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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
01/09/2014 |
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Data da última atualização: |
09/12/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MÜLLER, B. S. de F.; SAKAMOTO, T.; MENEZES, I. P. P. de; PRADO, G. S.; MARTINS, W. S.; BRONDANI, C.; BARROS, E. G. de; VIANELLO, R. P. |
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Afiliação: |
BÁRBARA SALOMÃO DE FARIA MÜLLER, UFV; TETSU SAKAMOTO, UFMG; IVANDILSON PESSOA PINTO DE MENEZES, INSTITUTO FEDERAL GOIANO, Urutaí-GO; GUILHERME SOUZA PRADO, bolsista CNPAF; WELLINGTON SANTOS MARTINS, UFG; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; EVERALDO GONÇALVES DE BARROS, UNIVERSIDADE CATÓLICA DE BRASÍLIA; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
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Título: |
Analysis of BAC-end sequences in common bean (Phaseolus vulgaris L.) towards the development and characterization of long motifs SSRs. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology, Dordrecht, v. 86, n. 4/5, p. 455-470, Nov. 2014. |
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DOI: |
10.1007/s11103-014-0240-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The increasing volume of genomic data on the Phaseolus vulgaris species have contributed to its importance as a model genetic species and positively affected the investigation of other legumes of scientific and economic value. To expand and gain a more in-depth knowledge of the common bean genome, the ends of a number of bacterial artificial chromosome (BAC) were sequenced, annotated and the presence of repetitive sequences was determined. In total, 52,270 BESs (BAC-end sequences), equivalent to 32 Mbp (~6 %) of the genome, were processed. In total, 3,789 BES-SSRs were identified, with a distribution of one SSR (simple sequence repeat) per 8.36 kbp and 2,000 were suitable for the development of SSRs, of which 194 were evaluated in low-resolution screening. From 40 BES-SSRs based on long motifs SSRs (≥trinucleotides) analyzed in high-resolution genotyping, 34 showed an equally good amplification for the Andean and for the Mesoamerican genepools, exhibiting an average gene diversity (H E) of 0.490 and 5.59 alleles/locus, of which six classified as Class I showed a H E ≥ 0.7. The PCoA and structure analysis allowed to discriminate the gene pools (K = 2, FST = 0.733). From the 52,270 BESs, 2 % corresponded to transcription factors and 3 % to transposable elements. Putative functions for 24,321 BESs were identified and for 19,363 were assigned functional categories (gene ontology). This study identified highly polymorphic BES-SSRs containing tri- to hexanucleotides motifs and bringing together relevant genetic characteristics useful for breeding programs. Additionally, the BESs were incorporated into the international genome-sequencing project for the common bean. MenosThe increasing volume of genomic data on the Phaseolus vulgaris species have contributed to its importance as a model genetic species and positively affected the investigation of other legumes of scientific and economic value. To expand and gain a more in-depth knowledge of the common bean genome, the ends of a number of bacterial artificial chromosome (BAC) were sequenced, annotated and the presence of repetitive sequences was determined. In total, 52,270 BESs (BAC-end sequences), equivalent to 32 Mbp (~6 %) of the genome, were processed. In total, 3,789 BES-SSRs were identified, with a distribution of one SSR (simple sequence repeat) per 8.36 kbp and 2,000 were suitable for the development of SSRs, of which 194 were evaluated in low-resolution screening. From 40 BES-SSRs based on long motifs SSRs (≥trinucleotides) analyzed in high-resolution genotyping, 34 showed an equally good amplification for the Andean and for the Mesoamerican genepools, exhibiting an average gene diversity (H E) of 0.490 and 5.59 alleles/locus, of which six classified as Class I showed a H E ≥ 0.7. The PCoA and structure analysis allowed to discriminate the gene pools (K = 2, FST = 0.733). From the 52,270 BESs, 2 % corresponded to transcription factors and 3 % to transposable elements. Putative functions for 24,321 BESs were identified and for 19,363 were assigned functional categories (gene ontology). This study identified highly polymorphic BES-SSRs containing tri- to hexanucleotides mo... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Feijão; Genética molecular; Phaseolus vulgaris. |
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Thesaurus Nal: |
Beans; Fabaceae; Genomics; Microsatellite repeats; Molecular genetics; Transcription factors; Transposons. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 02734naa a2200337 a 4500
