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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
01/02/2018 |
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Data da última atualização: |
07/11/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GEISTLINGER, L.; SILVA, V. H. da; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. C.; WALDRON, L.; ZIMMER, R.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
Ludwig Geistlinger, Bolsista/Embrapa Pecuária Sudeste; Vinicius Henrique da Silva, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Polyana Cristine Tizioto, ESALQ/USP; Levi Waldron, University of New York; Ralf Zimmer, Ludwig Maximilians Universität München; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP. |
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Título: |
Widespread modulation of gene expression by copy number variation in skeletal muscle. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 8, n. 1399, p. 1-11, jan. 2018. |
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DOI: |
10.1038/s41598-018-19782-4 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Copy number variation (CNV) is a frequently observed deviation from the diploid state due to duplication or deletion of genomic regions. Although intensively analyzed for association with diseases and production traits, the specific mechanisms and extent by which such variations affect the phenotype are incompletely understood. We present an integrative study on CNV and genome-wide gene expression in Brazilian Bos indicus cattle. We analyzed CNVs inferred from SNP-chip data for effects on gene expression measured with RNA-seq in skeletal muscle samples of 183 steers. Local effects, where expression changes coincided with CNVs in the respective genes, were restricted to immune genes. Distal effects were attributable to several high-impact CNVs that modulated remote expression in an orchestrated and intertwined fashion. These CNVs were located in the vicinity of major skeletal muscle pathway regulators and associated genes were enriched for proteolysis, autophagy, and muscle structure development. From association analysis between CNVs and several meat quality and production traits, we found CNV-associated expression effects to also manifest at the phenotype level. Based on genome sequences of the population founders, we further demonstrate that CNVs with impact on expression and phenotype are passed on from one generation to another. |
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Palavras-Chave: |
Agricultural genetics; Nellore cattle. |
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Thesaurus Nal: |
gene expression. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
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Registro |
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Status |
URL |
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| Registros recuperados : 10 | |
| 6. |  | RIBEIRO, E. P.; MAGALHÃES, J. L.; RODRIGUES, A. A.; RODRIGUES, D. A.; FRAZÃO, M. A.; RODRIGUES, C. L. Análise inicial do super clone de eucalipto adubado com lodo de efluente suíno. Pesquisa Florestal Brasileira, Colombo, v. 35, n. 84, p. 399-407, out./dez. 2015.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 7. | | RIBEIRO, E. P.; PAES, M. C. D.; TEIXEIRA, F. F.; BARBOSA, N. A.; MOURA, P. L. T. de; MORAIS, M. C. B. de. Atividade antioxidante de milho verde de grãos pretos. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 30.; SIMPÓSIO SOBRE LEPDÓPTEROS COMUNS A MILHO, SOJA E ALGODÃO, 1., 2014, Salvador. Eficiência nas cadeias produtivas e o abastecimento global: resumos expandidos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 8. | | BATTISTINI, C.; GULLÓN, B.; ICHIMURA, E. S.; GOMES, A. M. P.; RIBEIRO, E. P.; KUNIGK, L.; MOREIRA, J. U. V.; JURKIEWICZ, C. Development and characterization of an innovative synbiotic fermented beverage based on vegetable soybean. Brazilian journal of microbiology, v. 49, p. 303-309, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 9. | | MOURA, P. L. T. de; BARBOSA, N. A.; PAES, M. C. D.; MORAES, M. C. B. de; RIBEIRO, E. P.; SILVA, W. A. da. Produção de biofilme colorido de amido extraído de milho preto. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 30.; SIMPÓSIO SOBRE LEPDÓPTEROS COMUNS A MILHO, SOJA E ALGODÃO, 1., 2014, Salvador. Eficiência nas cadeias produtivas e o abastecimento global: resumos expandidos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 10. | | MORAES, M. C. B. de; BARBOSA, N. A.; PAES, M. C. D.; MOURA, P. L. T. de; RIBEIRO, E. P.; PIRES, C. V. Otimização do processo de obtenção de filmes de zeína para ensaios em laboratório. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE ALIMENTOS, 24.; CONGRESSO DO INSTITUTO NACIONAL DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE FRUTOS TROPICAIS, 4., 2014, Aracaju. Inovação e sustentabilidade em ciência e tecnologia de alimentos: resumos. Aracaju: SBCTA, 2014. p. 105.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| Registros recuperados : 10 | |
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