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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
19/10/2018 |
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Data da última atualização: |
19/10/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LORENZETTI, W. R.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; MORES, M. A. Z.; SAVOLDI, I. R.; CARMO, K. B. do; OLIVEIRA, H. C. de; LEDUR, M. C. |
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Afiliação: |
WILLIAM RAPHAEL LORENZETTI, UDESC/Chapecó; ADRIANA MERCIA GUARATINI IBELLI, CNPSA; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; MARCOS ANTONIO ZANELLA MORES, CNPSA; IGOR RICARDO SAVOLDI, UNC/Concórdia; KAMILLA BLEIL DO CARMO, UNC/Concórdia; HANIEL CEDRAZ DE OLIVEIRA, UFV; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA. |
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Título: |
Identification of endogenous normalizing genes for expression studies in inguinal ring tissue for scrotal hernias in pigs. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 13, n.9, e0204348, 2018. |
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DOI: |
10.1371/journal.pone.0204348 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: The use of reference genes is required for relative quantification in gene expression analysis and since the stability of these genes could be variable depending on the experimental design, it has become indispensable to test the reliability of endogenous genes. Therefore, this study evaluated 10 reference candidate genes in two different experimental conditions in order to obtain stable genes to be used as reference in expression studies related to scrotal hernias in pigs. Two independent experiments were performed: one with 30 days-old MS115 pigs and the other with 60 days-old Landrace pigs. The inguinal ring/canal was collected, frozen and further submitted to real-time PCR analysis (qPCR). For the reference genes stability evaluation, four tools were used: GeNorm in the SLqPCR, BestKeeper, NormFinder and Comparative CT. A general ranking was generated using the BruteAggreg function of R environment. In this study, the RPL19 was one of the most reliable endogenous genes for both experiments. The breed/age effects influenced the expression stability of candidate reference genes evaluated in the inguinal ring of pigs. Therefore, this study reinforces the importance of evaluating the stability of several endogenous genes previous their use, since a consensual set of reference genes is not easily obtained. Here, two sets of genes are recommended: RPL19, RPL32 and H3F3A for 30-days MS115 and PPIA and RPL19 for the 60 days-old Landrace pigs. This is the first study using the inguinal ring tissue and the results can be useful as an indicative for other studies working with gene expression in this tissue. Resumo: O uso de genes de referência é necessário para a quantificação relativa na análise da expressão gênica e como a estabilidade desses genes pode ser variável dependendo do desenho experimental, tornou-se indispensável testar a confiabilidade dos genes endógenos. Portanto, este estudo avaliou 10 genes candidatos de referência em duas condições experimentais diferentes, a fim de obter genes estáveis para