001 1993888
005 2014-12-09
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260 $c2014
520 $aThe increasing volume of genomic data on the Phaseolus vulgaris species have contributed to its importance as a model genetic species and positively affected the investigation of other legumes of scientific and economic value. To expand and gain a more in-depth knowledge of the common bean genome, the ends of a number of bacterial artificial chromosome (BAC) were sequenced, annotated and the presence of repetitive sequences was determined. In total, 52,270 BESs (BAC-end sequences), equivalent to 32 Mbp (~6 %) of the genome, were processed. In total, 3,789 BES-SSRs were identified, with a distribution of one SSR (simple sequence repeat) per 8.36 kbp and 2,000 were suitable for the development of SSRs, of which 194 were evaluated in low-resolution screening. From 40 BES-SSRs based on long motifs SSRs (≥trinucleotides) analyzed in high-resolution genotyping, 34 showed an equally good amplification for the Andean and for the Mesoamerican genepools, exhibiting an average gene diversity (H E) of 0.490 and 5.59 alleles/locus, of which six classified as Class I showed a H E ≥ 0.7. The PCoA and structure analysis allowed to discriminate the gene pools (K = 2, FST = 0.733). From the 52,270 BESs, 2 % corresponded to transcription factors and 3 % to transposable elements. Putative functions for 24,321 BESs were identified and for 19,363 were assigned functional categories (gene ontology). This study identified highly polymorphic BES-SSRs containing tri- to hexanucleotides motifs and bringing together relevant genetic characteristics useful for breeding programs. Additionally, the BESs were incorporated into the international genome-sequencing project for the common bean.
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773 $tPlant Molecular Biology, Dordrecht$gv. 86, n. 4/5, p. 455-470, Nov. 2014.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| Registros recuperados : 27 | |
| 1. |  | CARRÉRA, J. C.; ILKIU-BORGES, F.; GOMES, J. I.; GOMES, D. P. B. Anatomia do lenho de duas espécies de muiracatiara (Astronium lecointei Duckee Astronium graveolens Jacq.). In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 19.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 3., 2015, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2015. p. 106-110.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 2. | | MACHADO, R. L.; PINTO, M. F.; GOMES, D. P.; COSTA, J. R.; CARVALHO, D. F. de. Análise multivariada dos atributos físicos das chuvas erosivas e índices de erosividade em Ribeirão das Lajes, RJ. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 17., 2008, Rio de Janeiro. Manejo e conservação do solo e da água no contexto das mudanças ambientais. Rio de Janeiro: SBCS: Embrapa Solos: Embrapa Agrobiologia, 2008. 3 p. 1 CD-ROM. (Embrapa Solos. Documentos, 101). Parceria: UFRRJ.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 3. | | PINTO, M. F.; GOMES, D. P.; MACHADO, R. L.; COSTA, J. R.; CARVALHO, D. F. de. Lâmina precipitada e duração das chuvas em função dos diferentes padrões de precipitação na região de Ribeirão das Lajes, RJ. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRRJ, 17., 2007, Seropédica, RJ. Anais... Seropédica: Editora da UFRRJ, 2007. 2 p. 1 CD-ROM. Parcerias: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 4. | | PINTO, M. F.; GOMES, D. P.; MACHADO, R. L.; COSTA, J. R.; CARVALHO, D. F. de. Correlação dos atributos das chuvas erosivas em Ribeirão das Lajes-RJ, utilizando análise multivariada. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRRJ, 17., 2007, Seropédica, RJ. Anais... Seropédica: Editora da UFRRJ, 2007. 2 p. 1 CD-ROM. Parcerias: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 5. | | GOMES, D. P.; LEITE, R. M. V. B. C.; KRONKA, A. Z.; SILVA, G. C. Qualidade sanitária de sementes de girassol após tratamento com fungicida a base de carbendazin e tiran. In: REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE GIRASSOL, 17.; SIMPÓSIO NACIONAL SOBRE A CULTURA DO GIRASSOL, 5., 2007, Uberaba. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 2007. p. 153-155. (Embrapa Soja. Documentos, 292). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Simone Ery Grosskopf.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 7. | | GOMES, D. P.; LEITE, R. M. V. B. de C.; KRONKA, A. Z.; SILVA, G. C.; RABELO JUNIOR, F. X. Incidência de fungos em sementes de girassol produzidas em Teresina Piauí. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, p. S271, ago. 2007. Suplemento, resumo 0812. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Maringá, PR, ago. