BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Soja.
Data corrente:  30/05/2016
Data da última atualização:  26/07/2017
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  LOPES, I. de O. N.; SCHLIEP, A.; CARVALHO, A. P. de L. F. de.
Afiliação:  IVANI DE OLIVEIRA NEGRAO LOPES, CNPSO; ALEXANDER SCHLIEP, Rutgers University, USA; ANDRÉ P. DE L. F. de CARVALHO, Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, São Carlos.
Título:  Automatic learning of pre-miRNAs from different species.
Ano de publicação:  2016
Fonte/Imprenta:  BMC Bioinformatics, v. 17, n. 224, 18 p., 2016.
ISSN:  1471-2105
DOI:  10.1186/s12859-016-1036-3
Idioma:  Português
Conteúdo:  Discovery of microRNAs (miRNAs) relies on predictive models for characteristic features from miRNA precursors (pre-miRNAs). The short length of miRNA genes and the lack of pronounced sequence features complicate this task. To accommodate the peculiarities of plant and animal miRNAs systems, tools for both systems have evolved differently. However, these tools are biased towards the species for which they were primarily developed and, consequently, their predictive performance on data sets from other species of the same kingdom might be lower. While these biases are intrinsic to the species, their characterization can lead to computational approaches capable of diminishing their negative effect on the accuracy of pre-miRNAs predictive models. We investigate in this study how 45 predictive models induced for data sets from 45 species, distributed in eight subphyla/classes, perform when applied to a species different from the species used in its induction. Results: Our computational experiments show that the separability of pre-miRNAs and pseudo pre-miRNAs instances is species-dependent and no feature set performs well for all species, even within the same subphylum/class. Mitigating this species dependency, we show that an ensemble of classifiers reduced the classification errors for all 45 species. As the ensemble members were obtained using meaningful, and yet computationally viable feature sets, the ensembles also have a lower computational cost than individual classifiers ... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Bioinformática.
Thesagro:  Automação; Biologia.
Thesaurus Nal:  Bioinformatics; Biological Sciences.
Categoria do assunto:  S Ciências Biológicas
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/143864/1/Automatic-learning-of-pre-miRNAs-from-different-species.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Soja (CNPSO)
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CNPSO36779 - 1UPCSP - DD

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1.Imagem marcado/desmarcadoCARVALHO, A. P. de. Plantando as espécies certas nos locais certos: influência do clima e solo. In: GALVÃO, A. P. M.; MEDEIROS, A. C. de S. (Ed.). Restauração da Mata Atlântica em áreas de sua primitiva ocorrência natural. Colombo: Embrapa Florestas, 2002. p. 27-34.
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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2.Imagem marcado/desmarcadoLOPES, I. de O. N.; SCHLIEP, A.; CARVALHO, A. P. de L. F. de. Automatic learning of pre-miRNAs from different species. BMC Bioinformatics, v. 17, n. 224, 18 p., 2016.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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3.Imagem marcado/desmarcadoCARVALHO, A. P. de; LARACH, J. O. I.; JACOMINE, P. K. T.; CAMARGO, M. N. (Comp.). Critérios para distinção de classes de solos e de fases de unidades de mapeamento: normas em uso pelo SNLCS. Rio de Janeiro: EMBRAPA-SNLCS, 1988. 67 p. (EMBRAPA-SNLCS. Documentos, 11).
Biblioteca(s): Embrapa Solos.
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4.Imagem marcado/desmarcadoBOGNOLA, I. A.; FASOLO, P. J.; CARVALHO, A. P. de; POTTER, R. O.; BHERING, S. B. Levantamento de reconhecimento de alta intensidade dos solos da Região Sudeste Paranaense. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 29., 2003, Ribeirão Preto. Solo: Alicerce dos Sistemas de Produção: anais. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo: Universidade Estadual Paulista, 2003.
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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5.Imagem marcado/desmarcadoPOTTER, R. O.; CARVALHO, A. P. de; FLORES, C. A.; BOGNOLA, I. Levantamento de reconhecimento dos solos do Estado de Santa Catarina. Rio de Janeiro: EMBRAPA-CNPS, 1998. 721 p. il. color. (EMBRAPA-CNPS. Boletim de pesquisa, 6).
