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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
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Data corrente: |
09/11/2021 |
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Data da última atualização: |
09/11/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOARES, I. C.; PACHECO, R. S.; SILVA, C. G. N. da; SANTOS, R. S.; BALDANI, J. I.; URQUIAGA, S.; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de. |
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Afiliação: |
ISIS CAPELLA SOARES, UFRRJ; RAFAEL SANCHES PACHECO, UFRRJ; CLEUDISON GABRIEL NASCIMENTO DA SILVA, UFLA; RAFAEL SALAZAR SANTOS, UFRRJ; JOSE IVO BALDANI, CNPAB; SEGUNDO SACRAMENTO U CABALLERO, CNPAB; MARCIA SOARES VIDAL, CNPAB; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB. |
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Título: |
Real-time PCR method to quantify Sp245 strain of Azospirillum baldaniorum on Brachiaria grasses under field conditions. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant and Soil, 06 September 2021 |
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ISSN: |
0032-079X |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11104-021-05137-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Bacterial quantification by qPCR is considered the gold standard for microbial molecular diagnosis. However, a fundamental pre-requisite in this methodology is the designing of specific primers for the bacterium of interest. With the increase in bacterial genome sequencing data in the recent years, it has become possible to design specific primers that can be used to quantify different strains of the same bacterial species. Methods: To develop a real-time PCR (qPCR) protocol for the specific quantification of Azospirillum baldaniorum Sp245 strain (old Azospirillum brasilense), the Sp245 genome sequence was fragmented into small contigs with 500 base pairs each, and analyzed for similarity against the NCBI non-redundant database. A. baldaniorum-specific contigs were used to design the primers. The best pair of primers was used to quantify these bacteria after inoculation in different cultivars of Brachiaria, grown under field conditions. Results: Our results showed that the primer pair Sp245p10 was highly specific for the Sp245 strain in the Brachiaria root and shoot field under different conditions. The qPCR assay using these primers showed differences among cultivars in the number of bacteria detected in plants after inoculation. Additionally, the number of bacteria observed in the roots was higher than that in the shoots. Conclusion: The qPCR methodology using a Sp245 strain-specific primer may be used to monitor A. baldaniorum inoculated into other plants and may find potential application in field experiments. MenosBacterial quantification by qPCR is considered the gold standard for microbial molecular diagnosis. However, a fundamental pre-requisite in this methodology is the designing of specific primers for the bacterium of interest. With the increase in bacterial genome sequencing data in the recent years, it has become possible to design specific primers that can be used to quantify different strains of the same bacterial species. Methods: To develop a real-time PCR (qPCR) protocol for the specific quantification of Azospirillum baldaniorum Sp245 strain (old Azospirillum brasilense), the Sp245 genome sequence was fragmented into small contigs with 500 base pairs each, and analyzed for similarity against the NCBI non-redundant database. A. baldaniorum-specific contigs were used to design the primers. The best pair of primers was used to quantify these bacteria after inoculation in different cultivars of Brachiaria, grown under field conditions. Results: Our results showed that the primer pair Sp245p10 was highly specific for the Sp245 strain in the Brachiaria root and shoot field under different conditions. The qPCR assay using these primers showed differences among cultivars in the number of bacteria detected in plants after inoculation. Additionally, the number of bacteria observed in the roots was higher than that in the shoots. Conclusion: The qPCR methodology using a Sp245 strain-specific primer may be used to monitor A. baldaniorum inoculated into other plants and may find pot... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Azospirillum baldanioru; Plant growth promoting bacteria; Quantification; Signal grass. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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| Registros recuperados : 14 | |
| 5. |  | FLORES, R. S.; BRENTANO, L.; ROWE, C. A.; ROMERO, C. H. Antigenicidade e imunogenicidade de vacinas vivas e mortas contra o virus da doenca de Aujeszky em animais de laboratorio. In: CONGRESSO LATINO DE VETERINARIOS ESPECIALISTAS EM SUINOS, 1., 1985, Rio de Janeiro, RJ. Anais... Concordia: EMBRAPA-CNPSA; Sao Paulo: Gessuli Ed., 1985. p.127-128 CONGRESSO BRASILEIRO DE VETERINARIOS ESPECIALISTAS EM SUINOS, 2., 1985, Rio de Janeiro, RJ.| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 8. | | FLORES, R. S.; EUCLIDES, V. P. B.; ABRÃO, M. P. C.; GALBEIRO, S.; DIFANTE, G. dos S.; BARBOSA, R. A. Desempenho animal, produção de forragem e características estruturais dos capins marandu e xaraés submetidos a intensidades de pastejo. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, MG, v. 37, n. 8, p. 1355-1365, ago. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 9. | | MACHADO, C. O. F.; FLORES, R. S.; SIQUEIRA, F.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; MEDEIROS, S. R. de; FEIJO, G. L. D. Análise do polimorfismo CAPN530/Psy/ em bovinos de diferentes grupos genéticos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2010. p. 25. p. 25| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 10. | | BLECHA, I. M. Z.; SIQUEIRA, F.; FEIJO, G. L. D.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; FLORES, R. S.; REGITANO, L. C. de A. Análise de um polimorfismo de nucleotídeo único (snp) no gene bovino da calpastatina. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE CORTE, 6., 2010, Campo Grande, MS. Ética na pesquisa científica: [Anais da ...]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2010. 1 CD-ROM. Coordenadora: Vanessa Felipe de Souza 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 11. | | BLECHA, I. M. Z.; SIQUEIRA, F.; FEIJO, G. L. D.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; FLORES, R. S.; REGITANO, L. C. de A. Método alternativo de genotipagem do polimorfismo CAST/Ddel localizado no gene bovino da calpastatina. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2010. p. 30 p. 30| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 12. | | CALVANO, M. P. C. A.; EUCLIDES, V. P. B.; MONTAGNER, D. B.; LEMPP, B.; DIFANTE, G. dos S.; FLORES, R. S.; GALBEIRO, S. Tillering and forage accumulation in Marandu grass under different grazing intensities. Revista Ceres, Viçosa, v. 58, n. 6, p. 781-789, nov/dez, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 13. | | CARVALHO, T. D.; SIQUEIRA, F.; SOARES, C. O.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; MEDEIROS, S. R. de; SOUZA JUNIOR, M. D.; BLECHA, I. M. Z.; FLORES, R. S; MACHADO, C. O. F. Avaliação de polimorfismos de nucleotídeos únicos (snps) em genes relacionados às características de qualidade de carne em bovinos de corte. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE CORTE,5., 2009, Campo Grande, MS. [Anais da ...]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2009. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 14. | | FLORES, R. S.; SIQUEIRA, F.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; BLECHA, I. M. Z.; CARVALHO, T. D.; FREITAS, C. O. M; MEDEIROS, S. R. de; SOUZA, A. R. D. L. Frequências alélicas e genotípicas do polimorfismo TG/MBOI em bovinos de diferentes grupos genéticos. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE CORTE,5., 2009, Campo Grande, MS. [Anais da ...]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2009. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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