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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
30/12/2019 |
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Data da última atualização: |
06/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SBARDELLA, A. P.; WELLER, M. M. D. C. A.; I. FONSECA; N. B. STAFUZZA; P. A. BERNARDES; F. F. e SILVA; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; D. P. MUNARI. |
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Afiliação: |
A. P. SBARDELLA; M. M. D. C. A. WELLER; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL. |
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Título: |
Ribonucleic acid sequencing differential gene expression analysis of isolated perfused bovine udders experimentally inoculated with Streptococcus agalactiae. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Dairy Science, v. 102, n. 2, p. 1761-1767, 2019. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3168/jds.2018-15516 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The aim of this study was to elucidate the differential gene expression in the RNA sequencing transcriptome of isolated perfused udders collected from 4 slaughtered Holstein × Zebu crossbred dairy cows experimentally inoculated with Streptococcus agalactiae. We studied 3 different statistical tools (edgeR, baySeq, and Cuffdiff 2). In summary, 2 quarters of each udder were experimentally inoculated with Strep. agalactiae and the other 2 were used as a control. Mammary tissue biopsies were collected at times 0 and 3 h after infection. The total RNA was extracted and sequenced on an Illumina HiSeq 2000 (Illumina Inc., San Diego, CA). Transcripts were assembled from the reads aligned to the bovine UMD 3.1 reference genome, and the statistical analyses were performed using the previously mentioned tools (edgeR, baySeq, and Cuffdiff 2). Finally, the identified genes were submitted to pathway enrichment analysis. A total of 1,756, 1,161, and 3,389 genes with differential gene expression were identified when using edgeR, baySeq, and Cuffdiff 2, respectively. A total of 122 genes were identified by the overlapping of the 3 methods; however, only the platelet activation presented a significantly enriched pathway. From the results, we suggest the FCER1G, GNAI2, ORAI1, and VASP genes shared among the 3 methods in this pathway for posterior biological validation. |
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Palavras-Chave: |
BaySeq; Crossbred dairy cow; Cuffdiff 2; EdgeR; RNA sequencing. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
null
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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| Registros recuperados : 15 | |
