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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com rosangela.lacerda@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
01/12/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BOISON, S. A.; NEVES, H. H. R.; O'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F. |
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Afiliação: |
S.A. BOISON, Univ Nat Resources & Life Sci. BOKU; H.H.R. NEVES, UNESP; A.M. PÉREZ O?BRIEN, Univ Nat Resources & Life Sci. BOKU; Y.T. UTSUNOMIYA, UNESP; R. CARVALHEIRO, UNESP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; J. SÖLKNER, Univ Nat Resources & Life Sci. BOKU; J. F. GARCIA, UNESP. |
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Título: |
Imputation of non-genotyped individuals using genotyped progeny in Nellore, a Bos indicus cattle breed. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 166, p. 176-189, 2014. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.livsci.2014.05.033 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
This study aimed at imputing non(un)-genotyped sires using a stepwise imputation approach that combines identity by descent (IBD) detection methods with other imputation algorithms. We also studied the effect of using actual or imputed genotypes of non-genotyped sires in estimating genomic relationships. Simulations and real data were used for the analysis. Fifty sire families were simulated and 23 sire families were derived from 995 Brazilian Nellore cattle genotyped with Illumina® Bovine HD (777,962 SNPs) SNP Chip. Un-genotyped sires were imputed using genotype information from progeny (5 or 10); progeny and grand offspring; a combination of progeny, mates of genotyped progeny and grand offspring; and the entire genotyped population. Stepwise imputation was done with an IBD detection method that uses simple inheritance rules (MERLIN) as a first step and subsequently with FImpute, MaCH or BEAGLE as the second step to infer genotypes that were not imputed unambiguously by MERLIN. The stepwise imputation procedure was compared to an approach that ignores the first step (MERLIN) but uses only prior pedigree information to impute non-genotyped animals. Imputation accuracy was assessed as percent of correctly called genotypes and the correlation between imputed and actual genotypes (in brackets). With real data, imputation accuracy ranged from 81.6% (0.856) to 97.4% (0.981) depending on the amount of genotyped information considered for the first step (MERLIN) and imputation algorithms used for the second step. Greater accuracies of imputing non-genotyped sires were obtained when the stepwise imputation approach was used with 10 genotyped offspring as the first step. The stepwise approach resulted in an increase of 1.2% (5 offsprings) and 4.7% (10 offsprings) in imputation accuracy. MaCH was more accurate in the second step, followed by FImpute then BEAGLE. Similar trends in imputation accuracy were observed for the simulated population. Generally, imputed genotypes were successfully used to estimate genomic relationships among close relatives but considerable bias was observed for true pairwise relationships of zero. In conclusion, high imputation accuracies can be achieved for non-genotyped animals when genotype information of 5 or 10 direct progeny is available for imputation. Performing preliminary IBD analysis and using non-ambiguous genotypes from that analysis in conventional imputation increased the imputation accuracy considerably. MenosThis study aimed at imputing non(un)-genotyped sires using a stepwise imputation approach that combines identity by descent (IBD) detection methods with other imputation algorithms. We also studied the effect of using actual or imputed genotypes of non-genotyped sires in estimating genomic relationships. Simulations and real data were used for the analysis. Fifty sire families were simulated and 23 sire families were derived from 995 Brazilian Nellore cattle genotyped with Illumina® Bovine HD (777,962 SNPs) SNP Chip. Un-genotyped sires were imputed using genotype information from progeny (5 or 10); progeny and grand offspring; a combination of progeny, mates of genotyped progeny and grand offspring; and the entire genotyped population. Stepwise imputation was done with an IBD detection method that uses simple inheritance rules (MERLIN) as a first step and subsequently with FImpute, MaCH or BEAGLE as the second step to infer genotypes that were not imputed unambiguously by MERLIN. The stepwise imputation procedure was compared to an approach that ignores the first step (MERLIN) but uses only prior pedigree information to impute non-genotyped animals. Imputation accuracy was assessed as percent of correctly called genotypes and the correlation between imputed and actual genotypes (in brackets). With real data, imputation accuracy ranged from 81.6% (0.856) to 97.4% (0.981) depending on the amount of genotyped information considered for the first step (MERLIN) and imputation alg... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