serem usados como referência em estudos de expressão relacionados a hérnias escrotais em suínos. Dois experimentos independentes foram realizados: um com porcos MS115 com 30 dias de idade e outro com porcos Landrace com 60 dias de idade. O anel / canal inguinal foi coletado, congelado e posteriormente submetido à análise de PCR em tempo real (qPCR). Para a avaliação da estabilidade dos genes de referência, foram utilizadas quatro ferramentas: GeNorm no SLqPCR, BestKeeper, NormFinder e Comparative CT. Uma classificação geral foi gerada usando a função BruteAggreg do ambiente R. Neste estudo, o RPL19 foi um dos genes endógenos mais confiáveis para ambos os experimentos. Os efeitos raça / idade influenciaram a estabilidade de expressão dos genes de referência candidatos avaliados no anel inguinal de suínos. Portanto, este estudo reforça a importância de avaliar a estabilidade de vários genes endógenos antes do seu uso, uma vez que um conjunto consensual de genes de referência não é facilmente obtido. Aqui, dois conjuntos de genes são recomendados: RPL19, RPL32 e H3F3A para MS115 de 30 dias e PPIA e RPL19 para os suínos Landrace com 60 dias de idade. Este é o primeiro estudo usando o tecido anelar inguinal e os resultados podem ser úteis como um indicativo para outros estudos que trabalham com expressão gênica neste tecido. MenosAbstract: The use of reference genes is required for relative quantification in gene expression analysis and since the stability of these genes could be variable depending on the experimental design, it has become indispensable to test the reliability of endogenous genes. Therefore, this study evaluated 10 reference candidate genes in two different experimental conditions in order to obtain stable genes to be used as reference in expression studies related to scrotal hernias in pigs. Two independent experiments were performed: one with 30 days-old MS115 pigs and the other with 60 days-old Landrace pigs. The inguinal ring/canal was collected, frozen and further submitted to real-time PCR analysis (qPCR). For the reference genes stability evaluation, four tools were used: GeNorm in the SLqPCR, BestKeeper, NormFinder and Comparative CT. A general ranking was generated using the BruteAggreg function of R environment. In this study, the RPL19 was one of the most reliable endogenous genes for both experiments. The breed/age effects influenced the expression stability of candidate reference genes evaluated in the inguinal ring of pigs. Therefore, this study reinforces the importance of evaluating the stability of several endogenous genes previous their use, since a consensual set of reference genes is not easily obtained. Here, two sets of genes are recommended: RPL19, RPL32 and H3F3A for 30-days MS115 and PPIA and RPL19 for the 60 days-old Landrace pigs. This is the first study us... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Hérnias escrotais; Scrotal hernias. |
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Thesagro: |
Genética Animal; Hérnia; Melhoramento Genético Animal; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
Breeding; Breeding and Genetic Improvement; Swine. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
null
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 9 | |
