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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Café. Para informações adicionais entre em contato com biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
14/03/2017 |
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Data da última atualização: |
27/11/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
VIEIRA, N. G. |
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Afiliação: |
NATALIA GOMES VIEIRA. |
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Título: |
Identificação e caracterização de genes órfãos ('NO HITS') de café (Coffea spp.). |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
2013. |
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Páginas: |
130 p. |
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Descrição Física: |
il. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Dissertação (mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, MG. Orientador: Alan Carvalho de Andrade, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Coorientador: Pierre Marraccini. |
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Conteúdo: |
Coffee is one of the most important agricultural commodities worldwide. Breeding programs aimed at introducing new characters to produce novel varieties with superior agronomic traits, such as, uniform flowering, yield, grain size, beverage quality, lower caffeine content, as well as, disease and drought resistance have been ongoing for several decades. However, with a large number of gene sequences available in Coffea spp. databases, the identification and characterization of novel genes with unknown function (no hits) are feasible and necessary. The aim of this study was to identify and functionally characterize no hits found in coffee databases, using in silico analysis and qPCR gene expression. For in silico analyses, no hits were identified by similarity search in NCBI databases. Coffea arabica and Coffea canephora libraries from different tissues were generated by sequencing data using the Sanger and 454 methods. We performed an electronic Northern search of the no hits in the coffee libraries. Plant material, for qPCR assays, was obtained from different tissues (leaves, roots, fruits and meristems) of the species C. arabica and C. canephora subjected to different biological conditions (biotic and abiotic stresses) and fruits at early, intermediate and late development stages. As a result, in silico analyzes identified and characterized 1.568 orphan genes in accordance with the libraries in which they were expressed. Therefore, we selected and performed qPCR of 17 orphan genes potentially involved in tolerance to biotic and abiotic stresses, as well as, orphan genes involved in coffee fruit development. These genes responded differentially in tissues and with biological conditions, confirming in silico analyzes previously obtained and providing evidences for their probable involvement in specific biological processes in coffee plants. MenosCoffee is one of the most important agricultural commodities worldwide. Breeding programs aimed at introducing new characters to produce novel varieties with superior agronomic traits, such as, uniform flowering, yield, grain size, beverage quality, lower caffeine content, as well as, disease and drought resistance have been ongoing for several decades. However, with a large number of gene sequences available in Coffea spp. databases, the identification and characterization of novel genes with unknown function (no hits) are feasible and necessary. The aim of this study was to identify and functionally characterize no hits found in coffee databases, using in silico analysis and qPCR gene expression. For in silico analyses, no hits were identified by similarity search in NCBI databases. Coffea arabica and Coffea canephora libraries from different tissues were generated by sequencing data using the Sanger and 454 methods. We performed an electronic Northern search of the no hits in the coffee libraries. Plant material, for qPCR assays, was obtained from different tissues (leaves, roots, fruits and meristems) of the species C. arabica and C. canephora subjected to different biological conditions (biotic and abiotic stresses) and fruits at early, intermediate and late development stages. As a result, in silico analyzes identified and characterized 1.568 orphan genes in accordance with the libraries in which they were expressed. Therefore, we selected and performed qPCR of 17 orph... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Estresse; Expressão gênica. |
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Thesagro: |
Base de dados; Cafe. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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500 $aDissertação (mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, MG. Orientador: Alan Carvalho de Andrade, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Coorientador: Pierre Marraccini.
520 $aCoffee is one of the most important agricultural commodities worldwide. Breeding programs aimed at introducing new characters to produce novel varieties with superior agronomic traits, such as, uniform flowering, yield, grain size, beverage quality, lower caffeine content, as well as, disease and drought resistance have been ongoing for several decades. However, with a large number of gene sequences available in Coffea spp. databases, the identification and characterization of novel genes with unknown function (no hits) are feasible and necessary. The aim of this study was to identify and functionally characterize no hits found in coffee databases, using in silico analysis and qPCR gene expression. For in silico analyses, no hits were identified by similarity search in NCBI databases. Coffea arabica and Coffea canephora libraries from different tissues were generated by sequencing data using the Sanger and 454 methods. We performed an electronic Northern search of the no hits in the coffee libraries. Plant material, for qPCR assays, was obtained from different tissues (leaves, roots, fruits and meristems) of the species C. arabica and C. canephora subjected to different biological conditions (biotic and abiotic stresses) and fruits at early, intermediate and late development stages. As a result, in silico analyzes identified and characterized 1.568 orphan genes in accordance with the libraries in which they were expressed. Therefore, we selected and performed qPCR of 17 orphan genes potentially involved in tolerance to biotic and abiotic stresses, as well as, orphan genes involved in coffee fruit development. These genes responded differentially in tissues and with biological conditions, confirming in silico analyzes previously obtained and providing evidences for their probable involvement in specific biological processes in coffee plants.