| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
|
Data corrente: |
24/08/2018 |
|
Data da última atualização: |
20/11/2018 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
SOUZA, L. M. de; SANTOS, L. H. B. dos; ROSA, J. R. B. F.; SILVA, C. C. da; MANTELLO, C. C.; CONSON, A. R. O.; SCALOPPI JUNIOR, E. J.; FIALHO, J. de F.; MORAES, M. L. T. de; GONÇALVES, P. de S.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F.; LE GUEN, V.; SOUZA, A. P. de. |
|
Afiliação: |
LIVIA M. DE SOUZA, UNICAMP; LUCIANO H. B. DOS SANTOS, UNICAMP; JOÃO R. B. F. ROSA, USP/ESALQ; CARLA C. DA SILVA, UNICAMP; CAMILA C. MANTELLO, UNICAMP; ANDRE R. O. CONSON, UNICAMP; ERIVALDO J. SCALOPPI JUNIOR, IAC; JOSEFINO DE FREITAS FIALHO, CPAC; MARIO LUIZ T. DE MORAES, UNESP; PAULO DE S. GONÇALVES, IAC; GABRIEL R. A. MARGARIDO, USP/ESALQ; ANTONIO A. F. GARCIA, USP/ESALQ; VINCENT LE GUEN, CIRAD; ANETE P. DE SOUZA, UNICAMP. |
|
Título: |
Linkage disequilibrium and population structure in wild and cultivated populations of rubber tree (Hevea brasiliensis). |
|
Ano de publicação: |
2018 |
|
Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Plant Science, v. 9, article 815, 03 July 2018. |
|
DOI: |
https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00815 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Abstract: Among rubber tree species, which belong to the Hevea genus of the Euphorbiaceae family, Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr.de Juss.) Muell. Arg. is the main commercial source of natural rubber production worldwide. Knowledge of the population structure and linkage disequilibrium (LD) of this species is essential for the efficient organization and exploitation of genetic resources. Here, we obtained single-nucleotide polymorphisms (SNPs) using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach and then employed the SNPs for the following objectives: (i) to identify the positions of SNPs on a genetic map of a segregating mapping population, (ii) to evaluate the population structure of a germplasm collection, and (iii) to detect patterns of LD decay among chromosomes for future genetic association studies in rubber tree. A total of 626 genotypes, including both germplasm accessions (368) and individuals from a genetic mapping population (254), were genotyped. A total of 77,660 and 21,283 SNPs were detected by GBS in the germplasm and mapping populations, respectively. The mapping population, which was previously mapped, was constructed with 1,062 markers, among which only 576 SNPs came from GBS, reducing the average interval between two adjacent markers to 4.4 cM. SNPs from GBS genotyping were used for the analysis of genetic structure and LD estimation in the germplasm accessions. Two groups, which largely corresponded to the cultivated and wild populations, were detected using STRUCTURE and via principal coordinate analysis. LD analysis, also using the mapped SNPs, revealed that non-random associations varied along chromosomes, with regions of high LD interspersed with regions of low LD. Considering the length of the genetic map (4,693 cM) and the mean LD (0.49 for cultivated and 0.02 for wild populations), a large number of evenly spaced SNPs would be needed to perform genome-wide association studies in rubber tree, and the wilder the genotypes used, the more difficult the mapping saturation. MenosAbstract: Among rubber tree species, which belong to the Hevea genus of the Euphorbiaceae family, Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr.de Juss.) Muell. Arg. is the main commercial source of natural rubber production worldwide. Knowledge of the population structure and linkage disequilibrium (LD) of this species is essential for the efficient organization and exploitation of genetic resources. Here, we obtained single-nucleotide polymorphisms (SNPs) using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach and then employed the SNPs for the following objectives: (i) to identify the positions of SNPs on a genetic map of a segregating mapping population, (ii) to evaluate the population structure of a germplasm collection, and (iii) to detect patterns of LD decay among chromosomes for future genetic association studies in rubber tree. A total of 626 genotypes, including both germplasm accessions (368) and individuals from a genetic mapping population (254), were genotyped. A total of 77,660 and 21,283 SNPs were detected by GBS in the germplasm and mapping populations, respectively. The mapping population, which was previously mapped, was constructed with 1,062 markers, among which only 576 SNPs came from GBS, reducing the average interval between two adjacent markers to 4.4 cM. SNPs from GBS genotyping were used for the analysis of genetic structure and LD estimation in the germplasm accessions. Two groups, which largely corresponded to the cultivated and wild populations, were detected usin... Mostrar Tudo |