| 1. |  | WILSON, J. P.; THAKUR, R. P.; HASH, C. T.; RAI, N. K.; CASELA, C. R. Breaking the treadmill: emerging needs and resistance strategies for pearl millet. Phytopathology, St. Paul, v. 91, n. 6, p. S169, 2001. Supplement.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 2. | | DeBLASIO, S. L.; WILSON, J. R.; TAMBORINDEGUY, C.; JOHNSON, R. S.; PINHEIRO, P. V.; MacCOSS, M. J.; GRAY, S. M.; HECK, M. Affinity purification - mass spectrometry identifies a novel interaction between a polerovirus and a conserved innate immunity aphid protein that regulates transmission efficiency. Journal of Proteome Research, v. 20, n. 6, p. 3365-3387, June 2021. 1535-3907| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 3. | | O'KEEFE, B. R.; MURAD, A. M.; VIANNA, G. R.; RAMESSAR, K.; SAUCEDO, C. J.; WILSON, J.; BUCKHEIT, K. W.; CUNHA, N. B. da; ARAUJO, A. C. G.; LACORTE, C. C.; MADEIRA, L.; MCMAHON, J. B.; RECH, E. L. Engineering soya bean seeds as a scalable platform to produce cyanovirin-N, a non-ARV microbicide against HIV. Plant Biotechnology Journal, p. 1-9, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 4. | | PINHEIRO, P. V.; WILSON, J. R.; XU, Y.; ZHENG, Y.; REBELO, A. R.; FATTAH-HOSSEINI, S.; KRUSE, A.; SILVA, R. S. dos; XU, Y.; KRAMER, M.; GIOVANNONI, A.; FEI, Z.; GRAY, S.; HECK, M. Plant viruses transmitted in two different modes produce differing effects on small RNA-Mediated processes in their aphid vector. Phytobiomes Journal, v. 3, n. 1, p. 71-81, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 5. | | HABIB, P.; SOCCOL, C. R.; O'KEEFE, B. R.; KRUMPE, L. R. H.; WILSON, J.; MACEDO, L. L. P. de; FAHEEM, M.; SANTOS, V. O. dos; PRADO, G. S.; BOTELHO, M. A.; LACOMBE, S.; SA, M. F. G. de. Gene-silencing suppressors for high-level production of the HIV-1 entry inhibitor griffithsin in Nicotiana benthamiana. Process Biochemistry, v. 70, p. 45-54, 2018. Na publicação: Maria Fatima Grossi-de-Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | ORFANOUDAKI, M.; KRUMPE, L. R. H.; SHENOY, S. R.; WILSON, J.; GUSZCZYNSKI, T.; HENRICH, C. J.; TEMME, J. S.; GILDERSLEEVE, J. C.; MOLINA-MOLINA, E.; ERKIZIA, I.; BLANCO, J.; IZQUIERDO-USEROS, N.; MONTIERO, F.; TANURI, A.; RECH FILHO, E. L.; O’KEEFE, B. R. Isolation and structure elucidation of Dm-CVNH, a new cyanovirin-N homolog with activity against SARS-CoV-2 and HIV-1. Journal of Biological Chemistry, v. 301, n. 3, 108319, 2025. Na publicação: Elibio Rech.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 7. | | MUÑOZ-BASAGOITIA, J.; MONTEIRO, F. L. L.; KRUMPE, L. R. H.; ARMARIO-NAJERA, V.; SHENOY, S. R.; PEREZ-ZSOLT, D.; WESTGARTH, H. J.; VILLORBINA, G.; BOMFIM, L. M.; RAÏCH-REGUÉ, D.; NOGUERAS, L.; HENRICH, C. J.; GALLEMÍ, M.; MOREIRA, F. R. R.; TORRES, P.; WILSON, J.; D’ARC, M.; MARFIL, S.; HERLINGER, A. L.; PRADENAS, E.; HIGA, L. M.; PORTERO-OTIN, M.; TRINITÉ, B.; TWYMAN, R. M; CAPELL, T.; TANURI, A.; BLANCO, J.; IZQUIERDO-USEROS, N.; RECH FILHO, E. L.; CHRISTOU, P.; O’KEEFE, B. R. Cyanovirin-N binds to select SARS-CoV-2 spike oligosaccharides outside of the receptor binding domain and blocks infection by SARS-CoV-2. Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), v. 120, n. 10, 2023. e2214561120. Na publicação: Elibio L. Rech.