| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Para informações adicionais entre em contato com cenargen.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|
Data corrente: |
19/12/2013 |
|
Data da última atualização: |
04/04/2018 |
|
Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
|
Autoria: |
PAPPAS, M. de C. R. |
|
Afiliação: |
MARÍLIA DE CASTRO RODRIGUES PAPPAS. |
|
Título: |
Descoberta e análise da variabilidade interespecífica de pequenos RNAs via sequenciamento de nova geração em Eucalyptus. |
|
Ano de publicação: |
2013 |
|
Fonte/Imprenta: |
2013 |
|
Páginas: |
138 f. |
|
Idioma: |
Português |
|
Notas: |
Tese (Doutorado em Biologia Celular) - Instituto de Ciências Biológicas, Universidade de Brasília, Brasília, DF. Orientador: Dario Grattapaglia. |
|
Conteúdo: |
Ha pouco mais de uma decada foi descrita a função de mais uma classe de elementos regulatórios chamados de micro RNAs - miRNAs. Inicialmente descritos como reguladores pós transcricionais envolvidos com desenvolvimento, estes reguladores já tiveram papel validado em uma ampla gama de processos como germinação, determinação de morfologia e respostas a estresse biótico e abiótico. A descrição desta classe de reguladores em Eucalyptus contribui com o conhecimento cientifico deste importante e vasto gênero inserindo mais um relevante elemento na anotação do recente genoma de referência de Eucalyptus grandis. Para a identificação em escala genômica de miRNAs em Eucalyptus, foi realizado o sequenciamento em larga escala em amostras de folha e xilema em desenvolvimento nas duas principais espécies plantadas do gênero - E. grandis e E. glabulus. Com o objetivo de otimizar 0o processo de descoberta de locos de pequenos RNAs, as amostras de falha e xilema de E. grandis usadas no sequenciamento foram da mesma árvore BRASUZl, usada para a geração do genoma de referência de Eucalyptus. O sequenciamento permitiu, além da descoberta de pequenos RNAs, uma análise da variabilidade interespecífica pelo mapeamento das sequências de ambas as espécies contra 0 genoma de E. grandis. A caracterização in silica das sequências obtidas com o sequenciamento obedeceu a uma sequência de passos que, basicamente, se iniciou pela busca, por similaridade de sequência, visando a identificação de sequências de miRNAs de famílias conservadas em outras espécies e já descritas anteriormente. Em seguida, a identificação de potenciais novos miRNAs obedeceu a uma sequência de critérios já descritos. As sequências de pequenos RNAs derivadas do sequenciamento em larga escala foram mapeadas fisicamente no genoma identificando assim os potenciais locos dos genes MIR e permitindo a validação in silica pela análise da estrutura secundaria compatível com os parâmetros de precursores, satisfazendo a primeira premissa para a validação de um novo miRNA. Os números totais obtidos mostram claramente a cautela que deve existir na analise de dados de sequenciamento de pequenos RNAs. Dentre os grandes números obtidos, parte é representada por contaminantes como RNA ribossômico e de cloroplasto. Dentre os pequenos RNAs regulatórios, diferentes classes e subclasses estão representadas e os critérios para declarar uma sequência de pequeno RNA como um miRNA devem ser cuidadosamente observados. A validação experimental das sequências de potenciais novos miRNAs foi, inicialmente, realizada via northern blot de algumas das sequências mais expressas em cada