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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
06/07/2023 |
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Data da última atualização: |
18/07/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
FRANCO, A. L. |
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Afiliação: |
ANA LUIZA FRANCO. |
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Título: |
Genetic characterization of Setaria (Poaceae) populations: cytogenomic and molecular diversity. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
2022. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Genética e Biotecnologia) - Universidade Federal de Juiz de Fora, Juiz de Fora, 2022. Coorientadora: Ana Luísa Sousa Azevedo. |
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Conteúdo: |
As gramíneas são consideradas o grupo mais importante de angiospermas em termos econômicos, sendo largamente distribuídas pelo mundo e com ampla adaptação a diferentes condições ambientais. O avanço nos estudos de tamanho do genoma, citogenética, sequenciamento e bioinformática têm fornecido valiosas informações no campo da genômica. A existência de DNA repetitivo, especialmente os retrotransposons (TEs), contribuem significativamente para a evolução e o funcionamento do genoma assim como para se definir o tamanho do mesmo. Setaria Beauv. (Poaceae) é um gênero de referência na produção de forragem, e vem sendo explorado principalmente devido a sua boa capacidade adaptativa a condições de estresse ambiental por frio, seca ou excesso de umidade. Setaria sphacelata é uma espécie resiliente, com bons rendimentos em terras secas e marginais, porém, pouco se sabe sobre sua constituição genômica. O objetivo deste estudo foi caracterizar o tamanho do genoma de populações do banco de germoplasma de Setaria sphacelata da Embrapa Gado de Leite. Foram analisadas 72 populações coletadas em diferentes regiões do mundo. A citometria de fluxo foi utilizada para a detecção do tamanho do genoma, seguida de contagem cromossômica, hibridização fluorescente in situ e análise meiótica. Além disso, foi analisada pela primeira vez a constituição de elementos repetitivos em S. sphacelata. Tendo em vista a importância dos elementos repetitivos em diferentes processos celulares, utilizou-se o modelo de recursos genéticos vegetal de sequências de DNA e RNA dos bancos de dados para quantificar a proporção de elementos ativos em Setaria viridis, empregando ferramentas de bioinformática. A maioria das populações apresentou indivíduos tetraploides (2n=36) com conteúdo de DNA variando de 3 a 3,7 picogramas. Adicionalmente, diploides (~ 1,6 a 2pg, 2n=18), pentaploides (~4 pg, 2n=45), hexaploides (~ 4,5 pg, 2n=54) e octaploides (~6pg, 2n= 72ca) também foram detectados, porém em baixo número de populações. A maior variação foi encontrada em populações da África do Sul. O mapeamento dos sítios de rDNA 5S e 18S variou entre e dentro dos níveis de ploidia. A meiose regular sugere que a alopoliploidia foi provavelmente uma das etapas da história evolutiva de S. sphacelata. A análise de diversidade genética revelou que S. sphacelata é um complexo com variação intra e principalmente interpopulacional. Diploides parecem ser um grupo distinto baseado em 4 marcadores SSR. Analisando dois acessos diploides de S. sphacelata, detectou-se que os retrotransposons tipo Ty3/Gypsy foram as repetições mais abundantes. No entanto, variações na proporção de sublinhagens Athila e Ogre sugerem diferentes processos de amplificação de repetições durante a evolução do complexo. Sondas satélites mostraram um padrão conservado observado em regiões pericentroméricas. Em relação à expressão de TE em Setaria viridis, as repetições foram mais abundantes em bibliotecas de RNA ribo-depletadas (analisadas em tecidos de caule e coroa) do que em bibliotecas de RNA poly-A (analisadas em tecidos de folhas e inflorescências). A expressão dos TEs foi influenciada pela sua classificação (Ty1/copia mais ativos que Ty3/gypsy), pela sua proporção no genoma, razão GC e similaridade das sequências. Em resumo, o presente estudo fornece uma melhor compreensão da organização genômica, história evolutiva e dinâmica dos elementos repetitivos do gênero Setaria. MenosAs