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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
28/09/2022 |
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Data da última atualização: |
28/09/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ABREU, V. A. C. de; ALVES, R. M.; SILVA, S. R.; FERRO, J. A.; DOMINGUES, D. S.; MIRANDA, V. F. O.; VARANI, A. M. |
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Afiliação: |
VINICIUS A. C. DE ABREU, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ; RAFAEL MOYSES ALVES, CPATU; SAURA R. SILVA, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; JESUS A. FERRO, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; DOUGLAS S. DOMINGUES, ESCOLA SUPERIOR DE AGRICULTURA LUIZ DE QUEIROZ; VITOR F.O. MIRANDA, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; ALESSANDRO M. VARANI, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA. |
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Título: |
Comparative analyses of Theobroma cacao and T. grandiflorum mitogenomes reveal conserved gene content embedded within complex and plastic structures. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Gene, v. 849, 146904, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.gene.2022.146904 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Unlike the chloroplast genomes (ptDNA), the plant mitochondrial genomes (mtDNA) are much more plastic in structure and size but maintain a conserved and essential gene set related to oxidative phosphorylation. Moreover, the plant mitochondrial genes and mtDNA are good markers for phylogenetic, evolutive, and comparative analyses. The two most known species in Theobroma L. (Malvaceae s.l.) genus are T. cacao, and T. grandiflorum. Besides the economic value, both species also show considerable biotechnology potential due to their other derived products, thus, aggregating additional economic value for the agroindustry. Here, we assembled and compared the mtDNA of Theobroma cacao and T. grandiflorum to generate a new genomics resource and unravel evolutionary trends. Graph-based analyses revealed that both mtDNA exhibit multiple alternative arrangements, confirming the dynamism commonly observed in plant mtDNA. The disentangled assembly graph revealed potential predominant circular molecules. The master circle molecules span 543,794 bp for T. cacao and 501,598 bp for T. grandiflorum, showing 98.9% of average sequence identity. Both mtDNA contains the same set of 39 plant mitochondrial genes, commonly found in other rosid mitogenomes. The main features are a duplicated copy of atp4, the absence of rpl6, rps2, rps8, and rps11, and the presence of two chimeric open-reading frames. Moreover, we detected few ptDNA integrations mainly represented by tRNAs, and no viral sequences were detected. Phylogenomics analyses indicate Theobroma spp. are nested in Malvaceae family. The main mtDNA differences are related to distinct structural rearrangements and exclusive regions associated with relics of Transposable Elements, supporting the hypothesis of dynamic mitochondrial genome maintenance and divergent evolutionary paths and pressures after species differentiation. MenosUnlike the chloroplast genomes (ptDNA), the plant mitochondrial genomes (mtDNA) are much more plastic in structure and size but maintain a conserved and essential gene set related to oxidative phosphorylation. Moreover, the plant mitochondrial genes and mtDNA are good markers for phylogenetic, evolutive, and comparative analyses. The two most known species in Theobroma L. (Malvaceae s.l.) genus are T. cacao, and T. grandiflorum. Besides the economic value, both species also show considerable biotechnology potential due to their other derived products, thus, aggregating additional economic value for the agroindustry. Here, we assembled and compared the mtDNA of Theobroma cacao and T. grandiflorum to generate a new genomics resource and unravel evolutionary trends. Graph-based analyses revealed that both mtDNA exhibit multiple alternative arrangements, confirming the dynamism commonly observed in plant mtDNA. The disentangled assembly graph revealed potential predominant circular molecules. The master circle molecules span 543,794 bp for T. cacao and 501,598 bp for T. grandiflorum, showing 98.9% of average sequence identity. Both mtDNA contains the same set of 39 plant mitochondrial genes, commonly found in other rosid mitogenomes. The main features are a duplicated copy of atp4, the absence of rpl6, rps2, rps8, and rps11, and the presence of two chimeric open-reading frames. Moreover, we detected few ptDNA integrations mainly represented by tRNAs, and no viral sequences were ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Genoma; Horticultura; Malvaceae; Theobroma Cacao; Theobroma Grandiflorum. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 16 | |
