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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para informações adicionais entre em contato com cnpmf.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
08/02/2024 |
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Data da última atualização: |
08/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ZHANG, S.; YANG, C.; QIU, Y.; LIAO, R.; XUAN, Z.; REN, F.; DONG, Y.; WU, D.; GONZÁLEZ, P. L. R. G.; ASTUA, J. de F.; YANG, H.; ZHOU, C.; CAO, M. |
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Afiliação: |
SONG ZHANG, SOUTHWEST UNIVERSITY; CAIXIA YANG, SHENYANG UNIVERSITY; YUANJIAN QIU, SOUTHWEST UNIVERSITY; RUILING LIAO, SOUTHWEST UNIVERSITY; ZHIYOU XUAN, SOUTHWEST UNIVERSITY; FANG REN, RESEARCH INSTITUTE OF POMOLOGY; YAFENG DONG, RESEARCH INSTITUTE OF POMOLOGY; DI WU, SOUTHWEST UNIVERSITY; PEDRO LUIS RAMOS-GONZÁLEZ, INSTITUTO BIOLÓGICO; JULIANA DE FREITAS ASTUA, CNPMF; HUADONG YANG, HUNAN AGRICULTURAL UNIVERSITY; CHANGYONG ZHOU, SOUTHWEST UNIVERSITY; MENGJI CAO, SOUTHWEST UNIVERSITY. |
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Título: |
Conserved untranslated regions of multipartite viruses: Natural markers of novel viral genomic components and tags of viral evolution. |
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Ano de publicação: |
2024 |
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Fonte/Imprenta: |
Virus Evolution, v. 10, n. 1, p. 1-19, 2024. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1093/ve/veae004 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Viruses with split genomes are classified as being either segmented or multipartite based on whether their genomic segments occur within a single virion or across different virions. Despite variations in number and sequence during evolution, the genomic segments of many viruses are conserved within the untranslated regions (UTRs). In this study, we present a methodology that combines RNA sequencing with iterative BLASTn of UTRs (https://github.com/qq371260/Iterative-blast-v.1.0) to identify new viral genomic segments. Some novel multipartite-like viruses related to the phylum Kitrinoviricota were annotated using sequencing data from field plant samples and public databases. We identified potentially plant-infecting jingmen-related viruses (order Amarillovirales) and jivi-related viruses (order Martellivirales) with at least six genomic components. The number of RNA molecules associated with a genome of the novel viruses in the families Closteroviridae, Kitaviridae, and Virgaviridae within the order Martellivirales reached five. Several of these viruses seem to represent new taxa at the subgenus, genus, and family levels. The diversity of novel genomic components and the multiple duplication of proteins or protein domains within single or multiple genomic components emphasize the evolutionary roles of genetic recombination (horizontal gene transfer), reassortment, and deletion. The relatively conserved UTRs at the genome level might explain the relationships between monopartite and multipartite viruses, as well as how subviral agents such as defective RNAs and satellite viruses can coexist with their helper viruses. MenosAbstract: Viruses with split genomes are classified as being either segmented or multipartite based on whether their genomic segments occur within a single virion or across different virions. Despite variations in number and sequence during evolution, the genomic segments of many viruses are conserved within the untranslated regions (UTRs). In this study, we present a methodology that combines RNA sequencing with iterative BLASTn of UTRs (https://github.com/qq371260/Iterative-blast-v.1.0) to identify new viral genomic segments. Some novel multipartite-like viruses related to the phylum Kitrinoviricota were annotated using sequencing data from field plant samples and public databases. We identified potentially plant-infecting jingmen-related viruses (order Amarillovirales) and jivi-related viruses (order Martellivirales) with at least six genomic components. The number of RNA molecules associated with a genome of the novel viruses in the families Closteroviridae, Kitaviridae, and Virgaviridae within the order Martellivirales reached five. Several of these viruses seem to represent new taxa at the subgenus, genus, and family levels. The diversity of novel genomic components and the multiple duplication of proteins or protein domains within single or multiple genomic components emphasize the evolutionary roles of genetic recombination (horizontal gene transfer), reassortment, and deletion. The relatively conserved UTRs at the genome level might explain the relationships between... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Multipartite viruses; Phylogenetics; Untranslated regions; Virus evolution. |
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Thesagro: |
Vírus. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Biblioteca |
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Cutter |
Registro |
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| Registros recuperados : 13 | |
