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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
18/01/2017 |
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Data da última atualização: |
18/01/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GLÓRIA, L. S.; CRUZ, C. D.; VIEIRA, R. A. M.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; SIQUEIRA, O. H. G. B. D. de; SILVA, F. F. e. |
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Afiliação: |
Leonardo Siqueira Glória, UFV; Cosme Damião Cruz, UFV; Ricardo Augusto Mendonça Vieira, Universidade Estadual do Norte Fluminense; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Paulo Sávio Lopes, UFV; Otávio H. G. B. Dias de Siqueira, UFV; Fabyano Fonseca e Silva, UFV. |
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Título: |
Accessing marker effects and heritability estimates from genome prediction by Bayesian regularized neural networks. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 191, p. 91-96, Sept. 2016. |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.1016/j.livsci.2016.07.015 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Recently, there is an increasing interest on semi- and non-parametric methods for genome-enabled prediction, among which the Bayesian regularized artificial neural networks (BRANN) stand. We aimed to evaluate the predictive performance of BRANN and to exploit SNP effects and heritability estimates using two different approaches (relative importance-RI, and relative contribution-RC). Additionally, we aimed also to compare BRANN with the traditional RR-BLUP and BLASSO by using simulated datasets. The simplest BRANN (net1), RR-BLUP and BLASSO methods outperformed other more parameterized BRANN (net2, net3, ? net6) in terms of predictive ability. For both simulated traits (Y1 and Y2) the net1 provided the best h2 estimates (0.33 for both, being the true h2=0.35), whereas RR-BLUP (0.18 and 0.22 for Y1 and Y2, respectively) and BLASSO (0.20 and 0.26 for Y1 and Y2, respectively) underestimated h2. The marker effects estimated from net1 (using RI and RC approaches) and RR-BLUP were similar, but the shrinkage strength was remarkable for BLASSO on both traits. For Y1, the correlation between the true fifty QTL effects and the effects estimated for the SNPs located in the same QTL positions were 0.61, 0.60, 0.60 and 0.55, for RI, RC, RR-BLUP and BLASSO; and for Y2, these correlations were 0.81, 0.81, 0.81 and 0.71, respectively. In summary, we believe that estimates of SNP effects are promising quantitative tools to bring discussions on chromosome regions contributing most effectively to the phenotype expression when using ANN for genomic predictions. MenosRecently, there is an increasing interest on semi- and non-parametric methods for genome-enabled prediction, among which the Bayesian regularized artificial neural networks (BRANN) stand. We aimed to evaluate the predictive performance of BRANN and to exploit SNP effects and heritability estimates using two different approaches (relative importance-RI, and relative contribution-RC). Additionally, we aimed also to compare BRANN with the traditional RR-BLUP and BLASSO by using simulated datasets. The simplest BRANN (net1), RR-BLUP and BLASSO methods outperformed other more parameterized BRANN (net2, net3, ? net6) in terms of predictive ability. For both simulated traits (Y1 and Y2) the net1 provided the best h2 estimates (0.33 for both, being the true h2=0.35), whereas RR-BLUP (0.18 and 0.22 for Y1 and Y2, respectively) and BLASSO (0.20 and 0.26 for Y1 and Y2, respectively) underestimated h2. The marker effects estimated from net1 (using RI and RC approaches) and RR-BLUP were similar, but the shrinkage strength was remarkable for BLASSO on both traits. For Y1, the correlation between the true fifty QTL effects and the effects estimated for the SNPs located in the same QTL positions were 0.61, 0.60, 0.60 and 0.55, for RI, RC, RR-BLUP and BLASSO; and for Y2, these correlations were 0.81, 0.81, 0.81 and 0.71, respectively. In summary, we believe that estimates of SNP effects are promising quantitative tools to bring discussions on chromosome regions contributing most effectively ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genetic parameters; QTL; Redes neurais. |
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Thesagro: |
Parâmetro Genético. |
