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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
15/10/2015 |
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Data da última atualização: |
15/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GODOY, T. F.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; GHEYAS, A. A.; GASPARIN, G.; PADUAN, M.; ANDRADE, S. C. S.; MONTENEGRO, H.; BURT, D. W.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
THAYS FERNANDA GODOY, ESALQ; GABRIEL COSTA MONTEIRO MOREIRA, ESALQ; CLARISSA BOSCHIERO, ESALQ; ALMAS A. GHEYAS, University of Edinburgh; GUSTAVO GASPARIN, ESALQ; MARCELA PADUAN, ESALQ; SONIA CRISTINA DA SILVA ANDRADE, ESALQ; HORACIO MONTENEGRO, ESALQ; DAVID W. BURT, University of Edinburgh; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ. |
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Título: |
SNP and INDEL detection in a QTL region on chicken chromosome 2 associated with muscle deposition. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Animal Genetics, v. 6, n. 2, p. 158-163, 2015. |
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DOI: |
10.1111/age.12271 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genetic improvement is important for the poultry industry, contributing to increased efficiency of meat production and quality. Because breast muscle is the most valuable part of the chicken carcass, knowledge of polymorphisms influencing this trait can help breeding programs. Therefore, the complete genome of 18 chickens from two different experimental lines (broiler and layer) from EMBRAPA was sequenced, and SNPs and INDELs were detected in a QTL region for breast muscle deposition on chicken chromosome 2 between microsatellite markers MCW0185 and MCW0264 (105 849?112 649 kb). Initially, 94 674 unique SNPs and 10 448 unique INDELs were identified in the target region. After quality filtration, 77% of the SNPs (85 765) and 60% of the INDELs (7828) were retained. The studied region contains 66 genes, and functional annotation of the filtered variants identified 517 SNPs and three INDELs in exonic regions. Of these, 357 SNPs were classified as synonymous, 153 as nonsynonymous, three as stopgain, four INDELs as frameshift and three INDELs as nonframeshift. These exonic mutations were identified in 37 of the 66 genes from the target region, three of which are related to muscle development (DTNA, RB1CC1 and MOS). Fifteen non-tolerated SNPs were detected in several genes (MEP1B, PRKDC, NSMAF, TRAPPC8, SDR16C5, CHD7, ST18 and RB1CC1). These loss-of-function and exonic variants present in genes related to muscle development can be considered candidate variants for further studies in chickens. Further association studies should be performed with these candidate mutations as should validation in commercial populations to allow a better explanation of QTL effects. MenosGenetic improvement is important for the poultry industry, contributing to increased efficiency of meat production and quality. Because breast muscle is the most valuable part of the chicken carcass, knowledge of polymorphisms influencing this trait can help breeding programs. Therefore, the complete genome of 18 chickens from two different experimental lines (broiler and layer) from EMBRAPA was sequenced, and SNPs and INDELs were detected in a QTL region for breast muscle deposition on chicken chromosome 2 between microsatellite markers MCW0185 and MCW0264 (105 849?112 649 kb). Initially, 94 674 unique SNPs and 10 448 unique INDELs were identified in the target region. After quality filtration, 77% of the SNPs (85 765) and 60% of the INDELs (7828) were retained. The studied region contains 66 genes, and functional annotation of the filtered variants identified 517 SNPs and three INDELs in exonic regions. Of these, 357 SNPs were classified as synonymous, 153 as nonsynonymous, three as stopgain, four INDELs as frameshift and three INDELs as nonframeshift. These exonic mutations were identified in 37 of the 66 genes from the target region, three of which are related to muscle development (DTNA, RB1CC1 and MOS). Fifteen non-tolerated SNPs were detected in several genes (MEP1B, PRKDC, NSMAF, TRAPPC8, SDR16C5, CHD7, ST18 and RB1CC1). These loss-of-function and exonic variants present in genes related to muscle development can be considered candidate variants for further studies i... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Músculo de peito; SNPs. |
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Thesagro: |
Frango; Melhoramento genético animal; Mutação. |
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Thesaurus Nal: |
Animal genetics; Breast muscle; Broiler chickens; Genetic polymorphism; Quantitative trait loci; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 14 | |
| 3. |  | CASTRO, A. P. de; MORAIS, O. P. de; FURTINI, I. V.; COLOMBARI FILHO, J. M.; LOBO, V. L. da S.; UTUMI, M. M. Novos genitores de arroz de terras altas para resistência à brusone, provenientes da população CG2710 de seleção recorrente. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Rondônia. |
