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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
30/08/2018 |
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Data da última atualização: |
11/02/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
DUARTE, D. A. S.; FORTES, M. R. S.; DUARTE, M. de S.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; VERONEZE, R.; RIBEIRO, A. M. F.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. |
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Afiliação: |
Darlene Ana S. Duarte, UFV; Marina Rufino S. Fortes, University of Queensland; Marcio de Souza Duarte, UFV; Simone E. F. Guimarães, UFV; Lucas L. Verardo, UFV; Renata Veroneze, UFV; Andre Mauric F. Ribeiro, UFV; Paulo Sávio Lopes, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Fabyano Fonseca e Silva, UFV. |
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Título: |
Genome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Animal Production Science, v. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018. |
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DOI: |
dx.doi.org/10.1071/AN16018 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
A large number of quantitative trait loci (QTL) for meat quality and carcass traits has been reported in pigs over the past 20 years. However, few QTL have been validated and the biological meaning of the genes associated to these QTL has been underexploited. In this context, a meta-analysis was performed to compare the significant markers with meta-QTL previously reported in literature. Genome association studies were performed for 12 traits, from which 144 SNPs were found out to be significant (P < 0.05). They were validated in the meta-analysis and used to build the Association Weight Matrix, a matrix framework employed to investigate co-association of pairwise SNP across phenotypes enabling to derive a gene network. A total of 45 genes were selected from the Association Weight Matrix analysis, from which 25 significant transcription factors were identified and used to construct the networks associated to meat quality and carcass traits. These networks allowed the identification of key transcription factors, such as SOX5 and NKX2–5, gene–gene interactions (e.g. ATP5A1, JPH1, DPT and NEDD4) and pathways related to the regulation of adipose tissue metabolism and skeletal muscle development. Validated SNPs and knowledge of key genes driving these important industry traits might assist future strategies in pig breeding. |
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Palavras-Chave: |
Biological pathways; Post-GWAS; SNP-derived gene networks. |
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Thesagro: |
Melhoramento Genético Animal; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Pork. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 02343naa a2200325 a 4500
001 2094834
005 2019-02-11
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024 7 $adx.doi.org/10.1071/AN16018$2DOI
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260 $c2018
520 $aA large number of quantitative trait loci (QTL) for meat quality and carcass traits has been reported in pigs over the past 20 years. However, few QTL have been validated and the biological meaning of the genes associated to these QTL has been underexploited. In this context, a meta-analysis was performed to compare the significant markers with meta-QTL previously reported in literature. Genome association studies were performed for 12 traits, from which 144 SNPs were found out to be significant (P < 0.05). They were validated in the meta-analysis and used to build the Association Weight Matrix, a matrix framework employed to investigate co-association of pairwise SNP across phenotypes enabling to derive a gene network. A total of 45 genes were selected from the Association Weight Matrix analysis, from which 25 significant transcription factors were identified and used to construct the networks associated to meat quality and carcass traits. These networks allowed the identification of key transcription factors, such as SOX5 and NKX2–5, gene–gene interactions (e.g. ATP5A1, JPH1, DPT and NEDD4) and pathways related to the regulation of adipose tissue metabolism and skeletal muscle development. Validated SNPs and knowledge of key genes driving these important industry traits might assist future strategies in pig breeding.
