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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
Data corrente: |
30/10/2019 |
Data da última atualização: |
30/10/2019 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
JOAQUIM, L. B.; CHUD, T. C. S.; MARCHESI, J. A. P.; SAVEGNAGO, R. P.; BUZANKAS, M. E.; ZANELLA, R.; CANTAO, M. E.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; IRGANG, R.; MUNARI, D. P. |
Afiliação: |
LETÍCIA BORGES JOAQUIM, UNESP/Jaboticabal; TATIANE CRISTINA SELEGUIM CHUD, UNESP/Jaboticabal; JORGE AUGUSTO PETROLLI MARCHESI, UNESP/Jaboticabal; RODRIGO PELICIONI SAVEGNAGO, UNESP/Jaboticabal; MARCOS ELI BUZANSKAS, UFPB; RICARDO ZANELLA, UPF; MAURICIO EGIDIO CANTAO, CNPSA; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA; RENATO IRGANG, UFSC; DANÍSIO PRADO MUNARI, UNESP/Jaboticabal. |
Título: |
Genomic structure of a crossbred landrace pig population. |
Ano de publicação: |
2019 |
Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 14, n.2, e0212266, 2019. |
DOI: |
10.1371/journal.pone.0212266 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Abstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are used to study population structure and conservation genetics, which permits assessing similarities regarding the linkage disequilibrium and information about the relationship among individuals. To investigate the population genomic structure of 300 females and 25 males from a commercial maternal pig line we analyzed linkage disequilibrium extent, inbreeding coefficients using genomic and conventional pedigree data, and population stratification. The average linkage disequilibrium (r2 ) was 0.291 ± 0.312 for all adjacent SNPs, distancing less than 100 Kb (kilobase) between markers. The average inbreeding coefficients obtained from runs of homozygosity (ROH) and pedigree analyses were 0.119 and 0.0001, respectively. Low correlation was observed between the inbreeding coefficients possibly as a result of genetic recombination effect accounted for the ROH estimates or caused by pedigree identification errors. A large number of long ROHs might indicate recent inbreeding events in the studied population. A total of 36 homozygous segments were found in more than 30% of the population and these ROH harbor genes associated with reproductive traits. The population stratification analysis indicated that this population was possibly originated from two distinct populations, which is a result from crossings between the eastern and western breeds used in the formation of the line. Our findings provide support to understand the genetic structure of swine populations and may assist breeding companies to avoid a high level of inbreeding coefficients to maintain genetic diversity, showing the effectiveness of using genomewide SNP information for quantifying inbreeding when the pedigree was incomplete or incorrect. MenosAbstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are used to study population structure and conservation genetics, which permits assessing similarities regarding the linkage disequilibrium and information about the relationship among individuals. To investigate the population genomic structure of 300 females and 25 males from a commercial maternal pig line we analyzed linkage disequilibrium extent, inbreeding coefficients using genomic and conventional pedigree data, and population stratification. The average linkage disequilibrium (r2 ) was 0.291 ± 0.312 for all adjacent SNPs, distancing less than 100 Kb (kilobase) between markers. The average inbreeding coefficients obtained from runs of homozygosity (ROH) and pedigree analyses were 0.119 and 0.0001, respectively. Low correlation was observed between the inbreeding coefficients possibly as a result of genetic recombination effect accounted for the ROH estimates or caused by pedigree identification errors. A large number of long ROHs might indicate recent inbreeding events in the studied population. A total of 36 homozygous segments were found in more than 30% of the population and these ROH harbor genes associated with reproductive traits. The population stratification analysis indicated that this population was possibly originated from two distinct populations, which is a result from crossings between the eastern and western breeds used in the formation of the line. Our findings provide support to understand the gen... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
SNP. |
Thesagro: |
Genética; Marcador Genético; Polimorfismo Genético; Suíno. |
Thesaurus Nal: |
Genetic markers; Genomics; Polymorphism; Swine. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 02737naa a2200361 a 4500 001 2113663 005 2019-10-30 008 2019 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1371/journal.pone.0212266$2DOI 100 1 $aJOAQUIM, L. B. 245 $aGenomic structure of a crossbred landrace pig population.$h[electronic resource] 260 $c2019 520 $aAbstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are used to study population structure and conservation genetics, which permits assessing similarities regarding the linkage disequilibrium and information about the relationship among individuals. To investigate the population genomic structure of 300 females and 25 males from a commercial maternal pig line we analyzed linkage disequilibrium extent, inbreeding coefficients using genomic and conventional pedigree data, and population stratification. The average linkage disequilibrium (r2 ) was 0.291 ± 0.312 for all adjacent SNPs, distancing less than 100 Kb (kilobase) between markers. The average inbreeding coefficients obtained from runs of homozygosity (ROH) and pedigree analyses were 0.119 and 0.0001, respectively. Low correlation was observed between the inbreeding coefficients possibly as a result of genetic recombination effect accounted for the ROH estimates or caused by pedigree identification errors. A large number of long ROHs might indicate recent inbreeding events in the studied population. A total of 36 homozygous segments were found in more than 30% of the population and these ROH harbor genes associated with reproductive traits. The population stratification analysis indicated that this population was possibly originated from two distinct populations, which is a result from crossings between the eastern and western breeds used in the formation of the line. Our findings provide support to understand the genetic structure of swine populations and may assist breeding companies to avoid a high level of inbreeding coefficients to maintain genetic diversity, showing the effectiveness of using genomewide SNP information for quantifying inbreeding when the pedigree was incomplete or incorrect. 650 $aGenetic markers 650 $aGenomics 650 $aPolymorphism 650 $aSwine 650 $aGenética 650 $aMarcador Genético 650 $aPolimorfismo Genético 650 $aSuíno 653 $aSNP 700 1 $aCHUD, T. C. S. 700 1 $aMARCHESI, J. A. P. 700 1 $aSAVEGNAGO, R. P. 700 1 $aBUZANKAS, M. E. 700 1 $aZANELLA, R. 700 1 $aCANTAO, M. E. 700 1 $aPEIXOTO, J. de O. 700 1 $aLEDUR, M. C. 700 1 $aIRGANG, R. 700 1 $aMUNARI, D. P. 773 $tPlos One$gv. 14, n.2, e0212266, 2019.
