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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente. |
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Data corrente: |
04/01/2016 |
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Data da última atualização: |
10/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOPES, L. D.; LIMA, A. O. S.; TAKETANI, R. G.; DARIAS, P.; SILVA, L. R. F.; ROMAGNOLI, E. M.; LOUVANDINI, H.; ABDALLA, A. L.; MENDES, R. |
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Afiliação: |
LUCAS DANTAS LOPES; ANDRE OLIVEIRA DE SOUZA LIMA, UNIVALI; RODRIGO GOUVEA TAKETANI; PHILLIP DARIAS, UNIVALI; LILIA RAQUEL FE DA SILVA, UFPI; EMILIANA MANESCO ROMAGNOLI; HELDER LOUVANDINI, CENA-USP; ADIBE LUIZ ABDALLA, CENA-USP; RODRIGO MENDES, CNPMA. |
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Título: |
Exploring the sheep rumen microbiome for carbohydrate-active enzymes. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Antonie van Leeuwenhoek, Amsterdam, v. 108, n. 1, p. 15-30, 2015. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: The rumen is a complex ecosystem enriched for microorganisms able to degrade biomass during the animal?s digestion process. The recovery of new enzymes from naturally evolved biomass-degrading microbial communities is a promising strategy to overcome the inefficient enzymatic plant destruction in industrial production of biofuels. In this context, this study aimed to describe the bacterial composition and functions in the sheep rumen microbiome, focusing on carbohydrate-active enzymes (CAE). Here, we used phylogenetic profiling analysis (inventory of 16S rRNA genes) combined with metagenomics to access the rumen microbiome of four sheep and explore its potential to identify fibrolytic enzymes. The bacterial community was dominated by Bacteroidetes and Firmicutes, followed by Proteobacteria. As observed for other ruminants, Prevotella was the dominant genus in the microbiome, comprising more than 30 % of the total bacterial community. Multivariate analysis of the phylogenetic profiling data and chemical parameters showed a positive correlation between the abundance of Prevotellaceae (Bacteroidetes phylum) and organic matter degradability. A negative correlation was observed between Succinivibrionaceae (Proteobacteria phylum) and methane production. An average of 2 % of the shotgun metagenomic reads was assigned to putative CAE when considering nine protein databases. In addition, assembled contigs allowed recognition of 67 putative partial CAE (NCBI-Refseq) representing 12 glycosyl hydrolase families (Pfam database). Overall, we identified a total of 28 lignocellulases, 22 amylases and 9 other putative CAE, showing the sheep rumen microbiome as a promising source of new fibrolytic enzymes MenosAbstract: The rumen is a complex ecosystem enriched for microorganisms able to degrade biomass during the animal?s digestion process. The recovery of new enzymes from naturally evolved biomass-degrading microbial communities is a promising strategy to overcome the inefficient enzymatic plant destruction in industrial production of biofuels. In this context, this study aimed to describe the bacterial composition and functions in the sheep rumen microbiome, focusing on carbohydrate-active enzymes (CAE). Here, we used phylogenetic profiling analysis (inventory of 16S rRNA genes) combined with metagenomics to access the rumen microbiome of four sheep and explore its potential to identify fibrolytic enzymes. The bacterial community was dominated by Bacteroidetes and Firmicutes, followed by Proteobacteria. As observed for other ruminants, Prevotella was the dominant genus in the microbiome, comprising more than 30 % of the total bacterial community. Multivariate analysis of the phylogenetic profiling data and chemical parameters showed a positive correlation between the abundance of Prevotellaceae (Bacteroidetes phylum) and organic matter degradability. A negative correlation was observed between Succinivibrionaceae (Proteobacteria phylum) and methane production. An average of 2 % of the shotgun metagenomic reads was assigned to putative CAE when considering nine protein databases. In addition, assembled contigs allowed recognition of 67 putative partial CAE (NCBI-Refseq) represen... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Ion torrent (PGM). |
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Thesagro: |
Amilase; Bactéria; Enzima; Ovelha; Rúmen. |
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Thesaurus Nal: |