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 35 | |
| 4. |  | BOARI, A. de J.; PANTOJA, K. F. C.; SOUSA, C. M.; BARRETO, M.; SECUNDINO, W. Avaliação de jardins clonais de pimenta-do-reino quanto à presença de Piper yellow mottle virus no Estado do Espírito Santo. In: CONGRESSO PAULISTA DE FITOPATOLOGIA, 35., 2012, Jaguariúna. Anais... Summa Phytopathologica, Botucatu, v. 38, fev. 2012. Suplemento. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 5. | | SOUSA, C. M.; BOARI, A. de J.; PRADO, E.; PANTOJA, K. F. C.; SOUSA, A. S. Planococcus minor Maskell: virus-vector to piper yellow mottle virus(i/) on black pepper. Virus Reviews and Research, v. 15, supl. 1, p. 306, oct. 2010. ID: 00796-00001 - Trabalho apresentado no NATIONAL MEETING OF VIROLOGY, 21.; MERCOSUL MEETING OF VIROLOGY, 5. Título em inglês. Título equivalente ENCONTRO NACIONAL DE VIROLOGIA, 21.; ENCONTRO DE VIROLOGIA DO MERCOSUL, 5., 2010, Gramado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 8. | | BOARI, A. de J.; PANTOJA, K. A. C.; CARVALHO, K. B.; SOUSA, C. M. Seleção de oligonucleotídeos paea detecção de Piper yellow mottle virus em pimenteira-do-reino por PCR. Tropical Plant pathology, Brasília, DF, v. 37, ago. 2012. 1 CD-ROM. Suplemento, ref. 650. Edição dos Resumos do 45 Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Manaus, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 10. | | BOARI, A. de J.; OLIVEIRA, A. C. S.; SOUSA, C. M.; PANTOJA, K. F. C.; SOUZA, C. A.; BONFIM, K. Evaluation of black pepper mother plants as for viruses in the state of Pará. Virus Reviews and Research, v. 15, supl. 1, p. 277, oct. 2010. ID: 00571-00001 - Trabalho apresentado no NATIONAL MEETING OF VIROLOGY, 21.; MERCOSUL MEETING OF VIROLOGY, 5. Título em inglês. Título equivalente ENCONTRO NACIONAL DE VIROLOGIA, 21.; ENCONTRO DE VIROLOGIA DO MERCOSUL, 5., 2010, Gramado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 12. | | SILVA, N. B.; OLIVEIRA, A. P. S.; REZENDE, C. C.; SOUSA, C. M.; WENDLAND, A.; FERREIRA, E. P. de B. Agronomic performance of the super-early common bean cultivar BRS FC104 in response to co-inoculation. Australian Journal of Crop Science, v. 17, n. 6, p. 516-523, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 13. | | PANTOJA, K. de F. da C.; BOARI, A. de J.; OLIVEIRA, A. C. de; SOUSA, C. M. de. Avaliação de matrizeiros de pimenta do reino quanto às viroses no Estado do Pará. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA, 14., 2010, Belém, PA. Bolsista de iniciação científica: um aporte ao desenvolvimento da pesquisa agropecuária: anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2010. 1 CD-ROM. PIBIC 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 14. | | BOARI, A. de J.; PANTOJA, K. de F. da C.; SOUSA, C. M. de; OLIVEIRA, A. C. S. de. Ocorrência de Piper yellow mottle virus em jardins clonais de pimenta-do-reino no Estado do Pará. In: CONFERÊNCIA NACIONAL DE DEFESA AGROPECUÁRIA, 4., 2013, Belém, PA. Defesa agropecuária e sustentabilidade. Belém, PA: SBDA, 2014. p. 147.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 15. | | CARVALHO, L. C. B.; SILVA, K. J. D. e; ROCHA, M. de M.; SOUSA, C. M. B. de. Caracterização morfológica e divergência genética entre acessos de feijão-caupi. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. 1 CD-ROM. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 304).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 16. | | BOARI, A. de J.; OLIVEIRA, A. C. S.; SOUSA, C. M.; PANTOJA, K. F. C.; SOUZA, C. A. Incidência de Piper yellow mottle virus e cumcumber mosaic virus em plantas de pimenteira do reino no Estado do Pará. Tropical Plant Pathology, Lavras, MG, v. 35, p. S134, Aug. 2010. Suplemento. Edição dos resumos do XLIII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Cuiabá, ago. 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 17. | | OLIVEIRA A. C. S.; BOARI, A. de J.; SOUSA, C. M. de; PANTOJA, K. de F. C.; SOUZA, C. do A. Detecção de Piper yellow mottle virus de pimenteira do reino nos estados de Minas Gerais, Espírito Santo e Amazonas. Horticultura Brasileira, v. 28, n. 2, p. S952-S956, jul. 2010. Suplemento. 1 CD-ROM. Edição dos anais do 50º Congresso Brasileiro de Olericultura, 2010, Guarapari.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 18. | | PIRES, C. de J.; SOUSA, M. B. e; SOUSA, C. M. B. de; LIMA, L. R. L.; SILVA, K. J. D. e; ROCHA, M. de M. Diversidade genética de genótipos de feijão-caupi de Porte Semi-Prostrado. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 6., 2011, Búzios. Panorama atual e perspectivas do melhoramento de plantas no Brasil: [anais]. Búzios: SBMP, 2011. 4 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 20. | | BOARI, A. de J.; OLIVEIRA, A. C. S.; PANTOJA, K. F. C.; TREMACOLDI, C. R.; CORREA, P. P. S.; SOUSA, C. M.; SOUZA, C. A. Avaliação do banco de germoplasma de pimenteira-do-reino quanto à presença de Piper yellow motlle virus. Summa Phytopathologica, Botucatu, v. 35, 2009. Supplement.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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