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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
07/05/2021 |
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Data da última atualização: |
07/05/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRUNES, L. C.; BALDI, F.; NARCISO, M. G.; LOBO, R. B.; ESPIGOLAN, R.; COSTA, M. F. O.; MAGNABOSCO, C. U. |
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Afiliação: |
LUDMILLA C. BRUNES, UFG; FERNANDO BALDI, UNESP, Jaboticabal-SP; MARCELO GONCALVES NARCISO, CNPAF; RAYSILDO B. LOBO, ASSOCIAÇÃO NACIONAL DE CRIADORES, Ribeirão Preto-SP; R. ESPIGOLAN, USP; MARCOS FERNANDO OLIVEIRA E COSTA, CNPAF; CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC. |
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Título: |
Genomic prediction ability for feed efficiency traits using different models and pseudo-phenotypes under several validation strategies in Nelore cattle. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Animal. The International Journal of Animal Biosciences, v. 15, 100085, 2021. |
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ISSN: |
1751-7311 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.animal.2020.100085 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
There is a growing interest to improve feed efficiency (FE) traits in cattle. The genomic selection was proposed to improve these traits since they are difficult and expensive to measure. Up to date, there are scarce studies about the implementation of genomic selection for FE traits in indicine cattle under different scenarios of pseudo-phenotypes, models, and validation strategies on a commercial large scale. Thus, the aim was to evaluate the feasibility of genomic selection implementation for FE traits in Nelore cattle applying different models and pseudo-phenotypes under validation strategies. Phenotypic and genotypic information from 4 329 and 3 467 animals were used, respectively, which were tested for residual feed intake, DM intake, feed efficiency, feed conversion ratio, residual BW gain, and residual intake and BW gain. Six prediction methods were used: single-step genomic best linear unbiased prediction, Bayes A, Bayes B, Bayes Cπ, Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO), and Bayes R. Phenotypes adjusted for fixed effects (Y*), estimated breeding value (EBV), and EBV deregressed (DEBV) were used as pseudo-phenotypes. The validation approaches used were: (1) random: the data was randomly divided into ten subsets and the validation was done in each subset at a time; (2) age: the partition into training and testing sets was based on year of birth and testing animals were born after 2016; and (3) EBV accuracy: the data was split into two groups, being animals with accuracy above 0.45 the training set; and below 0.45 the validation set. In the analyses that used the Y* as pseudo-phenotype, prediction ability (PA) was obtained by dividing the correlation between pseudo-phenotype and genomic EBV (GEBV) by the square root of the heritability of the trait. When EBV and DEBV were used as the pseudo-phenotype, the simple correlation of this quantity with the GEBV was considered as PA. The prediction methods show similar results for PA and bias. The random cross-validation presented higher PA (0.17) than EBV accuracy (0.14) and age (0.13). The PA was higher for Y* than for EBV and DEBV (30.0 and 34.3%, respectively). Random validation presented the highest PA, being indicated for use in populations composed mainly of young animals and traits with few generations of data recording. For high heritability traits, the validation can be done by age, enabling the prediction of the next-generation genetic merit. These results would support breeders to identify genomic approaches that are more viable for genomic prediction for FE-related traits. MenosThere is a growing interest to improve feed efficiency (FE) traits in cattle. The genomic selection was proposed to improve these traits since they are difficult and expensive to measure. Up to date, there are scarce studies about the implementation of genomic selection for FE traits