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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
25/01/2022 |
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Data da última atualização: |
11/04/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CINTRA, L. A.; SOUZA, T. B. de; PARTEKA, L. M.; BARRETO, L. M.; PEREIRA, L. F. P.; GAETA, M. L.; GUYOT, R.; VANZELA, A. L. L. |
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Afiliação: |
LEONARDO ADABO CINTRA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; THAÍSSA BOLDIERI DE SOUZA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LETÍCIA MARIA PARTEKA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LUCAS MESQUITA BARRETO, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, CNPCa; MARCOS LETAIF GAETA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; ROMAIN GUYOT, CIRAD; ANDRÉ LUÍS LAFORGA VANZELA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA. |
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Título: |
An 82 bp tandem repeat family typical of 3' non-coding end of Gypsy/TAT LTR retrotransposons is conserved in Coffea spp. pericentromeres. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Genome, v.65, n. 3, p. 137-181, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1139/gen-2021-0045 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Date of Electronic Publication: 2021 Nov 02. |
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Conteúdo: |
Coffea spp. chromosomes are very small and accumulate a variety of repetitive DNA families around the centromeres. However, the proximal regions of Coffea chromosomes remain poorly understood, especially regarding the nature and organisation of the sequences. Taking advantage of the genome sequences of C. arabica (2n = 44), C. canephora, and C. eugenioides (C. arabica progenitors with 2n = 22) and good coverage genome sequencing of dozens of other wild Coffea spp., repetitive DNA sequences were identified, and the genomes were compared to decipher particularities of pericentromeric structures. The searches revealed a short tandem repeat (82 bp length) typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, named Coffea_sat11. This repeat organises clusters with fragments of other transposable elements, comprising regions of non-coding RNA production. Cytogenomic analyses showed that Coffea_sat11 extends from the pericentromeres towards the middle of the chromosomal arms. This arrangement was observed in the allotetraploid C. arabica chromosomes, as well as in its progenitors. This study improves our understanding of the role of the Gypsy/TAT LTR retrotransposon lineage in the organisation of Coffea pericentromeres, as well as the conservation of Coffea_sat11 within the genus. The relationships between fragments of other transposable elements and the functional aspects of these sequences on the pericentromere chromatin were also evaluated. Highlights: A scattered short tandem repeat, typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, associated with several fragments of other transposable elements, accumulates in the pericentromeres of Coffea chromosomes. This arrangement is preserved in all clades of the genus and appears to have a strong regulatory role in the organisation of chromatin around centromeres. MenosCoffea spp. chromosomes are very small and accumulate a variety of repetitive DNA families around the centromeres. However, the proximal regions of Coffea chromosomes remain poorly understood, especially regarding the nature and organisation of the sequences. Taking advantage of the genome sequences of C. arabica (2n = 44), C. canephora, and C. eugenioides (C. arabica progenitors with 2n = 22) and good coverage genome sequencing of dozens of other wild Coffea spp., repetitive DNA sequences were identified, and the genomes were compared to decipher particularities of pericentromeric structures. The searches revealed a short tandem repeat (82 bp length) typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, named Coffea_sat11. This repeat organises clusters with fragments of other transposable elements, comprising regions of non-coding RNA production. Cytogenomic analyses showed that Coffea_sat11 extends from the pericentromeres towards the middle of the chromosomal arms. This arrangement was observed in the allotetraploid C. arabica chromosomes, as well as in its progenitors. This study improves our understanding of the role of the Gypsy/TAT LTR retrotransposon lineage in the organisation of Coffea pericentromeres, as well as the conservation of Coffea_sat11 within the genus. The relationships between fragments of other transposable elements and the functional aspects of these sequences on the pericentromere chromatin were also evaluated. Highlights: A scattered short tandem repeat, typi... Mostrar Tudo |
