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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
28/07/2015 |
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Data da última atualização: |
03/03/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CARMO, C. D.; SANTOS, D. B.; ALVES, L. B.; OLIVEIRA, G. A. F.; OLIVEIRA, E. J. de. |
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Afiliação: |
C. D. CARMO, UFRB; D. B. SANTOS, UFRB; L. B. ALVES, UFRB; G. A. F. OLIVEIRA, UFRB; EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF. |
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Título: |
Development of TRAP (Target Region Amplification Polymorphism) as New Tool for Molecular Genetic Analysis in Cassava. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology Reporte, 18 April 2015. |
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Páginas: |
14P. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Cassava (Manihot esculenta Crantz) lacks molecular studies for use in breeding and germplasm bank maintenance. This work aimed to develop and validate TRAP (target region amplification olymorphism) markers for cassava and evaluate their potential for structuring the genetic diversity of this species. Preliminary analyses with 396 combinations found 64%of combinations with a good amplification pattern and polymorphism. The 69 most polymorphic TRAP combinations were used to characterize 46 cassava genotypes, from which 606 alleles (range 3 to 18 with a mean of 8.8 alleles per combination) were identified. The polymorphic information content (PIC) ranged from 0.03 to 0.38 (average 0.23), while 31 combinations showed a PIC >0.25. The resolving power (Rp) parameter ranged from 0.10 to 6.30 (average 3.21). The primers that were related to starch and carotenoid biosynthesis, cyanogenic compounds, post-harvest physiological deterioration, root formation, and defense responses were the most polymorphic (>70 % of polymorphic fragments, PIC>0.25, and Rp>3.21). A total of 37 private alleles were identified in 20 accessions. Bayesian clustering as implemented in STRU CTURE revealed the presence of two major clusters (K=2) and four subclusters (K=4). The group differentiation based on the molecular variance analysis (AMOVA) showed that most of the genetic variation is within groups but with significant differences between groups. Therefore, TRAP primers have a high polymorphism for use as a molecular tool in cassava, in addition to the association with genetic regions that may increase the chances of obtaining functional markers. MenosCassava (Manihot esculenta Crantz) lacks molecular studies for use in breeding and germplasm bank maintenance. This work aimed to develop and validate TRAP (target region amplification olymorphism) markers for cassava and evaluate their potential for structuring the genetic diversity of this species. Preliminary analyses with 396 combinations found 64%of combinations with a good amplification pattern and polymorphism. The 69 most polymorphic TRAP combinations were used to characterize 46 cassava genotypes, from which 606 alleles (range 3 to 18 with a mean of 8.8 alleles per combination) were identified. The polymorphic information content (PIC) ranged from 0.03 to 0.38 (average 0.23), while 31 combinations showed a PIC >0.25. The resolving power (Rp) parameter ranged from 0.10 to 6.30 (average 3.21). The primers that were related to starch and carotenoid biosynthesis, cyanogenic compounds, post-harvest physiological deterioration, root formation, and defense responses were the most polymorphic (>70 % of polymorphic fragments, PIC>0.25, and Rp>3.21). A total of 37 private alleles were identified in 20 accessions. Bayesian clustering as implemented in STRU CTURE revealed the presence of two major clusters (K=2) and four subclusters (K=4). The group differentiation based on the molecular variance analysis (AMOVA) showed that most of the genetic variation is within groups but with significant differences between groups. Therefore, TRAP primers have a high polymorphism for use as... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Marcador molelular. |
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Thesagro: |
Mandioca; Marcador genético. |
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Thesaurus Nal: |
Cassava; Genetic markers. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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520 $aCassava (Manihot esculenta Crantz) lacks molecular studies for use in breeding and germplasm bank maintenance. This work aimed to develop and validate TRAP (target region amplification olymorphism) markers for cassava and evaluate their potential for structuring the genetic diversity of this species. Preliminary analyses with 396 combinations found 64%of combinations with a good amplification pattern and polymorphism. The 69 most polymorphic TRAP combinations were used to characterize 46 cassava genotypes, from which 606 alleles (range 3 to 18 with a mean of 8.8 alleles per combination) were identified. The polymorphic information content (PIC) ranged from 0.03 to 0.38 (average 0.23), while 31 combinations showed a PIC >0.25. The resolving power (Rp) parameter ranged from 0.10 to 6.30 (average 3.21). The primers that were related to starch and carotenoid biosynthesis, cyanogenic compounds, post-harvest physiological deterioration, root formation, and defense responses were the most polymorphic (>70 % of polymorphic fragments, PIC>0.25, and Rp>3.21). A total of 37 private alleles were identified in 20 accessions. Bayesian clustering as implemented in STRU CTURE revealed the presence of two major clusters (K=2) and four subclusters (K=4). The group differentiation based on the molecular variance analysis (AMOVA) showed that most of the genetic variation is within groups but with significant differences between groups. Therefore, TRAP primers have a high polymorphism for use as a molecular tool in cassava, in addition to the association with genetic regions that may increase the chances of obtaining functional markers.
