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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
19/12/2013 |
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Data da última atualização: |
04/04/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
PAPPAS, M. de C. R. |
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Afiliação: |
MARÍLIA DE CASTRO RODRIGUES PAPPAS. |
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Título: |
Descoberta e análise da variabilidade interespecífica de pequenos RNAs via sequenciamento de nova geração em Eucalyptus. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
2013 |
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Páginas: |
138 f. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Biologia Celular) - Instituto de Ciências Biológicas, Universidade de Brasília, Brasília, DF. Orientador: Dario Grattapaglia. |
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Conteúdo: |
Ha pouco mais de uma decada foi descrita a função de mais uma classe de elementos regulatórios chamados de micro RNAs - miRNAs. Inicialmente descritos como reguladores pós transcricionais envolvidos com desenvolvimento, estes reguladores já tiveram papel validado em uma ampla gama de processos como germinação, determinação de morfologia e respostas a estresse biótico e abiótico. A descrição desta classe de reguladores em Eucalyptus contribui com o conhecimento cientifico deste importante e vasto gênero inserindo mais um relevante elemento na anotação do recente genoma de referência de Eucalyptus grandis. Para a identificação em escala genômica de miRNAs em Eucalyptus, foi realizado o sequenciamento em larga escala em amostras de folha e xilema em desenvolvimento nas duas principais espécies plantadas do gênero - E. grandis e E. glabulus. Com o objetivo de otimizar 0o processo de descoberta de locos de pequenos RNAs, as amostras de falha e xilema de E. grandis usadas no sequenciamento foram da mesma árvore BRASUZl, usada para a geração do genoma de referência de Eucalyptus. O sequenciamento permitiu, além da descoberta de pequenos RNAs, uma análise da variabilidade interespecífica pelo mapeamento das sequências de ambas as espécies contra 0 genoma de E. grandis. A caracterização in silica das sequências obtidas com o sequenciamento obedeceu a uma sequência de passos que, basicamente, se iniciou pela busca, por similaridade de sequência, visando a identificação de sequências de miRNAs de famílias conservadas em outras espécies e já descritas anteriormente. Em seguida, a identificação de potenciais novos miRNAs obedeceu a uma sequência de critérios já descritos. As sequências de pequenos RNAs derivadas do sequenciamento em larga escala foram mapeadas fisicamente no genoma identificando assim os potenciais locos dos genes MIR e permitindo a validação in silica pela análise da estrutura secundaria compatível com os parâmetros de precursores, satisfazendo a primeira premissa para a validação de um novo miRNA. Os números totais obtidos mostram claramente a cautela que deve existir na analise de dados de sequenciamento de pequenos RNAs. Dentre os grandes números obtidos, parte é representada por contaminantes como RNA ribossômico e de cloroplasto. Dentre os pequenos RNAs regulatórios, diferentes classes e subclasses estão representadas e os critérios para declarar uma sequência de pequeno RNA como um miRNA devem ser cuidadosamente observados. A validação experimental das sequências de potenciais novos miRNAs foi, inicialmente, realizada via northern blot de algumas das sequências mais expressas em cada uma das amostras sequenciadas. Uma validação em larga escala foi realizada em seguida utilizando um microarranjo contendo milhares das sequências putativas de miRNAs descobertas no sequenciamento. Além da análise interespecífica, foram utilizadas amostras de tecidos distintos - folha, xilema, ovário e plântulas - visando uma análise da variabilidade de expressão entre tecidos. A predição de alvos para os candidatos a novos miRNAs foi realizada in silica. Foi realizada uma busca por sequências que apresentem complementariedade as sequências dos miRNAs utilizando o banco de transcritos de Eucalyptus disponível publicamente no site que hospeda os genomas sequenciados pelo JGI (phytozome.net). A análise dos dados de sequenciamento em larga escala revelou aspectos interessantes do repertório de pequenos RNAs. Sequências de 21 nucleotídeos altamente expressas nas amostras sequenciadas foram caracterizadas como pequenos RNAs interferentes (siRNAs) secundários, ou trans-acting siRNAs (tasi-RNAs), sintetizados em fase a partir da clivagem de transcritos alvo por miRNAs. A identificação de alvos desses tasiRNAs revelou um mecanismo conservado de regulação da expressão de genes envolvidos na defesa contra patógenos, notadamente, os da família caracterizada pelos domínios protéicos NBS-LRR (NB-ARC - leucine rich repeat), e de genes da família PPR (pentatricopeptide repeat). MenosHa pouco mais de uma decada foi descrita a função de mais uma classe de elementos regulatórios chamados de micro RNAs - miRNAs. Inicialmente descritos como reguladores pós transcricionais envolvidos com desenvolvimento, estes reguladores já tiveram papel validado em uma ampla gama de processos como germinação, determinação de morfologia e respostas a estresse biótico e abiótico. A descrição desta classe de reguladores em Eucalyptus contribui com o conhecimento cientifico deste importante e vasto gênero inserindo mais um relevante elemento na anotação do recente genoma de referência de Eucalyptus grandis. Para a identificação em escala genômica de miRNAs em Eucalyptus, foi realizado o sequenciamento em larga escala em amostras de folha e xilema em desenvolvimento nas duas principais espécies plantadas do gênero - E. grandis e E. glabulus. Com o objetivo de otimizar 0o processo de descoberta de locos de pequenos RNAs, as amostras de falha e xilema de E. grandis usadas no sequenciamento foram da mesma árvore BRASUZl, usada para a geração do genoma de referência de Eucalyptus. O sequenciamento permitiu, além da descoberta de pequenos RNAs, uma análise da variabilidade interespecífica pelo mapeamento das sequências de ambas as espécies contra 0 genoma de E. grandis. 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Eucalyptus Grandis. |