Biblioteca(s): Embrapa Solos.
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6.Imagem marcado/desmarcadoPOTTER, R. O.; CARVALHO, A. P. de; FLORES, C. A.; BOGNOLA, I. Solos do Estado de Santa Catarina. Rio de Janeiro: Embrapa Solos, 2004. 721 p. il. color. (Embrapa Solos. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 46).
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento
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7.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, M. D. V. de; STURION, J. A.; CARVALHO, A. P. de; SIMEAO, R. M.; FERNANDES, J. S. C. Avaliacao genetica de populacoes, progenies, individuos e clones de erva-mate no Parana. In: CONGRESSO SUL-AMERICANO DA ERVA MATE, 2.; REUNIAO TECNICA DA ERVA MATE, 3., 2000, Encantado. Anais. Porto Alegre: Comissao dos Organizadores / Universidade do Rio Grande do Sul / Fundacao Estadual de Pesquisa Agropecuaria, 2000. p.57-59.
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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8.Imagem marcado/desmarcadoFASOLO, P. J.; HOCHMÜLLER, D. P.; CARVALHO, A. P. de; CARDOSO, A.; RAUEN, M. de J.; POTTER, R. O. Guia para identificação dos principais solos do Estado do Paraná. Rio de Janeiro: EMBRAPA-SNLCS; Brasília, DF: EMBRAPA-DDT, 1986. 36 p. il. color. (EMBRAPA-SNLCS. Documentos, 10).
Tipo: Documentos
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9.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, M. D. V. de; STURION, J. A.; CARVALHO, A. P. de; SIMEÃO, R. M.; FERNANDES, J. S. C. Programa de melhoramento da erva-mate coordenado pela EMBRAPA: resultados da avaliação genética de populações, progênies, indivíduos e clones. Colombo: Embrapa Florestas, 2000. 65 p. (Embrapa Florestas. Circular técnica, 43).
Tipo: Circular Técnica
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10.Imagem marcado/desmarcadoLARACH, J. O. I.; CAMARGO, M. N.; JACOMINE, P. K. T.; CARVALHO, A. P. de; SANTOS, H. G. dos. Definição e notação de horizontes e camadas do solo. 2. ed. rev. e atual. Rio de Janeiro: EMBRAPA-SNLCS, 1988. 54 p. (EMBRAPA-SNLCS. Documentos, 3).
Tipo: Documentos
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11.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, H. G. dos; CAMARGO, M. N.; LARACH, J. O. I.; JACOMINE, P. K. T.; CARVALHO, A. P. de. Definição e notação de horizontes e camadas do solo. Rio de Janeiro: EMBRAPA-SNLCS, 1983. 34 p. (EMBRAPA-SNLCS. Documentos, 3).
Tipo: Documentos
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12.Imagem marcado/desmarcadoRAUEN, M. de J.; LARACH, J. O. I.; CARVALHO, A. P. de; CARDOSO, A.; HOCHMÜLLER, D. P.; FASOLO, P. J. Levantamento de reconhecimento dos solos do litoral do Estado do Paraná (área 11): (informe preliminar). Curitiba: IAPAR; Rio de Janeiro: EMBRAPA-SNLCS, 1977. 128 p. il. (EMBRAPA-SNLCS. Boletim técnico, 54; IAPAR-PLS. Boletim técnico, 9). Acompanha 1 mapa, color. Escala 1:300.000.
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13.Imagem marcado/desmarcadoLARACH, J. O. I.; CARDOSO, A.; CARVALHO, A. P. de; HOCHMULLER, D. P.; TAVARES, F. R.; RAUEN, M. de J. Levantamento de reconhecimento dos solos do Nordeste do Estado do Paraná: (informe preliminar). Curitiba: Divisão de Pesquisa Pedológica, 1971. 144 p. (Brasil. Divisão de Pesquisa Pedológica. Boletim técnico, 16). Acompanha 1 mapa, color. Escala 1:300.000.
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14.Imagem marcado/desmarcadoFASOLO, P. J.; CARDOSO, A.; CARVALHO, A. P. de; HOCHMULLER, D. P.; LARACH, J. O. I.; RAUEN, M. de J. Levantamento de reconhecimento dos solos do Sudeste do estado do Paraná (1a. parte). [S.l.]: EMBRAPA-CPP, 1974. 1 mapa, color. Escala 1:300.000.