FImpute; Imputation; MaCH; MERLIN; Non(un)-genotyped. |
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Thesaurus Nal: |
Beagle. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 03319naa a2200289 a 4500
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520 $aThis study aimed at imputing non(un)-genotyped sires using a stepwise imputation approach that combines identity by descent (IBD) detection methods with other imputation algorithms. We also studied the effect of using actual or imputed genotypes of non-genotyped sires in estimating genomic relationships. Simulations and real data were used for the analysis. Fifty sire families were simulated and 23 sire families were derived from 995 Brazilian Nellore cattle genotyped with Illumina® Bovine HD (777,962 SNPs) SNP Chip. Un-genotyped sires were imputed using genotype information from progeny (5 or 10); progeny and grand offspring; a combination of progeny, mates of genotyped progeny and grand offspring; and the entire genotyped population. Stepwise imputation was done with an IBD detection method that uses simple inheritance rules (MERLIN) as a first step and subsequently with FImpute, MaCH or BEAGLE as the second step to infer genotypes that were not imputed unambiguously by MERLIN. The stepwise imputation procedure was compared to an approach that ignores the first step (MERLIN) but uses only prior pedigree information to impute non-genotyped animals. Imputation accuracy was assessed as percent of correctly called genotypes and the correlation between imputed and actual genotypes (in brackets). With real data, imputation accuracy ranged from 81.6% (0.856) to 97.4% (0.981) depending on the amount of genotyped information considered for the first step (MERLIN) and imputation algorithms used for the second step. Greater accuracies of imputing non-genotyped sires were obtained when the stepwise imputation approach was used with 10 genotyped offspring as the first step. The stepwise approach resulted in an increase of 1.2% (5 offsprings) and 4.7% (10 offsprings) in imputation accuracy. MaCH was more accurate in the second step, followed by FImpute then BEAGLE. Similar trends in imputation accuracy were observed for the simulated population. Generally, imputed genotypes were successfully used to estimate genomic relationships among close relatives but considerable bias was observed for true pairwise relationships of zero. In conclusion, high imputation accuracies can be achieved for non-genotyped animals when genotype information of 5 or 10 direct progeny is available for imputation. Performing preliminary IBD analysis and using non-ambiguous genotypes from that analysis in conventional imputation increased the imputation accuracy considerably.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| 1. |  | DIAS, H. M.; SANTOS, R. F. B.; PEREIRA, N. L.; SOUSA, N. da C.; ABE, H. A.; FUJIMOTO, R. Y. Toxicological effects of four chemicals used for prophylaxis of Amazonian ornamental fish. Biota Amazônia, Macapá, v. 8, n. 4, p. 13-16, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 2. | | SANTOS, R. F. B.; PILARSKI, F.; PALA, G.; SILVA, L. V.; SOUSA, N. da C.; MARIA, A. N.; CARNEIRO, P. C. F.; FUJIMOTO, R. Y. Efeito da arginina no desempenho produtivo e imunológico dos peixes. Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2016. 23 p. (Embrapa Tabuleiros Costeiros. Documentos, 207).| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 3. | | BARROS, F. A. L.; DIAS, J. A. R.; ABE, H. A.; COSTA JUNIOR, K. S.; SOUSA, N. da C.; CORDEIRO, C. A. M.; FUJIMOTO, R. Y. Enrichment of Artemia sp. with autochthonous probiotics at different levels in larviculture of piauçu Megaleporinus macrocephalus. Boletim do Instituto de Pesca, v. 49, e800, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 4. | | SILVA, R. V. B.; PIRES, C. F.; COUTO, M. V. S. do; SOUSA, N. da C.; HIDE, D. M. V.; MADI, R. R.; FUJIMOTO, R. Y. Fauna parasitária de tambaqui (Colossoma macropomum) cultivado na Região do Baixo São Francisco. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 5., 2015, Aracaju. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2015. p. 280. ref. 54-59. 