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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul. |
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Data corrente: |
23/01/2019 |
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Data da última atualização: |
23/01/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
NICIURA, S. C. M.; CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. |
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Afiliação: |
SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; Giovanna Gabrielle Cruvinel, UNICEP; Caroline Valério Moraes, UFSCar; FLAVIA ALINE BRESSANI DONATONI, CPPSE; WILSON MALAGO JUNIOR, CPPSE; MAGDA VIEIRA BENAVIDES, CPPSUL; ANA CAROLINA DE SOUZA CHAGAS, CPPSE. |
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Título: |
PCR-based genotyping of SNP markers in sheep. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, v. 45, n. 4, p. 651-654, Aug. 2018. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-018-4206-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays. |
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Palavras-Chave: |
PCR RFLP; Resistência nematódeo gastrintestinal; Tetra primer ARMS PCR. |
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Thesagro: |
Marcador Molecular; Ovino. |
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Thesaurus Nal: |
Genome. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 02277naa a2200277 a 4500 001 2104694 005 2019-01-23 008 2018 bl --- 0-- u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s11033-018-4206-8$2DOI 100 1 $aNICIURA, S. C. M. 245 $aPCR-based genotyping of SNP markers in sheep.$h[electronic resource] 260 $c2018 520 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays. 650 $aGenome 650 $aMarcador Molecular 650 $aOvino 653 $aPCR RFLP 653 $aResistência nematódeo gastrintestinal 653 $aTetra primer ARMS PCR 700 1 $aCRUVINEL, G. G. 700 1 $aMORAES, C. V. 700 1 $aDONATONI, F. A. B. 700 1 $aMALAGO JUNIOR, W. 700 1 $aBENAVIDES, M. V. 700 1 $aCHAGAS, A. C. de S. 773 $tMolecular Biology Reports$gv. 45, n. 4, p. 651-654, Aug. 2018.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
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Registro |
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Status |
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| Registros recuperados : 115 | |
| 3. |  | SILVA, E. B. da. Dendeicultura no Brasil; diagnóstico. Manaus: EMBRAPA-CPAA, 1993. 18 p. Trabalho preparado para a X Conferência Internacional de Palma Aceiteira, BUROTROP/IICA/FEDEPALMA, Santa Marta/Colômbia - 24-29, maio 93.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 8. |  | SILVA, E. B. Embrapa discute parceria com Israel e promove intercâmbio com ingleses. In: DINIZ, M. F.; OLIVEIRA, L G. de (Org). Artigos técnicos divulgados na mídia: coletânea 2008. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. 1 CD-ROM. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 278). Publicado em 08/07/2008. Disponível em: Agrosoft, agrosoft0907; CIB, cib0807; Envolverde, envolverde1007.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 10. |  | SILVA, E. B. Embrapa lança filme sobre o povo indígena Krahô. In: SANTOS, M. G. B. dos. (Org). Artigos técnicos divulgados na mídia: coletânea 2007. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 244). Publicado em 18/06/2007. Disponível em: Agrosoft, agrosoft180607; Boletim Pecuário, bpecuario180607; Clicnews, clicnews180607; Hotel Virtual, hvirtual180607; Pets, pets180607; Agroagenda, agroagenda180607; Zoonews; Panorama Ambiental,...| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
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| 11. |  | SILVA, E. B. Embrapa e UniCEUB: parceria fortalecida. In: SANTOS, M. G. B. dos. (Org). Artigos técnicos divulgados na mídia: coletânea 2007. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 244). Publicado em 24/04/2007. Disponível em: Boletim Pecuário, bpecuario240407; Clicnews, clicnews240407; Hotel Virtual, hvirtual240407; Pets, pets240407.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 16. |  | SILVA, E. B. Tecnologias da Embrapa serão aplicadas para aumentar a produção de leite no Acre. In: DINIZ, M. F.; OLIVEIRA, L G. de (Org). Artigos técnicos divulgados na mídia: coletânea 2008. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. 1 CD-ROM. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 278). Publicado em 16/07/2008. Disponível em: Maxpress, max1607.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
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| 20. |  | SILVA, E. B. Recursos Genéticos em debate na Embrapa em Brasília. In: SANTOS, M. G. B. dos. (Org). Artigos técnicos divulgados na mídia: coletânea 2007. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 244). Publicado em 21/03/2007. Disponível em: Boletim Pecuário, bpecuario210307; ClicNews, clicnews210307; Agrosoft, agrosoft210307; Hotel Virtual, hvirtual210307; Pets, pets210307; Página Rural, pgrural210307a.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
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