650 $aAnimal breeding
650 $aPork
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650 $aSuíno
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700 1 $aSILVA, F. F. e
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 39 | |
| 4. |  | FONTES, P. C. R.; SAMPAIO, R. A.; FINGER, F. L. Fruit size, mineral composition and quality of trickle-irrigated tomatoes as affected by potassium rates. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 35, n. 1, p. 21-25, jan. 2000. Título em português: Tamanho, composição mineral e qualidade de frutos de tomateiro irrigado por gotejamento em razão de doses de potássio.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 7. | | GODINHO, V. de P. C.; SAMPAIO, R. A.; ALVAREZ VENEGAS, V. H.; RUIZ, H. A. Adsorção de fosfatos em três solos da região semi-árida do Rio Grande do Norte. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 32, n. 8, p. 819-823, ago. 1997. Título em inglês: Phospha te adsorption in three soils of the Rio Grande do Norte Semiarid region.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 8. | | RUIZ, H. A.; SAMPAIO, R. A.; OLIVEIRA, M. de; VENEGAS, V. H. A. Características químicas de solos salino-sódicos submetidos a parcelamento da lâmina de lixiviação. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 39, n. 11, p. 1119-1126, novembro 2004 Título em inglês: Chemical characteristics of a saline-sodic soil leached with water depth parceled.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 11. | | LAZO, J. A.; VALDÉS, N. V.; SAMPAIO, R. A.; LEITE, G. L. D. Diversidad zoológica asociada a un silvopastoreo leucaena-guinea con diferentes edades de establecimiento. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 12, p. 1667-1674, dez. 2007 Título em inglês: Zoological diversity associated to a silvopastural system leucaena-guinea grass with different establishment times.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 12. | | ARAÚJO, W. F.; ANDRADE JUNIOR, A. S. de; MEDEIROS, R. D. de; SAMPAIO, R. A. Precipitação pluviométrica mensal provável em Boa Vista, Estado de Roraima, Brasil. Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, v. 5, n. 3, p. 563-567, 2001.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 15. | | FERNANDES, L. A.; SOUZA, V. F. de; SILVA, W. A.; DAYRELL, C. A.; SAMPAIO, R. A.; CORREIA, J. R. Atributos químicos e físicos e uso das terras de uma ilha do rio São Francisco. In: ENCONTRO DA REDE DE ESTUDOS RURAIS, 3., 2008, Campina Grande. Tecendo o intercâmbio: diversidade e perspectivas do mundo rural no Brasil contemporâneo. Campina Grande: UFCG, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 16. | | SAMPAIO, R. G.; ANTES, S.; ROMBALDI, C. V.; FERRI, V. C.; FACHINELLO, J. C.; RIZZON, L. A. Characterization of Cabernet Sauvignon wine made with grapes from Campanha Region - RS. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM OF TEMPERATE ZONE FRUITS IN THE TROPICS AND SUBTROPICS, 8., 2007, Florianópolis. Program and abstracts. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. p. 118. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 17. | | COSTA, A. S. V. da; HORN, A. H.; BILAL, E.; PINHO, A. A. de; DONAGEMA, G. K.; SAMPAIO, R. A. Brachiaria brizantha growth in amended soil by effluents from the milk industry. Banat's Journal of Biotechnology, Timisoara, v. 6, n. 11, p. 13-22, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 18. | | SAMPAIO, R. G.; ANTES, S.; AZEVEDO, F. Q.; ROMBALDI, C. V.; FERRI, V. C.; RIZZON, L. A. Evolução da maturação da uva cvs. 'Tannat' e 'Cabernet Sauvignon' da região de Bagé/RS - safra 2007. In: CONGRESO LATINOAMERICANO DE VITICULTURA Y ENOLOGIA, 11., 2007, Mendoza. Seduciendo al consumidor de hoy: anales. [Mendoza: INV: CLEIFRA], 2007. 1 CD-ROM. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 19. | | SAMPAIO, R. J.; PINHO, R. C. V. de; OLIVEIRA, A. L. da C.; MARQUES, D. K. S. Padrão molecular pela utilização de microssatélite (GGAC)4 em Gymnotus, Rio Paraguai, MS. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PANTANAL, 5.; SEMANA DA BIOLOGIA, 10., 2011, Corumbá. Resumos ... Corumbá: Embrapa Pantanal, 2011. p. 23. (Embrapa Pantanal. Documentos, 113).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 20. | | SAMPAIO, R.; VIDOR, J. E. S.; FERREIRA, L. C.; TAVARES, L. G. R.; MITTELMANN, A.; BORTOLINI, F. Ensaio para determinação do valor de cultivo e uso em populações de trevo-vesiculoso (Trifolium vesiculosum Savi). In: SEMANA INTEGRADA UFPEL, 8.; CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 31., 2022, Pelotas. Anais... Pelotas: Universidade Federal de Pelotas, 2022.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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