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Thesaurus Nal: |
Chromosomes; Coffea; DNA probes; Genome. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 11 | |
| 2. |  | POÇA, R. R. da; SANTA BRÍGIDA, M. B.; BRIENZA JUNIOR, S.; OLIVEIRA, F. Z. Aspectos estruturais e funcionais de quintais agroflorestais em propriedades de agricultores familiares no Nordeste paraense. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SISTEMAS AGROFLORESTAIS, 8., 2011, Belém, PA. Anais... Belém, PA: SBSAF: Embrapa Amazônia Oriental: UFRA: CEPLAC: EMATER: ICRAF, 2011. 1 CD-ROM. Editores técnicos: Roberto Porro, Milton Kanashiro, Maria do Socorro Gonçalves Ferreira, Leila Sobral Sampaio e Gladys Ferreira de Sousa.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 3. | | BRASIL, E. C.; POÇA, R. R. da; SOBRINHO, R. J. A. Concentração de nutrientes em diferentes partes de individuos de açaizeiro (Euterpe oleracea Mart.) provenientes de uma população melhorada. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. Desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental : anais. Londrina: SBCS: Embrapa Soja: IAPAR: UEL, 2008. FertBio 2008. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 4. | | ALMEIDA, E. N. de; BRIENZA JUNIOR, S.; XIMENES, T.; POÇA, R. R. da. O modelo de assistência técnica e extensão rural do Proambiente: uma inovação na agroecologia. In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ECONOMIA, ADMINISTRAÇÃO E SOCIOLOGIA RURAL, 55., 2017, Santa Maria, RS. Inovação, extensão e cooperação para o desenvolvimento. Brasília, DF: SOBER, 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 5. | | ALMEIDA, E. N. de; XIMENES, T. F.; BRIENZA JUNIOR, S.; YARED, J.; POCA, R. R. da. O Programa PROAMBIENTE na Transamazônica: lições aprendidas. Novos Cadernos NAEA, Belém, PA, v. 16, n. 1, supl., p. 247-260, jun. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 6. | | POÇA, R. R. da; ALMEIDA, E. N. de; MAIOR, A. C. S. S.; SANTA BRÍGIDA, M.; BRIENZA JUNIOR, S. Geotecnologia na construção de mapas participativos: estratégia para planejamento de propriedades na Amazônia Oriental. In: SIMPÓSIO DE ESTUDOS E PESQUISAS EM CIÊNCIAS AMBIENTAIS NA AMAZÔNIA, 2., 2013, Belém, PA. [Anais]. [Belém, PA]: Universidade do Estado do Pará, Centro de Ciências Naturais e Tecnologia, 2013. v. 1, p. 411-418.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 7. | | SILVA, V. C. da; POÇA, R. R. da; SOUZA, S. L.; BRIENZA JUNIOR, S.; OLIVEIRA, F. Z. Plantas indicadoras de qualidade do solo segundo a percepção do agricultor. In: REUNIÃO ANUAL DA SBPC, 64., São Luis, 2012. Ciência, cultura e saberes tradicionais para enfrentar a pobreza. São Luís: SBPC: UFMA, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 9. | | ALMEIDA, E. N. de; XIMENES, T.; BRIENZA JUNIOR, S.; POÇA, R. R. da; YARED, J. A. G. O papel das instituições no êxito de programas de desenvolvimento rural sustentável na Amazônia brasileira. In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE SISTEMAS DE PRODUÇÃO, 11., 2016, Pelotas. Abordagem sistêmica e sustentabilidade: produção agropecuária, consumo e saúde: anais. Pelotas: Sociedade Brasileira de Sistemas de Produção, 2016. Organizadores Lírio José Reichert, Pedro Selvino Neumann, Lovois de Andrade Miguel.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 11. | | BRIENZA JUNIOR, S.; ALMEIDA, E. N. de; RUSCHEL, A. R.; LEAO, N. V. M.; SALOMÃO, R. de P.; YARED, J. A. G.; LUNZ, A. M.; MARTORANO, L. G.; CRESPO, I. S.; ARCO-VERDE, M. F.; POÇA, R. R. da. Restauração florestal na Amazônia: manual para instalação e monitoramento de unidades de aprendizagem. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2023. 40 p. (Embrapa Amazônia Oriental. Documentos, 481). ODS-12, ODS-13.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Florestas. |
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