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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
25/04/2006 |
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Data da última atualização: |
17/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SIMÕES, M.; BAHIA, D.; TORRES, K.; ZERLOTINI NETO, A.; ARTIGUENAVE, F.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G.; OLIVEIRA, G. |
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Afiliação: |
MARIANA SIMÕES, Fiocruz; DIANA BAHIA, Fiocruz; KLEIDER TORRES, Fiocruz; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANÇOIS ARTIGUENAVE, Fiocruz; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; GORAN NESIC, CNPTIA; GUILHERME OLIVEIRA, Fiocruz. |
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Título: |
SNP identification in Schistosoma mansoni expressed genes. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. |
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Páginas: |
p. 131. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-meeting 2005. Presented Posters. Na publicação: Paula Kuser. |
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Conteúdo: |
Schistosomes are parasitic platyhelminths that cause a chronic. often debilitating disease afflicting over 200 million people worldwide. The study of genetic polymorphisms in Schistosomes is important for vaccine and drug development, in addition to the understanding of the genetic structure of populations. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most frequent form of DNA variation, they are abundant and have low mutation rates. SNPs are thought to be the next generation of genetic markers that can be used in many of important biological, genetic, pharmacological and medical applications (Thiel et al, 2004). The aim of this project is to identify in silico SNPs (Useche et al, 2001) in ESTs of Schistosoma mansoni, verify their presence in vaccine and drug target candidates and validate putative SNPs using the cathepsin B gene as a model. The S mansoni cathepin B is a proteolytic enzyme that has been evaluated for development of vaccines and new drugs. It is expressed in the parasite gut and it is believed to function in the digestion of haemoglobin, the main nutrient source for the parasite (Sajid and McKerrow, 2002.) The source of ESTs were 61.002 ESTs generated by Minas Gerais Genome Network, all with quality files base called by Phred (Ewing and Green et al, 2004). The sequences were clustered using Phrap, followed by the identification of putative SNPs applying a novel detection algorithm written by our group, cSNPer. A pre-selection of candidate sequence polymorphisms was conducted and SNPs in the cathepsin B gene, among others, were identified. The quality of the DNA sequences and individual SNPs were assessed by visual inspection with reference to chromatograms. Sixteen SNPs were identified, 44% were transitions and 56% transversions, 62% synonym mutations and 38% non-synonym mutations. The majority of the polymorphisms were in the third codon base. We are now pursuing the characterization of the possible effect of the polymorphisms in the structure of the cathepsin B protein. MenosSchistosomes are parasitic platyhelminths that cause a chronic. often debilitating disease afflicting over 200 million people worldwide. The study of genetic polymorphisms in Schistosomes is important for vaccine and drug development, in addition to the understanding of the genetic structure of populations. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most frequent form of DNA variation, they are abundant and have low mutation rates. SNPs are thought to be the next generation of genetic markers that can be used in many of important biological, genetic, pharmacological and medical applications (Thiel et al, 2004). The aim of this project is to identify in silico SNPs (Useche et al, 2001) in ESTs of Schistosoma mansoni, verify their presence in vaccine and drug target candidates and validate putative SNPs using the cathepsin B gene as a model. The S mansoni cathepin B is a proteolytic enzyme that has been evaluated for development of vaccines and new drugs. It is expressed in the parasite gut and it is believed to function in the digestion of haemoglobin, the main nutrient source for the parasite (Sajid and McKerrow, 2002.) The source of ESTs were 61.002 ESTs generated by Minas Gerais Genome Network, all with quality files base called by Phred (Ewing and Green et al, 2004). The sequences were clustered using Phrap, followed by the identification of putative SNPs applying a novel detection algorithm written by our group, cSNPer. A pre-selection of candidate sequence polymorph... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Schistosoma mansoni. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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520 $aSchistosomes are parasitic platyhelminths that cause a chronic. often debilitating disease afflicting over 200 million people worldwide. The study of genetic polymorphisms in Schistosomes is important for vaccine and drug development, in addition to the understanding of the genetic structure of populations. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most frequent form of DNA variation, they are abundant and have low mutation rates. SNPs are thought to be the next generation of genetic markers that can be used in many of important biological, genetic, pharmacological and medical applications (Thiel et al, 2004). The aim of this project is to identify in silico SNPs (Useche et al, 2001) in ESTs of Schistosoma mansoni, verify their presence in vaccine and drug target candidates and validate putative SNPs using the cathepsin B gene as a model. The S mansoni cathepin B is a proteolytic enzyme that has been evaluated for development of vaccines and new drugs. It is expressed in the parasite gut and it is believed to function in the digestion of haemoglobin, the main nutrient source for the parasite (Sajid and McKerrow, 2002.) The source of ESTs were 61.002 ESTs generated by Minas Gerais Genome Network, all with quality files base called by Phred (Ewing and Green et al, 2004). The sequences were clustered using Phrap, followed by the identification of putative SNPs applying a novel detection algorithm written by our group, cSNPer. A pre-selection of candidate sequence polymorphisms was conducted and SNPs in the cathepsin B gene, among others, were identified. The quality of the DNA sequences and individual SNPs were assessed by visual inspection with reference to chromatograms. Sixteen SNPs were identified, 44% were transitions and 56% transversions, 62% synonym mutations and 38% non-synonym mutations. The majority of the polymorphisms were in the third codon base. We are now pursuing the characterization of the possible effect of the polymorphisms in the structure of the cathepsin B protein.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 114 | |