uma das amostras sequenciadas. Uma validação em larga escala foi realizada em seguida utilizando um microarranjo contendo milhares das sequências putativas de miRNAs descobertas no sequenciamento. Além da análise interespecífica, foram utilizadas amostras de tecidos distintos - folha, xilema, ovário e plântulas - visando uma análise da variabilidade de expressão entre tecidos. A predição de alvos para os candidatos a novos miRNAs foi realizada in silica. Foi realizada uma busca por sequências que apresentem complementariedade as sequências dos miRNAs utilizando o banco de transcritos de Eucalyptus disponível publicamente no site que hospeda os genomas sequenciados pelo JGI (phytozome.net). A análise dos dados de sequenciamento em larga escala revelou aspectos interessantes do repertório de pequenos RNAs. Sequências de 21 nucleotídeos altamente expressas nas amostras sequenciadas foram caracterizadas como pequenos RNAs interferentes (siRNAs) secundários, ou trans-acting siRNAs (tasi-RNAs), sintetizados em fase a partir da clivagem de transcritos alvo por miRNAs. A identificação de alvos desses tasiRNAs revelou um mecanismo conservado de regulação da expressão de genes envolvidos na defesa contra patógenos, notadamente, os da família caracterizada pelos domínios protéicos NBS-LRR (NB-ARC - leucine rich repeat), e de genes da família PPR (pentatricopeptide repeat). MenosHa pouco mais de uma decada foi descrita a função de mais uma classe de elementos regulatórios chamados de micro RNAs - miRNAs. Inicialmente descritos como reguladores pós transcricionais envolvidos com desenvolvimento, estes reguladores já tiveram papel validado em uma ampla gama de processos como germinação, determinação de morfologia e respostas a estresse biótico e abiótico. A descrição desta classe de reguladores em Eucalyptus contribui com o conhecimento cientifico deste importante e vasto gênero inserindo mais um relevante elemento na anotação do recente genoma de referência de Eucalyptus grandis. Para a identificação em escala genômica de miRNAs em Eucalyptus, foi realizado o sequenciamento em larga escala em amostras de folha e xilema em desenvolvimento nas duas principais espécies plantadas do gênero - E. grandis e E. glabulus. Com o objetivo de otimizar 0o processo de descoberta de locos de pequenos RNAs, as amostras de falha e xilema de E. grandis usadas no sequenciamento foram da mesma árvore BRASUZl, usada para a geração do genoma de referência de Eucalyptus. O sequenciamento permitiu, além da descoberta de pequenos RNAs, uma análise da variabilidade interespecífica pelo mapeamento das sequências de ambas as espécies contra 0 genoma de E. grandis. A caracterização in silica das sequências obtidas com o sequenciamento obedeceu a uma sequência de passos que, basicamente, se iniciou pela busca, por similaridade de sequência, visando a identificação de sequências d... Mostrar Tudo |
|
Thesagro: |
Eucalyptus Grandis. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 04712nam a2200145 a 4500
001 1974358
005 2018-04-04
008 2013 bl uuuu m 00u1 u #d
100 1 $aPAPPAS, M. de C. R.
245 $aDescoberta e análise da variabilidade interespecífica de pequenos RNAs via sequenciamento de nova geração em Eucalyptus.$h[electronic resource]
260 $a2013$c2013
300 $a138 f.
500 $aTese (Doutorado em Biologia Celular) - Instituto de Ciências Biológicas, Universidade de Brasília, Brasília, DF. Orientador: Dario Grattapaglia.
