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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Hortaliças. |
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Data corrente: |
11/01/2022 |
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Data da última atualização: |
11/01/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CUNHA, C. P. da; RESENDE, F. V.; ZUCCHI, M. I.; PINHEIRO, J. B. |
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Afiliação: |
CAMILA PINTO DA CUNHA, UNICAMP; FRANCISCO VILELA RESENDE, CNPH; MARIA IMACULADA ZUCCHI, UNICAMP; JOSE BALDIN PINHEIRO, APTA. |
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Título: |
SSR-based genetic diversity and structure of garlic accessions from Brazil. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetica, v. 142, n. 5, p. 419-431, 2014. |
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DOI: |
10.1007/s10709-014-9786-1 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Garlic is a spice and a medicinal plant; hence, there is an increasing interest in ?developing? new varieties with different culinary properties or with high content of nutraceutical compounds. Phenotypic traits and dominant molecular markers are predominantly used to evaluate the genetic diversity of garlic clones. However, 24 SSR markers (codominant) specific for garlic are available in the literature, fostering germplasm researches. In this study, we genotyped 130 garlic accessions from Brazil and abroad using 17 polymorphic SSR markers to assess the genetic diversity and structure. This is the first attempt to evaluate a large set of accessions maintained by Brazilian institutions. A high level of edundancy was detected in the collection (50 % of the accessions represented eight haplotypes). However, non-redundant accessions presented high genetic diversity. We detected on average five alleles per locus, Shannon index of 1.2, HO of 0.5, and HE of 0.6. A core collection was set with 17 accessions, covering 100 % of the alleles with minimum redundancy. Overall FST and D values indicate a strong genetic structure within accessions. Two major groups identified by both model-based (Bayesian approach) and hierarchical clustering (UPGMA dendrogram) techniques were coherent with the classification of accessions according to maturity time (growth cycle): early-late and midseason accessions. Assessing genetic diversity and structure of garlic collections is the first step towards an efficient management and conservation of accessions in genebanks, as well as to advance future genetic studies and improvement of garlic worldwide. MenosGarlic is a spice and a medicinal plant; hence, there is an increasing interest in ?developing? new varieties with different culinary properties or with high content of nutraceutical compounds. Phenotypic traits and dominant molecular markers are predominantly used to evaluate the genetic diversity of garlic clones. However, 24 SSR markers (codominant) specific for garlic are available in the literature, fostering germplasm researches. In this study, we genotyped 130 garlic accessions from Brazil and abroad using 17 polymorphic SSR markers to assess the genetic diversity and structure. This is the first attempt to evaluate a large set of accessions maintained by Brazilian institutions. A high level of edundancy was detected in the collection (50 % of the accessions represented eight haplotypes). However, non-redundant accessions presented high genetic diversity. We detected on average five alleles per locus, Shannon index of 1.2, HO of 0.5, and HE of 0.6. A core collection was set with 17 accessions, covering 100 % of the alleles with minimum redundancy. Overall FST and D values indicate a strong genetic structure within accessions. Two major groups identified by both model-based (Bayesian approach) and hierarchical clustering (UPGMA dendrogram) techniques were coherent with the classification of accessions according to maturity time (growth cycle): early-late and midseason accessions. Assessing genetic diversity and structure of garlic collections is the first step towards ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Alho; Allium Sativum; Germoplasma; Marcador Molecular. |
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Thesaurus Nal: |
Cluster analysis; Genetic resources; Microsatellite repeats. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 02375naa a2200253 a 4500
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520 $aGarlic is a spice and a medicinal plant; hence, there is an increasing interest in ?developing? new varieties with different culinary properties or with high content of nutraceutical compounds. Phenotypic traits and dominant molecular markers are predominantly used to evaluate the genetic diversity of garlic clones. However, 24 SSR markers (codominant) specific for garlic are available in the literature, fostering germplasm researches. In this study, we genotyped 130 garlic accessions from Brazil and abroad using 17 polymorphic SSR markers to assess the genetic diversity and structure. This is the first attempt to evaluate a large set of accessions maintained by Brazilian institutions. A high level of edundancy was detected in the collection (50 % of the accessions represented eight haplotypes). However, non-redundant accessions presented high genetic diversity. We detected on average five alleles per locus, Shannon index of 1.2, HO of 0.5, and HE of 0.6. A core collection was set with 17 accessions, covering 100 % of the alleles with minimum redundancy. Overall FST and D values indicate a strong genetic structure within accessions. Two major groups identified by both model-based (Bayesian approach) and hierarchical clustering (UPGMA dendrogram) techniques were coherent with the classification of accessions according to maturity time (growth cycle): early-late and midseason accessions. Assessing genetic diversity and structure of garlic collections is the first step towards an efficient management and conservation of accessions in genebanks, as well as to advance future genetic studies and improvement of garlic worldwide.
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700 1 $aPINHEIRO, J. B.