1 CD-ROM. Editor Técnico: Marcelo Ferreira Fernades, Embrapa Tabuleiros Costeiros.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 5. | | ABE, H. A.; DIAS, J. A. R.; REIS, R. G. A.; SOUSA, N. da C.; RAMOS, F. M.; FUJIMOTO, R. Y. Manejo alimentar e densidade de estocagem na larvicultura do peixe ornamental amazônico Heros severus. Boletim do Instituto de Pesca, São Paulo, v. 42, 3, p. 514-522, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 7. | | ABE, H. A.; DIAS, J. A. R.; SOUSA, N. da C.; COUTO, M. V. S. do; REIS, R. G. A.; PAIXAO, P. E. G.; FUJIMOTO, R. Y. Growth of Amazon ornamental fish Nannostomus beckfordi larvae (Steindachner, 1876) submitted to different stocking densities and feeding management in captivity conditions. Aquaculture Research, p. 1-5, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 8. | | RAMOS, F. M.; CARTAXO, J. W. da S.; HOLLATZ, T. da G.; SOUSA, N. da C.; CRUZ, N. O. da; CARNEIRO, P. C. F.; FUJIMOTO, R. Y. Growth performance of the zebra pleco (Hypancistrus zebra) with different food sources. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 51., 2014, Barra dos Coqueiros. A produção animal frente às mudanças climáticas e tecnológicas: anais. Barra dos Coqueiros, SE: SBZ, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 11. | | FUJIMOTO, R. Y.; COUTO, M. V. S. do; SOUSA, N. da C.; MADI, R. R.; EIRAS, J. C.; MARTINS, M. L. Sazonalidade da infecção por Procamallanus (Spirocamallanus) inopinatus (Nematoda: Camallanidae) em Bryconops melanurus (Characiformes: Iguanodectidae). Boletim do Instituto de Pesca, v. 44, n. 4, e334, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 14. | | ABE, H. A.; DIAS, J. A. R.; RAMOS, F. M.; SOUSA, N. da C.; COUTO, M. V. S.; CUNHA, F. dos S.; BOMFIM, R. V.; CARNEIRO, P. C. F.; MARIA, A. N.; FUJIMOTO, R. Y. Criação de peixe-folha em cativeiro. Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2016. 5 p. (Embrapa Tabuleiros Costeiros. Circular Técnica, 80).| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 15. | | PRADO, J. Q.; MARIA, A. N.; AZEVEDO, H. C.; FUJIMOTO, R. Y.; CARNEIRO, P. C. F.; SOUSA, N. da C.; COUTO, M. V. S. do; PAIXAO, P. E. G.; SOUSA, J. C. N. de. Desenvolvimento de protocolo para avaliação morfológica dos espermatozoides de peixe de água doce. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 8., 2018, Aracaju. Anais... Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2018. Editor técnico: Ronaldo Souza Resende. p. 120-123.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 16. | | CUNHA, F. dos S.; SOUSA, N. da C.; SANTOS, R. F. B.; MENESES, J. O.; COUTO, M. V. S. do; SENA FILHO, J. G. de; CARNEIRO, P. C. F.; MARIA, A. N.; FUJIMOTO, R. Y. Deltamethrin-induced nuclear erythrocyte alteration and damage to the gills and liver of Colossoma macropomum. Environmental Science and Pollution Research, v. 25, n. 15, May 2018, p. 15102-1510, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 17. | | NIZIO, D. A. de C.; FUJIMOTO, R. Y.; MARIA, A. N.; CARNEIRO, P. C. F.; FRANCA, C. C. S.; SOUSA, N. da C.; BRITO, F. de A.; SAMPAIO, T. S.; ARRIGONI BLANK, M. de F.; BLANK, A. F. Essential oils of Varronia curassavica accessions have different activity against white spot disease in freshwater fish. Parasitology Research, nov. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 18. | | FUJIMOTO, R. Y.; MACIEL, P. O.; DIAS, M. T.; IWASHITA, M. K. P.; MORAIS, M. da S.; HIDE, D. M. V.; SOUSA, N. da C.; COUTO, M. V. S. do; MENESES, J. O.; CUNHA, F. dos S.; BOIJINK, C. Anestesia por aspersão de eugenol nas brânquias de peixes como alternativa para estudos de parasitos. Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2015. (Embrapa Tabuleiros Costeiros. Comunicado Técnico, 180).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 19. | | SANTOS NETO, E.; DIAS, J. A. R.; SOUSA, N. da C.; COUTO, M. V. S. do; CUNHA, F. dos S.; MENESES, J. O.; PAIXÃO, P. E. G.; MARIA, A. N.; CARNEIRO, P. C. F.; FUJIMOTO, R. Y. Avaliação hematológica de tambaquis suplementados com probiótico. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 7., 2017, Aracaju. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 20. | | SOUZA, J. C. N. de; SOUSA, N. da C.; COUTO, M. V. S. do; PAIXAO, P. E. G.; MENESES, J. O.; CUNHA, F. dos S.; SANTOS, R. T. V. S.; MARIA, A. N.; CARNEIRO, P. C. F.; FUJIMOTO, R. Y. Avaliação da eficácia in vitro do óleo essencial de erva baleeira no controle de parasito de peixes. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 7., 2017, Aracaju. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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