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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
10/08/2018 |
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Data da última atualização: |
24/09/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
NICIURA, S. C. M.; CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. |
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Afiliação: |
SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; Giovanna Gabrielle Cruvinel, UNICEP; Caroline Valério Moraes, UFSCar; FLAVIA ALINE BRESSANI DONATONI, CPPSE; WILSON MALAGO JUNIOR, CPPSE; MAGDA VIEIRA BENAVIDES, CPPSUL; ANA CAROLINA DE SOUZA CHAGAS, CPPSE. |
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Título: |
PCR-based genotyping of SNP markers in sheep. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, v.45, n.4, p.651-654, aug. 2018. |
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ISSN: |
1573-4978 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-018-4206-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays. |
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Palavras-Chave: |
PCR RFLP; Resistência nematódeo gastrintestinal; Tetra primer ARMS PCR. |
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Thesagro: |
Marcador Molecular; Ovino. |
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Thesaurus Nal: |
Genome. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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520 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays.
650 $aGenome
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650 $aOvino
653 $aPCR RFLP
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653 $aTetra primer ARMS PCR
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700 1 $aCHAGAS, A. C. de S.
773 $tMolecular Biology Reports$gv.45, n.4, p.651-654, aug. 2018.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Status |
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| Registros recuperados : 16 | |
| 2. |  | SOUZA, A. L. F.; ARTICO, L. L.; TRENTIN, G.; SILVEIRA, M. C. T. da. Dinâmica de fluxo de folhas em perfilhos de capim-elefante cv. BRS Kurumi sob diferentes alturas de resíduo. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 25.; SEMANA INTEGRADA DE ENSINO, PESQUISA E EXTENSÃO, 2., 2016, Pelotas. Anais... Pelotas: UFPel, 2016. Título publicado [...]capim-efefante.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 3. | | SOLARI, F. L.; SILVEIRA, M. C. T. da; SOUZA, A. L. F. de; TRENTIN, G.; SILVA, M. A. P. da. Avaliação de capim-sudão BRS Estribo quando manejado por altura e pastejado por vacas em lactação. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUL, 6., 2016, Bagé. Resumos... Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2016. p. 12. Claudia Cristina Gulias Gomes, editora técnica.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 4. | | TADEO, R. W. M.; SOUZA, A. L. F. de; BAUERMAN, P. C.; VARELLA, A. C.; MAIA, M. B. Avaliação do estabelecimento e crescimento de eucalipto (E. grandis) em um sistema silvipastoril na região da Campanha do Rio Grande do Sul. In: JORNADA DE PÓS-GRADUAÇÃO E PESQUISA, 12.; MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 12.; MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA JÚNIOR, 10.; MOSTRA INTERNACIONAL DE FOTOGRAFIA, 2., 2014, Bagé. Anais... Bagé: Ediurcamp, 2014. 1 CD-ROM. CONGREGA.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 6. | | SOLARI, F. L.; GENRO, T. C. M.; SOUZA, A. L. F.; TRENTIN, G.; SILVEIRA, M. C. T. da. Comportamento da distribuição dos componentes morfológicos do perfil vertical de campos nativos, sob níveis de intensificação, em quatro de anos de monitoramento. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 25.; SEMANA INTEGRADA DE ENSINO, PESQUISA E EXTENSÃO, 2., 2016, Pelotas. Anais... Pelotas: UFPel, 2016. CIC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 7. | | SOUZA, A. L. F. de; SILVEIRA, M. C. T. da; SOLARI, F. L.; ACOSTA, R. A. M.; TRENTIN, G. Comportamento da estrutura vertical de pastos mistos, sob lotação contínua com taxa variável, ao longo do ciclo de utilização. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 26., 2016, Santa Maria. Cinquenta anos de zootecnia no Brasil: anais. Santa Maria: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2016. Zootec.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 8. | | SOLARI, F. L.; SILVEIRA, M. C. T. da; YOKOO, M. J. I.; COLLARES, R. S.; LEAL, J. J. B.; CORRÊA, E. B.; SOUZA, A. L. F. de. A importância do manejo de pastagens no desempenho de animais mantidos em Prova de Avaliação a Campo. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUL, 5., 2015, Bagé. Resumos dos trabalhos... Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2015. p. 36. Editora técnica Claudia Cristina Gulias Gomes.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 9. | | ARTICO, L. L.; SOUZA, A. L. F. de; SOLARI, F. L.; TRENTIN, G.; SILVEIRA, M. C. T. da; ZULIANI, A. J. B.; FERREIRA, J. L.; MAZZOCATO, A. C. Avaliação das características morfogênicas de capim-sudão BRS Estribo submetido a diferentes disponibilidades hídricas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 26., 2016, Santa Maria. Cinquenta anos de zootecnia no Brasil: anais. Santa Maria: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2016. Zootec.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 10. | | SOLARI, F. L.; SOUZA, A. L. F. de; SILVEIRA, M. C. T. da; CORRÊA, E. B.; PENTEADO, V. F.; SANT'ANNA, D. M.; TRENTIN, G. Acúmulo de forragem em pastos de azevém BRS Ponteio. In: JORNADA ACADÊMICA INTEGRADA, 30., 2015, Santa Maria. Anais... Santa Maria: UFSM, 2015. JAI.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 11. | | SOLARI, F. L.; SILVEIRA, M. C. T. da; TRENTIN, G.; SUÑÉ, R. W.; BERNICKER, E. T.; ROCHA, M.; SOUZA, A. L. F. de. Avaliação da disponibilidade de forragem para consumo de vacas em lactação: dados parciais. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUL, 7., 2017, Bagé. Resumos... Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2017. p. 14. Claudia Cristina Gulias Gomes, editora técnica.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 12. | | SOUZA, A. L. F. de; SOLARI, F. L.; CORRÊA, E. B.; SILVEIRA, M. C. T. da; TRENTIN, G.; PEREZ, N. B.; MAZZOCATO, A. C. Dinâmica de fluxo e renovação de folhas em diferentes gerações de perfilhos de capim annoni-2. In: JORNADA ACADÊMICA INTEGRADA, 30., 2015, Santa Maria. Anais... Santa Maria: UFSM, 2015. JAI.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 13. | | SOUZA, A. L. F.; SILVEIRA, M. C. T. da; SOLARI, F. L.; TRENTIN, G.; MAZZOCATO, A. C.; ARTICO, L. L.; ACOSTA, R. A. M. Dinâmica de fluxo e renovação de folhas em perfilhos de capim-sudão BRS Estribo sob diferentes disponibilidades hídricas. In: ENCONTRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DO IFSUL, 2., 2015, Bagé. Anais... Bagé: IFSUL, 2016. ENCIF.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 14. | | SOLARI, F. L.; SILVEIRA, M. C. T. da; SOUZA, A. L. F. de; TRENTIN, G.; SANT'ANNA, D. M.; SILVA, M. A. P. da. Dinâmica do acúmulo de forragem em pastos mistos de azevém e cornichão em dois anos consecutivos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 26., 2016, Santa Maria. Cinquenta anos de zootecnia no Brasil: anais. Santa Maria: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2016. Zootec.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 16. | | ÁRTICO, L. L.; SOUZA, A. L. F. de; SOLARI, F. L.; MALCORRA, M.; FAGUNDES, B. F.; TRENTIN, G.; SILVEIRA, M. C. T. da; FERREIRA, J. L.; MAZZOCATO, A. C. Avaliação do crescimento e desenvolvimento de capim-sudão BRS Estribo sob diferentes disponibilidades hídricas. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUL, 6., 2016, Bagé. Resumos... Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2016. p. 17. Claudia Cristina Gulias Gomes, editora técnica.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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