in indicine cattle under different scenarios of pseudo-phenotypes, models, and validation strategies on a commercial large scale. Thus, the aim was to evaluate the feasibility of genomic selection implementation for FE traits in Nelore cattle applying different models and pseudo-phenotypes under validation strategies. Phenotypic and genotypic information from 4 329 and 3 467 animals were used, respectively, which were tested for residual feed intake, DM intake, feed efficiency, feed conversion ratio, residual BW gain, and residual intake and BW gain. Six prediction methods were used: single-step genomic best linear unbiased prediction, Bayes A, Bayes B, Bayes Cπ, Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO), and Bayes R. Phenotypes adjusted for fixed effects (Y*), estimated breeding value (EBV), and EBV deregressed (DEBV) were used as pseudo-phenotypes. The validation approaches used were: (1) random: the data was randomly divided into ten subsets and the validation was done in each subset at a time; (2) age: the partition into training and testing sets was based on year of birth and testing animals were born after 2016; and (3) EBV accuracy: the data was split into two... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Residual body weight gain; Residual feed intake; Single nucleotide polymorphisms. |
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Thesagro: |
Gado Nelore; Gado Zebu; Genética Animal. |
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Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Feed intake; Genomics; Zebu. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
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260 $c2021
520 $aThere is a growing interest to improve feed efficiency (FE) traits in cattle. The genomic selection was proposed to improve these traits since they are difficult and expensive to measure. Up to date, there are scarce studies about the implementation of genomic selection for FE traits in indicine cattle under different scenarios of pseudo-phenotypes, models, and validation strategies on a commercial large scale. Thus, the aim was to evaluate the feasibility of genomic selection implementation for FE traits in Nelore cattle applying different models and pseudo-phenotypes under validation strategies. Phenotypic and genotypic information from 4 329 and 3 467 animals were used, respectively, which were tested for residual feed intake, DM intake, feed efficiency, feed conversion ratio, residual BW gain, and residual intake and BW gain. Six prediction methods were used: single-step genomic best linear unbiased prediction, Bayes A, Bayes B, Bayes Cπ, Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO), and Bayes R. Phenotypes adjusted for fixed effects (Y*), estimated breeding value (EBV), and EBV deregressed (DEBV) were used as pseudo-phenotypes. The validation approaches used were: (1) random: the data was randomly divided into ten subsets and the validation was done in each subset at a time; (2) age: the partition into training and testing sets was based on year of birth and testing animals were born after 2016; and (3) EBV accuracy: the data was split into two groups, being animals with accuracy above 0.45 the training set; and below 0.45 the validation set. In the analyses that used the Y* as pseudo-phenotype, prediction ability (PA) was obtained by dividing the correlation between pseudo-phenotype and genomic EBV (GEBV) by the square root of the heritability of the trait. When EBV and DEBV were used as the pseudo-phenotype, the simple correlation of this quantity with the GEBV was considered as PA. The prediction methods show similar results for PA and bias. The random cross-validation presented higher PA (0.17) than EBV accuracy (0.14) and age (0.13). The PA was higher for Y* than for EBV and DEBV (30.0 and 34.3%, respectively). Random validation presented the highest PA, being indicated for use in populations composed mainly of young animals and traits with few generations of data recording. For high heritability traits, the validation can be done by age, enabling the prediction of the next-generation genetic merit. These results would support breeders to identify genomic approaches that are more viable for genomic prediction for FE-related traits.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| Registros recuperados : 91 | |