| 21. |  | PATRICIO, D. I.; CASTRO, R. L. de; CAIERAO, E.; AIRES, R. F. Processo de gestão para o ensaio estadual de cultivares de trigo. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 8.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 9., 2014, Canela; REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 9.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 10., 2015, Passo Fundo. Anais... Passo Fundo: Biotrigo Genética: Embrapa Trigo, 2015. 2015-Melhoramento, Aptidão Industrial e Sementes-Trabalho 101. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 23. | | EICHOLZ, E. D.; UENO, B.; AIRES, R. F.; SILVA, S. D. dos A. e; HARTER, A. Incidência e severidade de mofo cinzento em mamona em Pelotas - RS. In: CONGRESSO DA REDE BRASILEIRA DE TECNOLOGIA DE BIODISEL, 5.; CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURAS E BIODISEL, 8., 2012, Salvador. Anais... Salvador: UFLA, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 25. | | PATRICIO, D. I.; CASTRO, R. L. de; CAIERÃO, E.; ZUCHI, J.; AIRES, R. F. Sistema informatizado para gestão do ensaio estadual de cultivares de trigo. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 8.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 9., 2014, Canela; REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 9.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 10., 2015, Passo Fundo. Anais... Passo Fundo: Biotrigo Genética: Embrapa Trigo, 2015. 2014 - Melhoramento, Aptidão industrial e Sementes - Trabalho 115. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 27. | | VERISSIMO, M. A. A.; SILVA, S. D. dos A. e; AIRES, R. F.; DAROS, E.; PANZIERA, W. Adaptabilidade e estabilidade de genótipos precoces de cana-de-açúcar no Rio Grande do Sul. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 47, n. 4, p. 561-568, abr. 2012. Título em inglês: Adaptability and stability of early sugarcane genotypes in Rio Grande do Sul, Brazil.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 28. | | SILVA, S, D. dos A. e.; UENO, B.; STECKLING, C.; CASAGRANDE JUNIOR, J. G.; AIRES, R. F. Adaptação de 10 cultivares de mamona às condições edafoclimáticas do RS. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Melhoramento de plantas e agronegócio: anais... Lavras: UFLA: SBMP, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 29. | | ÁVILA, T. T. de; SILVA, S. D. dos A. e; ÁVILA, D. T. de; AIRES, R. F. Avaliação e caracterização de população de plantas de pinhão manso em Pelotas-RS. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA DA MANDIOCA, 10.; REUNIÃO TÉCNICA DA BATATA-DOCE, 2., Pelotas, 2010. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva, Ivan Rodrigues de Almeida e Ana Cláudia Barneche de Oliveira. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 30. | | SEVERO, J.; GALARÇA, S. P.; AIRES, R. F.; FLORES CANTILLANO, R, F.; SILVA, J. A.; ROMBALDI, C. V. Avaliação de compostos fenólicos, antocianinas, vitamina C e capacidade antioxidante em mirtilo armazenado em atmosfera controlada. In: 2º SIMPOSIO DE SEGURANÇA ALIMENTAR, Debatendo Qaulidade, 2008, Bento Gonçalves. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de ciência e tecnologia de alimentos. Porto Alegre: UFRGS, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 31. | | FONSECA, E. R.; EICHOLZ, M. D.; EICHOLZ, E. D.; AIRES, R. F.; SILVA, S. D. dos A. e. Caracterização da floração das cultivares de mamona al guarany 2002 e IAC80. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 21.; MOSTRA CIENTÍFICA, 4., 2012, Pelotas. Anais... Pelotas: UFPelotas, 2012. 1 CD-ROM. CIC UFPelotas.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 33. | | VERÍSSIMO, M. A. A.; SILVA, S. D. dos A. e; STÄHELIN, D. S.; SCHNEIDER, F. C.; AIRES, R. F. Comportamento dos parâmetros de crescimento de variedades de cana-de-açúcar em ciclo de cana planta, Pelotas, RS. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTOS DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 34. | | EICHOLZ, M. D.; CASAGRANDE JUNIOR, J. G.; AIRES, R. F.; EICHOLZ, E. D.; SILVA, S. D. dos A. e. Componentes do rendimento e produtividade de mamona, cv. IAC 80. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA DA MANDIOCA, 10.; REUNIÃO TÉCNICA DA BATATA-DOCE, 2., Pelotas, 2010. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva, Ivan Rodrigues de Almeida e Ana Cláudia Barneche de Oliveira. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 38. | | AIRES, R. F.; CARGNELUTTI FILHO, A.; EMYGDIO, B. M.; SANTOS, F. M.; MACHADO, A. J.; CARAFFA, M. Ensaio estadual de híbridos de milho safra 2012/13. In: REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO MILHO, 58.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO SORGO, 41., 2013, Pelotas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 39. | | SILVA, S. D. dos A. e.; STECKLING, C.; CASAGRANDE JÚNIOR, J. G.; AIRES, R. F.; ÁVILA, D. T. de. Ensaio regional de híbridos de mamona safra 2007/08 em Cruz Alta, RS. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 2.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DE AGROENERGIA, 2., 2008, Porto Alegre. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 40. | | EMYGDIO, B. M.; MACHADO, J. de A.; VIEIRA, L. C.; FACCHI, L.; AIRES, R.; FACHINELLO, P. H. K.; BARROS, L. Recomendação de variedades de milho para o sul do Brasil - safra 2013/14. In: REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO MILHO, 58.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO SORGO, 41., 2013, Pelotas. Anais... Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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