| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Milho e Sorgo. Para informações adicionais entre em contato com rosangela.lacerda@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
|
Data corrente: |
09/09/2014 |
|
Data da última atualização: |
23/05/2017 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
GAZAFFI, R.; MARGARIDO, G. R. A.; PASTINA, M. M.; MOLLINARI, M.; GARCIA, A. A. F. |
|
Afiliação: |
MARIA MARTA PASTINA, CNPMS. |
|
Título: |
A model for quantitative trait loci mapping. |
|
Ano de publicação: |
2014 |
|
Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 10, p. 791-801, 2014. |
|
DOI: |
10.1007/s11295-013-0664-2 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Quantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping. |
|
Palavras-Chave: |
Arquitetura genética. |
|
Thesagro: |
Genética; Progênie. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 02039naa a2200217 a 4500
001 1994580
005 2017-05-23
008 2014 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1007/s11295-013-0664-2$2DOI
100 1 $aGAZAFFI, R.
245 $aA model for quantitative trait loci mapping.$h[electronic resource]
260 $c2014
520 $aQuantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping.
650 $aGenética
650 $aProgênie
653 $aArquitetura genética
700 1 $aMARGARIDO, G. R. A.
700 1 $aPASTINA, M. M.
700 1 $aMOLLINARI, M.
700 1 $aGARCIA, A. A. F.
773 $tTree Genetics & Genomes$gv. 10, p. 791-801, 2014.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 34 | |
| 6. |  | BOURGOIN, C.; BAGHDADI, N.; BLANC, L.; FERREIRA, J.; GOND, V.; MAZZEI, L.; OZWALD, Y. Identifying classes of degraded forests in an amazonian landscape from remote-sensing. In: INTERNATIONAL CONGRESS FOR CONSERVATION BIOLOGY, 27.; EUROPEAN CONGRESS FOR CONSERVATION BIOLOGY, 4., 2015, Montpellier. Mission biodiversity: choosing new paths for conservation: abstract book. [S.l.]: Society for Conservation Biology, 2015. p. 85.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
|    |
| 7. | | SIST, P.; MAZZEI, L.; BLANC, L.; RUSCHEL, A.; ROSSI, V.; KANASHIRO, M. Long term Impact of logging on carbon storage and tree diversity in the Amazon Basin. In: ANNUAL MEETING OF THE ASSOCIATION FOR TROPICAL BIOLOGY AND CONSERVATION, 49., 2012, Bonito. Ecology, evolution and sustainable use of tropical biodiversity. [S.l.]: ATBC, 2012. p. 980. Na publicação: KANSHIRO M.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 8. | | EULER, A. M. C.; PACAUD, N.; GUEDES, M. C.; SOTTA, E. D.; PICANÇO, A. E. de L.; BLANC, L. Cenários da produção madeireira com manejo florestal no Amapá (2016-2046). In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAPÁ, 3., 2017, Macapá. Resumos... Macapá: Embrapa Amapá, 2017. p. 39| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá. |
| |
| 9. | | EULER, A. M. C.; PACAUD, N.; GUEDES, M. C.; NICOLLE, S.; YARED, J. A. G.; SOTTA, E. D.; BLANC, L.; DESCROIX, L. Actors' perception on future wood production in a cross-border amazonian region: challenges for a sustainable production. In: IUFRO ANNIVERSARY CONGRESS, 125., 2017, Freiburg. Abstract book. [S.n.: s.l], 2017. p. 260 Na publicação consta: Castro Euler, A. M; Guedes, M.; Gazel Yared, J. A.; Doff Sotta, E. IUFRO17-2755.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá. |
| |
| 10. | | BLANC, L.; FERREIRA, J. N.; PIKETTY, M.-G.; BOURGOIN, C.; GOND, V.; HÉRAULT, B.; KANASHIRO, M.; LAURENT, F.; PIRAUX, M.; RUTISHAUSER, E.; SIST, P. Gestão das florestas degradadas, uma nova prioridade na Amazônia brasileira. Perspective, n. 40, 2017. Disponível também em inglês e francês.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 11. | | TRITSCH, I.; SIST, P.; NARVAES, I. da S.; FREITAS, L. J. M. de; BLANC, L.; BOURGOIN, C.; CORNU, G.; GOND, V. Multiple patterns of forest disturbance and logging shape forest landscapes in Paragominas, Brazil. Forests, v. 7, n. 12, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 12. | | STAHL, C.; FONTAINE, S.; KLUMPP, K.; PICON-COCHARD, C.; GRISE, M. M.; DEZÉCACHE, C.; PONCHANT, l.; FREYCON, V.; BLANC, L.; BONAL, D.; BURBAN, B.; SOUSSANA, J.-F.; BLANFORT, V. Continuous soil carbon storage of old permanent pastures in Amazonia. Global Change Biology, v. 23, n. 8, p. 3382-3392, Aug. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