Biblioteca(s): Embrapa Solos.
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15.Imagem marcado/desmarcadoFASOLO, P. J.; CARDOSO, A.; CARVALHO, A. P. de; HOCHMULLER, D. P.; LARACH, J. O. I.; RAUEN, M. de J. Levantamento de reconhecimento dos solos do Sudeste do Estado do Paraná - 1a. parte: (informe preliminar). Curitiba: EMBRAPA-CPP, 1974. 150 p. (EMBRAPA-CPP. Boletim técnico, 40). Acompanha 1 mapa, color. Escala 1:300.000.
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16.Imagem marcado/desmarcadoCARDOSO, A.; CARVALHO, A. P. de; HOCHMULLER, D. P.; OLMOS ITURRI LARACH, J.; RAUEN, M. de J.; FASOLO, P. J. Mapa da aptidao agricola dos solos do noroeste do Estado do Parana: sistema de manejo desenvolvido (sem irrigacao). [S.l.]: MA-EMBRAPA-CPP, 1974. Escala 1:300.000. Mapa color. com legenda. Convenio entre a Secretaria da Agricultura, Instituto de Biologia e Pesquisas Tecnologicas, Universidade Federal do Parana e Banco de Desenvolvimento do Parana. Pertence a publicacao EMBRAPA-CPP. Aptidao agricola...
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17.Imagem marcado/desmarcadoCARDOSO, A.; CARVALHO, A. P. de; HOCHMULLER, D. P.; OLMOS ITURRI LARACH, J.; RAUEN, M. de J.; FASOLO, P. J. Mapa de aptidao agricola dos solos do noroeste do Estado do Parana: sistema de manejo pouco desenvolvido. [S.l.]: MA-EMBRAPA-CPP, 1974. Escala 1:300.000. Mapa color. com legenda. Convenio entre a Secretaria da Agricultura, Instituto de Biologia e Pesquisas Tecnologicas, Universidade Federal do Parana e Banco de Desenvolvimento do Parana. Acordo: Governo do Estado do Parana/SUDESUL....
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18.Imagem marcado/desmarcadoRAUEN, M. de J. FASOLO, P. J.; CARDOSO, A.; CARVALHO, A. P. de; HOCHMULLER, D. P.; OLMOS ITURRI LARACH, J. Mapa de aptidao agricola dos solos do sudoeste do estadodo Parana: sistema de manejo desenvolvido (sem irrigacao). [S.l.]: EMBRAPA-SNLCS, 1976. Escala 1:300.000. Mapa color. com legenda. Convenio entre Secretaria da Agricultura, Instituto de Biologia e Pesquisas Tecnologicas, Universidade Federal do Parana e Banco de Desenvolvimento do Parana. Pertence a publicacao EMBRAPA-SNLCS. Aptidao agricola...
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19.Imagem marcado/desmarcadoRAUEN, M. de J.; FASOLO, P. J.; CARDOSO, A.; CARVALHO, A. P. de; HOCHMULLER, D. P.; OLMOS ITURRI LARACH, J. Mapa de aptidão agrícola dos solos do Sudoeste do estado do Paraná: sistema de manejo pouco desenvolvido. Rio de Janeiro: EMBRAPA-SNLCS, 1976. 1 mapa, color. Escala 1:300.000. Pertence à publicação Aptidão agrícola dos solos do Sudoeste do estado do Paraná (área 7): interpretação do levantamento de reconhecimento dos solos. Boletim técnico, 51. FL 1999.00069.
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20.Imagem marcado/desmarcadoHOCHMULLER, D. P.; FASOLO, P. J.; CARDOSO, A.; CARVALHO, A. P. de; CAMARGO, M. N.; RAUEN, M. de J.; JACOMINE, P. K. T.; POTTER, R. O. Estudo expedito de solos do estado do Rio Grande do Sul e parte de Santa Catarina, para fins de classificação, correlação e legenda preliminar. Rio de Janeiro: EMBRAPA-SNLCS, 1980. 262 p. (EMBRAPA-SNLCS. Boletim técnico, 75).
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