520 $aHa pouco mais de uma decada foi descrita a função de mais uma classe de elementos regulatórios chamados de micro RNAs - miRNAs. Inicialmente descritos como reguladores pós transcricionais envolvidos com desenvolvimento, estes reguladores já tiveram papel validado em uma ampla gama de processos como germinação, determinação de morfologia e respostas a estresse biótico e abiótico. A descrição desta classe de reguladores em Eucalyptus contribui com o conhecimento cientifico deste importante e vasto gênero inserindo mais um relevante elemento na anotação do recente genoma de referência de Eucalyptus grandis. Para a identificação em escala genômica de miRNAs em Eucalyptus, foi realizado o sequenciamento em larga escala em amostras de folha e xilema em desenvolvimento nas duas principais espécies plantadas do gênero - E. grandis e E. glabulus. Com o objetivo de otimizar 0o processo de descoberta de locos de pequenos RNAs, as amostras de falha e xilema de E. grandis usadas no sequenciamento foram da mesma árvore BRASUZl, usada para a geração do genoma de referência de Eucalyptus. O sequenciamento permitiu, além da descoberta de pequenos RNAs, uma análise da variabilidade interespecífica pelo mapeamento das sequências de ambas as espécies contra 0 genoma de E. grandis. A caracterização in silica das sequências obtidas com o sequenciamento obedeceu a uma sequência de passos que, basicamente, se iniciou pela busca, por similaridade de sequência, visando a identificação de sequências de miRNAs de famílias conservadas em outras espécies e já descritas anteriormente. Em seguida, a identificação de potenciais novos miRNAs obedeceu a uma sequência de critérios já descritos. As sequências de pequenos RNAs derivadas do sequenciamento em larga escala foram mapeadas fisicamente no genoma identificando assim os potenciais locos dos genes MIR e permitindo a validação in silica pela análise da estrutura secundaria compatível com os parâmetros de precursores, satisfazendo a primeira premissa para a validação de um novo miRNA. Os números totais obtidos mostram claramente a cautela que deve existir na analise de dados de sequenciamento de pequenos RNAs. Dentre os grandes números obtidos, parte é representada por contaminantes como RNA ribossômico e de cloroplasto. Dentre os pequenos RNAs regulatórios, diferentes classes e subclasses estão representadas e os critérios para declarar uma sequência de pequeno RNA como um miRNA devem ser cuidadosamente observados. A validação experimental das sequências de potenciais novos miRNAs foi, inicialmente, realizada via northern blot de algumas das sequências mais expressas em cada uma das amostras sequenciadas. Uma validação em larga escala foi realizada em seguida utilizando um microarranjo contendo milhares das sequências putativas de miRNAs descobertas no sequenciamento. Além da análise interespecífica, foram utilizadas amostras de tecidos distintos - folha, xilema, ovário e plântulas - visando uma análise da variabilidade de expressão entre tecidos. A predição de alvos para os candidatos a novos miRNAs foi realizada in silica. Foi realizada uma busca por sequências que apresentem complementariedade as sequências dos miRNAs utilizando o banco de transcritos de Eucalyptus disponível publicamente no site que hospeda os genomas sequenciados pelo JGI (phytozome.net). A análise dos dados de sequenciamento em larga escala revelou aspectos interessantes do repertório de pequenos RNAs. Sequências de 21 nucleotídeos altamente expressas nas amostras sequenciadas foram caracterizadas como pequenos RNAs interferentes (siRNAs) secundários, ou trans-acting siRNAs (tasi-RNAs), sintetizados em fase a partir da clivagem de transcritos alvo por miRNAs. A identificação de alvos desses tasiRNAs revelou um mecanismo conservado de regulação da expressão de genes envolvidos na defesa contra patógenos, notadamente, os da família caracterizada pelos domínios protéicos NBS-LRR (NB-ARC - leucine rich repeat), e de genes da família PPR (pentatricopeptide repeat).