| 2. |  | ROSA, A. M.; GALARZA, B. P.; MARODIN, G. A. B.; SANTOS, H. P. dos. Manejo de indutores de brotação em vinhedos de 'Merlot' (Vitis vinifera L.) na Região da Campanha Gaúcha. In: CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 15.; CONGRESSO BRASILEIRO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 13., 2015, Bento Gonçalves. Resumos... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho: Associação Brasileira de Enologia, 2015. p. 356 XV Congresso Latino-Americano de Viticultura e Enologia E XIII Congresso Brasileiro de Viticultura e Enologia. Bento Gonçalves-RS, 3 a 7 de Novembro de 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 3. | | BENATI, M. M.; ROSA, A. M.; SANTOS, H. P. dos; SILVA, L. C.; FIALHO, F. B.; MARODIN, G. A. B. Atraso na poda hibernal em "chardonnay" (vitis vinífera L.) como uma alternativa de manejo contra geadas tardias. In: SEMINÁRIO NACIONAL SOBRE FRUTICULTURA DE CLIMA TEMPERADO, 13., 2018. Resumos... São Joaquim, SC: SENAFRUT, 12 a 14 de junho, 2018. p. 129. Agropecuária catarinense, v. 31, n. 2, mai./ago. 20178.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 6. | | ROSA, A. M.; SILVEIRA, T. M. T. da; GIULIANI, J. C.; MARODIN, G. A. B.; SANTOS, H. P. dos. Brotação da variedade Merlot (Vitis vinifera L.) na região da Campanha Gaúcha em função do tipo de poda e doses de cianamida hidrogenada. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA UVA E VINHO, 12., ENCONTRO DE PÓS-GRADUANDOS DA EMBRAPA UVA E VINHO, 8., 2014, Bento Gonçalves. Resumos... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, 2014. p. 50| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 7. | | SILVA, A. M. da; ROSA, A. M. da; KIRINUS, N. W.; LAU, D.; CARNEIRO, A. F.; CESARO JÚNIOR, T. de. Desenvolvimento de um modelo inteligente para identificar e contar insetos em armadilhas adesivas. In: CONFERENCE ON GRAPHICS, PATTERNS AND IMAGENS, 37., 2024. Anais estendidos [...]. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2024.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 8. | | KIRINUS, N. W.; SILVA, A. M. da; ROSA, A. M.; CESARO JÚNIOR, T. de; RIEDER, R.; LAU, D. Desenvolvimento de um software embarcado para detecção de afídeos em imagens digitais. In: MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 19.; MOSTRA DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TRIGO, 16., 2024, Passo Fundo. Resumos [...]. Passo Fundo: Embrapa Trigo, 2024. p. 22. (Embrapa Trigo. Eventos técnicos e científicos, 2).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Trigo. |
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| 9. | | SILVEIRA, T. M. T. da; GIULIANI, J. C.; ROSA, A. M.; SANTOS, H. P. dos; MARODIN, G. A. B. Propriedades físico-químicas da uva e do vinho 'Merlot' a partir de cultivos com diferentes proporções de área foliar por planta na Campanha Gaúcha. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA UVA E VINHO, 12., ENCONTRO DE PÓS-GRADUANDOS DA EMBRAPA UVA E VINHO, 8., 2014, Bento Gonçalves. Resumos... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, 2014. p. 64| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 10. | | ROSA, A. M.; SOUZA, D. A.; HAUBERT, G.; SILVA, L. C. da; FIALHO, F. B.; MARODIN, G. A. B.; SANTOS, H. P. dos. Atraso da poda hibernal em "Chardonnay" e "Pinot Noir" (Vitis vinifera L.) na Serra Gaúcha-RS. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 15., 2017.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUANDOS DA EMBRAPA UVA E VINHO, 11., 2017, Bento Gonçalves. Resumos...Bento Gonçalves, RS: Embrapa Uva e Vinho, 2017. p. 40.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 11. | | ROSA, A. M.; MARODIN, G. A. B.; MARCHI, V. de V.; GALARZA, B. P.; FIALHO, F. B.; SANTOS, H. P. dos. Épocas de poda e uso de cianamida hidrogenada na brotação de videiras "Merlot" (Vitis vinifera L.) na Região da Campanha Gaúcha. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 14. ENCONTRO DE PÓS-GRADUANDOS DA EMBRAPA UVA E VINHO, 10., 2016, Bento Gonçalves. Resumos...Bento Gonçalves, RS: Embrapa uva e Vinho, 2016. p. 16. (Embrapa Uva e Vinho. Documentos 99)| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 12. | | GIULIANI, J. C.; SILVEIRA, T. M. T. da; ROSA, A. M.; SOUZA, P. V. D. de; SANTOS, H. P. dos; MARCHI, V. de V.; SOUZA, D. A. Estimativa da Evapotranspiração de Referência em um vinhedo na Região da Campanha Gaúcha. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA UVA E VINHO, 12., ENCONTRO DE PÓS-GRADUANDOS DA EMBRAPA UVA E VINHO, 8., 2014, Bento Gonçalves. Resumos... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, 2014. p. 51| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 13. | | ANGELO, P. C. da S.; ROSA, A. M.; NAZARENO, A. G.; STEINMACHER, D.; LOPES, R.; CUNHA, R. N. V. da; GUERRA, M. P. Morfo-anatomia e expressão gênica na clonagem de embriões de Elaeis guineensis x E. oleifera. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 18.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 5., 2011, Joinville. Resumos... Joinville: Sociedade Brasileira de Plantas Ornamentais e Associação Brasileira de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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