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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
26/11/2009 |
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Data da última atualização: |
15/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
JOSÉ AUGUSTO SALIM, Estagiário/CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; FABIO ROGERIO DE MORAES, Bolsista/CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; IZABELLA PENA NESHICH, Estagiária/CNPTIA; GORAN NESHICH, CNPTIA. |
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Título: |
MSSP: a web-based application for analysis of selected parameter from multiple structures in a graphical manner. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-Meeting 2009. |
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Conteúdo: |
The Blue Star Sting?s module Multiples Structures Selected Parameter (MSSP) is software developed in Java and Perl programming languages. It allows comparing, in a graphical manner, a selected parameter out of a total of 150 parameters in a different protein structures previously aligned in a simple intuitive plot. From a local database containing more than 60,000 proteins structures users can choose a single protein structure or a set of them. First, the structures are aligned using a specific algorithm and than MSSP does a XY plot, where X represents the residues position and Y the selected parameter values for selected aligned structures. The structural alignment is obtained with the Matching Molecular Models Obtained from Theory (MAMMOTH) software using the version able to align multiples structures called MAMMOTH-mult. Observing the alignments in MSSP plot for a selected parameter is possible see how good an alignment is by observation of the incidence of peaks and valleys in the graphic, and so an insertion of gaps can improve the alignment to optimist incidences of this peaks and valleys. Of course a statistical computation is needed to optimize insertion of gaps and an analysis of a set of parameters is also needed. However with a good alignment algorithm and MSSP it is possible to create a more efficient algorithm to make optimized structural alignments. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Estruturas de proteínas; MAMMOTH; Matching Molecular Models Obtained from Theory (MAMMOTH). |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Molecular dynamics; Protein structure. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 02408nam a2200289 a 4500
001 1576286
005 2020-01-15
008 2009 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aSALIM, J. A.
245 $aMSSP$ba web-based application for analysis of selected parameter from multiple structures in a graphical manner.$h[electronic resource]
260 $aIn: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB$c2009
300 $aNão paginado.
500 $aX-Meeting 2009.
520 $aThe Blue Star Sting?s module Multiples Structures Selected Parameter (MSSP) is software developed in Java and Perl programming languages. It allows comparing, in a graphical manner, a selected parameter out of a total of 150 parameters in a different protein structures previously aligned in a simple intuitive plot. From a local database containing more than 60,000 proteins structures users can choose a single protein structure or a set of them. First, the structures are aligned using a specific algorithm and than MSSP does a XY plot, where X represents the residues position and Y the selected parameter values for selected aligned structures. The structural alignment is obtained with the Matching Molecular Models Obtained from Theory (MAMMOTH) software using the version able to align multiples structures called MAMMOTH-mult. Observing the alignments in MSSP plot for a selected parameter is possible see how good an alignment is by observation of the incidence of peaks and valleys in the graphic, and so an insertion of gaps can improve the alignment to optimist incidences of this peaks and valleys. Of course a statistical computation is needed to optimize insertion of gaps and an analysis of a set of parameters is also needed. However with a good alignment algorithm and MSSP it is possible to create a more efficient algorithm to make optimized structural alignments.
650 $aBioinformatics
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700 1 $aNESHICH, G.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 24 | |
| 10. |  | AMÉZQUITA, M. C.; CHATEL, M.; GUIMARÃES, E. P.; OSPINA, Y.; SILVA, J. Análisis estadistico de un ensayo exploratorio para la toma de decisiones metodológicas. In: GUIMARÃES, E. P.; SANZ, J. I.; RAO, I. M.; AMÉZQUITA, M. C.; AMÉZQUITA, E. (Ed.). Sistemas agropastoriles en sabanas tropicales de América Latina. Cali: CIAT; Brasília, DF: Embrapa, 1999. p. 78-90.| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 11. | | CHÃTEL, M.; GUIMARÃES, E. P.; BORRERO, J.; MORENO, A.; QUIRÓS, C. A.; VILLEGAS, L. C. El arroz de secano: una nueva opcion de cultivo para la region andina de Colombia. In: REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ, 6., 1998, Goiânia. Perspectivas para a cultura dos arroz nos ecossistemas de várzeas e terras altas: resumos expandidos. Goiânia: Embrapa-CNPAF, 1998. v. 1. p. 280-281. (Embrapa-CNPAF. Documentos, 85).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 12. | | MORAIS, O. P. de; CHATEL, M. H. G. L.; GUIMARÃES, E. P.; FAGERIA, N. K. Eficiência da seleção direta, em populações F2 de arroz de sequeiro, para solo de baixa fertilidade. In: REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ, 3., 1987, Goiânia. Resumos. Brasília, DF: EMBRAPA-DDT, 1987. p. 65. (EMBRAPA-CNPAF. Documentos, 19).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 13. | | MORAIS, O. P. de; CHATEL, M. H. G. L.; GUIMARÃES, E. P.; FAGERIA, N. K. Eficiência da seleção indireta, em populações F2 de arroz de sequeiro, para solo de baixa fertilidade. In: REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ, 3., 1987, Goiânia. Anais.. Goiânia: EMBRAPA-CNPAF, 1991. p. 421-437. (EMBRAPA-CNPAF. Documentos, 25).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 15. | | CHATEL, M.; MENDEZ DEL VILLAR, P.; FERREIRA, C. M.; RAISSAC, M. de. Perspectivas del sector arrocero en América Latina. In: CONGRESSO DA CADEIA PRODUTIVA DE ARROZ, 1.; REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ - RENAPA, 7., 2002, Florianópolis. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2002. p. 100-103. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 134).| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 19. | | AMÉZQUITA, M. C.; CHATEL, M.; GUIMARÃES, E. P.; OSPINA, Y.; SILVA, J. The statistical analysis of an exploratory trial for methodological decision making. In: GUIMARÃES, E. P.; SANZ, J. I.; RAO, I. M.; AMÉZQUITA, M. C.; AMÉZQUITA, E.; THOMAS, R. J. (Ed.). Agropastoral systems for the tropical savannas of Latin America. Cali: CIAT; Brasília: Embrapa, 2004. p. 90-101. (CIAT. Publication, 338).| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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