|  |
| 13. | | BOURGOIN, C.; BETBEDER, J.; LE ROUX, R.; GOND, V.; OSZWALD, J.; ARVOR, D.; BAUDRY, J.; BOUSSARD, H.; LE CLECH, S.; FREITAS, L. J. M. de; DESSARD, H.; LÄDERACH, P.; REYMONDIN, L.; BLANC, L. Looking beyond forest cover: an analysis of landscape-scale predictors of forest degradation in the Brazilian Amazon. Environmental Research Letters, v. 16, n. 11, 114045, Nov. 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 14. | | PIKETTY, M.-G.; PIRAUX, M.; BLANC, L.; LAURENT, F.; CILDELLA, N.; FERREIRA, J. N.; COUDEL, E.; FREITAS, L. J. M. de; RESQUE, G. L.; LE PAGE, C.; NAUDIN, K.; CARVALHO, S.; GOMES, M. R. de O.; POCCARD-CHAPUIS, R. Municípios verdes: passer du zéro-déforestation à la gestion durable des ressources naturelles en Amazonie brésilienne. In: CARON, P.; VALETTE, E.; WASSENAAR, T.; COPPENS d'EECKENBRUGGE, G.; PAPAZIAN, V. (Ed.). Des territoires vivants pour transformer le monde. Versailles: Quae, 2017. p. 54-58.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 15. | | FONTAINE, S.; STAHL, C.; KLUMPP, K.; PICON-COCHARD, C.; GRISE, M. M.; DEZÉCACHE, C.; PONCHANT, L.; FREYCON, V.; BLANC, L.; BONAL, D.; BURBAN, B.; SOUSSANA, J.-F.; BLANFORT, V.; ALVAREZ, G. Response to Editor to the comment by Schipper & Smith to our paper entitled "Continuous soil carbon storage of old permanent pastures in Amazonia". Global Change Biology, v. 24, n. 3, p. e732-e733, Mar. 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 16. | | BOURGOIN, C.; BETBEDER, J.; COUTERON, P.; BLANC, L.; DESSARD, H.; OSZWALD, J.; LE ROUX, R.; CORNU, G.; REYMONDIN, L.; FREITAS, L. J. M. de; SIST, P.; LÄDERACH, P.; GOND, V. UAV-based canopy textures assess changes in forest structure from long-term degradation. Ecological Indicators, v. 115, 106386, Aug. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 17. | | PIPONIOT, C.; RÖDIG, E.; PUTZ, F. E.; RUTISHAUSER, E.; SIST, P.; ASCARRUNZ, N.; BLANC, L.; DERROIRE, G.; DESCROIX, L.; GUEDES, M. C.; CORONADO, E. H.; HUTH, A.; KANASHIRO, M.; LICONA, J. C.; FREITAS, L. J. M. de; OLIVEIRA, M. V. N. d'; PEÑA-CLAROS, M.; RODNEY, K.; SHENKIN, A.; SOUZA, C. R. de; VIDAL, E.; WEST, T. A. P.; WORTEL, V.; HÉRAULT, B. Can timber provision from Amazonian production forests be sustainable? Environmental Research Letters, v. 14, n. 6, article 064014, 2019. Supplementary material for this article is available online.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 18. | | FERREIRA, J.; BLANC, L.; KANASHIRO, M.; LEES, A. C.; BOURGOIN, C.; FREITAS, J. V. de; GAMA, M. B.; LAURENT, F.; MARTINS, M. B.; MOURA, N.; D'OLIVEIRA, M. V.; SOTTA, E. D.; SOUZA, C. R. de; RUSCHEL, A. R.; SCHWARTZ, G.; ZWERTS, J.; SIST, P. Degradação florestal na Amazônia: como ultrapassar os limites conceituais, científicos e técnicos para mudar esse cenário. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2015. 29 p. (Embrapa Amazônia Oriental. Documentos, 413).| Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 19. | | FERREIRA, J.; BLANC, L.; KANASHIRO, M.; LEES, A. C.; BOURGOIN, C.; FREITAS, J. V. de; GAMA, M. B.; LAURENT, F.; MARTINS, M. B.; MOURA, N.; OLIVEIRA, M. V. N. d'; SOTTA, E. D.; SOUZA, C. R. de; RUSCHEL, A. R.; SCHWARTZ, G.; ZWERTS, J.; SIST, P. Degradação florestal na Amazônia: como ultrapassar os limites conceituais, científicos e técnicos para mudar esse cenário. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2015. 29 p. (Embrapa Amazônia Oriental. Documentos, 413).| Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 20. | | FERREIRA, J.; BLANC, L.; KANASHIRO, M.; LEES, A. C.; BOURGOIN, C.; FREITAS, J. V. de; GAMA, M. de M. B.; LAURENT, F.; MARTINS, M. B.; MOURA, N.; D'OLIVEIRA, M. V.; SOTTA, E. D.; SOUZA, C. R. de; RUSCHEL, A. R.; SCHWARTZ, G.; ZWERTS, J.; SIST, P. Degradação florestal na Amazônia: como ultrapassar os limites conceituais, científicos e técnicos para mudar esse cenário. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2015 29 p. (Embrapa Amazônia Oriental. Documentos, 413).| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
| |
| Registros recuperados : 34 | |
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|