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 8. | | NOONAN, M. J.; FLEMING, C. H.; TUCKER, M. A.; KAYS, R.; HARRISON, AUTUMN-LYNN; CROFOOT, M. C.; ABRAHMS, B.; ALBERTS, S.; ALI, A. H.; ALTMANN, J.; ANTUNES, P. C.; ATTIAS, N.; BELANT, J. L.; BEYER JUNIOR, D. E.; BIDNER, L. R.; BLAUM, N.; BOONE, R. B.; CAILLAUD, D.; PAULA, R. C. de; DE LA TORRE, J. A.; DEKKER, J.; DEPERNO, C. S.; FARHADINIA, M.; FENNESSY, J.; FICHTEL, C.; FISCHER, C.; FORD, A.; GOHEEN, J. R.; HAVMØLLER, R. W.; HIRSCH, B. T.; HURTADO, C.; ISBELL, L. A.; JANSSEN, R.; JELTSCH, F.; KACZENSKY, P.; KANEKO, Y.; KAPPELER, P.; KATNA, A.; KAUFFMAN, M.; KOCH, F.; KULKARNI, A; LAPOINT, S.; LEIMGRUBER, P.; MACDONALD, D. W.; MARKHAM, A. C.; MCMAHON, L.; MERTES, K.; MOORMAN, C. E.; MORATO, R. G.; MOßBRUCKER, A. M.; MOURAO, G.; O'CONNOR, D.; OLIVEIRA-SANTOS, L. G. R.; PASTORINI, J.; PATTERSON, B. D.; RACHLOW, J.; RANGLACK, D. H.; REID, N.; SCANTLEBURY, D. M.; SCOTT, D. M.; SELVA, N.; SERGIEL, A.; SONGER, M.; SONGSASEN, N.; STABACH, J. A.; STACY-DAWES, J.; SWINGEN, M. B.; THOMPSON, J. J.; ULLMANN, W.; VANAK, A. T.; THAKER, M.; WILSON, J. W.; YAMAZAKI, K.; YARNELL, R. W.; ZIEBA, F.; ZWIJACZ-KOZICA, T.; FAGAN, W. F.; MUELLER, T.; CALABRESE, J. M. Effects of body size on estimation of mammalian area requirements. Conservation Biology, v.34, n. 4, p. 1017-1028, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 9. | | TUCKER, M. A.; BÖHNING-GAESE, K.; FAGAN, W. F.; FRYXELL, J. M.; VAN MOORTER, B.; ALBERTS, S. C.; ALI, A. H.; ALLEN, A. M.; ATTIAS, N.; AVGAR, T.; BROOKS, H. B.; BAYARBAATAR, B.; BELANT, J. L.; BERTASSONI, A.; BEYER, D.; BIDNER, L.; VAN BEEST, F. M.; BLAKE, S.; BLAUM, N.; BRACIS, C.; BROWN, D.; BRUYN, P. J. de; CAGNACCI, F.; CALABRESE, J. M.; CAMILO-ALVES, C.; CHAMAILLÉ-JAMMES, S.; CHIARADIA, A.; DAVIDSON, S. C.; DENNIS, T.; DESTEFANO, S.; DIEFENBACH, D.; DOUGLAS-HAMILTON, I.; FENNESSY, J.; FICHTEL, C.; FIEDLER, W.; FISCHER, C.; FISCHHOFF, I.; FLEMING, C. H.; FORD, A. T.; FRITZ, S. A.; GEHR, B.; GOHEEN, J. R.; GURARIE, E.; HEBBLEWHITE, M.; HEURICH, M.; HEWISON, A. J. M.; HOF, C.; HURME, E.; ISBELL, L. A.; JANSSEN, R.; JELTSCH, F.; KACZENSKY, P.; KANE, A.; KAPPELER, P. M.; KAUFFMAN, M.; KAYS, R.; KIMUYU, D.; KOCH, F.; KRANSTAUBER, B.; LAPOINT, S.; LEIMGRUBER, P.; LINNELL, J. D. C.; LÓPEZ-LÓPEZ, P.; MARKHAM, A. C.; MATTISSON, J.; MEDICI, E. P.; MELLONE, U.; MERRILL, E.; MOURAO, G. de M.; MORATO, R. G.; MORELLET, N.; MORRISON, T. A.; DÍAZ-MUÑOZ, S. L.; MYSTERUD, A.; NANDINTSETSEG, D.; NATHAN, R.; NIAMIR, A.; ODDEN, J.; O'HARA, R. B.; OLIVEIRA-SANTOS, L. G. R.; OLSON, K. A.; PATTERSON, B. D.; PAULA, R. C. de; PEDROTTI, L.; REINEKING, B.; RIMMLER, M.; ROGERS, T. L.; ROLANDSEN, C. M.; ROSENBERRY, C. S.; RUBENSTEIN, D. I.; SAFI, K.; SAÏD, S.; SAPIR, N.; SAWYER, H.; SCHMIDT, N. M.; SELVA, N.; SERGIEL, A.; SHIILEGDAMBA, E.; SILVA, J. P.; SINGH, N.; SOLBERG, E. J.; SPIEGEL, O.; STRAND, O.; SUNDARESAN, S.; ULLMANN, W.; VOIGT, U.; WALL, J.; WATTLES, D.; WIKELSKI, M.; WILMERS, C. C.; WILSON, J. W.; WITTEMYER, G.; ZIEBA, F.; ZWIJACZ-KOZICA, T.; MUELLER, T. Moving in the anthropocene: global reductions in terrestrial mammalian movements. Science, v. 359, p. 466-469, jan. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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