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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
06/08/2008 |
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Data da última atualização: |
05/02/2025 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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Autoria: |
TOGAWA, R. C.; RIBEIRO, C.; MAZONI, I.; PELLIGRINELLI, T.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
Roberto Coiti Togawa, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Cristina Ribeiro, UFMG; Ivan Mazoni, Embrapa Informação Tecnógica; Thais Vital Pelligrinelli, Embrapa Informação Tecnógica; José Gilberto Jardine, Embrapa Informação Tecnógica; Goran Neshich, Embrapa Informação Tecnógica. |
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Título: |
The table of interface forming residues as the specificity indicator for serine proteases bound to different inhibitors. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS & COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2008, Georgia. Las Vegas Nevada: CSREA, 2008, p. 811-817. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
BIOCOMP 2008. WORLDCOMP'08 |
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Conteúdo: |
We propose a novel method for defining the exclusive and exhaustive table of serine proteases specificity determining interface forming residues (IFR). The IFR are obtained by "hard body docking" among 73 structurally aligned, sequence wise non redundant, serine protease structures, with 3 inhibitors: ecotine, ovomucoid third domain inhibitor and basic pancreatic trypsin inhibitors. In silico constructed complexes offered a condition for determining which residues are participating, from both enzyme and inhibitor side, in the ensemble of amino acids that upon biding loose contact with a solvent. Our focus is on offering a thorough study on how the specificity is achieved among serine proteases even though they have very little difference in their tertiary structure (specifically if the position of catalytic triad residues is considered). Presented table of serine protease specificity based on IFR position occupation show clear variations among sub families such as: trypsines, chymotrypsines, elastases and thrombines. |
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Palavras-Chave: |
Aminoácidos; Enzyme specificity; Especificidade enzimática; Hard body docking; Interface formando resíduos; Interface forming residues; Proteases de serina. |
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Thesagro: |
Enzima. |
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Thesaurus Nal: |
Enzymes; Serine proteinases. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 02051nam a2200301 a 4500
001 1191302
005 2025-02-05
008 2008 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aTOGAWA, R. C.
245 $aThe table of interface forming residues as the specificity indicator for serine proteases bound to different inhibitors.$h[electronic resource]
260 $aIn: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS & COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2008, Georgia. Las Vegas Nevada: CSREA, 2008, p. 811-817.$c2008
500 $aBIOCOMP 2008. WORLDCOMP'08
520 $aWe propose a novel method for defining the exclusive and exhaustive table of serine proteases specificity determining interface forming residues (IFR). The IFR are obtained by "hard body docking" among 73 structurally aligned, sequence wise non redundant, serine protease structures, with 3 inhibitors: ecotine, ovomucoid third domain inhibitor and basic pancreatic trypsin inhibitors. In silico constructed complexes offered a condition for determining which residues are participating, from both enzyme and inhibitor side, in the ensemble of amino acids that upon biding loose contact with a solvent. Our focus is on offering a thorough study on how the specificity is achieved among serine proteases even though they have very little difference in their tertiary structure (specifically if the position of catalytic triad residues is considered). Presented table of serine protease specificity based on IFR position occupation show clear variations among sub families such as: trypsines, chymotrypsines, elastases and thrombines.
650 $aEnzymes
650 $aSerine proteinases
650 $aEnzima
653 $aAminoácidos
653 $aEnzyme specificity
653 $aEspecificidade enzimática
653 $aHard body docking
653 $aInterface formando resíduos
653 $aInterface forming residues
653 $aProteases de serina
700 1 $aRIBEIRO, C.
700 1 $aMAZONI, I.
700 1 $aPELLIGRINELLI, T.
700 1 $aJARDINE, J. G.
