BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Gado de Leite.
Data corrente:  03/06/2023
Data da última atualização:  07/06/2023
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  BRAGA, L. G.; CHUD, T. C. S.; WATANABE, R. N.; SAVEGNAGO, R. P.; SENA, T. M.; CARMO, A. S. do; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P.
Afiliação:  LARISSA G. BRAGA, Universidade Estadual Paulista; TATIANE C. S. CHUD, University of Guelph; RAFAEL N. WATANABE, Universidade Estadual Paulista; RODRIGO P. SAVEGNAGO, Michigan State University; THOMAZ M. SENA, Universidade Estadual Paulista; ADRIANA S. DO CARMO, Universidade Federal de Goiás; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; DANISIO P. MUNARI, Universidade Estadual Paulista.
Título:  Identification of copy number variations in the genome of Dairy Gir cattle.
Ano de publicação:  2023
Fonte/Imprenta:  PLoS ONE, v. 18, n. 4, e0284085, 2023.
DOI:  https://doi.org/10.1371/journal.pone.0284085
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Studying structural variants that can control complex traits is relevant for dairy cattle production, especially for animals that are tolerant to breeding conditions in the tropics, such as the Dairy Gir cattle. This study identified and characterized high confidence copy number variation regions (CNVR) in the Gir breed genome. A total of 38 animals were whole-genome sequenced, and 566 individuals were genotyped with a high-density SNP panel, among which 36 animals had both sequencing and SNP genotyping data available. Two sets of high confidence CNVR were established: one based on common CNV identified in the studied population (CNVR_POP), and another with CNV identified in sires with both sequence and SNP genotyping data available (CNVR_ANI). We found 10 CNVR_POP and 45 CNVR_ANI, which covered 1.05 Mb and 4.4 Mb of the bovine genome, respectively. Merging these CNV sets for functional analysis resulted in 48 unique high confidence CNVR. The overlapping genes were previously related to embryonic mortality, environmental adaptation, evolutionary process, immune response, longevity, mammary gland, resistance to gastrointestinal parasites, and stimuli recognition, among others. Our results contribute to a better understanding of the Gir breed genome. Moreover, the CNV identified in this study can potentially affect genes related to complex traits, such as production, health, and reproduction.
Thesagro:  Gado Leiteiro; Genoma.
Categoria do assunto:  --
URL:  https://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/bitstream/doc/1154204/1/Identification-of-copy-number-variations-in-the-genome.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Gado de Leite (CNPGL)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPGL26025 - 1UPCAP - DD
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1.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K.-I.; DIAS, J. do S. A.; DIAS, C. T. dos S.; HONGYU, K. Análise AMMI em caracteres vegetativos de genótipos de bananeiras no Amapá. Revista de Ciências Agrárias, v. 59, n. 1, p. 1-8, jan./mar. 2016.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 2
Biblioteca(s): Embrapa Amapá.
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2.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; FARIAS NETO, J. T. de; HONGYU, K.; CRUZ JÚNIOR, F. de O. Análise multivariada em características vegetativas e reprodutivas em progênies de açaizeiros. Revista Científic@, v. 7, n. 1, p. 1-13, 2020.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 4
Biblioteca(s): Embrapa Amapá.
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3.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; FARIAS NETO, J. T. de; HONGYU, K.; CRUZ JÚNIOR, F. de O. Combinação entre multivariada, dendrograma e GGE Biplot para avaliação em palmeiras de açaí. Revista Arquivos Científicos (IMMES). Macapá, v. 5, n. 1, p. 117-126, 2022.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: C - 0
Biblioteca(s): Embrapa Amapá.
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4.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; HONGYU, K.; VIDAL NETO, F. das C.; BARROS, L. de M. Comportamento de estabilidade e adaptabilidade de clones de cajueiro para características vegetativas e produtivas. Revista de Biologia e Ciências da Terra, v. 19, n. 2, p. 20-29, 2019.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 3
Biblioteca(s): Embrapa Amapá.
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5.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; CRUZ JÚNIOR, F. de O.; HONGYU, K.; FARIAS NETO, J. T. de. Comportamento mensal em progênies de açaizeiro pelo uso combinado de Dendrograma e AMMI. Revista Arquivos Científicos (IMMES), v. 5, n. 1, p. 108-116, 2022.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: C - 0
Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental.
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6.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; HONGYU, K.; CRUZ JÚNIOR, F. de O.; FARIAS NETO, J. T. de. Comportamento de açaízeiros quanto a estabilidade e adaptabilidade pelo uso combinado de multivariada e análise gráfica. Revista de Biologia e Ciências da Terra, v. 24, n. 2, p. 42-54, 2024.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Amapá.