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| 4. | | SMIDERLE, E. C.; FURTINI, I. V.; SILVA, C. S. C. da; BOTELHO, F. B. S.; RESENDE, M. P. M.; BOTELHO, R. T. C.; COLOMBARI FILHO, J. M.; CASTRO, A. P. de; UTUMI, M. M. Index selection for multiple traits in upland rice progenies. Revista de Ciências Agrárias, 42, n. 1, p. 4-12, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Rondônia. |
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| 5. | | CASTRO, A. P. de; RANGEL, P. H. N.; LACERDA, M. C.; FURTINI, I. V.; FRAGOSO, D. de B.; CORDEIRO, A. C. C.; SOUSA, N. R. G.; MORAIS, O. P. de; AZEVEDO, R. de; UTUMI, M. M.; PEREIRA, J. A.; OLIVEIRA, I. J. de; CUSTODIO, D. P.; SANTOS, B. M. dos. BRS A501 CL: cultivar de arroz de terras altas resistente a herbicida. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2018. 8 p. (Embrapa Arroz e Feijão. Comunicado técnico, 242).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Rondônia; Embrapa Roraima. |
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| 6. | | RANGEL, P. H. N.; CASTRO, A. P. de; LACERDA, M. C.; FURTINI, I. V.; FRAGOSO, D. de B.; SANTOS, B. M. dos; ABREU, A. G. de; CORDEIRO, A. C. C.; PEREIRA, J. A.; CUSTÓDIO, D. P.; UTUMI, M. M.; OLIVEIRA, I. J. de. BRS A501 CL: herbicide-tolerant upland rice cultivar. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 20, n. 2, e29972024, 2020. Cultivar release.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Rondônia; Embrapa Roraima; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 7. | | FURTINI, I. V.; CASTRO, A. P. de; LACERDA, M. C.; BRESEGHELLO, F.; FRAGOSO, D. de B.; COLOMBARI FILHO, J. M.; CORDEIRO, A. C. C.; SOUSA, N. R. G.; UTUMI, M. M.; SILVEIRA FILHO, A.; PEREIRA, J. A.; ABREU, G. B.; OLIVEIRA, I. J. de; BASSINELLO, P. Z.; SILVA-LOBO, V. L. BRS A502: cultivar de arroz de terras altas com resistência ao acamamento e grãos de excelente qualidade industrial e culinária. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2020. 12 p. (Embrapa Arroz e Feijão. Comunicado técnico, 253).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Maranhão; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Rondônia. |
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| 8. | | FURTINI, I. V.; CASTRO, A. P. de; LACERDA, M. C.; BRESEGHELLO, F.; UTUMI, M. M.; SILVEIRA FILHO, A.; PEREIRA, J. A.; ABREU, G. B.; CORDEIRO, A. C. C.; SOUSA, N. R. G.; FRAGOSO, D. de B.; MOURA NETO, F. P.; COLOMBARI FILHO, J. M.; BASSINELLO, P. Z.; LOBO, V. L. da S. BRS A502: an upland rice cultivar for intensive sustainable cropping systems in the Brazilian Cerrado. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 22, n. 3, e41792234, 2022. Cultivar release.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Rondônia; Embrapa Roraima. |
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| 9. | | RANGEL, P. H. N.; FURTINI, I. V.; CASTRO, A. P. de; FERREIRA, M. E.; COLOMBARI FILHO, J. M.; UTUMI, M. M.; ABREU, G. B.; FRAGOSO, D. de B.; OLIVEIRA, I. J. de; SANTIAGO, C. M.; PEREIRA, J. A.; SILVEIRA FILHO, A. BRS A504 CL: a new herbicide resistant upland cultivar with high quality grain. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 24, n. 3, e496324312, 2024. Cultivar release.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Café; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Rondônia. |
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| 10. | | CASTRO, A. P. de; MORAIS, O. P. de; BRESEGHELLO, F.; LOBO, V. L. da S.; GUIMARÃES, C. M.; BASSINELLO, P. Z.; COLOMBARI FILHO, J. M.; SANTIAGO, C. M.; FURTINI, I. V.; TORGA, P. P.; UTUMI, M. M.; PEREIRA, J. A.; CORDEIRO, A. C. C.; AZEVEDO, R. de; SOUSA, N. R. G.; SOARES, A. A.; RADMANN, V.; PETERS, V. J. BRS Esmeralda: cultivar de arroz de terras altas com elevada produtividade e maior tolerância à seca. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2014. 4 p. (Embrapa Arroz e Feijão. Comunicado técnico, 215).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
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| 11. | | MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; COLOMBARI FILHO, J. M.; FAGUNDES, P. R. R.; RANGEL, P. H. N.; CARDOSO, E. T.; BRESEGHELLO, F.; NUNES, C. D. M.; CASTRO, A. P. de; PETRINI, J. A.; ANDRES, A.; NEVES, P. de C. F.; MARTINS, J. F. da S.; FURTINI, I. V.; MOURA NETO, F. P.; CORDEIRO, A. C. C.; ABREU, G. B.; PEREIRA, J. A.; UTUMI, M. M. 'BRS A705': nova cultivar de arroz irrigado de ciclo precoce, elevada produtividade e resistente ao acamamento. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2021. 11 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado Técnico, 384). ODS 2.| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
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| 12. | | BRESEGHELLO, F.; MELLO, R. N. de; PINHEIRO, P. V.; SOARES, D. M.; LOPES JUNIOR, S.; RANGEL, P. H. N.; GUIMARÃES, E. P.; CASTRO, A. P. de; COLOMBARI FILHO, J. M.; MAGALHÃES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; NEVES, P. de C. F.; FURTINI, I. V.; UTUMI, M. M.; PEREIRA, J. A.; CORDEIRO, A. C. C.; SILVEIRA FILHO, A.; ABREU, G. B.; MOURA NETO, F. P.; PIETRAGALLA, J.; VARGAS HERNÁNDEZ, M.; CROSSA, J. Building the Embrapa rice breeding dataset for efficient data reuse. Crop Science, v. 61, n. 5, p. 3445-3457, Sept./Oct. 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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