| 2. |  | OTTONI FILHO, T. B.; OTTONI, M. V.; OLIVEIRA, M. B. de; MACEDO, J. R. de. Estimation of field capacity from ring infiltrometer-drainage data. Revista Brasileira de Ciência do Solo, Viçosa, MG, v. 38, n. 6, p. 1765-1771, nov./dez. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 3. | | OTTONI, M. V.; SOUZA, L. R.; BARBOSA, S. M.; ANDRADE, R.; TEIXEIRA, W. G.; INDA, A. V.; CURI, N. Mineralogia, estrutura e comportamento físico-hídrico de Latossolos brasileiros e comparação com solos de regiões temperadas. Rio de Janeiro: Serviço Geológico do Brasil, 2024. 11 p. (Serviço Geológico do Brasil. Informe Técnico-Científico de Estudos Hidrológicos e Hidrogeológicos, v. 1, n. 1).| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 4. | | OTTONI FILHO, T. B.; OTTONI, M. V.; OLIVEIRA, M. B. de; MACEDO, J. R. de; REICHARDT, K. Revisiting field capacity (FC): variation of definition of FC and its estimation from pedotransfer functions. Revista Brasileira de Ciência do Solo, Viçosa, MG, v. 38, n. 6, p. 1750-1764, nov./dez. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 5. | | MACEDO, J. R. de; OTTONI FILHO, T. B.; BRITO, F. S.; OTTONI, M. V.; BHERING, S. B.; PEREIRA, N. R.; PALMIERI, F.; ANJOS, L. H. C. dos. Contribuição ao sistema brasileiro de classificação de solos com a inclusão da nomenclatura físico-hídrica nos 5º e 6º níveis categóricos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 30., 2005, Recife. Solos, sustentabilidade e qualidade ambiental. Recife: SBCS: UFRPE: Embrapa Solos, UEP Recife, 2005. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 8. | | PIMENTEL, L. G.; OTTONI, M. V.; CAMPOS, P. N.; HUF DOS REIS, A. M.; MARTINS, A. L. da S.; TEIXEIRA, W. G. Rescue of saturated hydraulic conductivities and steady infiltration rates data in the State of Rio de Janeiro - Brazil. In: PEDOMETRICS BRAZIL, 2., 2021, Rio de Janeiro. Annals [...]. Rio de Janeiro: Embrapa Solos, 2022. Não paginado. Evento online.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 9. | | REIS, A. M. H. dos; TEIXEIRA, W. G.; FONTANA, A.; BARROS, A. H. C.; VICTORIA, D. de C.; VASQUES, G. M.; SAMUEL-ROSA, A.; OTTONI, M. V.; MONTEIRO, J. E. B. de A. Hierarchical pedotransfer functions for predicting bulk density in Brazilian soils. Scientia Agricola, v. 81, e20220255, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Solos. |
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| 10. | | TEIXEIRA, W. G.; OTTONI, M. V.; ARMINDO, R. A.; MARTINS, A. L. da S.; LUMBRERAS, J. F.; SILVA, A. C. da; SILVA, M. B. e; FERREIRA, R. V.; SHINZATO, E. Estimativas e avaliação da velocidade de infiltração e da condutividade hidráulica saturada em solos do estado do Maranhão. In: SILVA, M. B. e; LUMBRERAS, J. F.; COELHO, M. R.; OLIVEIRA, V. A. de (ed.). Guia de campo da XIII Reunião Brasileira de Classificação e Correlação de Solos: RCC do Maranhão. Brasília, DF: Embrapa, 2020. E-book. cap. 15.