BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






Registro Completo
Biblioteca(s):  Embrapa Informática Agropecuária.
Data corrente:  22/12/2017
Data da última atualização:  10/08/2018
Tipo da produção científica:  Artigo em Anais de Congresso
Autoria:  VIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F.; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A.
Afiliação:  FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; DANILO GOMES DE MOURA; DIEGO FÉLIX DA SILVA, Programa Geneplus-Embrapa; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA.
Título:  BDGF: um sistema web para recuperação de informação de genótipos e fenótipos.
Ano de publicação:  2017
Fonte/Imprenta:  In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 11., 2017, Campinas. Ciência de dados na era da agricultura digital: anais. Campinas: Editora da Unicamp: Embrapa Informática Agropecuária, 2017.
Páginas:  p. 429-438.
ISBN:  978-85-85783-75-4
Idioma:  Português
Notas:  SBIAgro 2017. Na publicação: Adhemar Zerlotini.
Conteúdo:  Nos últimos anos, o uso de genotipagem em grande escala de dezenas ou centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) para estimar o perfil genômico de animais permitiu o desenvolvimento de estudos de associação genótipo-fenótipo em escala genômica (GWAS) e a introdução da tecnologia de seleção genômica em programas de melhoramento genético. No entanto, esta situação implica na necessidade de armazenamento de grande volume de dados de genotipagem, fenotipagem e pedigree de um elevado número de animais. Para integrar esse volume de dados distintos, é primordial utilizar uma estrutura de armazenamento robusta, como um SGBD. Assim, uma questão importante a considerar é o equilíbrio entre normalização e desempenho durante o estágio de modelagem de banco de dados, pois isso terá um impacto direto na usabilidade e na experiência do usuário. Buscando resolver esse problema de armazenamento eficiente e consultas rápidas num grande volume de dados, este trabalho apresenta o sistema BDGF (Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos). Seu modelo de dados permite a implementação do tipo JSON em campos de tabelas relacionadas a fenótipos e do tipo texto em campos da tabela genótipos. BDGF foi projetado para dar suporte a projetos de criação de animais da Embrapa, mas pode ser facilmente ajustado para armazenar dados de diversas fontes, tais como dados de plantas. Além disso, o sistema implementa políticas de acesso e segurança para fenótipos, genótipos e pedigree dos animais.
Palavras-Chave:  Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos; JavaScript Object Notation; JSON; Polimorfismo de nucleotídeo único; PostgreSQL; Sistema Gerenciador de Banco de Dados; Tecnologias Java EE.
Thesaurus NAL:  Databases; Genotype; Phenotype; Single nucleotide polymorphism.
Categoria do assunto:  X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/169697/1/BDGF-sbiagro2017.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CNPTIA19555 - 1UMTPL - DD

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1.Imagem marcado/desmarcadoZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C. Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Campinas: Embrapa informática Agropecuária, 2016. 36 p. il. (Embrapa informática Agropecuária. Documentos, 149).
Tipo: Documentos
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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2.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. flanSnps. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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3.Imagem marcado/desmarcadoHONGO, J. A.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P. Detecção e análise bioinformática de genes sob evidência de seleção positiva em genomas de parasitos. In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 6., 2012, Jaguariúna. Anais... Jaguariúna: Embrapa; ITAL, 2012. p. 1-10. CIIC 2012. No 12612.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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4.Imagem marcado/desmarcadoNAGAI, L. A. E.; GIACHETTO, P. F.; ZERLOTINI NETO, A. Utilização da plataforma Galaxy na análise de dados de RNAseq. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 8., 2012, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2012. p. 175-178.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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5.Imagem marcado/desmarcadoVIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F.; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A. BDGF: um sistema web para recuperação de informação de genótipos e fenótipos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 11., 2017, Campinas. Ciência de dados na era da agricultura digital: anais. Campinas: Editora da Unicamp: Embrapa Informática Agropecuária, 2017. p. 429-438. SBIAgro 2017. Na publicação: Adhemar Zerlotini.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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6.Imagem marcado/desmarcadoCASTRO, G. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. Reconstructing the whole mitochondrial DNA (mtDNA) from nuclear genome. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 11.; BRAZILIAN SYMPOSIUM OF BIOINFORMATICS, 2015, São Paulo. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2015. p. 42. X-meeting 2015.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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7.Imagem marcado/desmarcadoNAGAI, L. A. E.; SILVA, F. R.; CINTRA, L. C.; GIACHETTO, P. F.; ZERLOTINI NETO, A. Using Galaxy to facilitate RNA-Seq analysis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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8.Imagem marcado/desmarcadoVIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F. da; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A. BDGF: a database and webbased information retrieval system for genotype and phenotype. