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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
16/11/2021 |
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Data da última atualização: |
16/11/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SAVOLDI, I. R.; IBELLI, A. M. G.; CANTAO, M. E.; PEIXOTO, J. de O.; MORES, M. A. Z.; LAGOS, E. B.; LOPES, J. S.; ZANELLA, R.; LEDUR, M. C. |
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Afiliação: |
IGOR RICARDO SAVOLDI, UDESC/Chapecó; ADRIANA MERCIA GUARATINI IBELLI, CNPSA; MAURICIO EGIDIO CANTAO, CNPSA; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; MARCOS ANTONIO ZANELLA MORES, CNPSA; ESSAMAI BRIZOLA LAGOS, UEPG; JADER SILVA LOPES, BRF/Curitiba; RICARDO ZANELLA, UPF; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA. |
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Título: |
A joint analysis using exome and transcriptome data identifies candidate polymorphisms and genes involved with umbilical hernia in pigs. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 22, n. 818, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-021-08138-4 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Background: Umbilical Hernia (UH) is characterized by the passage of part of the intestine through the umbilical canal forming the herniary sac. There are several potential causes that can lead to the umbilical hernia such as bacterial infections, management conditions and genetic factors. Since the genetic components involved with UH are poorly understood, this study aimed to identify polymorphisms and genes associated with the manifestation of umbilical hernia in pigs using exome and transcriptome sequencing in a case and control design. Results: In the exome sequencing, 119 variants located in 58 genes were identified differing between normal and UH-affected pigs, and in the umbilical ring transcriptome, 46 variants were identified, located in 27 genes. Comparing the two methodologies, we obtained 34 concordant variants between the exome and transcriptome analyses, which were located in 17 genes, distributed in 64 biological processes (BP). Among the BP involved with UH it is possible to highlight cell adhesion, cell junction regulation, embryonic morphogenesis, ion transport, muscle contraction, within others. Conclusions: We have generated the first exome sequencing related to normal and umbilical hernia-affected pigs, which allowed us to identify several variants possibly involved with this disorder. Many of those variants present in the DNA were confirmed with the RNA-Seq results. The combination of both exome and transcriptome sequencing approaches allowed us to better understand the complex molecular mechanisms underlying UH in pigs and possibly in other mammals, including humans. Some variants found in genes and other regulatory regions are highlighted as strong candidates to the development of UH in pigs and should be further investigated. MenosAbstract: Background: Umbilical Hernia (UH) is characterized by the passage of part of the intestine through the umbilical canal forming the herniary sac. There are several potential causes that can lead to the umbilical hernia such as bacterial infections, management conditions and genetic factors. Since the genetic components involved with UH are poorly understood, this study aimed to identify polymorphisms and genes associated with the manifestation of umbilical hernia in pigs using exome and transcriptome sequencing in a case and control design. Results: In the exome sequencing, 119 variants located in 58 genes were identified differing between normal and UH-affected pigs, and in the umbilical ring transcriptome, 46 variants were identified, located in 27 genes. Comparing the two methodologies, we obtained 34 concordant variants between the exome and transcriptome analyses, which were located in 17 genes, distributed in 64 biological processes (BP). Among the BP involved with UH it is possible to highlight cell adhesion, cell junction regulation, embryonic morphogenesis, ion transport, muscle contraction, within others. Conclusions: We have generated the first exome sequencing related to normal and umbilical hernia-affected pigs, which allowed us to identify several variants possibly involved with this disorder. Many of those variants present in the DNA were confirmed with the RNA-Seq results. The combination of both exome and transcriptome sequencing approaches allowed ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Defeitos congênitos; Hérnia umbilical; RNA sequencing; RNA-Seq; Sequenciamento de exoma; SNP. |
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Thesagro: |
Abacate; Genética Animal; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
Animal genetics; Sequence analysis; Single nucleotide polymorphism; Swine. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Biblioteca |
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Cutter |
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| Registros recuperados : 56 | |
| 3. |  | LIMA FILHO, O. F. de; ITO, M. A. Feijão-comum. In: RETORE, M.; PEZARICO, C. R. (ed.). Tecnologias para a agricultura familiar. 4. ed. rev. e atual. Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2020. p. 59-65, il. Color. (Embrapa Agropecuária Oeste. Documentos, 122). TECNOFAM| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 4. | | LIMA FILHO, O. F. de; ITO, M. A. Feijão-comum. In: RETORE, M.; PEZARICO, C. R. (ed.). Tecnologias para a agricultura familiar. 5. ed. rev. e atual. Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2024. p. 59-66, il. Color. (Embrapa Agropecuária Oeste. Documentos, 122). TECNOFAM| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Hortaliças. |