650 $aEucalyptus Grandis
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 35 | |
| 8. |  | SANTOS, P. M.; HELWING, L.; MEDINA, L. B.; LONDERO, E.; ROSA, A. P. S. A. da. Biologia de Spodoptera frugiperda (J. E. Smith, 1797) (Lepidoptera: Noctuidae) alimentada com milho convencional e geneticamente modificado expressando a toxina Cry 1A (b)¹. In: REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO MILHO, 59.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO SORGO, 42., 2014, Três de Maio. Atas e artigos. Três de Maio: EMATER/RS: FEPAGRO: SETREM, 2014. 182 p. Organização: Marcos Caraffa, Cinei Teresinha Riffel, Letícia dos Santos Holbig Harter. p. 57-59| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
|   |
| 11. | | MEDINA, L.; HELLIWIG, L.; LANDERO, E.; EMYGDIO, B. M.; ROSA, A. P. S. A. da. Determinação do número de instares de Spodoptera frugiperda (J.E. SMITH, 1797) (Lepidoptera: Noctuidae) em sorgo sacarino BRS 506. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 5., 2014, Pelotas. Qual o papel da ciência na agricultura familiar?: anais. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2015. 120 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
|  |
| 12. | | LONDERO, E.; MEDINA, L. B.; MARQUES, P.; ROSA, A. P. S. A. da; EMYGDIO, B. M. Ocorrência de Spodoptera frugiperda em cultivares de sorgo sacarino semeado em quatro épocas¹. In: REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO MILHO, 59.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO SORGO, 42., 2014, Três de Maio. Atas e artigos. Três de Maio: EMATER/RS: FEPAGRO: SETREM, 2014. 182 p. Organização: Marcos Caraffa, Cinei Teresinha Riffel, Letícia dos Santos Holbig Harter. p. 80-82| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 13. | | HELWING, L.; MEDINA, L. B.; LONDERO, E.; SANTOS, P. M.; ROSA, A. P. S. A. da. Ocorrência de Spodoptera spp. em milho BG 7060 na safra 2013/2014 em capão do Leão, RS¹. In: REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO MILHO, 59.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO SORGO, 42., 2014, Três de Maio. Atas e artigos. Três de Maio: EMATER/RS: FEPAGRO: SETREM, 2014. 182 p. Organização: Marcos Caraffa, Cinei Teresinha Riffel, Letícia dos Santos Holbig Harter. p. 74-76.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 15. | | HELLWIG, L; TRECHA, C. O.; MEDINA, L. B.; FIPKE, M.; BARCELOS, H. T.; ROSA, A. P. S. A. da. Reavaliação do nível de dano de Spodoptera frugiperda (J. E. Smith, 1797) (Lepidoptera: Noctuidae) em milho convencional. In: REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO MILHO, 58.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO SORGO, 41., 2013, Pelotas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 16. | | ROSA, A. P. S. A. da; TRECHA, C. O.; LIMA, C. V.; TEODORO, J. S.; MEDINA, L. B.; HELLING, L. Flutuação Populacional e Danos de Diabrotica speciosa (Germar, 1824) (Coleoptera: Chrysomelidae) na Parte Aérea do Milho na Safra 2011/2012 em Capão do Leão, RS. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2013. 4 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado Técnico, 308).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 18. | | FIPKE, M. V.; TEIXEIRA, H. B.; HELLWIG, L.; MEDINA, L. B.; TRECHA, C. O.; ROSA, A. P. S. A. da. Eficiência do tratamento de sementes de milho sobre larvas de Diabrotica speciosa (Germar, 1824) (Coleoptera: Chrysomelidae). In: REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO MILHO, 58.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO SORGO, 41., 2013, Pelotas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 19. | | BARCELOS, H. T.; HELLWIG, L.; MEDINA, L. B.; TRECHA, C. O.; FIPKE, M. V.; ROSA, A. P. S. A. da. Monitoramento de Spodoptera frugiperda (J. E. Smith) (Lepidoptera: Noctuidae) em áreas de milho. In: REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO MILHO, 58.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO SORGO, 41., 2013, Pelotas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 20. | | ROSA, A. P. S. A. da; EMYGDIO, B. M.; MEDINA, L. B.; HELWING, L.; MARQUES, P. S.; LONDERO, E. Monitoramento de adultos e lagartas de Spodoptera frugiperda (J. E. Smith, 1797) como estratégia de manejo¹. In: REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO MILHO, 59.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO SORGO, 42., 2014, Três de Maio. Atas e artigos. Três de Maio: EMATER/RS: FEPAGRO: SETREM, 2014. 182 p. Organização: Marcos Caraffa, Cinei Teresinha Riffel, Letícia dos Santos Holbig Harter. p. 68-70.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| Registros recuperados : 35 | |
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|