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 11. | | OTTONI, M. V.; TEIXEIRA, W. G.; REIS, A. M. H. dos; PIMENTEL, L. G.; SOUZA, L. R.; ALBUQUERQUE, J. A.; MELO, V. F.; CAVALIERI-POLIZELI, K. M. V.; REICHERT, J. M.; VIANA, J. H. M.; FONTANA, A.; MEDRADO, L. de C.; SANTOS, G. G.; AMARAL, L. G. H. do; ANJOS, L. H. C. dos; ARAUJO FILHO, J. C. de; BHERING, S. B.; BRITO, G. F. de; VALLE, P. G. de C. do; CAMPOS, P. N.; COSTA, A. M. da; MARQUES, J. D. de O.; MARTINS, A. L. da S.; NASCIMENTO, M. B. de S. do; NORONHA, N. C.; OLIVEIRA, R. D. de; PORTELA, J. C.; SERAFIM, M. E.; SILVA, M. B. e; RODRIGUES, S.; ALMEIDA, W. S. de; MORAES, M. L. de; CURI, N. Saturated hydraulic conductivity and steady-state infiltration rate database for Brazilian soils. Revista Brasileira de Ciência do Solo, v. 49, e0240003, 2025.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Solos. |
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| 12. | | OTTONI, M. V.; TEIXEIRA, W. G.; REIS, A. M. H. dos; PIMENTEL, L. G.; SOUZA, L. R.; ALBUQUERQUE, J. A.; MELO, V. F.; CAVALIERI-POLIZELI, K. M. V.; REICHERT, J. M.; VIANA, J. H. M.; FONTANA, A.; MEDRADO, L. de C.; SANTOS, G. G.; AMARAL, L. G. H. do; ANJOS, L. H. C. dos; ARAÚJO, J. C. de; BHERING, S. B.; BRITO, G. F. de; VALLE, P. G. de C. do; CAMPOS, P. N.; COSTA, A. M. da; MARQUES, J. D. de O.; MARTINS, A. L. da S.; NASCIMENTO, M. B. de S. do; NORONHA, N. C.; OLIVEIRA, R. D. de; PORTELA, J. C.; SERAFIM, M. E.; SILVA, M. B. e; RODRIGUES, S.; ALMEIDA, W. S. de; MORAES, M. L. de; CURI, N. Saturated hydraulic conductivity and steady-state infiltration rate database for Brazilian soils. Revista Brasileira de Ciência do Solo, v. 49, e0240003, 2025.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 13. | | SAMUEL-ROSA, A.; DALMOLIN, R. S. D.; GUBIANI, P. I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; TEIXEIRA, W. G.; VIANA, J. H. M.; RIBEIRO, E.; TORNQUIST, C. G.; ANJOS, L. H. C. dos; SOUZA, J. J. E. L. de; OTTONI, M. V.; MEDEIROS, P. S. C. de; GRIS, D. J.; ROSIN, N. A.; BUENO, J. M. M.; SANTOS, H. G. dos; WEBER, E. J.; FLORES, C. A.; COSTA, E. M.; OLIVEIRA, R. P. de; FILIPPINI ALBA, J. M.; PEDROSO NETO, J. C.; PEDRON, F. de A.; CAVIGLIONE, J. H.; VALLADARES, G. S.; MIRANDA, C. S. S.; DEMATTÊ, J. A. M.; MARQUES JÚNIOR, J.; SIQUEIRA, D. S.; AQUINO, R. E. de; SILVERO, N. E. Q.; GENÚ, A. M.; BROETTO, T.; CANCIAN, L. C.; MIGUEL, P.; ZALAMENA, J.; DOTTO, A. C.; ALMEIDA, J. A. de; REICHERT.; CURCIO, G. R.; COLLIER, L. S.; CARVALHO JUNIOR, W. de; FONTANA, A.; OLIVEIRA, A. P. de; VOGELMANN, E. S.; MALLMANN, F. J. K.; VASQUES, G. de M.; LEPSCH, I. F.; FINK, J. R.; KER, J. C.; SILVA, L. S. da; FREITAS, P. L. de; BIELUCZYK, B.; TIECHER, T. Bringing together Brazilian soil scientists to share soil data. In: WORLD CONGRESS OF SOIL SCIENCE, 21., 2018, Rio de Janeiro. Soil science: beyond food and fuel: abstracts. Viçosa, MG: SBCS, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 14. | | SAMUEL-ROSA, A.; DALMOLIN, R. S. D.; GUBIANI, P. I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; TEIXEIRA, W. G.; VIANA, J. H. M.; RIBEIRO, E.; TORNQUIST, C. G.; ANJOS, L. H. C. dos; SOUZA, J. J. E. L. de; OTTONI, M. V.; MEDEIROS, P. S. C. de; GRIS, D. J.; ROSIN, N. A.; BUENO, J. M. M.; SANTOS, H. G. dos; WEBER, E. J.; FLORES, C. A.; COSTA, E. M.; OLIVEIRA, R. P. de; FILIPPINI ALBA, J. M.; PEDROSO NETO, J. C.; PEDRON, F. de A.; CAVIGLIONE, J. H.; VALLADARES, G. S.; MIRANDA, C. S. S.; DEMATTÊ, J. A. M.; MARQUES