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| 6. | | GUARIENTI, E. M.; MIRANDA, M. Z. de; BASSOI, M. C.; SCHEEREN, P. L.; ITO, M. A. Classificação comercial das cultivares de trigo da Embrapa para o Paraná, Mato Grosso do Sul e São Paulo, em 2014. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 7.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 8., 2013, Londrina. Resumos... [S.l.: s.n., 2013. Melhoramento. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja; Embrapa Trigo. |
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| 7. | | GUARIENTI, E. M.; MIRANDA, M. Z. de; BASSOI, M. C.; SCHEEREN, P. L.; ITO, M. A. Classificação comercial indicativa das cultivares de trigo da Embrapa - Paraná, Mato Grosso do Sul e São Paulo, safra 2015. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 8.; SEMINÁRIO TÉCNICO DE TRIGO, 9., 2014, Canela. Desafios para o trigo brasileiro: construindo uma nova identidade: anais. Passo Fundo: Embrapa Trigo, 2014. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 8. | | GUARIENTI, E. M.; MIRANDA, M. Z. de; BASSOI, M. C.; SCHEEREN, P. L.; ITO, M. A. Classificação comercial indicativa das cultivares de trigo da Embrapa - Paraná, Mato Grosso do Sul e São Paulo, safra 2015. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 8.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 9., 2014, Canela; REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 9.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 10., 2015, Passo Fundo. Anais... Passo Fundo: Biotrigo Genética: Embrapa Trigo, 2015. 2014 - Melhoramento, Aptidão industrial e Sementes - Trabalho 43. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 9. | | GUARIENTI, E. M.; MIRANDA, M. Z. de; BASSOI, M. C.; SCHEEREN, P. L.; ITO, M. A. Classificação comercial indicativa das cultivares de trigo da Embrapa - Paraná, Mato Grosso do Sul e São Paulo, safra 2016. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 8.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 9., 2014, Canela; REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 9.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 10., 2015, Passo Fundo. Anais... Passo Fundo: Biotrigo Genética: Embrapa Trigo, 2015. 2015-Melhoramento, Aptidão Industrial e Sementes-Trabalho 108. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 10. | | GUARIENTI, E. M.; MIRANDA, M. Z. de; BASSOI, M. C.; SCHEEREN, P. L.; ITO, M. A. Classificação comercial indicativa das cultivares de trigo da Embrapa - Paraná, Mato Grosso do Sul e São Paulo, safra 2017. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 10., 2016, Londrina. Anais... Londrina: Comissão Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale, 2016. 4 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 11. | | GUARIENTI, E. M.; MIRANDA, M. Z. de; BASSOI, M. C.; SCHEEREN, P. L.; ITO, M. A. Classificação comercial indicativa das cultivares de trigo da Embrapa - Paraná, Mato Grosso do Sul e São Paulo, safra 2017. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 10., 2016, Londrina. Anais... Londrina: Comissão Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale, 2016. 1 CD-ROM. 4 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 13. | | MOTTA, I. de S.; COMUNELLO, E.; ITO, M. A.; OBA, G. C.; BITENCOURT, I. A. N. Produtividade do maracujazeiro-azedo em função de idades da muda. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 27.; ENCONTRO NACIONAL SOBRE FRUTICULTURA DE CLIMA TEMPERADO, 17., 2022, Florianópolis, SC. Anais... + Ciência + Saúde. Florianópolis, SC: Epagri, 2022.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 16. | | ITO, M. A.; PAREDES JUNIOR, F. P.; COELHO JUNIOR, J. U.; GEISENHOFF, L. O. Soluções tecnológicas, PD&I e extensão rural na cadeia produtiva da olericultura. In: OFICINA DE CONSERTAÇÃO EM OLERICULTURA DE MATO GROSSO DO SUL, 1., 2017, Dourados. Cadeia da olericultura: prospecção de demandas em Mato Grosso do Sul. Dourados: Embrapa, 2019. p. 27-37Editado por: Carmen Regina Pezarico, Marcio Akira Ito, Auro Akio Otsubo| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 18. | | DRUZIANI, C. C.; AMORIM, A. dos S.; MOTTA, I. de S.; COMUNELLO, E.; GARCIA, R. A.; ITO, M. A. Cultivo do milho-verde solteiro e consorciado com plantas de cobertura para rotação de cultura e produção de palhada. In: JORNADA DE INICIAÇÃO À PESQUISA DA EMBRAPA, 2022, Dourados. Resumos... Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2022. 30 p. (Embrapa Agropecuária Oeste. Eventos técnicos & científicos, 1). JIPE 2022.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 19. | | CHAGAS, J. H.; ALBRECHT, J. C.; PIRES, J. L. F.; SÓ e SILVA, M.; SOARES SOBRINHO, J.; ITO, M. A. Cultivares e diferentes dosagens de nitrogênio em cobertura no trigo de sequeiro cultivado em Planaltina-DF. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 7.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 8., 2013, Londrina. Resumos... [S.l.: s.n., 2013. Ecologia. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 20. | | CHAGAS, J. H.; ALBRECHT, J. C.; PIRES, J. L. F.; SÓ e SILVA, M.; SOARES SOBRINHO, J.; ITO, M. A. Densidade de semeadura e manejo de aplicação de nitrogênio no trigo de sequeiro em Planaltina-DF. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 7.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 8., 2013, Londrina. Resumos... [S.l.: s.n., 2013. Ecologia. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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