BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Gado de Leite.
Data corrente:  18/02/2016
Data da última atualização:  14/03/2016
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  MÉSZÁROS, G.; BOISON, S. A.; O'BRIEN, A. M. P.; FERENCAKOVIC, M.; CURIK, I.; SILVA, M. V. G. B.; UTSONOMIYA, Y. T.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.
Afiliação:  Gábor Mészáros, University of Natural Resources and Life Sciences, Austria; Solomon A. Boison, University of Natural Resources and Life Sciences, Austria; Ana M. Pérez O'Brien, University of Natural Resources and Life Sciences, Austria; Maja Ferencakovic, University of Zagreb, Croatia; Ino Curik, University of Zagreb, Croatia; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; Yuri T. Utsunomiya, UNESP; Jose F. Garcia, UNESP; Johann Sölkner, University of Natural Resources and Life Sciences, Austria.
Título:  Genomic analysis for managing small and endangered populations: a case study in Tyrol Grey cattle.
Ano de publicação:  2015
Fonte/Imprenta:  Frontiers in Genetics, v. 6, p. 192-203, 2015.
Idioma:  Inglês
Notas:  Article 173.
Conteúdo:  Analysis of genomic data is increasingly becoming part of the livestock industry. Therefore, the routine collection of genomic information would be an invaluable resource for effective management of breeding programs in small, endangered populations. The objective of the paper was to demonstrate how genomic data could be used to analyse (1) linkage disequlibrium (LD), LD decay and the effective population size (NeLD); (2) Inbreeding level and effective population size (NeROH) based on runs of homozygosity (ROH); (3) Prediction of genomic breeding values (GEBV) using small within-breed and genomic information from other breeds. The Tyrol Grey population was used as an example, with the goal to highlight the potential of genomic analyses for small breeds. In addition to our own results we discuss additional use of genomics to assess relatedness, admixture proportions, and inheritance of harmful variants. The example data set consisted of 218 Tyrol Grey bull genotypes, which were all available AI bulls in the population. After standard quality control restrictions 34,581 SNPs remained for the analysis. A separate quality control was applied to determine ROH levels based on Illumina GenCall and Illumina GenTrain scores, resulting into 211 bulls and 33,604 SNPs. LD was computed as the squared correlation coefficient between SNPs within a 10 mega base pair (Mb) region. ROHs were derived based on regions covering at least 4, 8, and 16 Mb, suggesting that animals had common ancestor... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Breed management; Endangered breeds; Genomic selection; Runs of homozygosity; SNP chip.
Thesaurus NAL:  linkage disequilibrium.
Categoria do assunto:  L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/139371/1/Cnpgl-2015-FrontGen-Genomic.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Gado de Leite (CNPGL)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CNPGL22373 - 1UPCSP - PPSP 6882SP 6882

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1.Imagem marcado/desmarcadoO'BRIEN, A. M. P.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F.; TASSEL, C. P. V.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J. Linkage disequilibrium levels in Bos indicus and Bos taurus cattle using medium and high density SNP chip data and different minor allele frequency distributions Livestock Science, v. 166, p. 121?132, 2014
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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2.Imagem marcado/desmarcadoMÉSZÁROS, G.; BOISON, S. A.; O'BRIEN, A. M. P.; FERENCAKOVIC, M.; CURIK, I.; SILVA, M. V. G. B.; UTSONOMIYA, Y. T.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J. Genomic analysis for managing small and endangered populations: a case study in Tyrol Grey cattle. Frontiers in Genetics, v. 6, p. 192-203, 2015. Article 173.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 2
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3.Imagem marcado/desmarcadoBOISON, S. A.; NEVES, H. H. R.; O'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F. Imputation of non-genotyped individuals using genotyped progeny in Nellore, a Bos indicus cattle breed. Livestock Science, v. 166, p. 176-189, 2014.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
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4.Imagem marcado/desmarcadoO'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MÉSZÁROS, G.; BICKHART, D. M.; LIU, G. E.; TASSEL, C. P. V.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J. Assessing signatures of selection through variation in linkage disequilibrium between taurine and indicine cattle. Genetics Selection Evolution, v. 46, n. 19, 2014. 14 p.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 4
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5.Imagem marcado/desmarcadoBOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A.; UTSONOMIYA, A. H. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; O'BRIEN, A. M. P.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B. Strategies for single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping to enhance genotype imputation in Gyr (Bos indicus) dairy cattle: Comparison of commercially available SNP chips. Journal of Dairy Science, v. 98, n. 7, p. 4969?4989, 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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6.Imagem marcado/desmarcadoZAVAREZ, L. B.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; FERENCAKOVIC, M.; O'BRIEN, A. M. P.; CURIK, I.; COLE, J. B.; TASSELL, C. P. V.; SILVA, M. V. G. B.; SONSTEGARD, T. S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F. Assessment of autozygosity in Nellore cows (Bos indicus) through high-density SNP genotypes. Frontiers in Genetics, v. 6, n. 5, p. 286-293, 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 2
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7.Imagem marcado/desmarcadoNEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Genetics Selection Evolution, v. 46, n. 17, 2014. 13 p. Article n. 17.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 4
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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8.Imagem marcado/desmarcadoO'BRIEN, A. M. P.; HÖLLER, D.; BOISON, S. A.; MILANESI, M.; BOMBA, L.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSEL, C. P.; SOSTENGARD, T. S.; MÉSZÁROS, G.; AJMONE-MARSAN, P.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J. Low levels of taurine introgression in the current Brazilian Nelore and Gir indicine cattle populations. Genetics Selection Evolution, v. 47, n. 31, 2015. 7 p.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 4
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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9.Imagem marcado/desmarcadoUTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; O'BRIEN, A. M. P.; SÖLKNER, J.; McEWAN, J. C.; COLE, J. B.; TASSEL, C. P. V.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; PORTO NETO, L. R.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide association study for birth weight in Nellore cattle points to previously described orthologous genes affecting human and bovine height. BMC Genetics, London, v. 14, n. 52, 2013.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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10.Imagem marcado/desmarcadoUTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; ITO, P. K. R. K.; O'BRIEN, A. M. P.; SOLKNER, J.; PORTO-NETO, L. R.; SCHENKEL, F. S.; McEWAN, J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide mapping of loci explaining variance in scrotal circumference in Nellore Cattle Plos One v. 9, n. 2, p. 1-9, 2014
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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11.Imagem marcado/desmarcadoSÖLKNER, J.; PEREZ O'BRIEN, A. M.; HÖLLER, D.; BOISON, S. A.; MILANESI, M.; BOMBA, L.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSEL, C. P.; SOSTENGARD, T. S.; MÉSZÁROS, G.; AJMONE-MARSAN, P.; GARCIA, J. F. Zebuines kerngenom und taurine Mitochondrien: admixtur von Nelore, der größten brasilianischen rinderrasse. Nova Acta Leopoldina, NF 119, n. 404, p. 69-75, 2016.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 5
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