Amylases; Bacterial communities; Lignocellulose; Metagenomics; Phylogeny. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Meio Ambiente (CNPMA) |
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| Registros recuperados : 8 | |
| 1. |  | ANDRADE, M. L. da R.; LUDKE, M. do C. M. M.; MACIEL, M. I. S.; LUDKE, J. V.; DUTRA JUNIOR, W. M.; SILVA, E. G. da; TORRES, T. R.; SANTOS, E. da S.; FARIA, M. A.; COSTA, A. A. G. Análise sensorial da carne do corte do pernil dos suínos alimentados com soro de leite. In: JORNADA DE ENSINO, PESQUISA E EXTENSÃO DA UFRPE, 8., 2008, Recife. Anais. Recife: Universidade Federal de Pernambuco, 2008. Projeto/Plano de Ação: 16.00.30004-00. Publicado em CD-ROM. JEPEX 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 2. | | FARIA, M. A. M. de F.; LUDKE, M. do C. M. M.; LUDKE, J. V.; DUTRA JUNIOR, W. M.; ANDRADE, E. M. de S. R. de; COSTA, A. A. G.; ANDRADE, M. L. da R. Comportamento de ingestão de suínos alimentados com soro de leite na forma líquida em diferentes proporções em comparação à dieta seca. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 5., 2008, Aracaju. Anais. Aracaju: Sociedade Nordestina de Produção Animal: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2008. Projeto/Plano de Ação: 16.00.30004-00. Publicado em CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 3. | | TORRES, T. R.; LUDKE, M. do C. M. M.; LUDKE, J. V.; ANDRADE, M. L. da R.; SANTANA, J. C. N. de; FARIA, M. A. M. de; SILVA, E. P. da; SOUZA, L. P. S. de. Forma física do milheto na ração de frangos: efeito sobre a carcaça. In: JORNADA DE ENSINO, PESQUISA E EXTENSÃO, 7., 2007, Recife, PE. Anais. Recife, PE: Universidade Federal de Pernambuco, 2007. 3 p. Projeto n. 16.00.30001-16| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 4. | | SANTANA, J. C. N. de; LUDKE, M. do C. M. M.; LUDKE, J. V.; SILVA JÚNIOR, V. A. da; MAIA, F. C. L.; FREITAS, S. F. de A.; TORRES, T. R.; ANDRADE, M. L. da R.; SILVA, A. S. Morfometria gonadal de frangos de corte Ross alimentados com ração contendo sorgo e farelo do caroço de algodão. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 18; CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 10., 2008, João Pessoa, PB. Anais. João Pessoa: UFPB: ABZ, 2008. 4 p. Projeto/Plano de Ação: 16.00.30004-00.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 5. | | FARIA, M. A. M. de; LUDKE, M. do C. M. M.; LUDKE, J. V.; DUTRA JUNIOR, W. M.; ANDRADE, E. M. de S. R. de; ANDRADE, M. L. da R.; COSTA, A. A. G.; SANTOS, E. da S.; SILVA, E. G. da. Comportamento de ingestão de suínos alimentados com soro de leite na forma líquida em comparação à dieta seca. In: JORNADA DE ENSINO, PESQUISA E EXTENSÃO DA UFRPE, 8., 2008, Recife. Anais. Recife: Universidade Federal de Pernambuco, 2008. Projeto/Plano de Ação: 16.00.30004-00. Publicado em CD-ROM. JEPEX 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 6. | | SANTOS, E. da S.; LUDKE, M. do C. M. M.; LUDKE, J. V.; DUTRA JUNIOR, W. M.; FARIA. M. A. M. de; ANDRADE, E. M. de S. de; ANDRADE, M. L. da R.; COSTA, A. A. G.; SILVA, E. G. de. Características de carcaça e peso de diferentes cortes dos suínos alimentados com soro de leite. In: JORNADA DE ENSINO, PESQUISA E EXTENSÃO DA UFRPE, 8., 2008, Recife. Anais. Recife: Universidade Federal de Pernambuco, 2008. Projeto/Plano de Ação: 16.00.30004-00. Publicado em CD-ROM. JEPEX 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 7. | | SILVA, E. G. da; LUDKE, M. do C. M. M.; LUDKE, J. V.; DUTRA JÚNIOR, W. M.; LORENA, I. M. B. de; NASCIMENTO, G. R. do; AQUINO, R. S. de; ANDRADE, M. L. da R.; COSTA, A. A. G.; FARIA, M. A. M. de. Determinação das características de carcaça em suínos alimentados com soro de queijo de coalho do crescimento ao abate. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 18; CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 10., 2008, João Pessoa, PB. Anais. João Pessoa: UFPB: ABZ, 2008. 4 p. Projeto/Plano de Ação: 16.00.30004-00.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 8. | | FARIA, M. A. M. de; LUDKE, M. do C. M. M.; LUDKE, J. V.; DUTRA JUNIOR. W. M.; SILVA, E. G. da; ANDRADE, E. M. de S. R. de; ANDRADE, M. L. da R.; COSTA, A. A. G.; SANTOS, E. da S. Efeito de dietas secas ou úmidas com água e soro de queijo coalho na forma líquida sobre o comportamento de suínos em crescimento. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE NUTRIÇÃO ANIMAL, 1., 2008, Fortaleza. Biotecnologia aplicada na produção de rações: anais. Fortaleza: s.n., 2008. Projeto/Plano de Ação: 16.00.30004-00. Publicado em CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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