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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
11/11/2015 |
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Data da última atualização: |
18/05/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, G. A. F.; DANTAS, J. L. L.; OLIVEIRA, E. J. de. |
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Afiliação: |
G. A. F. OLIVEIRA, UFRB; JORGE LUIZ LOYOLA DANTAS, CNPMF; EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF. |
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Título: |
Development and validation of minisatellite markers for Carica papaya. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Biologia Plantarum, v. 59, n.4, p 686-694, 2015. |
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DOI: |
10.1007/s10535-015-0551-9686 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Whereas microsatellite markers are well described, there are few studies investigating minisatellites. Therefore, this study aimed to identify, characterize, and validate minisatellite loci for papaya (Carica papaya L.). The entire papaya genome, which covers 330 Mb, was used to mine minisatellites with motifs ranging from 6 to 500 bp, and at least six replicates and 82 loci were validated in a set of 24 accessions. A total of 1 730 minisatellite loci were identified, located in 695 sequences, with an average of one minisatellite every 156 kb. Variation in GC content ranged from 0.00 to 83.84 % with an average of 28.84 % indicating that these papaya minisatellites are AT rich. Motifs of up to 20 bases represented 71.45 % of the markers. In addition, the observed variation in the number of motif repeats was from 6 to 186 with an average of 9.27 per minisatellite. Independent of the classification, the frequency of minisatellites decreased with an increase in the number of repeating units. Among the validated loci, 48.78 % were found to be polymorphic, and the number of alleles (NA) ranged from two to seven with a mean of 3.10. The average polymorphic information content (PIC), expected heterozygosity (He), and observed heterozygosity (Ho) were 0.38, 0.43, and 0.11, respectively. According to genetic diversity parameters, such as NA, He, and PIC, no significant correlations were found among the size of motifs, the number of repeats, and the GC content of these minisatellites. This study clearly demonstrates the polymorphism of minisatellites and their potential use in detection of intraspecific genetic variations in C. papaya. The results will be useful when managing genetic resources and plant breeding. MenosWhereas microsatellite markers are well described, there are few studies investigating minisatellites. Therefore, this study aimed to identify, characterize, and validate minisatellite loci for papaya (Carica papaya L.). The entire papaya genome, which covers 330 Mb, was used to mine minisatellites with motifs ranging from 6 to 500 bp, and at least six replicates and 82 loci were validated in a set of 24 accessions. A total of 1 730 minisatellite loci were identified, located in 695 sequences, with an average of one minisatellite every 156 kb. Variation in GC content ranged from 0.00 to 83.84 % with an average of 28.84 % indicating that these papaya minisatellites are AT rich. Motifs of up to 20 bases represented 71.45 % of the markers. In addition, the observed variation in the number of motif repeats was from 6 to 186 with an average of 9.27 per minisatellite. Independent of the classification, the frequency of minisatellites decreased with an increase in the number of repeating units. Among the validated loci, 48.78 % were found to be polymorphic, and the number of alleles (NA) ranged from two to seven with a mean of 3.10. The average polymorphic information content (PIC), expected heterozygosity (He), and observed heterozygosity (Ho) were 0.38, 0.43, and 0.11, respectively. According to genetic diversity parameters, such as NA, He, and PIC, no significant correlations were found among the size of motifs, the number of repeats, and the GC content of these minisatellites. ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Carica Papaya; Mamão; Variação genética. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic variation. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
null
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 41 | |
| 5. |  | PAULA JÚNIOR, T. J. de; VENZON, M.; MORANDI, M. A. B.; BETTIOL, W.; TEIXEIRA, H. Comercialização de produtos biológicos para o controle de doenças de plantas e pragas no Brasil. Informe Agropecuário, Belo Horizonte, v. 30, n. 251, p. 16-123, jul./ago.2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 8. | | VENZON, M.; LEMOS, F.; SARMENTO, R. A.; ROSADO, M. C.; PALLINI, A. Predação por coccinelídeos e crisopídeo influenciada pela teia de Tetranychus evansi. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 44, n. 9, p. 1086-1091, set. 2009. Título em inglês: Predation by coccinellids and chrysopid species influenced by Tetranychus evansi webbing.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 13. | | PAULA JÚNIOR, T. J. de; MORANDI, M. A. B.; VENZON, M. Manejo integrado de doenças e pragas utilizando o controle biológico. In: HALFELD-VIEIRA, B. A.; MARINHO-PRADO, J. S.; NECHET, K. de L.; MORANDI, M. A. B.; BETTIOL, W. (Ed.). Defensivos agrícolas naturais: uso e perspectivas. Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 214-237.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 14. | | VENZON, M.; DIEZ-RODRÍGUEZ, G. I.; FERRAZ, C. S.; LEMOS, F.; NAVA, D. E.; PALLINI, A. Manejo agroecológico das pragas das fruteiras. Informe Agropecuário, v. 37, n. 293, p. 94-103, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 15. | | VENZON, M.; ROSADO, M. da C.; PALLINI, A.; FIALHO, A.; PEREIRA, C. de J. Toxicidade letal e subletal do nim sobre o pulgão-verde e seu predador Eriopis connexa Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 5, p. 627-631, maio 2007 Título em inglês: Lethal and sublethal toxicity of neem on green peach aphid and on its predator Eriopis connexa.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 18. | | VENZON, M.; PALLINI, A.; NEVES, W. dos S.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; BETTIOL, W.; VILELA, E. F. Inovações para o manejo sustentável de pragas e doenças. Informe Agropecuário, v. 40, n. 305, p. 7-12, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 19. | | MATRANGOLO, W. J. R.; GUIMARÃES, J. L. C.; AGUIAR-MENEZES, E. de L.; VENZON, M.; OLIVEIRA, J. M.; DUARTE, R. A fotografia de artrópodes associados à leguminosa Cratylia argentea: ferramenta de Educação Ambiental para a transição agroecológica. Cadernos de Agroecologia, v. 19, n. 1, 2024. Edição dos Anais do XII Congresso Brasileiro de Agroecologia, Rio de Janeiro, 2023.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 20. | | TOGNI, P.; SUJII, E. R.; PALLINI, A.; SOUZA, L. M. de; SOUSA, A. A. T. C. de; VENZON, M. Manipulação do habitat em diferentes escalas espaciais para o controle biológico conservativo em hortaliças orgânicas. Cadernos de Agroecologia, v. 13, n. 1, jul. 2018. Suplemento. Edição dos Anais do 10 Congresso Brasileiro de Agroecologia; 6 Congresso Latino-americano de Agroecologia; 5 Seminário de Agroecologia do Distrito Federal e Entorno, Brasília, DF, set. 2017. Na publicação: Sujii, Edison;...| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| Registros recuperados : 41 | |
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