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7.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; HONGYU, K.; CRUZ JÚNIOR, F. de O.; FARIAS NETO, J. T. de. Eficiência do uso simultâneo entre dendrograma e AMMI na seleção de progênies de açaizeiro. Científic@, v. 9, n. 1, p. 1-13, 2022.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 4
Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental.
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8.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; HONGYU, K.; VIDAL NETO, F. das C.; BARROS, L. de M. Estabilidade e adaptabilidade de clones de cajueiro para características vegetativas e produtivas. Revista Cientific@, v. 6, n. 1, p. 55-67, 2019.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 4
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical; Embrapa Amapá.
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9.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; CRUZ JÚNIOR, F. de O.; HONGYU, K; FARIAS NETO, J. T. de. Estabilidade e adaptabilidade pelo uso combinado de dendrograma e AMMI em progênies de açaizeiro. Biota Amazônia, v. 1, n. 1, p. 75-80, 2021.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental.
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10.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; CRUZ JÚNIOR, F. de O.; HONGYU, K.; FARIAS NETO, J. T. de. Desempenho mensal de progênies de açaizeiro utilizando dendrograma e GGE biplot. Científic@: Multidisciplinary Journal, v. 12, n. 2, p. 1-12, 2024.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 4
Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental.
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11.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; FARIAS NETO, J. T. de; HONGYU, K.; CRUZ JÚNIOR, F. de O. Dendrograma e GGE Biplot combinados para identificar estabilidade e adaptabilidade nos meses em açaizeiro. Revista Científica Rural, v. 23, n. 2, p. 44-58, 2021.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 4
Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental.
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12.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; HONGYU, K.; FARIAS NETO, J. T. de; CRUZ JÚNIOR, F. de O. Dendrograma e GGE biplot uma combinação para estudo de estabilidade e adaptabilidade em açaizeiro. Revista de Biologia e Ciências da Terra, v. 20, n. 2, p. 102-112, 2020.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 3
Biblioteca(s): Embrapa Amapá.
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13.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; FARIAS NETO, J. T. de; HONGYU, K.; CRUZ JÚNIOR, F. de O. Seleção de progênies de açaizeiros por análise multivariada e gráfica influenciada pela sazonalidade. Scientia Amazonia, v. 10, n. 4, 2021. CA24-CA38.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 4
Biblioteca(s): Embrapa Amapá.
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14.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; VIDAL NETO, F. das C.; HONGYU, K.; BARROS, L. de M. GGE biplot for stability and adaptability in cashew tree clones. Revista Agro@mbiente On-line, v. 12, n. 3, p. 162-176, 2018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical; Embrapa Amapá.
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15.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; VIDAL NETO, F. das C.; HONGYU, K.; MELO, D. S.; SERRANO, L. A. L. Estabilidade e adaptabilidade de clones de cajueiro para caracteres fenológicos. Agrarian, v. 14, n. 54, p. 412-423, 2021.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 2
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical; Embrapa Amapá.
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16.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; FARIAS NETO, J. T. de; OLIVEIRA, M. do S. P. de; HONGYU, K. Desempenho de progênies de açaizeiro pelo GGE Biplot. Biota Amazônia, v. 10, n. 3, p. 39-45, 2020.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental.
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17.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; HONGYU, K.; FARIAS NETO, J. T. de; OLIVEIRA, M. do S. P. de. Stability and adaptability in assai palm tree progenies by GGE biplot. Revista Cultura Agronômica, v. 29, n. 2, p. 143-156, 2020.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 3
Biblioteca(s): Embrapa Amapá.
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18.Imagem marcado/desmarcadoFARIAS NETO, J. T. de; YOKOMIZO, G. K. I.; OLIVEIRA, M. do S. P. de; HONGYU, K. GGE Biplot para estabilidade e adaptabilidade em progênies de açaizeiro de Anajás, PA. Revista Agro@mbiente On-line, v. 12, n. 1, p. 409-417, jan./mar. 2018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental.
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19.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; HONGYU, K; VIDAL NETO, F. das C.; MELO, D. S.; SERRANO, L. A. L. Graphical analysis to determine the stability and adaptability of yield characteristics of dwarf cashew trees. Revista Agro@mbiente On-line, v. 15, 2021.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical; Embrapa Amapá.
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20.Imagem marcado/desmarcadoYOKOMIZO, G. K. I.; HONGYU, K.; CRUZ JÚNIOR, F. de O.; OLIVEIRA, M. do S. P. de; FARIAS NETO, J. T. de. Comportamento sazonal de açaizeiros identificados por análise multivariada, dendrograma e GGE Biplot. Uniciências, v. 25, n. 2, 2021.
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