de. Functional genomics in peanut wild relatives. In: VARSHNEY, R.; PANDEY, M.; PUPPALA, N. (Ed.) The peanut genome: compendium of plant genomes. Cham, Switzerland: Springer, 2017. 149-164 Na publicação: A. Mehta; A.C.G. Araujo.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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10.Imagem marcado/desmarcadoSATO, J. H.; SILVA, M. S.; CAMPOS, M. A.; SA, M. F. G. de; REIS, A. M. dos. Análise in silico de genes potencialmente envolvidos na reação de hipersensibilidade em Coffea arabica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007. 1 CD-ROM. 5 p.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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11.Imagem marcado/desmarcadoCARMO, L. S. T.; RIBEIRO, D. G.; BARBOSA, E. A.; SILVA, L. P. da; REIS, A. M. dos. MALDI-MSI method for the detection of large biomolecules in plant leaf tissue. Journal of Plant Science and Phytopathology, v. 5, p. 58-61, 2021 Na publicação: Luciano P. Silva; Angela Mehta.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: C - 0
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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12.Imagem marcado/desmarcadoNOGUEIRA, M. P.; FONTENELE, R. S.; LACORTE, C. C.; RIBEIRO, S. da G.; REIS, A. M. dos. Proteômica de folhas de tomate (Solanum lycopersicum) inoculadas com Tomato chlorotic mottle virus (ToCMoV). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 029. p. 65
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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13.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, S. G. da; PAES, N. S.; SA, M. F. G. de; BRASILEIRO, A. C. M.; REIS, A. M. dos. Validation of the differential expression of genes involved in cotton resistance to Meloidogyne Incógnita by RT-QPCR. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 263.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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14.Imagem marcado/desmarcadoSATO, J. H.; TEIXEIRA, J. B.; EIRA, M. T. S. da; FRANCO, O. L.; REIS, A. M. dos. Comparative proteomic analysis of Coffea arabica somatic embryos in the different stages of embryogenesis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22., 2008, Campinas.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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15.Imagem marcado/desmarcadoTONIETTO, A.; PETRIZ, B. A.; ARAÚJO, W. C.; REIS, A. M. dos; MAGALHÃES, B. S.; FRANCO, O. L. Comparative proteomics between natural Microcystis isolates with a focus on microcystin synthesis. Proteome Science, v. 10, 2012. Article 38. (Open Access).
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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16.Imagem marcado/desmarcadoSANTANA, C. G.; ANDRADE, R. V.; SARAIVA, M. A. P.; SILVA, F. R.; BRASILEIRO, A. C. M.; SA, M. F. G. de; REIS, A. M. dos. Análise da expressão gênica diferencial de Vigna unguiculata (feijão-de-corda) por macroarranjo de dna. In : ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 12., 2007, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 49.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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17.Imagem marcado/desmarcadoRABELLO, F. R.; CARAZZOLLE, M. F.; MARTINS, N. F.; CAMPOS, M. A.; SILVA, M. S.; SILVA, A. C.; REIS, A. M. dos. Análise in silico de genes de defesa do café expressos em ramos infectados por Xylella fastidiosa. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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18.Imagem marcado/desmarcadoCARMO, L. S. T.; LACORTE, C. C.; FONTENELE, R. S.; RESENDE, R. O.; SILVA, L. P. da; BLOCH JUNIOR, C.; RIBEIRO, S. da G.; REIS, A. M. dos. Análise de proteínas diferencialmente expressas em tomateiro resistente à begomovirus. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 010.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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19.Imagem marcado/desmarcadoKOSHINO, L. L.; ANDRADE, A. E.; SILVA, L. P. da; BLOCH JUNIOR, C.; FRANCO, O. L.; EIRA, M. T. S. da; TEIXEIRA, J. B.; REIS, A. M. dos. Análise proteômica de embriões zigóticos e endosperma em sementes de Coffea arabica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
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20.Imagem marcado/desmarcadoCARMO, L. S. T.; RESENDE, R. O.; SILVA, L. P. da; BLOCH JUNIOR, C.; RIBEIRO, S. da G.; REIS, A. M. dos. Análise proteômica de Nicotiana benthamiana inoculada com o vetor viral PVX contendo o fator de patogenicidade ac2 de begomovírus. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 015.
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