|
Thesagro: |
Comportamento de Variedade; Hevea Brasiliensis; População de Planta; Seringueira; Variação Genética. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
URL: |
https://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/bitstream/doc/1094508/1/DLHeveabrasiliensisLiviapublicFrontiers3.07.2018apagar.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 03139naa a2200349 a 4500
001 2094508
005 2018-11-20
008 2018 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.3389/fpls.2018.00815$2DOI
100 1 $aSOUZA, L. M. de
245 $aLinkage disequilibrium and population structure in wild and cultivated populations of rubber tree (Hevea brasiliensis).$h[electronic resource]
260 $c2018
520 $aAbstract: Among rubber tree species, which belong to the Hevea genus of the Euphorbiaceae family, Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr.de Juss.) Muell. Arg. is the main commercial source of natural rubber production worldwide. Knowledge of the population structure and linkage disequilibrium (LD) of this species is essential for the efficient organization and exploitation of genetic resources. Here, we obtained single-nucleotide polymorphisms (SNPs) using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach and then employed the SNPs for the following objectives: (i) to identify the positions of SNPs on a genetic map of a segregating mapping population, (ii) to evaluate the population structure of a germplasm collection, and (iii) to detect patterns of LD decay among chromosomes for future genetic association studies in rubber tree. A total of 626 genotypes, including both germplasm accessions (368) and individuals from a genetic mapping population (254), were genotyped. A total of 77,660 and 21,283 SNPs were detected by GBS in the germplasm and mapping populations, respectively. The mapping population, which was previously mapped, was constructed with 1,062 markers, among which only 576 SNPs came from GBS, reducing the average interval between two adjacent markers to 4.4 cM. SNPs from GBS genotyping were used for the analysis of genetic structure and LD estimation in the germplasm accessions. Two groups, which largely corresponded to the cultivated and wild populations, were detected using STRUCTURE and via principal coordinate analysis. LD analysis, also using the mapped SNPs, revealed that non-random associations varied along chromosomes, with regions of high LD interspersed with regions of low LD. Considering the length of the genetic map (4,693 cM) and the mean LD (0.49 for cultivated and 0.02 for wild populations), a large number of evenly spaced SNPs would be needed to perform genome-wide association studies in rubber tree, and the wilder the genotypes used, the more difficult the mapping saturation.
650 $aComportamento de Variedade
650 $aHevea Brasiliensis
650 $aPopulação de Planta
650 $aSeringueira
650 $aVariação Genética
700 1 $aSANTOS, L. H. B. dos
700 1 $aROSA, J. R. B. F.
700 1 $aSILVA, C. C. da
700 1 $aMANTELLO, C. C.
700 1 $aCONSON, A. R. O.
700 1 $aSCALOPPI JUNIOR, E. J.
700 1 $aFIALHO, J. de F.
700 1 $aMORAES, M. L. T. de
700 1 $aGONÇALVES, P. de S.
700 1 $aMARGARIDO, G. R. A.
700 1 $aGARCIA, A. A. F.
700 1 $aLE GUEN, V.
700 1 $aSOUZA, A. P. de
773 $tFrontiers in Plant Science$gv. 9, article 815, 03 July 2018.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 27 | |
| 1. |  | LIMA, S. S. de; PEREIRA, M. G.; SILVA NETO, E. C. da; FERNANDES D. A. C.; AQUINO, A. M. de. Biogenic and psychogenic aggregates under different crops with black oat in Nova Friburgo, Brazil. Revista Caatinga, Mossoró, v. 33, n. 2, p. 299 ? 309, abr./jun., 2020| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
|    |
| 6. | | PEREIRA, M. G.; FONTANA, A.; RIBEIRO, J. C.; SILVA NETO, E. C. da; PINHEIRO JUNIOR, C. R. Solos e sistemas de uso e manejo em ambientes de montanha, Mar de Morros e Tabuleiros Costeiros. In: MARTINS, A. G.; BATISTA, A. H.; WENDLING, B.; PEREIRA, M. G.; SANTOS, W. O. (ed.). Manejo do solo em sistemas integrados de produção. Ponta Grossa: Atena, 2022. cap. 3, p. 61-79.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 8. | | SILVA NETO, E. C. da; PEREIRA, M. G.; FRADE JUNIOR, E. F.; CARVALHO JUNIOR, J. A.; SANTOS, J. C.; SILVA, S. B. da; COSTA, F. de S. Alterações químicas na mudança no uso do solo com corte raso e fogo na amazônia ocidental brasileira. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 33., 2011, Uberlândia. Solos nos biomas brasileiros: sustentabilidade e mudanças climáticas: anais. [Uberlândia]: SBCS: UFU, ICIAG, 2011. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
| |
