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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com rosangela.lacerda@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
19/12/2018 |
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Data da última atualização: |
24/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FONSECA, P. A. S.; LEAL, T. P.; SANTOS, F. C.; GOUVEIA, M. H.; ID-LAHOUCINE, S.; ROSSE, I. C.; VENTURA, R. V.; BRUNELI, F. A. T.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; TARAZONA-SANTOS, E.; CARVALHO, M. R. S. |
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Afiliação: |
PABLO A. S. FONSECA, UFMG; THIAGO P. LEAL, UFMG; FERNANDA C. SANTOS, UFMG; MATEUS H. GOUVEIA, UFMG; SAMIR ID-LAHOUCINE, University of Guelph, Guelph, Canada; IZINARA C. ROSSE, UFMG; RICARDO V. VENTURA, University of Guelph, Guelph, Canada; Beef Improvement Opportunities, Guelph, Canada; FRANK ANGELO TOMITA BRUNELI, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARIA GABRIELA CAMPOLINA D PEIXOTO, CNPGL; EDUARDO TARAZONA?SANTOS, UFMG; MARIA RAQUEL S. CARVALHO, UFMG. |
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Título: |
Reducing cryptic relatedness in genomic data sets via a central node exclusion algorithm. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Ecology Resources, v. 18, n. 3, 2018. |
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DOI: |
10.1111/1755-0998.12746 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Cryptic relatedness is a confounding factor in genetic diversity and genetic association studies. Development of strategies to reduce cryptic relatedness in a sample is a crucial step for downstream genetic analyses. This study uses a node selection algorithm, based on network degrees of centrality, to evaluate its applicability and impact on evaluation of genetic diversity and population stratification. 1,036 Guzerá (Bos indicus) females were genotyped using Illumina Bovine SNP50 v2 BeadChip. Four strategies were compared. The first and second strategies consist on a iterative exclusion of most related individuals based on PLINK kinship coefficient (φij) and VanRaden's φij, respectively. The third and fourth strategies were based on a node selection algorithm. The fourth strategy, Network G matrix, preserved the larger number of individuals with a better diversity and representation from the initial sample. Determining the most probable number of populations was directly affected by the kinship metric. Network G matrix was the better strategy for reducing relatedness due to producing a larger sample, with more distant individuals, a more similar distribution when compared with the full data set in the MDS plots and keeping a better representation of the population structure. Resampling strategies using VanRaden's φij as a relationship metric was better to infer the relationships among individuals. Moreover, the resampling strategies directly impact the genomic inflation values in genomewide association studies. The use of the node selection algorithm also implies better selection of the most central individuals to be removed, providing a more representative sample. MenosAbstract Cryptic relatedness is a confounding factor in genetic diversity and genetic association studies. Development of strategies to reduce cryptic relatedness in a sample is a crucial step for downstream genetic analyses. This study uses a node selection algorithm, based on network degrees of centrality, to evaluate its applicability and impact on evaluation of genetic diversity and population stratification. 1,036 Guzerá (Bos indicus) females were genotyped using Illumina Bovine SNP50 v2 BeadChip. Four strategies were compared. The first and second strategies consist on a iterative exclusion of most related individuals based on PLINK kinship coefficient (φij) and VanRaden's φij, respectively. The third and fourth strategies were based on a node selection algorithm. The fourth strategy, Network G matrix, preserved the larger number of individuals with a better diversity and representation from the initial sample. Determining the most probable number of populations was directly affected by the kinship metric. Network G matrix was the better strategy for reducing relatedness due to producing a larger sample, with more distant individuals, a more similar distribution when compared with the full data set in the MDS plots and keeping a better representation of the population structure. Resampling strategies using VanRaden's φij as a relationship metric was better to infer the relationships among individuals. Moreover, the resampling strategies directly impact t... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bovine; Cryptic relatedness; Genetic diversity; Population genetic structure. |
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Thesaurus Nal: |
Inbreeding. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
LEADER 02671naa a2200325 a 4500
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520 $aAbstract Cryptic relatedness is a confounding factor in genetic diversity and genetic association studies. Development of strategies to reduce cryptic relatedness in a sample is a crucial step for downstream genetic analyses. This study uses a node selection algorithm, based on network degrees of centrality, to evaluate its applicability and impact on evaluation of genetic diversity and population stratification. 1,036 Guzerá (Bos indicus) females were genotyped using Illumina Bovine SNP50 v2 BeadChip. Four strategies were compared. The first and second strategies consist on a iterative exclusion of most related individuals based on PLINK kinship coefficient (φij) and VanRaden's φij, respectively. The third and fourth strategies were based on a node selection algorithm. The fourth strategy, Network G matrix, preserved the larger number of individuals with a better diversity and representation from the initial sample. Determining the most probable number of populations was directly affected by the kinship metric. Network G matrix was the better strategy for reducing relatedness due to producing a larger sample, with more distant individuals, a more similar distribution when compared with the full data set in the MDS plots and keeping a better representation of the population structure. Resampling strategies using VanRaden's φij as a relationship metric was better to infer the relationships among individuals. Moreover, the resampling strategies directly impact the genomic inflation values in genomewide association studies. The use of the node selection algorithm also implies better selection of the most central individuals to be removed, providing a more representative sample.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 17 | |