| 21. |  | BRZEZINSKI, C. R.; ZUCARELI, C.; HENNING, F. A.; ABATI, J.; PRANDO, A. M.; HENNING, A. A. Nitrogênio e inoculação com Azospirillum na qualidade fisiológica e sanitária de sementes de trigo. Revista de Ciências Agrárias, v. 57, n. 3, p. 257-265, jul./set., 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 22. | | PRANDO, A. M.; OLIVEIRA, A. B. de; HUNGRIA, M.; OLIVEIRA, F. T. de; HARGER, N. Transferência de tecnologia sobre inoculação em soja em parceria entre Embrapa e Emater. In: REUNIÃO LATINOAMERICANA DE RIZOBIOLOGIA - RELAR, 27., 2016, Londrina. Fortalecendo as parcerias Sul-Sul: anais. Curitiba: SBCS-NEPAR, 2016. p. 308. Editores: Mariangela Hungria, Douglas Fabiano Gomes, Arnaldo Colozzi Filho.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 23. | | LIMA, D. de; OLIVEIRA, A. B. de; PRANDO, A. M.; CATHARIN, K.; SILLA, P. R. Plataformas genéticas de soja utilizadas pelos produtores do Paraná, na safra 2019/2020. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 9., 2022, Foz do iguaçu, PR. Desafios para a produtividade sustentável no Mercosul: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2022. Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Adeney de Freitas Bueno, editores técnicos. resumo 267. p. 292.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 24. | | PRANDO, A. M.; OLIVEIRA, A. B.; LIMA, D.; CONTE, O.; HARGER, N.; TEIXEIRA, F. T.; NOGUEIRA, M. A.; HUNGRIA, M. Ações de transferência de tecnologia sobre inoculação em soja, em parceria entre EMATER Paraná e Embrapa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 8., 2018, Goiânia. Inovação, tecnologias digitais e sustentabilidade da soja: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 77-79.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 25. | | HIRAKURI, M. H.; CONTE, O.; PRANDO, A. M.; CASTRO, C. de; BALBINOT JUNIOR, A. A.; CAMPOS, L. J. M. Análise econômico-financeira da produção de soja na macrorregião sojícola 4. In: HIRAKURI, M. H.; CONTE, O.; PRANDO, A. M.; CASTRO, C. de; BALBINOT JUNIOR, A. A. (Ed.). Diagnóstico da produção de soja na macrorregião sojícola 4. Londrina: Embrapa Soja, 2019. (Embrapa Soja. Documentos, 412). p. 63-95.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 26. | | HIRAKURI, M. H.; CONTE, O.; PRANDO, A. M.; CASTRO, C. de; BALBINOT JUNIOR, A. A.; CAMPOS, L. J. M. Análise financeira da produção de soja na macrorregião sojícola 5. In: HIRAKURI, M. H.; CONTE, O.; PRANDO, A. M.; CASTRO, C. de; BALBINOT JUNIOR, A. A. (Ed.). Diagnóstico da produção de soja na macrorregião sojícola 5. Londrina: Embrapa Soja, 2018. p. 63-98.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 27. | | BRZEZINSKI, C. R.; NAGASHIMA, A. I.; PRANDO, A. M.; HENNING, F. A.; HENNING, A. A.; ZUCARELI, C. Análise sanitária de sementes de trigo. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 6., 2012, Londrina. [Anais...]. Londrina: IAPAR, 2012. 5 p. Trabalho 62-1. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 28. | | CASTRO, C. de; OLIVEIRA JUNIOR, A. de; OLIVEIRA, F. A. de; KLEPKER, D.; PRANDO, A. M.; CHAVES, D. P. Aplicação foliar de manganês e de fertilizante organomineral em cultivares de soja RR. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa: SBCS, 2010. 5 p. Trab. 1605. 1 CD-ROM. FERTBIO 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 29. | | PRANDO, A. M.; OLIVEIRA, F. A. de; OLIVEIRA JUNIOR, A. de; CASTRO, C. de; KLEPKER, D.; BALAN. L. C. Aplicação foliar de manganês e de fertilizante organomineral em cultivares de soja RR. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 397-400. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 30. | | PRANDO, A. M.; OLIVEIRA, F. A. de; OLIVEIRA JUNIOR, A. de; CASTRO, C. de; KLEPKER, D.; PRADO, L. A. Aplicação foliar de manganês e de fertilizante organomineral em cultivares de soja RR em solo de Cerrado. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 401-403. