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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
23/01/2023 |
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Data da última atualização: |
23/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
PETROLI, C. D. |
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Título: |
Caracterização genômica de marcadores DArT com base em mapeamento genético e físico e detecção de QTLs em Eucalyptus. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
2013 |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Biologia Molecular) - Universidade de Brasília, DF. Orientador: Dario Grattapaglia, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Conteúdo: |
Diversity Arrays Technology (DArT) fornece um sistema robusto, de alto rendimento e baixo custo para a identificação de milhares de polimorfismos na sequência do DNA de indivíduos. Apesar da extensa utilização desta plataforma de genotipagem para diversas espécies de plantas, pouco se conhece sobre os atributos dos marcadores DArT do ponto de vista do conteúdo das sequências e sua distribuição em genomas de plantas. Neste trabalho foram investigadas as propriedades genômicas das 7.680 sondas do microarranjo DArT desenvolvido para Eucalyptus, por meio do seu sequenciamento e mapeamento genético e físico no genoma de referência de Eucalyptus grandis. Em seguida, o mapa genético construído foi utilizado para o mapeamento de QTLs (Quantitative Trait Loci) para sete características quantitativas de crescimento e qualidade da madeira em Eucalyptus. Finalmente, para cada QTL identificado foi realizada uma análise preliminar do número de genes anotados na sequência do genoma de Eucalyptus incluídos no intervalo genômico correspondente. Um mapa consenso com 2.274 marcadores DArT ancorado a 210 microssatélites com uma média de distância entre marcadores consecutivos na ordem de sub-centimorgan e um mapa genético framework com 1.029 marcadores ordenados com maior suporte estatístico foram construídos. Ambos exibiram uma extensa colinearidade com a sequência do genoma quando mapeados fisicamente. O número de sequências únicas observadas para as sondas DArT foi consistente com o número de sequências DArT alinhadas em uma posição única no genoma de Euaclyptus. Com uma cobertura do 97% do genoma físico, estes marcadores demonstraram uma ampla e uniforme distribuição ao longo do genoma. Apenas 1,4 Mpb dos 85,4 Mpb das sequências de scaffolds ainda não ancorados no atual genoma de Eucalyptus foi capturado por 45 marcadores DArT geneticamente mapeados mas fisicamente não alinhados nos 11 pseudo-cromossomos de Eucalyptus, fornecendo evidência sobre a qualidade e a completude da montagem atual do genoma de Eucalyptus. A maioria das 89 sondas do microarranjo DArT que não mapearam fisicamente no genoma correspondem a sequências provavelmente ausentes em E. grandis, o que sugere um caráter pangenômico do microarranjo DArT de Eucalyptus. Uma sobreposição significativa foi encontrada entre o posicionamento dos marcadores DArT e o espaço gênico, com 69% das sondas DArT mapeando dentro de modelos gênicos preditos. Uma correlação significativa foi identificada entre o número de modelos gênicos preditos e o número total de sondas DArT encontradas em todo o genoma (índice de Spearman ? = 0,682, ? = 3,79e-18). O mapeamento de QTLs detectou 35 QTLs para as características avaliadas, sendo que vários deles sugestivos de sintenia em nível cromossômico com QTLs detectados em estudos anteriores. Um total de 8.036 modelos gênicos preditos foi observado nos intervalos genômicos compreendidos pelos marcadores flanqueantes aos 18 QTLs mapeados no parental materno e 6.678 nos intervalos dos 17 QTLs identificados no parental paterno. Centenas desses genes poderiam ser sugeridos tentativamente como genes candidatos para as características fenotípicas avaliadas, cuja validação demandaria um esforço considerável. Em conclusão, as propriedades genômicas dos marcadores DArT levantadas neste estudo são particularmente interessantes para os investigadores que trabalham com culturas as quais já contam com microarranjos DArT mas para as quais não existe ainda um genoma de referência que