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Registros recuperados : 166 | |
81. |  | VIEIRA, S. G. A.; FOGACA, F. H. dos S.; FERREIRA, I. A.; GOMES, T. N.; RODRIGUES, A. A. D.; MAGALHAES, J. A.; COSTA, N. de L. Características físico-químicas da silagem da cabeça de camarão (Litopenaeus vannamei) sob influência de ácidos orgânicos. PUBVET, Londrina, v. 7, n. 18, Ed. 241, Art. 1591, 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Roraima. |
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82. |  | COSTA, N. de L.; JANK, L.; MAGALHAES, J. A.; GIANLUPPI, V.; FOGACA, F. H. dos S.; RODRIGUES, B. H. N.; SANTOS, F. J. de S. Características morfogenéticas e acúmulo de forragem de Megathyrsus maximus x m. infestum cv. Massai em resposta à adubação fosfatada. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 12., 2017, Petrolina / Juazeiro. Anais... Petrolina, PE: Juazeiro, BA: Sociedade Nordestina de Produção Animal, 2017.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Roraima. |
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83. |  | COSTA, N. de L.; JANK, L.; MAGALHAES, J. A.; RODRIGUES, A. N. A.; FOGACA, F. H. dos S.; BENDAHAN, A. B.; SANTOS, F. J. de S. Características morfogênicas e estruturais de Megathyrsus maximus cv. Tanzânia-1 sob intensidades de desfolhação. Pubvet, v. 12, n. 4, a67, p. 1-7, Abr. 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Roraima. |
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84. |  | CAMPOS, J. M. de; CASSOL, G. Z.; SOUZA, J. H. R.; BRUNO, V. C. F. G. de S.; FOGACA, F. H. dos S.; SILVA, L. K. S. da. Cocção como método de deslipidificação de concentrado proteico de tambaqui (Colossoma macropomum). In: ZUFFO, A. M.; AGUILERA, J. G.; NOGUEIRA, W. V. (org). Tópicos em Ciências dos Alimentos. Nova Xavantina, MT: Pantanal Editora, 2020. Cap. 1, p. 6-20.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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85. |  | FURTADO, A. A. L.; FOGACA, F. H. dos S.; SILVA, C. A. da; TAVARES-DIAS, M.; KEMENES, A.; ROUTLEDGE, E. A. B. Avanços e desafios futuros. In: FOGACA, F. H. dos S.; FURTADO, A. A. L.; SILVA, C. A. da; TAVARES-DIAS, M.; ROUTLEDGE, E. A. B. (Ed.). Vida na água: contribuições da Embrapa. Brasília, DF: Embrapa, 2018. Cap. 6. E-book: il. color. (Objetivos de Desenvolvimento Sustentável, 14).Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Amapá; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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86. |  | FOGACA, F. H. dos S.; OTANI, F. S.; PORTELLA, C. de G.; SANTOS-FILHO, L. G. A. dos; SANT'ANA, L. S. Caracterização de surimi obtido a partir da carne mecanicamente separada de tilápia do Nilo e elaboração de fishburger. Semina: Ciências Agrárias, Londrina, v. 36, n. 2, p. 765-776, mar./abr. 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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87. |  | MAULVAULT, A. L.; PAULA, J. R.; CAMACHO, C.; BARBOSA, V.; ALVES, R.; FOGACA, F. H. dos S.; ANACLETO, P.; PISSARRA, V.; DINIZ, M.; MARQUES, A.; ROSA, R. Coping with antidepressants in a changing ocean: behavioural implications in juvenile meagre (Argyrosomus regius) exposed to venlafaxine. In: CONGRESSO DA SOCIEDADE PORTUGUESA DE ETOLOGIA, 13., Lisboa. Lisboa: SPE - Sociedade Portuguesa de Etologia, 2016. Na publicação: FABIOLA FOGAÇA.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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88. |  | FOGACA, F. H. dos S.; VIEIRA, S. G. A.; SANTOS FILHO, L. G. A. dos; MAGALHAES, J. A.; GOMES, T. N.; FERREIRA, I. A.; SILVA, T. F. A. Padronização da produção e desenvolvimento de tecnologias de estocagem da farinha de cefalotórax de camarão marinho (Litopenaeus vannamei). Magistra, v. 26, n. 3, p. 277-284, jul./set. 