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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
04/11/2019 |
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Data da última atualização: |
04/11/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ALMEIDA, O. A. C.; MOREIRA, G. C. M.; REZENDE, F. M.; BOSCHIERO, C.; PEIXOTO, J. de O.; IBELLI, A. M. G.; LEDUR, M. C.; NOVAIS, F. J. de; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
OCTÁVIO AUGUSTO COSTA ALMEIDA, ESALQ; GABRIEL COSTA MONTEIRO MOREIRA, ESALQ; FERNANDA MARCONDES REZENDE, ESALQ; CLARISSA BOSCHIERO, ESALQ; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; ADRIANA MERCIA GUARATINI IBELLI, CNPSA; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA; FRANCISCO JOSÉ DE NOVAIS, ESALQ; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ. |
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Título: |
Identification of selection signatures involved in performance traits in a paternal broiler line. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 20, n. 449, 2019. |
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DOI: |
10.1186/s12864-019-5811-1 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Background: Natural and artificial selection leads to changes in certain regions of the genome resulting in selection signatures that can reveal genes associated with the selected traits. Selection signatures may be identified using different methodologies, of which some are based on detecting contiguous sequences of homozygous identical-bydescent haplotypes, called runs of homozygosity (ROH), or estimating fixation index (FST) of genomic windows that indicates genetic differentiation. This study aimed to identify selection signatures in a paternal broiler TT line at generations 7th and 16th of selection and to investigate the genes annotated in these regions as well as the biological pathways involved. For such purpose, ROH and FST-based analysis were performed using whole genome sequence of twenty-eight chickens from two different generations. Results: ROH analysis identified homozygous regions of short and moderate size. Analysis of ROH patterns revealed regions commonly shared among animals and changes in ROH abundance and size between the two generations. Results also suggest that whole genome sequencing (WGS) outperforms SNPchip data avoiding overestimation of ROH size and underestimation of ROH number; however, sequencing costs can limited the number of animals analyzed. FSTbased analysis revealed genetic differentiation in several genomic windows. Annotation of the consensus regions of ROH and FST windows revealed new and previously identified genes associated with traits of economic interest, such as APOB, IGF1, IGFBP2, POMC, PPARG, and ZNF423. Over-representation analysis of the genes resulted in biological terms of skeletal muscle, matrilin proteins, adipose tissue, hyperglycemia, diabetes, Salmonella infections and tyrosine. Conclusions: Identification of ROH and FST-based analyses revealed selection signatures in TT line and genes that have important role in traits of economic interest. Changes in the genome of the chickens were observed between the 7th and 16th generations showing that ancient and recent selection in TT line may have acted over genomic regions affecting diseases and performance traits. MenosAbstract: Background: Natural and artificial selection leads to changes in certain regions of the genome resulting in selection signatures that can reveal genes associated with the selected traits. Selection signatures may be identified using different methodologies, of which some are based on detecting contiguous sequences of homozygous identical-bydescent haplotypes, called runs of homozygosity (ROH), or estimating fixation index (FST) of genomic windows that indicates genetic differentiation. This study aimed to identify selection signatures in a paternal broiler TT line at generations 7th and 16th of selection and to investigate the genes annotated in these regions as well as the biological pathways involved. For such purpose, ROH and FST-based analysis were performed using whole genome sequence of twenty-eight chickens from two different generations. Results: ROH analysis identified homozygous regions of short and moderate size. Analysis of ROH patterns revealed regions commonly shared among animals and changes in ROH abundance and size between the two generations. Results also suggest that whole genome sequencing (WGS) outperforms SNPchip data avoiding overestimation of ROH size and underestimation of ROH number; however, sequencing costs can limited the number of animals analyzed. FSTbased analysis revealed genetic differentiation in several genomic windows. Annotation of the consensus regions of ROH and FST windows revealed new and previously identified genes associa... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Fixation index; FST; Runs of homozygosity. |
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Thesagro: |
Galinha; Genética Molecular; Genoma; Linhagem; Melhoramento Genético Animal; Seleção Genótipa. |
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Thesaurus Nal: |
Artificial selection; Chickens; Gallus gallus. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aAbstract: Background: Natural and artificial selection leads to changes in certain regions of the genome resulting in selection signatures that can reveal genes associated with the selected traits. Selection signatures may be identified using different methodologies, of which some are based on detecting contiguous sequences of homozygous identical-bydescent haplotypes, called runs of homozygosity (ROH), or estimating fixation index (FST) of genomic windows that indicates genetic differentiation. This study aimed to identify selection signatures in a paternal broiler TT line at generations 7th and 16th of selection and to investigate the genes annotated in these regions as well as the biological pathways involved. For such purpose, ROH and FST-based analysis were performed using whole genome sequence of twenty-eight chickens from two different generations. Results: ROH analysis identified homozygous regions of short and moderate size. Analysis of ROH patterns revealed regions commonly shared among animals and changes in ROH abundance and size between the two generations. Results also suggest that whole genome sequencing (WGS) outperforms SNPchip data avoiding overestimation of ROH size and underestimation of ROH number; however, sequencing costs can limited the number of animals analyzed. FSTbased analysis revealed genetic differentiation in several genomic windows. Annotation of the consensus regions of ROH and FST windows revealed new and previously identified genes associated with traits of economic interest, such as APOB, IGF1, IGFBP2, POMC, PPARG, and ZNF423. Over-representation analysis of the genes resulted in biological terms of skeletal muscle, matrilin proteins, adipose tissue, hyperglycemia, diabetes, Salmonella infections and tyrosine. Conclusions: Identification of ROH and FST-based analyses revealed selection signatures in TT line and genes that have important role in traits of economic interest. Changes in the genome of the chickens were observed between the 7th and 16th generations showing that ancient and recent selection in TT line may have acted over genomic regions affecting diseases and performance traits.
