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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
11/11/2015 |
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Data da última atualização: |
18/05/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, G. A. F.; DANTAS, J. L. L.; OLIVEIRA, E. J. de. |
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Afiliação: |
G. A. F. OLIVEIRA, UFRB; JORGE LUIZ LOYOLA DANTAS, CNPMF; EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF. |
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Título: |
Development and validation of minisatellite markers for Carica papaya. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Biologia Plantarum, v. 59, n.4, p 686-694, 2015. |
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DOI: |
10.1007/s10535-015-0551-9686 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Whereas microsatellite markers are well described, there are few studies investigating minisatellites. Therefore, this study aimed to identify, characterize, and validate minisatellite loci for papaya (Carica papaya L.). The entire papaya genome, which covers 330 Mb, was used to mine minisatellites with motifs ranging from 6 to 500 bp, and at least six replicates and 82 loci were validated in a set of 24 accessions. A total of 1 730 minisatellite loci were identified, located in 695 sequences, with an average of one minisatellite every 156 kb. Variation in GC content ranged from 0.00 to 83.84 % with an average of 28.84 % indicating that these papaya minisatellites are AT rich. Motifs of up to 20 bases represented 71.45 % of the markers. In addition, the observed variation in the number of motif repeats was from 6 to 186 with an average of 9.27 per minisatellite. Independent of the classification, the frequency of minisatellites decreased with an increase in the number of repeating units. Among the validated loci, 48.78 % were found to be polymorphic, and the number of alleles (NA) ranged from two to seven with a mean of 3.10. The average polymorphic information content (PIC), expected heterozygosity (He), and observed heterozygosity (Ho) were 0.38, 0.43, and 0.11, respectively. According to genetic diversity parameters, such as NA, He, and PIC, no significant correlations were found among the size of motifs, the number of repeats, and the GC content of these minisatellites. This study clearly demonstrates the polymorphism of minisatellites and their potential use in detection of intraspecific genetic variations in C. papaya. The results will be useful when managing genetic resources and plant breeding. MenosWhereas microsatellite markers are well described, there are few studies investigating minisatellites. Therefore, this study aimed to identify, characterize, and validate minisatellite loci for papaya (Carica papaya L.). The entire papaya genome, which covers 330 Mb, was used to mine minisatellites with motifs ranging from 6 to 500 bp, and at least six replicates and 82 loci were validated in a set of 24 accessions. A total of 1 730 minisatellite loci were identified, located in 695 sequences, with an average of one minisatellite every 156 kb. Variation in GC content ranged from 0.00 to 83.84 % with an average of 28.84 % indicating that these papaya minisatellites are AT rich. Motifs of up to 20 bases represented 71.45 % of the markers. In addition, the observed variation in the number of motif repeats was from 6 to 186 with an average of 9.27 per minisatellite. Independent of the classification, the frequency of minisatellites decreased with an increase in the number of repeating units. Among the validated loci, 48.78 % were found to be polymorphic, and the number of alleles (NA) ranged from two to seven with a mean of 3.10. The average polymorphic information content (PIC), expected heterozygosity (He), and observed heterozygosity (Ho) were 0.38, 0.43, and 0.11, respectively. According to genetic diversity parameters, such as NA, He, and PIC, no significant correlations were found among the size of motifs, the number of repeats, and the GC content of these minisatellites. ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Carica Papaya; Mamão; Variação genética. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic variation. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
12/01/2011 |
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Data da última atualização: |
04/07/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SILVEIRA, T. C. da; LEDO, C. A. da S.; AMORIM, E. P.; SILVA, S. de O. e. |
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Afiliação: |
Thamyres Cardoso da Silveira, UFRB; CARLOS ALBERTO DA SILVA LEDO, CNPMF; EDSON PERITO AMORIM, CNPMF; Sebastião de Oliveira e Silva, CNPMF. |
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Título: |
Diversidade genética entre genótipos de bananeira por meio de caracteres físicos e químicos dos frutos. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Frutas: saúde, inovação e responsabilidade: anais. Natal: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2010. 1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
pdf 230 |
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Conteúdo: |
A banana destaca-se entre as fruteiras mais consumidas no Brasil, pelo sabor e valor nutritivo. A fruta é usada por todas as classes sociais devido principalmente ao seu baixo custo. A cultura da bananeira representa importância tanto em nível econômico quanto social, contribuindo para o estabelecimento do homem no campo, já que é considerada como fonte contínua de alimento, por causa de sua produção durante todo o ano. Um dos grandes problemas enfrentados pela cultura é a perecibilidade e fragilidade do produto, sendo necessários cuidados durante as diferentes etapas do complexo sistema de produção, para permitir a chegada de um produto de qualidade nas mãos dos consumidores (FAVERET et al., 1999). Outro fator que limita a expansão da bananicultura está associado à falta de cultivares de bananeira que possuem ao mesmo tempo alta produtividade, porte adequado, resistência às principais pragas e doenças, adaptação à diferentes ecossistemas e aceitação pelos consumidores (Silva et al., 2000). |
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Thesagro: |
Banana; Genótipo. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/35977/1/CBF-2010-Silveira-ID27103pdf230.pdf
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Marc: |
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520 $aA banana destaca-se entre as fruteiras mais consumidas no Brasil, pelo sabor e valor nutritivo. A fruta é usada por todas as classes sociais devido principalmente ao seu baixo custo. A cultura da bananeira representa importância tanto em nível econômico quanto social, contribuindo para o estabelecimento do homem no campo, já que é considerada como fonte contínua de alimento, por causa de sua produção durante todo o ano. Um dos grandes problemas enfrentados pela cultura é a perecibilidade e fragilidade do produto, sendo necessários cuidados durante as diferentes etapas do complexo sistema de produção, para permitir a chegada de um produto de qualidade nas mãos dos consumidores (FAVERET et al., 1999). Outro fator que limita a expansão da bananicultura está associado à falta de cultivares de bananeira que possuem ao mesmo tempo alta produtividade, porte adequado, resistência às principais pragas e doenças, adaptação à diferentes ecossistemas e aceitação pelos consumidores (Silva et al., 2000).
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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