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 31. | | OLIVEIRA, F. T.; HARGER, N.; SERATTO, C. D.; CONTE, O.; CORREA-FERREIRA, B. S.; PRANDO, A. M.; ROGGIA, S. Levantamento do uso de acaricidas em soja no Paraná. In: CONGRESSO LATINOAMERICANO DE ACAROLOGIA, 3.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE ACAROLOGIA, 6., 2018, Pirenopólis. Acarologia para saúde pública. [Brasília, DF]: Embrapa: UNB; [Goiânia]: UFG, 2018. não paginado. CLAC/SIBAC, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 32. | | LIMA, D. de; OLIVEIRA, A. B. de; PRANDO, A. M.; CARNEVALLI, R. A.; BORGES, R. de S. Eventos de soja transgênicas aprovadas pela CTNBio e cultivares inscritas no registro nacional de cultivar. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA, 38., 2023, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2023. (Embrapa Soja. Eventos técnicos & científicos, 1). Editado por Fernando Augusto Henning, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite. RPS 2023. p. 206-208.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 33. | | OLIVEIRA, A. B. de; PRANDO, A. M.; NEUMAIER, N.; MERTZ-HENNING, L. M.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. Exigências climáticas. In: OLIVEIRA, A. B. de; LEITE, R. M. V. B. de C.; SEIXAS, C. D. S.; KERN, H. S. Soja: o produtor pergunta, a Embrapa responde. Brasília, DF: Embrapa, 2019. (Coleção 500 perguntas, 500 respostas). p. 39-48.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 35. | | SOUZA, T. M.; MIRANDA, M. Z. de; PRANDO, A. M.; TILLEY, M.; PAYTON, M. E.; RAYAS-DUARTE, P. Gluten viscoelasticity: rapid method for classification of soft-like wheat genotypes. Cereal Chemistry, v. 96, n. 2, p. 167-181, Mar./Apr. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja; Embrapa Trigo. |
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| 36. | | HIRAKURI, M. H.; CONTE, O.; PRANDO, A. M.; CASTRO, C. de; BALBINOT JUNIOR, A. A.; CAMPOS, L. J. M. A cultura da soja no Brasil e metodologia utilizada para o diagnóstico. In: HIRAKURI, M. H.; CONTE, O.; PRANDO, A. M.; CASTRO, C. de; BALBINOT JUNIOR, A. A. (Ed.). Diagnóstico da produção de soja na macrorregião sojícola 5. Londrina: Embrapa Soja, 2018. p. 11-22.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 37. | | HIRAKURI, M. H.; CONTE, O.; PRANDO, A. M.; CASTRO, C. de; BALBINOT JUNIOR, A. A.; CAMPOS, L. J. M. A cultura da soja no Brasil e metodologia utilizada para o diagnóstico. In: HIRAKURI, M. H.; CONTE, O.; PRANDO, A. M.; CASTRO, C. de; BALBINOT JUNIOR, A. A. (Ed.). Diagnóstico da produção de soja nas macrorregiões sojícolas 2 e 3. Londrina: Embrapa Soja, 2020. (Embrapa Soja. Documentos, 435). p. 11-23. página 24 em branco.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 38. | | BRZEZINSKI, C. R.; ZUCARELI, C.; HENNING, F. A.; PRANDO, A. M.; GASPARETTO, C. A. S.; ABATI, J.; HENNING, A. A. Doses de nitrogênio e inoculação com Azospirillum na qualidade fisiológica e sanitária de sementes de trigo. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 7.; FÓRUM NACIONAL DO TRIGO, 8., 2013, Londrina. Resumos... [S.l.: s.n.], 2013. pdf 87_1. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 39. | | PRANDO, A. M.; ZUCARELI, C.; FRONZA, V.; BASSOI, M. C.; OLIVEIRA, F. A. de; DOMINGUES, A. R.; SOUZA, T. M. Doses de nitrogênio em cobertura e formas de ureia no desempenho agronômico de genótipos de trigo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 33., 2011, Uberlândia. Solos nos biomas brasileiros: sustentabilidade e mudanças climáticas: anais. Uberlândia: SBCS: UFU: ICIAG, 2011. 4 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 40. | | CONTE, O.; TEIXEIRA, F. T.; HARGER, N.; CORRÊA-FERREIRA, B.; ROGGIA, S.; PRANDO, A. M.; SERRATO, C. D. Resultado das ações estratégicas de transferência de tecnologia em manejo integrado de pragas da soja no Paraná. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 8., 2018, Goiânia. Inovação, tecnologias digitais e sustentabilidade da soja: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 71-73.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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