permita uma caracterização detalhada. Estas propriedades são potencialmente úteis para a realização de estudos filogenéticos, de genética de populações e predição de fenótipos via seleção genômica, explorando a proximidade destes marcadores a genes. MenosDiversity Arrays Technology (DArT) fornece um sistema robusto, de alto rendimento e baixo custo para a identificação de milhares de polimorfismos na sequência do DNA de indivíduos. Apesar da extensa utilização desta plataforma de genotipagem para diversas espécies de plantas, pouco se conhece sobre os atributos dos marcadores DArT do ponto de vista do conteúdo das sequências e sua distribuição em genomas de plantas. Neste trabalho foram investigadas as propriedades genômicas das 7.680 sondas do microarranjo DArT desenvolvido para Eucalyptus, por meio do seu sequenciamento e mapeamento genético e físico no genoma de referência de Eucalyptus grandis. Em seguida, o mapa genético construído foi utilizado para o mapeamento de QTLs (Quantitative Trait Loci) para sete características quantitativas de crescimento e qualidade da madeira em Eucalyptus. Finalmente, para cada QTL identificado foi realizada uma análise preliminar do número de genes anotados na sequência do genoma de Eucalyptus incluídos no intervalo genômico correspondente. Um mapa consenso com 2.274 marcadores DArT ancorado a 210 microssatélites com uma média de distância entre marcadores consecutivos na ordem de sub-centimorgan e um mapa genético framework com 1.029 marcadores ordenados com maior suporte estatístico foram construídos. Ambos exibiram uma extensa colinearidade com a sequência do genoma quando mapeados fisicamente. O número de sequências únicas observadas para as sondas DArT foi consistente com o número d... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Diversity Arrays Technology. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
null
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 2 | |
| 1. |  | GÓMEZ, M. L.; HUANG, X.; ALVAREZ, D.; HE, W.; BAYSAL, C.; ZHU, C.; ARMARIO-NAJERA, V.; PERERA, A. B.; BENNASSER, P. C.; SABA-MAYORAL, A.; SOBRINO-MENGUAL, G.; VARGHEESE, A.; ABRANCHES, R.; ABREU, I. A.; BALAMURUGAN, S.; BOCK, R.; BUYEL, J. F.; CUNHA, N. B. da; DANIELL, H.; FALLER, R.; FOLGADO, A.; GOWTHAM, I.; HÄKKINEN, S. T.; KUMAR, S.; RAMALINGAM, S. K.; LACORTE, C. C.; LOMONOSSOFF, G. P.; LUÍS, I. M.; MA, J. K.-C.; MCDONALD, K. A.; MURAD, A. M.; NANDI, S.; O'KEEFE, B.; OKSMAN-CALDENTEY, K.-M.; PARTHIBAN, S.; PAUL, M. J.; PONNDORF, D.; RECH FILHO, E. L.; RODRIGUES, J. C. M.; RUF, S.; SCHILLBERG, S.; SCHWESTKA, J.; SHAH, P. S.; SINGH, R.; STOGER, E.; TWYMAN, R. M.; VARGHESE, I. P.; VIANNA, G. R.; WEBSTER, G.; WILBERS, R. H. P.; CAPELL, T.; CHRISTOU, P. Contributions of the international plant science community to the fight against human infectious diseases - part 1: epidemic and pandemic diseases. Plant Biotechnology Journal, v. 19, p. 1901-1920, 2021. Na publicação: Cristiano Lacorte; Andre Murad; Elibio Rech.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 2. | | HE, W.; BAYSAL, C.; GÓMEZ, M. L.; HUANG, X.; ALVAREZ, D.; ZHU, C.; ARMARIO-NAJERA, V.; PERERA, A. B.; BENNASER, P. C.; SABA-MAYORAL, A.; SOBRINO-MENGUAL, G.; VARGHEESE, A.; ABRANCHES, R.; ABREU, I. A.; BALAMURUGAN, S.; BOCK, R.; BUYEL, J. F.; CUNHA, N. B. da; DANIELL, H.; FALLER, R.; FOLGADO, A.; GOWTHAM, I.; HÄKKINEN, S. T.; KUMAR, S.; KUMAR, R. S.; LACORTE, C. C.; LOMONOSSOFF, G. P.; LUÍS, I. M.; MA, J. K.-C.; MCDONALD, K. A.; MURAD, A. M.; NANDI, S.; O’KEEF, B.; PARTHIBAN, S.; PAUL, M. J.; PONNDORF, D.; RECH FILHO, E. L.; RODRIGUES, J. C. M.; RUF, S.; SCHILLBERG, S.; SCHWESTKA, J.; SHAH, P. S.; SINGH, R.; STOGER, E.; TWYMAN, R. M.; VARGHESE, I. P.; VIANNA, G. R.; WEBSTER, G.; WILBERS, R. H. P.; CHRISTOU, P.; OKSMAN-CALDENTEY, K.-M.; CAPELL, T. Contributions of the international plant science community to the fight against infectious diseases in humans - part 2: Affordable drugs in edible plants for endemic and re-emerging diseases. Plant Biotechnology Journal, v. 19, p. 1921-1936, 2021. Na publicação: Cristiano Lacorte; Andre Murad; Elibio Rech.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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