| 9. | | SILVA NETO, E. C. da; PEREIRA, M. G.; SCHIAVO, J. A.; FONTANA, A.; FERNANDES, J. C. F.; ANJOS, L. H. C. dos. Atributos edáficos de Latossolos com horizontes A húmico como ferramentas para reconstrução paleoambiental. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 35., 2015, Natal. O solo e suas múltiplas funções: anais. Natal: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 10. | | PINHEIRO JUNIOR, C. R.; PEREIRA, M. G.; SILVA NETO, E. C. da; FONTANA, A.; SANTOS, O. A. Q. dos; SOUZA, R. S. de. Caracterização dos solos e limitações de uso em uma topossequência na Baixada Litorânea Fluminense, RJ. In: TULLIO, L. (org.). Características do solo e sua interação com as plantas. Ponta Grossa: Atena, 2019. v. 2, cap. 3, p. 25-37.| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 11. | | PEREIRA, M. G.; ANJOS, L. H. C. dos; PINHEIRO JUNIOR, C. R.; PINTO, L. A. da S. R.; SILVA NETO, E. C. da; FONTANA, A. Formação e caracterização de solos. In: TULLIO, L. (Org.). Formação, classificação e cartografia dos solos. Ponta Grossa: Atena Editora, 2019. cap. 1, p. 1-20.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 12. | | ALMEIDA, G. M. de; LIMA, G. M. de; SILVA NETO, E. da; COSTA, A. L. da; CAMARGO, R. C. R. de. Nidificação de abelhas indígenas e espécies arbóreas na área de bosque da Embrapa Meio-Norte. In: SIMPÓSIO DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 6.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 4.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 3., 2005, Teresina, PI. Resumos... Teresina: UESPI, 2005. p. 219.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
| |
| 14. | | SILVA NETO, E. C. da; CALEGARI, M. R.; PEREIRA, M. G.; MARANHÃO, D. D. C.; SCHIAVO, J. A.; FONTANA, A.; FERNANDES, J. C. F. Phytoliths as indicators of pedogenesis and paleoenvironmental changes in Spodosols of the state of Rio de Janeiro, Brazil. Science of the Total Environment, v. 636, p. 1070-1080, Sept. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
|  |
| 15. | | ROCHA, A. M. P. L.; ROCHA, R. S.; SILVA NETO, E.; RÊGO, J. G. S. do; VIEIRA NETO, J. M; PEREIRA, F. de M.; LOPES, M. T. do R.; FREITAS, B. M.; CAMARGO, R. C. R. de; RIBEIRO, V. Q. Avaliação da digestibilidade de alimentos alternativos para abelhas Apis mellífera. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA, 1.; PRÊMIO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA DA FAPEPI, 1., 2005, [Teresina]. Anais...[Teresina]: FAPEPI, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
| |
| 16. | | BARBOSA, A. de L.; ROCHA, R. S.; VIEIRA NETO, J. M.; LOPES, M. T. do R.; PEREIRA, F. de M.; CAMARGO, R. C. R. de; ROCHA, A. M. P. L.; SILVA NETO, E. da; BARRETO, G. P. V. Avaliação de espécies arbóreas para o sombreamento natural de apiários: resultados preliminares. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA, 1.; PRÊMIO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA DA FAPEPI, 1., 2005, [Teresina]. Anais...[Teresina]: FAPEPI, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
| |
| 17. | | PEREIRA, F. de M.; LOPES, M. T. do R.; CAMARGO, R. C. R. de; VIEIRA NETO, J. M.; SOUZA, B. de A.; ROCHA, R. S.; SILVA NETO, E. da. Alternativas de alimentação para abelhas Apis mellifera. In: XIMENES, L. J. F.; COSTA, L. S. de A.; NASCIMENTO, J. L. S. do (Org.). Manejo racional de abelhas africanizadas e de meliponídeos no nordeste do Brasil. Fortaleza: BNB, 2011. Cap. 7. p. 147-169 (Série BNB. Ciência e Tecnologia, 6).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
| |
| 18. | | PINHEIRO JUNIOR, C. R.; PEREIRA, M. G.; AZEVEDO, A. C. de; HUYSSTEEN, C. van; ANJOS, L. H. C. dos; FONTANA, A.; SILVA NETO, E. C. da; VIEIRA, J. N.; SANTOS, T. G. Genesis and classification of carbonate soils in the State of Rio de Janeiro, Brazil. Journal of South American Earth Sciences, v. 108, 103183, Jun. 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 19. | | OLIVEIRA, F. S. de; PEREIRA, M. G.; SILVA, R. C. da; PINHEIRO JUNIOR, C. R.; SILVA NETO, E. C. da; FONTANA, A.; SOUZA, J. J. L. L. de; PEDRON, F. de A. Formation and degradation of textural pedofeatures in soils of ancient tropical coastal plains in southeastern Brazil. Catena, v. 245, 108313, Oct. 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 20. | | PINHEIRO JUNIOR, C. R.; SILVA, R. C. da; SILVA NETO, E. C. da; AZEVEDO, A. C. de; NASCIMENTO, C. W. R. do; FONTANA, A.; SOUZA JÚNIOR, V. S. de; ANJOS, L. H. C. dos; PEREIRA, M. G. Influence of carbonate rocks on soil properties in the humid tropical climate of atlantic forest, Rio de Janeiro-Brazil. Journal of South American Earth Sciences, v. 112, pt. 1, 103582, Dec. 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| Registros recuperados : 27 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
