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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
Data corrente: |
25/07/2018 |
Data da última atualização: |
25/07/2018 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SILVA, F. F.; JEREZ, E. A. Z.; RESENDE, M. D. V. de; VIANA, J. M. S.; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; NASCIMENTO, M.; LIMA, R. O. de; GUIMARÃES, S. E. F. |
Afiliação: |
Fabyano Fonseca Silva, UFV; Elcer Albenis Zamora Jerez, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; José Marcelo Soriano Viana, UFV; Camila Ferreira Azevedo, UFV; Paulo Sávio Lopes, UFV; Moysés Nascimento, UFV; Rodrigo Oliveira de Lima, UFV; Simone Eliza Facioni Guimarães, UFV. |
Título: |
Bayesian model combining linkage and linkage disequilibrium analysis for low density-based genomic selection in animal breeding. |
Ano de publicação: |
2018 |
Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Animal Research, v. 46, n. 1, p. 873-878, 2018. |
DOI: |
10.1080/09712119.2017.1415903 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
We combined linkage (LA) and linkage disequilibrium (LDA) analyses (emerging the term ?LALDA?) for genomic selection (GS) purposes. The models were fitted to a simulated dataset and to a real data of feed conversion ratio in pigs. Firstly, the significant QTLs (quantitative trait locus) were identified through LA-based mixed models considering the QTL-genotypes as random effects by means of genotypic identity by descent matrix. This matrix was calculated at the positions of significant QTLs (based on LA) allowing to include the QTL-genotype effects additionally to SNP (single nucleotide polymorphism) markers (based on LDA) and additive polygenic effects in several GS models (Bayesian Ridge Regression ? BRR; Bayes A ? BA; Bayes B ? BB; Bayes C ? BC and Bayesian LASSO ? BL). These models combing all mentioned effects were denominated LALDA. Goodness-of-fit and predictive ability analyses were performed to evaluate the efficiency of these models. For the real data, although slightly, the superiority of the LALDA models was verified in comparison to traditional LDA models for GS. For the simulated dataset, the models presented similar results. For both LDA and LALDA frameworks, BA showed the best fitting through Deviance Information Criterion and higher predictive ability in the simulated and real datasets. |
Palavras-Chave: |
x. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/180314/1/2018-M.Deon-JAAQR-Bayesian.pdf
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Marc: |
LEADER 02093naa a2200241 a 4500 001 2093541 005 2018-07-25 008 2018 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1080/09712119.2017.1415903$2DOI 100 1 $aSILVA, F. F. 245 $aBayesian model combining linkage and linkage disequilibrium analysis for low density-based genomic selection in animal breeding.$h[electronic resource] 260 $c2018 520 $aWe combined linkage (LA) and linkage disequilibrium (LDA) analyses (emerging the term ?LALDA?) for genomic selection (GS) purposes. The models were fitted to a simulated dataset and to a real data of feed conversion ratio in pigs. Firstly, the significant QTLs (quantitative trait locus) were identified through LA-based mixed models considering the QTL-genotypes as random effects by means of genotypic identity by descent matrix. This matrix was calculated at the positions of significant QTLs (based on LA) allowing to include the QTL-genotype effects additionally to SNP (single nucleotide polymorphism) markers (based on LDA) and additive polygenic effects in several GS models (Bayesian Ridge Regression ? BRR; Bayes A ? BA; Bayes B ? BB; Bayes C ? BC and Bayesian LASSO ? BL). These models combing all mentioned effects were denominated LALDA. Goodness-of-fit and predictive ability analyses were performed to evaluate the efficiency of these models. For the real data, although slightly, the superiority of the LALDA models was verified in comparison to traditional LDA models for GS. For the simulated dataset, the models presented similar results. For both LDA and LALDA frameworks, BA showed the best fitting through Deviance Information Criterion and higher predictive ability in the simulated and real datasets. 653 $ax 700 1 $aJEREZ, E. A. Z. 700 1 $aRESENDE, M. D. V. de 700 1 $aVIANA, J. M. S. 700 1 $aAZEVEDO, C. F. 700 1 $aLOPES, P. S. 700 1 $aNASCIMENTO, M. 700 1 $aLIMA, R. O. de 700 1 $aGUIMARÃES, S. E. F. 773 $tJournal of Applied Animal Research$gv. 46, n. 1, p. 873-878, 2018.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Registros recuperados : 45.007 | |