JÚNIOR, J.; SIQUEIRA, D. S.; AQUINO, R. E. de; SILVERO, N. E. Q.; GENÚ, A. M.; BROETTO, T.; CANCIAN, L. C.; MIGUEL, P.; ZALAMENA, J.; DOTTO, A. C.; ALMEIDA, J. A. de; REICHERT.; CURCIO, G. R.; COLLIER, L. S.; CARVALHO JUNIOR, W. de; FONTANA, A.; OLIVEIRA, A. P. de; VOGELMANN, E. S.; MALLMANN, F. J. K.; VASQUES, G. de M.; LEPSCH, I. F.; FINK, J. R.; KER, J. C.; SILVA, L. S. da; FREITAS, P. L. de; BIELUCZYK, B.; TIECHER, T. Bringing together Brazilian soil scientists to share soil data. In: WORLD CONGRESS OF SOIL SCIENCE, 21., 2018, Rio de Janeiro. Soil science: beyond food and fuel: proceedings... Viçosa, MG: SBCS, 2018. v. 1, p. 63-64. WCSS 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Florestas; Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Solos. |
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| 15. | | RAHMATI, M.; WEIHERMÜLLER, L.; VANDERBORGHT, J.; PACHEPSKY, Y. A.; MAO, L.; SADEGHI, S. H.; MOOSAVI, N.; KHEIRFAM, H.; MONTZKA, C.; VAN LOOY, K.; TOTH, B.; HAZBAVI, Z.; AL YAMANI, W.; ALBALASMEH, A. A.; ALGHZAWI, M. Z.; ANGULO-JARAMILLO, R.; ANTONINO, A. C. D.; ARAMPATZIS, G.; ARMINDO, R. A.; ASADI, H.; BAMUTAZE, Y.; BATLLE-AGUILAR, J.; BÉCHET, B.; BECKER, F.; BLÖSCHL, G.; BOHNE, K.; BRAUD, I.; CASTELLANO, C.; CERDÀ, A.; CHALHOUB, M.; CICHOTA, R.; CÍSLEROVÁ, M.; CLOTHIER, B.; COQUET, Y.; CORNELIS, W.; CORRADINI, C.; COUTINHO, A. P.; OLIVEIRA, M. B. de; MACEDO, J. R. de; DURÃES, M. F.; EMAMI, H.; ESKANDARI, I.; FARAJNIA, A.; FLAMMINI, A.; FODOR, N.; GHARAIBEH, M.; GHAVIMIPANAH, M. H.; GHEZZEHEI, T. A.; GIERTZ, S.; HATZIGIANNAKIS, E. G.; HORN, R.; JIMÉNEZ, J. J.; JACQUES, D.; KEESSTRA, S. D.; KELISHADI, H.; KIANI-HARCHEGANI, M.; KOUSELOU, M.; KUMAR JHA, M.; LASSABATERE, L.; LI, X.; LIEBIG, M. A.; LICHNER, L.; LÓPEZ, M. V.; MACHIWAL, D.; MALLANTS, D.; MALLMANN, M. S.; MARQUES, J. D. de O.; MARSHALL, M. R.; MERTENS, J.; MEUNIER, F.; MOHAMMADI, M. H.; MOHANTY, B. P.; PULIDO-MONCADA, M.; MONTENEGRO, S.; MORBIDELLI, R.; MORET-FERNÁNDEZ, D.; MOOSAVI, A. A.; MOSADDEGHI, M. R.; MOUSAVI, S. B.; MOZAFFARI, H.; NABIOLLAHI, K.; NEYSHABOURI, M. R.; OTTONI, M. V.; OTTONI FILHO, T. B.; PAHLAVAN-RAD, M. R.; PANAGOPOULOS, A.; PETH, S.; PEYNEAU, P.-E.; PICCIAFUOCO, T.; POESEN, J.; PULIDO, M.; REINERT, D. J.; REINSCH, S.; REZAEI, M.; ROBERTS, F. P.; ROBINSON, D.; RODRIGO-COMINO, J.; ROTUNNO FILHO, O. C.; SAITO, T.; SUGANUMA, H.; SALTALIPPI, C.; SÁNDOR, R.; SCHÜTT, B.; SEEGER, M.; SEPEHRNIA, N.; SHARIFI MOGHADDAM, E.; SHUKLA, M.; SHUTARO, S.; SORANDO, R.; STANLEY, A. A.; STRAUSS, P.; SU, Z.; TAGHIZADEH-MEHRJARDI, R.; TAGUAS, E.; TEIXEIRA, W. G.; VAEZI, A. R.; VAFAKHAH, M.; VOGEL, T.; VOGELER, I.; VOTRUBOVA, J.; WERNER, S.; WINARSKI, T.; YILMAZ, D.; YOUNG, M. H.; ZACHARIAS, S.; ZENG, Y.; ZHAO, Y.; ZHAO, H.; VEREECKEN, H. Development and analysis of the Soil Water Infiltration Global database. Earth System Science Data, v. 10, n. 3, p. 1237-1263, 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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