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
28/03/2007 |
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Data da última atualização: |
02/08/2018 |
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Autoria: |
COGO, C. M.; ANDRIOLO, J. L.; BISOGNIN, D. A.; GODOI, R. dos S.; BORTOLOTTO, O. C.; LUZ, G. L. da. |
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Afiliação: |
Clarissa Melo Cogo, Universidade Federal de Santa Maria - UFSM/Deparamento de Fitotecnia; Jerônimo Luiz Andriolo, Universidade Federal de Santa Maria - UFSM/Deparamento de Fitotecnia; Dilson Antônio Bisognin, Universidade Federal de Santa Maria - UFSM/Deparamento de Fitotecnia; Rodrigo dos Santos Godoi, Universidade Federal de Santa Maria - UFSM/Deparamento de Fitotecnia; Orcial Ceolin Bortolotto, Universidade Federal de Santa Maria - UFSM/Deparamento de Fitotecnia; Gean Lopes da Luz, Universidade Federal de Santa Maria - UFSM/Deparamento de Fitotecnia. |
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Título: |
Relação potássio-nitrogênio para o diagnóstico e manejo nutricional da cultura da batata. |
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Ano de publicação: |
2006 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 41, n. 12, p. 1781-1786, dez. 2006 |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Título em inglês: Nitrogen-potassium relationship for diagnosis of plant nutritional status and fertilization of the potato crop. |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi determinar a curva máxima de diluição do K e ajustar a relação com a curva de diluição do N, durante o ciclo de crescimento e desenvolvimento da batata, para fins de diagnóstico e manejo nutricional. Os tratamentos consistiram de soluções nutritivas com concentrações de K de 3,5; 5,5; 6,5; 8,0 e 9,5 mmol L-1. O delineamento experimental inteiramente casualizado foi empregado com quatro repetições. Quatro plantas de cada tratamento foram coletadas, em intervalos semanais, para análise do crescimento e determinação dos teores de N e K. A curva máxima de diluição do K foi ajustada e a extração máxima foi determinada durante o ciclo de crescimento e desenvolvimento da cultura. Observou-se que a estimativa dos teores máximos de K pode ser obtida a partir dos teores críticos de N. As quantidades de K a serem fornecidas, para obtenção de determinada produtividade, podem ser estimadas com base no teor de N nos tecidos. |
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Palavras-Chave: |
Diluição; Dilution; Fertilization; Mineral nutrition; Nutrição mineral. |
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Thesagro: |
Adubação; Batata; Nitrogênio; Potássio; Solanum Tuberosum. |
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Thesaurus NAL: |
Plant nutrition. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/180771/1/Relacao-potassio-nitrogenio-para-o-diagnostico.pdf
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Marc: |
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260 $c2006
500 $aTítulo em inglês: Nitrogen-potassium relationship for diagnosis of plant nutritional status and fertilization of the potato crop.
520 $aO objetivo deste trabalho foi determinar a curva máxima de diluição do K e ajustar a relação com a curva de diluição do N, durante o ciclo de crescimento e desenvolvimento da batata, para fins de diagnóstico e manejo nutricional. Os tratamentos consistiram de soluções nutritivas com concentrações de K de 3,5; 5,5; 6,5; 8,0 e 9,5 mmol L-1. O delineamento experimental inteiramente casualizado foi empregado com quatro repetições. Quatro plantas de cada tratamento foram coletadas, em intervalos semanais, para análise do crescimento e determinação dos teores de N e K. A curva máxima de diluição do K foi ajustada e a extração máxima foi determinada durante o ciclo de crescimento e desenvolvimento da cultura. Observou-se que a estimativa dos teores máximos de K pode ser obtida a partir dos teores críticos de N. As quantidades de K a serem fornecidas, para obtenção de determinada produtividade, podem ser estimadas com base no teor de N nos tecidos.
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653 $aDilution
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653 $aNutrição mineral
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773 $tPesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF$gv. 41, n. 12, p. 1781-1786, dez. 2006
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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