| 2. |  | EMYGDIO, B. M.; HIELLE, Z. C.; OLIVEIRA, L. N. de; BARROS, L.; FACCHINELLO, P. H. Produção de caldo de cultivares de sorgo sacarino em função do método de extração. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 4.; REUNIÃO TÉCNICA DE AGROENERGIA, 4., 2012, Porto Alegre, RS. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 6. | | FACCHINELLO, P. H. K.; BARRROS, L. M.; OLIVEIRA, L. N. de; CARLI, R. de; OLIVEIRA, A. C. B. de; EMYGDIO, B. M. Avaliação de cultivares de milho no ensaio nacional precoce em áreas de várzea na safra 2011/2012. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 4., 2012, Pelotas. Ciência e inovação para 2050: qual o futuro que queremos? Resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 7. | | EMYGDIO, B. M.; PARRELLA, R. A. da C.; OLIVEIRA, A. C. B. de; FACCHINELLO, P. H.; OLIVEIRA, L. N. de; BARROS, L. Avaliação de cultivares de sorgo sacarino no município de Pelotas, rs, na safra 2011/12. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 4.; REUNIÃO TÉCNICA DE AGROENERGIA, 4., 2012, Porto Alegre, RS. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 8. | | CARLI, R. de; FACCHINELLO, P. H. K.; BARROS, L. M.; OLIVEIRA, L. N. de; OLIVEIRA, A. C. B. de; EMYGDIO, B. M. Avaliação do desempenho de milho na rede de ensaio estadual de híbridos transgênicos na safra 2011/12. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 4., 2012, Pelotas. Ciência e inovação para 2050: qual o futuro que queremos? Resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 9. | | OLIVEIRA, A. C. B. de; EMYGDIO, B. M.; ROSA, F. K.; HOHN, D.; FACCHINELLO, P. H.; OLIVEIRA, L. N. de; DOROSZ, W. M. Avaliação de genótipos de soja submetidos ao encharcamento do solo, safra 2011/12. In: REUNIÃO DE PESQUISA DA SOJA DA REGIÃO SUL, 39., Passo Fundo, 2012. Indicações técnicas para a cultura da soja no Rio Grande do Sul e em Santa Catarina, safras 2012/2013 e 2013/2014. Passo Fundo: Embrapa Trigo, 2012. p. 58.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 10. | | ROSA, F. K. da; ZARDIN-FILHO, V. A.; OLIVEIRA, L. N. de; PRADO, F. M. do; CARVALHO, C. G. P.; OLIVEIRA, A. C. B. de. Avaliação de híbridos experimentais de girassol em Pelotas - RS. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 4., 2012, Pelotas. Ciência e inovação para 2050: qual o futuro que queremos? Resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 11. | | OLIVEIRA, L. N. de; HAMMES, J.; ROSA, F. K. da; PRADO, F. M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; EMYGDIO, B. M. Avaliação de linhagens de soja em Capão do Leão - RS. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 4., 2012, Pelotas. Ciência e inovação para 2050: qual o futuro que queremos? Resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 12. | | EMYGDIO, B. M.; PARRELLA, R. A. da C.; TARDIN, F. D.; MENEZES, C. B.; FACCHINELLO, P. H. K.; BARROS, L.; OLIVEIRA, L. N. de. Desempenho de cultivares de sorgo sacarino em solos hidromórficos visando a produção de etanol. In: REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO MILHO, 56.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DO SORGO, 39., 2011, Ijui. Atas e resumos. Porto Alegre: FEPAGRO, 2011. p. 19.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 13. | | EMYGDIO, B. M.; PARRELLA, R. A. da C.; SCHAFFERT, R. E.; TARDIN, F. D.; MENEZES, C. B. de; FACCHINELLO, P. H.; OLIVEIRA, L. N. de; BARROS, L. Desempenho de cultivares de sorgo sacarino visando à produção de etanol em solos hidromórficos. Pesquisa Agropecuária Gaúcha, Porto Alegre, v. 17, n. 1. p. 53-59, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 14. | | EMYGDIO, B. M.; PARRELLA, R. A. da C.; ROSA, A. P. S. A. da; BARROS, L.; FACCHINELLO, P. H.; OLIVEIRA, L. N. de. Desempenho de variedades de sorgo sacarino brs, série 500, em condições de solos hidromórficos no RS. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 4.; REUNIÃO TÉCNICA DE AGROENERGIA, 4., 2012, AMRIGS: Porto Alegre. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva Ivan Rodrigues de Almeida.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 15. | | OLIVEIRA, L. N. de; MILECH, M. A.; ARGUILAR, D. A.; ROSA, F. K. da; FACCHINELLO, P. H. K.; BARROS, L.; EMYGDIO, B. M.; OLIVEIRA, A. C. B. de. Ensaio regional de variedades de milho na Região Sul – safra 2008/09. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 3., 2010, Pelotas. resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Anais: Carreira, ética e inovação: o que você está fazendo? Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 16. | | OLIVEIRA, A. C. B. de; ROSA, A. P. S. A. da; ROSA, F. K.; HOHN. D.; ZARDIM FILHO, V. A.; OLIVEIRA, L. N. de; DOROSZ, W. M.; LEITE, C. W. Avaliação de linhagens de soja em ensaio final de primeiro ano em áreas de arroz, safra 2011/12. In: REUNIÃO DE PESQUISA DA SOJA DA REGIÃO SUL, 39., Passo Fundo, 2012. Indicações técnicas para a cultura da soja no Rio Grande do Sul e em Santa Catarina, safras 2012/2013 e 2013/2014. Passo Fundo: Embrapa Trigo, 2012. p. 59. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 17. | | ROSA, A. P. S. A. da; OLIVEIRA, A. C. B. de; TRECHA, C. O.; TEODORO, J. S.; TEIXEIRA, H. B.; ZARDIN-FILHO, V. A.; OLIVEIRA, L. N. de; ROSA, F. K. da. Ocorrência de Elasmopalpus lignosellus (Lepidoptera: Pyralidae) em Genótipos de Soja na Safra 2011/2012 em Jaguarão, RS. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2013. 5 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 303).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
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