1261. | | SILVA, M.; CONDE, W.; OLIVEIRA, M. S.; OLIVEIRA, P. M.; PEREIRA, D. S. Índice de participação em associação comunitária de agricultores do Sítio de Encanto de Cima, Encanto-RN, Brasil. Cadernos de Agroecologia, v. 10, n. 3, out. 2015. Edição dos Resumos do IX Congresso Brasileiro de Agroecologia e IV Seminário Estadual de Agroecologia, Belém, PA, set./out. 2015.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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1262. | | PALHARES, J. C. P.; FIGUEIREDO, R. de O.; PRADO, R. B.; CRUZ, M. A. S.; TURETTA, A. P. D.; SCHULER, A. E.; PADOVANI, C. R.; FIDALGO, E. C. C.; FRITZSONS, E.; PARRON, L. M.; VIANA, J. H. M.; RODRIGUES, L. N.; ACCIOLY, L. J. de O.; OLIVEIRA JUNIOR, R. C. de; FELIZZOLA, J. F.; MAGALHAES, C. A. de S. Índice de Qualidade da Unidade Hidrográfica (IQH). In: SEMINÁRIO DA REDE AGROHIDRO, 2., 2014, Campinas. Impactos da agricultura e das mudanças climáticas nos recursos hídricos: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 137-140.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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1263. | | PALHARES, J. C. P.; FIGUEIREDO, R. de O.; PRADO, R. B.; CRUZ, M. A. S.; TURETTA, A. P. D.; SCHULER, A. E.; PADOVANI, C. R.; FIDALGO, E. C. C.; FRITZSONS, E.; PARRON, L. M.; VIANA, J. H. M.; RODRIGUES, L. N.; ACCIOLY, L. J. de O.; OLIVEIRA JUNIOR, R. C. de; FELIZZOLA, J. F.; MAGALHAES, C. A. de S. Índice de qualidade da unidade hidrográfica (IQH). In: SEMINÁRIO DA REDE AGROHIDRO, 2., 2014, Campinas. Impactos da agricultura e das mudanças climáticas nos recursos hídricos: anais... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2014. p. 137-140.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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1264. | | PALHARES, J. C. P.; FIGUEIREDO, R. de O.; PRADO, R. B.; CRUZ, M. A. S.; TURETTA, A. P. D.; SCHULER, A. E.; PADOVANI, C. R.; FIDALGO, E. C. C.; FRITZSONS, E.; PARRON, L. M.; VIANA, J. H. M.; RODRIGUES, L. N.; ACCIOLY, L. J. de O.; OLIVEIRA JUNIOR, R. C. de; FELIZZOLA, J. F.; MAGALHAES, C. A. de S. Índice de Qualidade da Unidade Hidrográfica (IQH). In: SEMINÁRIO DA REDE AGROHIDRO, 2., 2014, Campinas. Impactos da agricultura e das mudanças climáticas nos recursos hídricos: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 137-140.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Florestas; Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Solos. |
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1265. | | PALHARES, J. C. P.; FIGUEIREDO, R. de O.; PRADO, R. B.; CRUZ, M. A. S.; TURETTA, A. P. D.; SCHULER, A. E.; PADOVANI, C. R.; FIDALGO, E. C. C.; FRITZSONS, E.; PARRON, L. M.; VIANA, J. H. M.; RODRIGUES, L. N.; ACCIOLY, L. J. de O.; OLIVEIRA JUNIOR, R. C. de; FELIZZOLA, J. F.; MAGALHAES, C. A. de S. Índice de Qualidade da Unidade Hidrográfica (IQH). In: SEMINÁRIO DA REDE AGROHIDRO, 2.; IMPACTOS DA AGRICULTURA E DAS MUDANÇAS CLIMÁTICAS NOS RECURSOS HÍDRICOS, 2., 2014, Campinas, SP. Anais... Campinas, SP: Embrapa, 2014. p. 119, ref. 137-140. Editores Técnicos: Maria Fernanda Moura, Embrapa Informática Agropecuária; Giampaolo Queiroz Pellegrino, Embrapa Informática Agropecuária; Lineu Neiva Rodrigues, Embrapa Cerrados.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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1267. | | FIGUEIREDO, F. J. C.; FRAZÃO, D. A. C.; OLIVEIRA, A. F. F. de; OLIVEIRA, R. P. de. Influência do tratamento e sementes de caupi (Vigna unguiculata (L.) Walp.), na qualidade fisiológica durante o armazenamento. Belém, PA: EMBRAPA-CPATU, 1978. 5 p. Resumo de resultados apresentados na Reunião Anual Conjunta de Pesquisa da Cultura de Caupi, coordenada pelo Centro Nacional de Pesquisa de Arroz e Feijão, organizada pela EPACE, Fortaleza, de 25 a 28 de julho de 1978.Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Cerrados; Embrapa Soja. |
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Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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1276. | | SILVA, R. R. S. da; LOPES, P. R. C.; OLIVEIRA, J. E. de M.; OLIVEIRA, I. V. de M.; SOUZA, G. M. M. de; ALBANO, F. G.; AMANDO, M. L. C. S. Indicadores da racionalização de agrotóxicos em áreas produtoras de manga no Submédio do Vale do São Francisco. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Frutas: saúde, inovação e responsabilidade: anais. Natal: SBF, 2010. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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