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 12., 2016, Belo Horizonte. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2016. p. 238. X-Meeting 2016.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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9.Imagem marcado/desmarcadoCHUD, T. C. S.; ZERLOTINI NETO, A.; CARMO, A. S. do; MUNARI, D. P.; SILVA, M. V. G. B. Identificação de variação no número de cópias em bovinos leiteiros usando dados de NGS. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto. Anais... Ribeirão Preto: SBMA, 2017. 3 p.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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10.Imagem marcado/desmarcadoSIMÕES, M.; BAHIA, D.; TORRES, K.; ZERLOTINI NETO, A.; ARTIGUENAVE, F.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G.; OLIVEIRA, G. SNP identification in Schistosoma mansoni expressed genes. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 131. X-meeting 2005. Presented Posters. Na publicação: Paula Kuser.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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11.Imagem marcado/desmarcadoCHUD, T. C. S.; BICKHART, D. M.; ZERLOTINI NETO, A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P. Copy number variation in dairy cattle using next-generation sequencing. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Abstracts... [S.l. : s.n.], 2018. 1 p. PAG 2018. P0490. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius B. da Silva.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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12.Imagem marcado/desmarcadoCASASSOLA, A.; BRAMMER, S. P.; CHAVES, M. S.; NHANI JUNIOR, A.; FALCAO, P. R. K.; ZERLOTINI NETO, A.; STEFANATO, F; BOYD, L. Perfil de expressão de genes em trigo em resposta à infecção por ferrugem da folha. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 8.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 9., 2014, Canela; REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 9.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 10., 2015, Passo Fundo. Anais... Passo Fundo: Biotrigo Genética: Embrapa Trigo, 2015. 2015-Melhoramento, Aptidão Industrial e Sementes-Trabalho 98. 1 CD-ROM.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Trigo.
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13.Imagem marcado/desmarcadoROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 156 - 157.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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14.Imagem marcado/desmarcadoSOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Scientific Reports, v. 8, p. 1-12, 2018. Article number: 13747. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C. A. Regitano.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Pecuária Sudeste.
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15.Imagem marcado/desmarcadoMORÉ, D. D.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. A.; ZERLOTINI NETO, A.; GULIAS-GOMES, C. C.; IBELLI, A. M. G.; CATOIA, V.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. A. Genetics mechanisms of resistance and response to tick infestation in Hereford cattle: a global view. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 66. ISAFG 2013. AB.59.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pecuária Sul.
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16.Imagem marcado/desmarcadoVERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B. A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.:s.n.], 2018. 6 p. WCGALP 2018. Na publicação: A. Zerlotini, J. C. C. Panetto.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Informática Agropecuária.
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17.Imagem marcado/desmarcadoCRUZ, I. R. DA; GERALDO, J. A.; LEITE, L. R.; ZERLOTINI NETO, A.; ARAUJO, F.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G. Efficient gap-closure of eukaryotic genome sequence assemblies by third-generation sequencing. In: International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatica and Computacion Biology, 10., 2012, Campinas. Resumos...
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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18.Imagem marcado/desmarcadoZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 12., 2016, Belo Horizonte. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2016. p. 47. X-meeting 2016.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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19.Imagem marcado/desmarcadoZERLOTINI NETO, A.; AGUIAR, E. R. G. R.; YU, F.; XU, H.; LI, Y.; YOUNG, N. D.; GASSER, R. B.; PROTASIO, A. V.; BERRIMAN, M.; ROOS, D. S.; KISSINGER, J. C.; OLIVEIRA, G. SchistoDB: an updated genome resource for the three key schistosomes of humans. Nucleic Acids Research, p. 1-4, 2012.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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20.Imagem marcado/desmarcadoCRATIVOL, C.; REGULSKI, M.; BERTALAN, M.; MCCOMBIE, W. R.; SILVA, F. R. da; ZERLOTINI NETO, A.; VICENTINI, R.; FARINELLI, L.; HEMERLY, A. S.; MARTIENSSEN, R. A.; FERREIRA, P. C. G. Sugarcane genome sequencing by methylation filtration provides tools for genomic research in the genus Saccharum. The Plant Journal, Oxford, v. 79, n. 1, p. 162-172, 2014.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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