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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
26/11/2009 |
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Data da última atualização: |
15/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
IVAN MAZONI, CNPTIA; L. C. BORRO, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; JOSÉ AUGUSTO SALIM, Estagiário/CNPTIA; FABIO ROGERIO DE MORAES, Bolsista/CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; IZABELLA PENA NESHICH, Estagiária/CNPTIA; GORAN NESHICH, CNPTIA. |
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Título: |
Computational analysis of the secondary structure elements based on the physical chemical and geometrical descriptors and statistics data. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. |
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Páginas: |
Não paginado |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-Meeting 2009. |
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Conteúdo: |
JSSD is software developed on the Java programming language, to analyze the secondary structure elements of the proteins. This analysis is based on the information about the amino acids physical chemical and geometrical parameters and allows characterize the functional proteins nanoenvironment, where the nucleation of secondary structure elements (alpha-helix, beta-sheets and loops) occurs (composed by initiation, propagation and termination). JSSD uses a database containing 720 different descriptors for each amino acid in any protein deposited in the PDB. Considering that each protein has 2 chains with 300 amino acids each one and there are more than 60000 structures deposited in the PDB, our database has 720 x 2 x 300 x 60,000 = 25,920,000,000 registers approximately. A first experiment was done with 40,710 proteins. We created data marts (extracts from PDB based on strict rules for selecting a particular characteristic) from these structures for the proteins families: all-alpha, all-beta and alpha + beta. Using only the amino acids sequence matching the initial and final position at selected secondary structure element and that has consensus on all three identifiers PDB, DSSP and Stride, the experiment showed that there are 34,095 alpha-helices on the all-alpha protein family; 8,645 beta-sheets on the all-beta protein family and 306,556 alpha-helices and 250,674 beta-sheets on the alpha + beta protein family (both secondary structure element of variable size starting from minimum 5 amino acids). MenosJSSD is software developed on the Java programming language, to analyze the secondary structure elements of the proteins. This analysis is based on the information about the amino acids physical chemical and geometrical parameters and allows characterize the functional proteins nanoenvironment, where the nucleation of secondary structure elements (alpha-helix, beta-sheets and loops) occurs (composed by initiation, propagation and termination). JSSD uses a database containing 720 different descriptors for each amino acid in any protein deposited in the PDB. Considering that each protein has 2 chains with 300 amino acids each one and there are more than 60000 structures deposited in the PDB, our database has 720 x 2 x 300 x 60,000 = 25,920,000,000 registers approximately. A first experiment was done with 40,710 proteins. We created data marts (extracts from PDB based on strict rules for selecting a particular characteristic) from these structures for the proteins families: all-alpha, all-beta and alpha + beta. Using only the amino acids sequence matching the initial and final position at selected secondary structure element and that has consensus on all three identifiers PDB, DSSP and Stride, the experiment showed that there are 34,095 alpha-helices on the all-alpha protein family; 8,645 beta-sheets on the all-beta protein family and 306,556 alpha-helices and 250,674 beta-sheets on the alpha + beta protein family (both secondary structure element of variable size starting from... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise computacional; Elementos de estrutura secundária; JSSD. |
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Thesagro: |
Dados Estatísticos. |
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Thesaurus Nal: |
Computer software. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
null
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 4 | |
| 1. |  | BARBOSA, N. G. S.; RODRIGUEZ, N. M.; FERNANDES, P. C. C.; NAHUM, B. de S.; BORGES, I.; RIBEIRO, O. A. V. Consumo em novilhos bubalinos de rio (Bubalus bubalis) alimentados com diferentes níveis de torta de amêndoa de dendê: efeito da fibra em detergente neutro, energia digestível, proteína bruta e extrato etéreo. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 47., 2010, Salvador. Empreendedorismo e progresso científico na zootecnia brasileira de vanguarda. Salvador: SBZ, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 2. | | BARBOSA, N. G. S.; RODRIGUEZ, N. M.; FERNANDES, P. C. C.; RIBEIRO, O. A. V. R.; MENEZES, B. P.; GARCIA, A. R. Torta de amêndoa de dendê em dietas para bubalinos: metabolismo ruminal. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém, PA. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém, PA: SBZ, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 3. | | BARBOSA, N. G. S.; FERNANDES, P. C. C.; RODRIGUEZ, N. M.; MENEZES, B. P.; RIBEIRO, O. A. V.; MOREIRA, G. R. Volume ruminal em búfalos suplementados com torta de amêndoa de dendê: método das bolas. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém. O Desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios - anais. Belém: SBZ: UFRA, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 4. | | BARBOSA, N. G. S.; RODRIGUEZ, N. M.; FERNANDES, P. C. C.; GARCIA, A. R.; NAHUM, B. de S.; SALIBA, E. S.; BORGES, I.; ÁVILA, S. C.; MENEZES, B. P.; RIBEIRO, O. A. V.; OLIVEIRA, M. E. C.; QUINZEIRO NETO, T. Intake and digestibility of river buffalo steers (Bubalus bubalis) fed different levels of palm kernel cake: effect of diet neutral detergent fiber, digestible energy, crude protein and extract ether. Revista Veterinaria, v. 21, supl. 1, p. 146-150, 2010. Proceeding of World Buffalo Congress, 9., 2010, Buenos Aires.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| Registros recuperados : 4 | |
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