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 8. | | GOMES, D. P.; LEITE, R. M. V. B. C.; KRONKA, A. Z.; SILVA, G. C.; SOUZA, J. R. Efeito da incidência de fungos na qualidade de sementes de girassol produzidas em São Luís, Maranhão. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, p. S271, ago. 2007. Suplemento, resumo 0811. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Maringá, PR, ago. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 12. | | SILVA, A. C. F. da; GOMES, D. P.; SOUSA, D. R. de; VASCONCELOS, A. M. de; ROGERIO, M. C. P.; LANDIM, A. V. Características morfométricas da carcaça de ovinos morada nova alimentados com farelo de castanha de caju. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UNIVERSIDADE ESTADUAL VALE DO ACARAÚ, 13., 2011, Sobral. [Resumos...]. Sobral: Universidade Estadual Vale do Acaraú, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 13. | | LOIOLA, P. M. G.; SOUSA, D. R. de; GOMES, D. P.; LINHARES, J. C.; BATISTA, A. S. B.; ALBUQUERQUE, F. H. M. A. R. de. Características qualitativas da carcaça de cordeiros de diferentes genótipos submetidos a dois sistemas de produção. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 21., 2011, Maceió. Inovações tecnológicas e mercado consumidor: anais. Maceió: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2011. 3 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 14. | | GOMES, D. P.; KRONKA, A. Z.; LEITE, R. M. V. B. C. de; MORAES, M. F. H.; SILVA, G. C.; TORRES, S. B. Caracterização agronômica de genótipos de girassol e desempenho das sementes em São Luís - MA. In: REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE GIRASSOL, 17.; SIMPÓSIO NACIONAL SOBRE A CULTURA DO GIRASSOL, 5., 2007, Uberaba. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 2007. p. 36-39. (Embrapa Soja. Documentos, 292). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Simone Ery Grosskopf.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 15. | | CARVALHO, D. F. de; GOMES, D. P.; OLIVEIRA NETO, D. H. de; GUERRA, J. G. M.; ROUWS, J. R. C.; OLIVEIRA, F. L. de. Carrot yield and water-use efficiency under different mulching, organic fertilization and irrigation levels. Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, v. 22, n. 7, p.445-450, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
|  |
| 16. | | LOYOLA, P. M. G.; BATISTA, A. S. M.; SOUSA, D. R. de; GOMES, D. P.; LINHARES, J. C.; ALBUQUERQUE, F. H. M. A. R. de. Medidas morfométricas da carcaça de cordeiros de diferentes genótipos submetidos a dois sistemas de produção. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 21., 2011, Maceió. Inovações tecnológicas e mercado consumidor: anais. Maceió: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2011. 3 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 17. | | OSTERNO, J. J.; SILVA, P. H. T. da; COSTA, J. B.; GOMES, D. P.; LANDIM, A. V.; VASCONCELOS, A. M. de; PINHEIRO, R. R.; ROGERIO, M. C. P. Medidas de parâmetros fisiológicos de ovinos da raça Santa Inês criados na região semiárida nordestina. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 21., 2011, Maceió. Inovações tecnológicas e mercado consumidor: anais. Maceió: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2011. 3 f. 1 CD-ROM. Título em inglês - Measurements of physiological parameters of Santa Ines sheep created in semi-arid northeastern region,| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 18. | | GOMES, D. P.; LEITE, R. M. V. B. de C.; PANIZZI, R. de C.; SILVA, G. C.; SOUZA, J. R. de. Influência da micoflora na qualidade fisiológica de sementes de girassol produzidas em Balsas, Maranhão. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, p. S182, ago. 2007. Suplemento, resumo 0362. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Maringá, PR, ago. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 19. | | GOMES, D. P.; LEITE, R. M. V. B. de C.; SILVA, A. C. da; SILVA, G. S.; MACIEL, A. A. S.; MACHADO, K. K. G. Efeito do armazenamento nas qualidades fisiológicas e sanitária de sementes de girassol produzidas em Balsas, Maranhão. In: ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 12.; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 8., São José dos Campos. Anais... [São José dos Campos: Universidade do Vale do Paraíba], 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 20. | | GOMES, D. P.; SARDINHA, D. H. S.; LEITE, R. M. V. B. de C.; SILVA, G. C.; KRONKA, A. Z.; MELO, N. C. Interferência de fungos na qualidade fisiológica de sementes de girassol produzidas em Timon, MA. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 33, p. S 274, ago. 2008. Suplemento. Edição dos Resumos apresentado no XLI Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Belo Horizonte, ago., 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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