gramíneas são consideradas o grupo mais importante de angiospermas em termos econômicos, sendo largamente distribuídas pelo mundo e com ampla adaptação a diferentes condições ambientais. O avanço nos estudos de tamanho do genoma, citogenética, sequenciamento e bioinformática têm fornecido valiosas informações no campo da genômica. A existência de DNA repetitivo, especialmente os retrotransposons (TEs), contribuem significativamente para a evolução e o funcionamento do genoma assim como para se definir o tamanho do mesmo. Setaria Beauv. (Poaceae) é um gênero de referência na produção de forragem, e vem sendo explorado principalmente devido a sua boa capacidade adaptativa a condições de estresse ambiental por frio, seca ou excesso de umidade. Setaria sphacelata é uma espécie resiliente, com bons rendimentos em terras secas e marginais, porém, pouco se sabe sobre sua constituição genômica. O objetivo deste estudo foi caracterizar o tamanho do genoma de populações do banco de germoplasma de Setaria sphacelata da Embrapa Gado de Leite. Foram analisadas 72 populações coletadas em diferentes regiões do mundo. A citometria de fluxo foi utilizada para a detecção do tamanho do genoma, seguida de contagem cromossômica, hibridização fluorescente in situ e análise meiótica. Além disso, foi analisada pela primeira vez a constituição de elementos repetitivos em S. sphacelata. Tendo em vista a importância dos elementos repetitivos em diferentes processos celulares, utilizou-se o modelo d... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Citogenética; Genética; Gramínea; Poliploidia; Setária. |
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Thesaurus Nal: |
Cytogenetics; Genetics; Grasses. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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500 $aTese (Doutorado em Genética e Biotecnologia) - Universidade Federal de Juiz de Fora, Juiz de Fora, 2022. Coorientadora: Ana Luísa Sousa Azevedo.
520 $aAs gramíneas são consideradas o grupo mais importante de angiospermas em termos econômicos, sendo largamente distribuídas pelo mundo e com ampla adaptação a diferentes condições ambientais. O avanço nos estudos de tamanho do genoma, citogenética, sequenciamento e bioinformática têm fornecido valiosas informações no campo da genômica. A existência de DNA repetitivo, especialmente os retrotransposons (TEs), contribuem significativamente para a evolução e o funcionamento do genoma assim como para se definir o tamanho do mesmo. Setaria Beauv. (Poaceae) é um gênero de referência na produção de forragem, e vem sendo explorado principalmente devido a sua boa capacidade adaptativa a condições de estresse ambiental por frio, seca ou excesso de umidade. Setaria sphacelata é uma espécie resiliente, com bons rendimentos em terras secas e marginais, porém, pouco se sabe sobre sua constituição genômica. O objetivo deste estudo foi caracterizar o tamanho do genoma de populações do banco de germoplasma de Setaria sphacelata da Embrapa Gado de Leite. Foram analisadas 72 populações coletadas em diferentes regiões do mundo. A citometria de fluxo foi utilizada para a detecção do tamanho do genoma, seguida de contagem cromossômica, hibridização fluorescente in situ e análise meiótica. Além disso, foi analisada pela primeira vez a constituição de elementos repetitivos em S. sphacelata. Tendo em vista a importância dos elementos repetitivos em diferentes processos celulares, utilizou-se o modelo de recursos genéticos vegetal de sequências de DNA e RNA dos bancos de dados para quantificar a proporção de elementos ativos em Setaria viridis, empregando ferramentas de bioinformática. A maioria das populações apresentou indivíduos tetraploides (2n=36) com conteúdo de DNA variando de 3 a 3,7 picogramas. Adicionalmente, diploides (~ 1,6 a 2pg, 2n=18), pentaploides (~4 pg, 2n=45), hexaploides (~ 4,5 pg, 2n=54) e octaploides (~6pg, 2n= 72ca) também foram detectados, porém em baixo número de populações. A maior variação foi encontrada em populações da África do Sul. O mapeamento dos sítios de rDNA 5S e 18S variou entre e dentro dos níveis de ploidia. A meiose regular sugere que a alopoliploidia foi provavelmente uma das etapas da história evolutiva de S. sphacelata. A análise de diversidade