| 1. |  | BUENO, G. W.; BUREAU, D.; SKIPPER-HORTON, J. O.; ROUBACH, R.; MATOS, F. T. de; BERNAL, F. E. M. Mathematical modeling for the management of the carrying capacity of aquaculture enterprises in lakes and reservoirs. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 52, n. 9, p. 695-706. ago. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 2. | | BUENO, G. W.; FEIDEN, A.; ROUBACH, R.; MATOS, F. T. de; KLEIN, S.; BOSCOLO, W. R. Different sources of phosphorus supplementation and its excretion by Nile tilapia juveniles (Oreochromis niloticus). Pan-American Journal of Aquatic Sciences, v. 11, n. 2, p. 151-158, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 3. | | BUENO, G. W.; LEMAINSKI, D.; ROUBACH, R.; MATOS, F. T. de; AZEVEDO, D. B. de; MATTOS, B. O. Inserção econômica e produtiva da aquicultura familiar em águas públicas brasileiras: um olhar sobre o desenvolvimento sustentável. Revista em Agronegócios e Meio Ambiente, v. 7, n. 2, p. 475-496, maio/ago. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 4. | | BUENO, G. W.; MATOS, F. T. de; CANZI, C.; OSTRENSKY, A.; SAMPAIO, M. B.; BARONE, R. S. C.; ROUBACH, R. A capacidade de suporte: produção de peixes cultivados em reservatórios: bases conceituais (Parte I). Panorama da Aqüicultura, Rio de Janeiro, n. 126, p. 48-63, jul./ago. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 5. | | BUENO, G. W.; MATOS, F. T. de; CANZI, C.; OSTRENSKY, A.; SAMPAIO, M. B.; BARONE, R. S. C.; ROUBACH, R. A capacidade de suporte: produção de peixes cultivados em reservatórios: ferramentas utilizadas na estimativa da capacidade de suporte (Parte II). Panorama da Aqüicultura, Rio de Janeiro, n. 127, p. 30-37, set./out. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 7. | | BUENO, G. W.; ROUBACH, R.; BERNAL, F. E. M.; GODOY, E. M.; MATOS, F. T.; VALENTI, W. C. Aquability - metodologia para determinação de resíduos e gestão da capacidade de suporte para produção de pescados em reservatórios. In: SAMPAIO, F. G.; SILVA, C. M. da; TORIGOI, R. H.; MIGNANI, L.; PACKER, A. P. C.; MANZATTO, C. V.; SILVA, J. L. da (Ed.). Estratégias de monitoramento ambiental da aquicultura: portifólio de resultados do monitoramento ambiental da aquicultura Em água da União. São Paulo: Instituto de Pesca: APTA, 2019. p. 57-58.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 8. | | CANZI, C.; ROUBACH, R.; BENASSI, S. F.; MATOS, F. T.; MOTTER, I.; BUENO, G. W. Selection of sites for establishing aquaculture parks, and estimation of fish production carrying capacity, for a tropical reservoir in South America. Lakes and Reservoirs: Research and Management, v. 22, n. 2, p. 148-160, June 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 10. | | MATOS, F. T. de; LAPOLLI, F. R.; MOHEDANO, R. A.; FRACALOSSI, D. M.; BUENO, G. W.; ROUBACH, R. Duckweed bioconversion and fish production in treated domestic wastewater. Journal of Applied Aquaculture, v. 26, n. 1, p. 49-59, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 11. | | MATOS, F. T. de; ROUBACH, R.; WEBBER, D. C.; SIMON, J.; CABRAL, J. L.; ROUTLEDGE, E. A. B.; BUENO, G. W. Zoning and carrying capacity of peixe angical reservoir for tambaqui production. In: WORLD AQUACULTURE SOCIETY 2018 SPECIAL SESSION, 2018, Montepellier. Advanced integrated agriculture aquaculture through agroecology. Montepellier: FAO, 2018| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 12. | | MATOS, F. T. de; WEBBER, D. C.; FONTOURA, A. C.; PINHO, E.; ROUBACH, R.; BUENO, G. W.; FLORÊNCIO, D.; BARROS, D. J. Monitoramento de qualidade de água das atividades aquícolas em reservatórios continentais brasileiros. Palmas: Embrapa Pesca e Aquicultura, 2016. 66 p. (Embrapa Pesca e Aquicultura. Documentos, 32).| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 13. | | MATOS, F. T.; ROSANOVA, C.; BUENO, G. W.; PINHO, E.; HONDA, R. T.; AKAMA, A. Avaliação do índice de estado trófico como ferramenta para o monitoramento de atividades aquícolas em reservatórios continentais. In: SAMPAIO, F. G.; SILVA, C. M. da; TORIGOI, R. H.; MIGNANI, L.; PACKER, A. P. C.; MANZATTO, C. V.; SILVA, J. L. da (Ed.). Estratégias de monitoramento ambiental da aquicultura: portifólio de resultados do monitoramento ambiental da aquicultura Em água da União. São Paulo: Instituto de Pesca: APTA, 2019. p. 31-32.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 14. | | PINHO, E. S.; ROSANOVA, C.; MATOS, F. T.; HONDA, R. T.; BUENO, G. W.; AKAMA, A. Avaliação do Índice de Estado Trófico como ferramenta para monitoramento de atividades aquícolas em reservatórios continentais. Biotemas, v. 31, n. 4, p. 23-34, dez. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 15. | | ROSANOVA, C.; PINHO, E. S.; MATOS, F. T.; AKAMA, A.; BUENO, G. W.; MACEDO, D. B. Monitoramento da aquicultura em reservatórios continentais por meio do índice de estado trófico. Nativa, v. 7, n. 3, p. 262-267, maio/jun. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 16. | | SAMPAIO, F. G.; ARAUJO, C. A. S. de; DALLAGO, B. S. L.; STECH, J. L.; LORENZZETTI, J. A.; ALCÂNTARA, E.; LOSEKANN, M. E.; MARIN, D. B.; LEÃO, J. A. D.; BUENO, G. W. Unveiling low-to-high-frequency data sampling caveats for aquaculture environmental monitoring and management. Aquaculture Reports, v. 20, article 100764, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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