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 26 | |
| 3. |  | LOUREIRO, D. C.; AQUINO, A. M. de; ZONTA, E.; LIMA, E. Compostagem e vermicompostagem de resíduos domiciliares com esterco bovino para a produção de insumo orgânico. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 7, p. 1043-1048, jul. 2007. Parceria: UFRRJ| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 7. | | LOUREIRO, D. C.; DE-POLLI, H.; CEDDIA, M. B.; AQUINO, A. M.; AZEVEDO, P. H. S. Variabilidade espacial da biomassa microbiana e constituintes lábeis da matéria orgânica do solo sob diferentes sistemas de manejo e cobertura vegetal. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28., REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12., SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10., REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. 4 p. 1 CD-ROM. Parceria: UFRRJ. Organizado por: Adilson de Oliveira Júnior, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, César de Castro, Fábio Álvares de Oliveira; Odilon Ferreira Saraiva.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 10. | | AZEVEDO, P. H. S.; SILVA, E. E.; ALMEIDA, M. M. T. B.; LOUREIRO, D. C.; DE-POLLI, H. Componentes do "Pool" de carbono e nitrogênio como indicadores da qualidade do solo na região Sul de Minas Gerais. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28., REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12., SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10., REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. 4 p. 1 CD-ROM. Parceria: UFRRJ. Organizado por: Adilson de Oliveira Júnior, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, César de Castro, Fábio Álvares de Oliveira; Odilon Ferreira Saraiva.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 12. | | LOUREIRO, D. C.; DE-POLLI, H.; AQUINO, A. M. de; CEDDIA, M. B.; BERBARA, R. L. L.; ZATORRE, N. P. Biomasa microbiana e constituintes lábeis da matéria orgânica do solo sob diferentes sistemas de manejo e cobertura vegetal. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 17., 2008, Rio de Janeiro. Manejo e conservação do solo e da água no contexto das mudanças ambientais. Rio de Janeiro: SBCS: Embrapa Solos: Embrapa Agrobiologia, 2008. 4 p. 1 CD-ROM. (Embrapa Solos. Documentos, 101). Parceria: UFRRJ.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 13. | | ANGELINI, G. A. R.; LOSS, A.; LOUREIRO, D. C.; SILVA, E. M. R. da; SAGGIN JUNIOR, O. J. Atividade microbiana do solo sob agrofloresta e pastagem em áreas de manejo agroecológico, em Seropédica, RJ. Cadernos de Agroecologia, v. 6, p. 1-5, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 14. | | LOUREIRO, D. C.; AQUINO, A. M. de; DE-POLLI, H.; LEAL, M. A. de A.; CARMO, M. V. do. Resíduos orgânicos domésticos: uma alternativa para a produção de mudas orgânicas. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2006. 4 p. Trabalho apresentado na XXVII Reunião Brasileira de Fertilidade do Solo e Nutrição de Plantas, XI Reunião Brasileira sobre Micorrizas, IX Simpósio Brasileiro de Microbiologia do Solo; VI Reunião Brasileira de Biologia do Solo, Bonito/MS,...| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 16. | | ZATORRE, N. P.; MONDINO, E. A.; FRANÇA, A. F.; LOUREIRO, D. C.; PINHEIRO, E. F. M.; WADT, P. G. S.; BERBARA, R. L. L. Influência da cobertura vegetal nas propriedades do solo na região da Amazônia Sul Ocidental. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. Desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR: UEL, 2008. 5 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 19. | | CARMO, M. V. do; NOLASCO, S. de O.; SILVA, E. M. R. da; LELES, P. S. dos S.; SAGGIN JÚNIOR, O. J.; COSTA, J. R.; LOUREIRO, D. C. Adubação fosfatada e associação micorrízica em plantio em campo de aroeira pimenteira. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 27., REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 11., SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 9., REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 6., 2006, Bonito, MS. A busca das raízes: anais... Bonito: SBM; Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2006. 4 p. 1 CD-ROM. (Embrapa Agropecuária Oeste. Documentos, 82).| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 20. | | CARMO, M. V. do; LOUREIRO, D. C.; OLIVEIRA NETO, S. N. de O.; LELES, P. S. dos S.; SILVA, E. M. R. da. Avaliação de recipientes para produção de mudas e efeito da associação micorrízica em Schinus terebinthifolius Raddi. In: CONGRESSO DE PESQUISA, 2., JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICAS DA UFRural/RJ, 14., 2004, Seropédica, RJ. Anais... Seropédica: Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, 2004. v. 14. p. 273-276. CD ROM. Área de Recursos Florestais e Eng. Florestal. JIC 340.pdf.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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