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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90. |  | SILVA, M. L. P. B. da; MELLO, J. L.; ARAÚJO, T. D. S.; CALVET, R. M.; PEREIRA, A. M. L.; MAGALHAES, J. A.; FOGACA, F. H. dos S. Parâmetros de qualidade e estudo da vida de prateleira do tambaqui (Colossoma macropomum) armazenado em gelo. In: TAVARES-DIAS, M.; MARIANO, W. dos S. (Org.). Aquicultura no Brasil: novas perspectivas. São Carlos: Pedro & João Editores, 2015. p. 707-724. v. 2Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Meio Norte / UEP-Parnaíba; Embrapa Meio-Norte. |
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91. |  | FOGACA, F. H. dos S.; VIEIRA, S. G. A.; ARAÚJO, T. D. S.; SANTOS-FILHO, L. G. A. dos; MAGALHAES, J. A.; COSTA, N. de L. Oxidação lipídica em filés de tambaqui (Colossoma macropomum) defumados com alecrim (Rosmarinus officinalis). PUBVET, Londrina, v. 8, n. 10, Ed. 259, Art. 1717, maio 2014. Não paginado.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Roraima. |
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94. |  | MIRANDA, J. A. T. de; CUNHA, S. C.; FOGACA, F. H. dos S.; ALONSO, M. B.; TORRES, J. P. M.; MARQUES, A.; FERNANDES, J. O. Otimização de um método de extração de multiresíduos para análise de pesticidas. In: ENCONTRO BRASILEIRO DE DESREGULADORES ENDÓCRINOS, 2; SIMPÓSIO DE ATUALIZAÇÃO DE DESREGULADORES ENDÓCRINOS, 3. 2020, UFRJ. 17 A 20 de novembro de 2020.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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95. |  | COSTA, N. de L.; JANK, L.; MAGALHAES, J. A.; RODRIGUES, A. N. A.; BENDAHAN, A. B.; FOGACA, F. H. dos S.; SANTOS, F. J. de S. Produtividade de forragem e características morfogênicas e estruturais de Megathyrsus maximus cv. Zuri sob níveis de desfolhação. PUBVET, v. 13, n. 3, p.1-7, Mar. 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Roraima. |
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96. |  | COSTA, N. de L.; JANK, L.; MAGALHAES, J. A.; RODRIGUES, A. N. A.; FOGACA, F. H. dos S.; BENDAHAN, A. B.; SANTOS, F. J. de S. Produtividade de forragem, composição química e morfogênese de Megathyrsus maximus cv. Mombaça sob período de descanso. Pubvet, v. 11, n. 11, p. 1169-1174, nov. 2017Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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97. |  | COSTA, N. de L.; JANK, L.; MAGALHAES, J. A.; RODRIGUES, A. N. A.; FOGACA, F. H. dos S.; BENDAHAN, A. B.; SANTOS, F. J. de S. Produtividade de forragem, composição química e morfogênese de Megathyrsus maximus cv. Mombaça sob períodos de descanso. PUBVET, v. 11, n. 11, p. 1169-1174, Nov. 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Roraima. |
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98. |  | COSTA, N. de L.; TOWNSEND, C. R.; FOGACA, F. H. dos S.; MAGALHAES, J. A.; BENDAHAN, A. B.; SANTOS, F. J. de S. Produtividade de forragem e morfogênese de Brachiaria brizantha cv. Marandu sob níveis de nitrogênio. PUBVET, v. 10, n. 10, p.731-735, out. 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Roraima. |
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99. |  | SAVAY-da-SILVA, L. K.; VIEIRA, S. G. A.; SANTOS FILHO, L. A.; PEREIRA, A. M. L.; MAGALHAES, J. A.; FOGACA, F. H. dos S. Qualidade nutricional da farinha de subprodutos de camarão Litopenaeus vannamei. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE DE QUALIDADE DO PESCADO, 7., 2016, São Paulo. Estratégias para aumentar o consumo de pescado: anais. São Paulo, 2016. SIMCOPE.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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