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Categoria do assunto: |
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650 $aEucalyptus Grandis
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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| Registros recuperados : 113 | |
| 1. |  | SILVA, J. F. V.; DIAS, W. P.; LIMA, C. G. Avaliação da resistência de linhagens avançadas do Programa de Melhoramento da Embrapa Soja a diferentes raças do nematóide de cisto da soja, Heterodera glycines. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 24., 2002, São Pedro, SP. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 156. (Embrapa Soja. Documentos, 185).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 2. | | FUKUSHIMA, R. S.; ROSA, A. J. de M.; LIMA, C. G. de; CUNHA, J. A. da. Comparação entre dois métodos analíticos para determinação da lignina de algumas gramíneas forrageiras. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 34, n. 6, p. 1025-30, jun. 1999 Título em inglês: Comparison between two analytical methods for determining lignin concentration of some grass forages.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 3. | | SANTOS, P. M.; BALSALOBRE, M. A. A.; CORSI, M.; CUSTÓDIO, T. N.; LIMA, C. G. Digestibilidade de gerações de perfilhos do capim Tanzânia. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 39., 2002, Recife, PE. Anais... Recife: SBZ: Ed. dos Editores, 2002. 4f. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 4. | | ALMEIDA, M. S.; LIMA, C. G. B.; SANTOS, V. A. dos; CHAGAS, E. A. Desenvolvimento de mudas de camu-camu sob influência de telados com diferentes intensidades luminosas. In: ENCONTRO DO PROGRAMA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 14., 2015, Boa Vista, RR. Anais... Boa Vista, RR: UFRR, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 7. | | SILVA, J. F. V.; VERONEZZI, G.; LIMA, C. G.; DIAS, W.; HOFFMANN-CAMPO, C. B. Inoculação de Meloidogyne javanica e seu efeito na concentração de isoflavonóides em genótipos de soja resistentes e suscetíveis a nematóide. In: INTERNATIONAL CONGRESS OF TROPICAL NEMATOLOGY, 2., 2009, Maceió. Abstracts... Maceió: ONTA: SBN, 2009. Poster presentation: Resistence, Resumo 30. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 10. | | SILVA, V. X.; PONTIS, J.; FLACH, A.; BACELAR-LIMA, C. G.; NEVES, L. C.; CHAGAS, E. A. Composição quantitativa de pigmentos durante o desenvolvimento de frutos camu-camu (myrciaria dubia). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 22., 2012, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: SBF, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 11. | | NEVES, L. C.; TOSIN, J. M.; SILVA, S.; SILVA, V. X. da; BACELAR-LIMA, C. G.; CHAGAS, E. A. Comportamento bioquímico de componentes funcionais de frutos camu-camu do estado de Roraima. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 22., 2012, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: SBF, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 12. | | MORAIS, B. S.; CHAGAS, E. A.; SMIDERLE, O. J.; LIMA, D.; BACELAR-LIMA, C. G.; MOTA-FILHO, A. B. Biometria de sementes obtidas em uma população de camu-camu do lago da morena, Cantá - Roraima. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE BOTÂNICA APLICADA, 2.; SIMPÓSIO NACIONAL DE FRUTÍFERAS E ORNAMENTAIS DO NORTE E NORDESTE, 2., 2013, Manaus. Anais... Manaus: Ufam, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 14. | | BACELAR-LIMA, C. G.; CARVALHO, A.; CHAGAS, E. A.; PORTO, W. S.; VENÂNCIO, J. B.; PEREIRA, A. das G. S. Caracterização fenológica e biométrica de frutos de camu-camu (myrciaria dubia (h.b.k.) Mcmaugh) do lago da Morena-Cantá-Roraima/RR. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 22., 2012, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: SBF, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 15. | | LIMA. V. S.; SOUZA, A. das G.; CHAGAS, E. A.; SMIDERLE, O. J.; LIMA, C. G. B. Enraizamento de estacas de cajazeira (Spondias mombim L.) para formação de mudas. In: ENCONTRO DO PROGRAMA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 13., 2014, Boa Vista, RR. Anais... Boa Vista, RR: UFRR, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 18. | | SILVA, D. L.; SOUZA, A. das G.; CHAGAS, E. A.; SMIDERLE, O. J.; LIMA, C. G. B. Determinação da curva de secagem em pleno sol de endocarpos de taperebá. In: ENCONTRO DO PROGRAMA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 13., 2014, Boa Vista, RR. Anais... Boa Vista, RR: UFRR, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 20. | | TOSIN, J. M.; SILVA, V. X. da; SILVA, S.; BACELAR-LIMA, C. G.; NEVES, L. C.; CHAGAS, E. A. Determinação do ponto de colheita de frutos de camu-camu em Roraima. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 22., 2012, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: SBF, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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