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Thesaurus Nal: |
Marker-assisted selection; Neural networks. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 40 | |
| 4. |  | LIMA NETO, F. P.; SOUZA, E. M. de C.; RIBEIRO, I. C. N. dos S. Caracterização morfológica das inflorescências e da precocidade em acessos de mangueira do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa Semiárido. RG News, v. 5, n. 3, p. 47, 2019. Edição do 4º Simpósio Rede de Recursos Genéticos Vegetais do Nordeste, Areia, PB, Nov. 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 6. | | SOUZA, E. M. de C.; LIMA NETO, F. P.; PARANHOS, B. A. G.; COSTA, C. dos S. R. Avaliação de resistência às moscas das frutas em frutos de acessos de mangueira do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa Semiárido durante um ciclo de produção. Revista RG News, v. 7, n. 2, p. 34, 2021. Edição Especial do 5º Simpósio Rede de Recursos Genéticos Vegetais do Nordeste, Mossoró, Nov. 2021.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 9. | | SANTOS, J. M. B. dos; ALMEIDA NETO, M. A. de; CALGARO, M.; SOUZA, E. M. de C.; BASTOS, D. C. Análises físico-químicas da lima ácida Tahiti 2001 sobre o porta-enxerto Índio no Semiárido nordestino. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 13., 2018, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2018. p. 37-41. (Embrapa Semiárido. Documentos, 283).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 13. | | SOUZA, E. M. de C.; PARANHOS, J. G.; LIMA NETO, F. P.; LIMA, M. A. C. de; ISHIKAWA, F. H. Avaliação de híbridos de mangueira entre as variedades Coquinho e Tommy Atkins, no primeiro ciclo de produção, no Submédio do Vale do São Francisco. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 26., 2019, Juazeiro, BA/Petrolina, PE. Fruticultura de precisão: desafios e oportunidades - anais. Petrolina: Embrapa Semiárido: UNIVASF: SBF, 2019. p. 156-159.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 14. | | LIMA NETO, F. P.; LIMA, M. A. C. de; ISHIKAWA, F. H.; PARANHOS, J. G.; SOUZA, E. M. de C. Avaliação de híbridos de mangueira entre as variedades Tommy Atkins e Coquinho, em um ciclo, no Semiárido brasileiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 26., 2019, Juazeiro, BA/Petrolina, PE. Fruticultura de precisão: desafios e oportunidades - anais. Petrolina: Embrapa Semiárido: UNIVASF: SBF, 2019. p. 160-163.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 15. | | LIMA NETO, F. P.; LIMA, M. A. C. de; ISHIKAWA, F. H.; PARANHOS, J. G.; SOUZA, E. M. de C. Avaliação de híbridos de mangueira entre as variedades Tommy Atkins, Palmer e Keitt, em um ciclo, no Semiárido brasileiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 26., 2019, Juazeiro, BA/Petrolina, PE. Fruticultura de precisão: desafios e oportunidades - anais. Petrolina: Embrapa Semiárido: UNIVASF: SBF, 2019. p. 164-167| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 18. | | SOUZA, E. M. de C.; PARANHOS, J. G.; LIMA NETO, F. P.; LIMA, M. A. C. de; ISHIKAWA, F. H. Caracterização dos frutos de híbridos de mangueira entre a variedade Tommy Atkins e Haden ou Van Dyke, no primeiro ciclo de produção, no Semiárido brasileiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 26., 2019, Juazeiro, BA/Petrolina, PE. Fruticultura de precisão: desafios e oportunidades - anais. Petrolina: Embrapa Semiárido: UNIVASF: SBF, 2019. p. 192-195.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 19. | | ALMEIDA NETO, M. A. de; SANTOS, J. M. B. dos; CALGARO, M.; SOUZA, E. M. de C.; BASTOS, D. C. Caracterização física e química da lima ácida Tahiti 2000 sobre o porta-enxerto Índio em Petrolina, PE. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 13., 2018, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2018. p. 31-36. (Embrapa Semiárido. Documentos, 283).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 20. | | PARANHOS, J. G.; SILVA, P. I. S. e; ISHIKAWA, F. H.; SOUZA, E. M. de C.; LIMA NETO, F. P. Caracterização fisico-quimica de frutos de híbridos de mangueira da cultivar Tommy Atkins com Haden , Palmer , Kent e Van Dyke. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 26., 2019, Juazeiro, BA/Petrolina, PE. Fruticultura de precisão: desafios e oportunidades - anais. Petrolina: Embrapa Semiárido: UNIVASF: SBF, 2019. p. 200-203| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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