genética revelou que S. sphacelata é um complexo com variação intra e principalmente interpopulacional. Diploides parecem ser um grupo distinto baseado em 4 marcadores SSR. Analisando dois acessos diploides de S. sphacelata, detectou-se que os retrotransposons tipo Ty3/Gypsy foram as repetições mais abundantes. No entanto, variações na proporção de sublinhagens Athila e Ogre sugerem diferentes processos de amplificação de repetições durante a evolução do complexo. Sondas satélites mostraram um padrão conservado observado em regiões pericentroméricas. Em relação à expressão de TE em Setaria viridis, as repetições foram mais abundantes em bibliotecas de RNA ribo-depletadas (analisadas em tecidos de caule e coroa) do que em bibliotecas de RNA poly-A (analisadas em tecidos de folhas e inflorescências). A expressão dos TEs foi influenciada pela sua classificação (Ty1/copia mais ativos que Ty3/gypsy), pela sua proporção no genoma, razão GC e similaridade das sequências. Em resumo, o presente estudo fornece uma melhor compreensão da organização genômica, história evolutiva e dinâmica dos elementos repetitivos do gênero Setaria.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 8 | |
| 2. |  | FITZJARRALD, D. R.; SAKAI, R. K.; MORAES, O. M. M.; OLIVEIRA, R. C. de; ACEVEDO, O. C.; BELDINI, T. Characteristics of precipitation in the Santarém study region. In: SCIENCE TEAM MEETING, 11., 2007, Salvador. Book of Abstracts... Manaus: LBA-ECO, 2007. Abstract ID: 80. Publicado também on-line.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 3. | | FITZJARRALD, D. R.; MOORE, K. E.; CABRAL, O. M. R.; SCOLAR, J.; MANZI, A. O.; SÁ, L. D. de A. Daytime turbulent exchange between the Amazon forest and the atmosphere. Journal of Geophysical Research, v. 95, n. D10, p. 16825-16838, 1990.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
|  |
| 4. | | FITZJARRALD, D. R.; SAKAI, K. R.; MORAES, O. L. L.; OLIVEIRA JUNIOR, R. C. de; ACEVEDO, O. C.; CZIKOWSKY, M. J.; BELDINI, T. Spatial and temporal rainfall variability near the Amazon-Tapajós confluence. Journal of Geophysical Research: Biogeosciences, v. 113, n. G1, 2008. p. 1-17.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 5. | | CZIKOWSKY, M. J.; FITZJARRALD, D. R.; KRAMER, M. G.; SAKAI, R. K.; OLIVEIRA JÚNIOR, R. C. de; MORAES, O. L. L.; ACEVEDO, O. C. Watershed response to rainfall events in the Santarém region. In: SCIENCE TEAM MEETING, 11., 2007, Salvador. Book of Abstracts... Manaus: LBA-ECO, 2007. Abstract ID: 28. Publicado também on-line.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 6. | | MARTORANO, L. G.; SIVIERO, M. A.; TOURNE, D. C. M.; VIEIRA, S. B.; FITZJARRALD, D. R.; VETTORAZZI, C. A.; BRIENZA JUNIOR, S.; YARED, J. A. G.; MEYERING, E.; LISBOA, L. S. S. Agriculture and forest: A sustainable strategy in the Brazilian Amazon. Australian Journal of Crop Science, v. 10, n. 8, p. 1136-1143, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 7. | | RESTREPO-COUPE, N.; ALBERT, L. P.; LONGO, M.; BAKER, I.; LEVINE, N. M.; MERCADO, L. M.; ARAUJO, A. C. de; CHRISTOFFERSEN, B. O.; COSTA, M. H.; FITZJARRALD, D. R.; GALBRAITH, D.; IMBUZEIRO, H.; MALHI, Y.; RANDOW, C. von; ZENG, X.; MOORCROFT, P.; SALESKA, S. R. Understanding water and energy fluxes in the Amazonia: Lessons from an observation-model intercomparison. Global Change Biology, v. 27, n. 9, p. 1802-1819, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 8. | | RESTREPO-COUPE, N.; ROCHA, H. R. da; HUTYRA, L. R.; ARAUJO, A. C. da; BORMA, L. S.; CHRISTOFFERSEN, B.; CABRAL, O. M. R.; CAMARGO, P. B. de; CARDOSO, F. L.; COSTA, A. C. L. da; FITZJARRALD, D. R.; GOULDEN, M. L.; KRUIJT, B.; MAIA, J. M. F.; MALHI, Y. S.; MANZI, A. O.; MILLER, S. D.; NOBRE, A. D.; RANDOW, C. von; SÁ, L. D. ABREU; SAKAI, R. K.; TOTA, J.; WOFSY, S. C.; ZANCHI, F. B.; SALESKA, S. R. What drives the seasonality of photosynthesis across the Amazon basin: a cross-site analysis of eddy flux tower measurements from the Brasil flux network. Agricultural and Forest Meteorology, v. 182-183, p. 128-144, Dec. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Meio Ambiente. |
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| Registros recuperados : 8 | |
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