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Registro original: |
Embrapa Hortaliças (CNPH) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 14 | |
| 4. |  | RODRÍGUEZ OSUNA, V.; MAY, P. H.; MONTEIRO, J. M. G.; WOLLENWEBER; HISSA, H. R.; COSTA, M. Promoting sustainable agriculture, boosting productivity, and enhancing climate mitigation and adaptation through the RIO RURAL Program, Brazil. In: NEHREN, U.; SCHLÜTER, S.; RAEDIG, C.; SATTLER, D.; HISSA, H. (Ed.). Strategies and tools for a sustainable rural Rio de Janeiro. Cham: Springer, 2019. cap. 28, p. 443-462.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 7. | | TEIXEIRA, S. M.; MAY, P. H.; AZEVEDO, R.; PEREIRA, J. A.; MESQUITA, T. C. Estudos sócio-econômicos e pesquisa de caupi no Brasil. In: REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE CAUPI, 2., 1987, Goianira. Resumos... Brasília, DF: EMBRAPA-CNPAF, 1987. p. 10. (EMBRAPA-CNPAF. Documentos, 21).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 8. | | COUDEL, E.; FERREIRA, J. N.; AMAZONAS, M. de C.; ELOY, L.; HERCOWITZ, M.; MATTOS, L. M. de; MAY, P.; MURADIAN, R.; PIKETTY, M.-G.; TONI, F. The rise of PES in Brazil: from pilot projects to public policies. In: MARTINEZ-ALIER, J.; MURADIAN, R. (Ed.). Handbook of ecological economics. Cheltenham, UK: Northampton, MA, USA: Edward Elgar Publishing, 2015. p. 450-472.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Cerrados. |
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| 9. | | COUDEL, E.; AMAZONAS, M.; FERREIRA, J.; ELOY, L.; HERCOWITZ, M.; MATTOS, L. M. de; MAY, P.; MURADIAN, R.; PIKETTY, M. G.; TONI, F. La emergencia de una política de pagos por servicios ambientales en Brasil: de agendas distintas a convergentes? In: DE BLASS, D. E.; LE COQ, J. F.; GUEVARA SANGINES, A. (Coord.). Los pagos por servicios ambientales en América Latina: governanza, impactos y perspectivas. México: Universidade Iberoamericana Ciudad de México, 2017. p. 131-164.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 10. | | PRADO, R. B.; SCHULER, A. E.; TURETTA, A. P. D.; FIDALGO, E. C. C.; DIEDERICHSEN, A.; GUIMARÃES, J.; VEIGA, F.; KRIECK, C.; MAY, P. H.; SENA, R. F. M.; SANTOS, D. G. dos. Instrumentos de apoio à implantação e monitoramento de PSA-Hídrico no Brasil. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE PAGAMENTO POR SERVIÇOS AMBIENTAIS, 4., 2012, Resumos... , 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 11. | | BUSTAMANTE, M. M. C.; NOBRE, C. A.; SMERALDI, R.; AGUIAR, A. P. D.; BARIONI, L. G.; FERREIRA, L. F.; LONGO, K.; MAY, P.; PINTO, A. S.; OMETTO, J. P. H. B. Estimating greenhouse gas emissions from cattle raising in Brazil. Climatic Change, v. 115, n. 3, p. 559-577, Dec. 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 12. | | FERREIRA, J. N.; FAVARETO, A. da S.; RESQUE, A. G. L.; GARCIA-DRIGO, I.; SARCINELLI, O.; MAY, P. H.; SANTOS, S. A.; ALMEIDA, T. H. M. P. de; PEDREIRA, B. da C. C. G. Oportunidades para geração de renda e inclusão produtiva na paisagem rural por meio do uso sustentável e da manutenção da biodiversidade e dos serviços ecossistêmicos. In: PRADO, R. B.; OVERBECK, G. E.; GRACO-ROZA, C.; MOREIRA, R. A.; MONTEIRO, M. M.; DUARTE, G. T. (org.). Relatório temático sobre agricultura, biodiversidade e serviços ecossistêmicos. Campinas: Ed. dos Autores, 2024. cap. 5, p. 132-159.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Solos. |
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| 13. | | JOLY, C. A.; PADGURSCHI, M. C. G.; PIRES, A. P. F.; AGOSTINHO, A. A.; MARQUES, A. C.; AMARAL, A. G.; CERVONE, C. O. F. de O.; ADAMS, C.; BACCARO, F. B.; SPAROVEK, G.; OVERBECK, G. E.; ESPINDOLA, G. M. de; VIEIRA, I. C. G.; METZGER, J. P.; SABINO, J.; FARINACI, J. S.; QUEIROZ, L. P. de; GOMES, L. C.; CUNHA, M. M. C. da; PIEDADE, M. T. F.; BUSTAMANTE, M. M. da C.; MAY, P.; FEARNSIDE, P.; PRADO, R. B.; LOYOLA, R. D. Apresentando o diagnóstico brasileiro de biodiversidade e serviços ecossistêmicos. In: JOLY, C. A.; SCARANO, F. R.; SEIXAS, C. S.; METZGER, J. P.; OMETTO, J. P.; BUSTAMANTE, M. M. C.; PADGURSCHI, M. C. G.; PIRES, A. P. F.; CASTRO, P. F. D.; GADDA, T.; TOLEDO, P. (Ed.). 1° Diagnóstico brasileiro de biodiversidade e serviços ecossistêmicos. São Carlos, SP: Editora Cubo, 2019. cap. 1, p. 6-33.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Solos. |
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