700 1 $aNESHICH, G.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 16 | |
| 5. |  | DERNER, R. B.; CITADIN, C.; ALMEIDA, E. R. P.; MONTE, D. C.; FETT, R. Determinação do perfil de ácidos graxos poliinsaturados das microalgas Chaetoceros Muelleri E Thalassiosira Fluviatilis e confecção de uma biblioteca de cDNA para cada alga. In: ENCONTRO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE MELHORAMENTO DE PLANTAS REGIONAL DF, 1., 2005, Brasília, DF. [Anais...]. Brasília: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. p. 132. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 144).| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | CITADIN, C. T.; ALMEIDA, E. R. P.; DERNER, R. B.; MARTINS, N. F.; MONTE, D. C. Construção de biblioteca de cDNA e clonagem do gene da enzima Ä6-desaturase de ácidos graxos poliinsaturados ômega-3 da microalga marinha Thalassiosira fluviatilis. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 72.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 7. | | CITADIN, C. T.; SANTOS, M. P.; ANDRADE, E. R.; CIPRIANO, T. M.; ARAGÃO, F. J. L. Colorimetric and chlorophyll fluorescence assays for fast detection and selection of transgenic events of cotton, cowpea, soybean and common bean expressing the Atahas gene. Plant Breeding and Biotechnology, v. 10, p. 94-101, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 8. | | ANTONIASSI, R.; FREITAS, S. C.; BIZZO, H. R.; CITADIN, C. T.; MONTE, D. C. Caracterização de germoplasma de banana: Variedade São Tomé. In: ENCONTRO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE MELHORAMENTO DE PLANTAS REGIONAL DF, 1., 2005, Brasília, DF. [Anais...]. Brasília: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. p. 135. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 144). Poster 30.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 9. | | ANTONIASSI, R.; FREITAS, S. C.; BIZZO, H. R.; CITADIN, C. T.; MONTE, D. C. Caracterização de germoplasma de banana: Variedade São Tomé. In: ENCONTRO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE MELHORAMENTO DE PLANTAS REGIONAL DF, 1., 2005, Brasília, DF. [Anais...]. Brasília: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. p. 135. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 144).| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 11. | | MONTEIRO, T. R.; QUEIROZ, L. N.; CABRAL, G. B.; CITADIN, C. T.; SANTOS, M. P.; ARAGÃO, F. J. L. Evaluation of two new promoters to express transgenes stably in lettuce (Lactuca sativa L.). Plant Cell, Tissue and Organ Culture (PCTOC), v. 157, 71, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | ANTONIASSI, R.; FREITAS, S. C. de; PEREIRA, M. E. C; BIZZO, H. R.; CITADIN, C. T.; ALMEIDA, E. R. P.; MONTE, D. C. Caracterização da qualidade dos frutos de banana: variedade São Tomé. In: ENCONTRO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE MELHORAMENTO DE PLANTAS REGIONAL DF, 1., 2005, Brasília, DF. [Anais...]. Brasília: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. p. 134. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 144). Poster 29.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 14. | | ANTONIASSI, R.; FREITAS, S. C.; PEREIRA, M. E. C; BIZZO, H. R.; CITADIN, C. T.; ALMEIDA, E. R. P.; MONTE, D. C. Caracterização da qualidade dos frutos de banana: variedade São Tomé. In: ENCONTRO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE MELHORAMENTO DE PLANTAS REGIONAL DF, 1., 2005, Brasília, DF. [Anais...]. Brasília: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. p. 134. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 144).| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 15. | | CITADIN, C. T.; TUPINAMBÁ, D. D.; COSTA, A. M.; COHEN, K. de O.; PAES, N. S.; SOUSA, H. N. e; FALEIRO, F. G.; CAMPOS, A. V. S.; SANTOS, A. L. de B.; SILVA, K. N. da; FARIA, D. A.; BRANDÃO, L. S. Caracterização físico-química e funcional de polpa de três híbridos comerciais de Passiflora edulis da safra maio/2007 - polpa fresca e após armazenamento. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM. Organizado por Fábio Gelape Faleiro e Austeclínio Lopes de Farias Neto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 16. | | CITADIN, C. T.; TUPINAMBÁ, D. D.; COSTA, A. M.; COHEN, K. de O.; PAES, N. S.; SOUSA, H. N. e; FALEIRO, F. G.; CAMPOS, A. V. S.; SANTOS, A. L. de B.; SILVA, K. N. da; FARIA, D. A.; BRANDÃO, L. S. Caracterização físico-química e funcional de polpa de três híbridos comerciais de Passiflora edulis da safra maio/2007 - polpa fresca e após armazenamento. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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